SONAR-2939 Rename "Functions distribution /complexity" metric

Original request: "On the complexity widget, rename "Functions
distribution /complexity" in "Methods distribution /complexity"

SONAR-2399 In differential mode, display reviews until today

SONAR-2018 Improve rule for detection of commented-out code

JSNI methods (GWT) should not be considered as commented-out code.

SONAR-2018 Improve rule for detection of commented-out code

* Only one violation in one block of comment.
* Proper recognition of Javadocs.

SONAR-1929 Modify the new DashboardTemplate API

- Replace the annotation-based one with a POJO one
- Fix some issues based on Simon's feedback

Add utility class to simplify assertions in tests for checks

And update tests to use this new class.

SONAR-2973 fix the severity of violations if manually set by end-users

SONAR-3063 Implement the hotspots page as a dashboard

SONAR-1929 Add localization to name & description of dashboards

SONAR-1929 New extension point: dashboard template

- Create API
- Make required DB modifications (on MyBatis side)
  * new 'loaded_template' table
  * new 'kee' column on 'dashboards' table
- Create startup RegisterProvidedTemplates
- Create 2 first implementations:
  * the main Dashboard
  * a simple Hotspot dashboard (will be done in another ticket)
- Update migration scripts (remove creation of main dashboard)

Fix some violations

Improve DateUtils by using generics in ThreadLocal + rename some unit tests of DateUtilsTest

SONAR-3077 rename priority to severity in Rule#toString()

SONAR-2973 replace RULE_FAILURES_OVERRIDDEN_SEVERITY by REVIEWS.MANUAL_SEVERITY (boolean)

Rename some Ruby methods of Review.rb in order to respect convention namings

SONAR-3077 Don't use ReflectionToStringBuilder in Rule.toString()

Fix MyBatis integration tests with MsSQL

Add DecoratorBarriers START_VIOLATION_PERSISTENCE and END_OF_VIOLATION_PERSISTENCE

SONAR-3071 The settings page fails if a property has a null value

SONAR-3070 DateUtils should not parse badly formatted strings

Fix integration tests of MyBatis on MsSQL. Table names must be lower-case.

Increase size of RULE_FAILURES.COMMITTER to 100

Add icons to the select box of the widget Most Violated Rules

SONAR-1974 only administrators can create new manual rules + Fix sort of severities in select-box

Remove useless comment from metrics_controller.rb

SONAR-2973 add the column RULE_FAILURES.OVERRIDDEN_SEVERITY (BOOLEAN)

The name is not really sexy. If true, then the violation severity has been explicitly changed by user so it must not be reset when analyzing project.

SONAR-3057 Do not put a '+' if variation is zero in 'light' mode

SONAR-2795 Remove link on "Next" if page index is max (20)

Revert some changes in the CSS of code viewer

SONAR-1974 do not reload the page when the violation is created

Add RULE_FAILURES.COMMITTER

Note that this field is experimental and should not be used by plugins,
even if it can be accessed via API classes.

SONAR-2795 Paging at filters page

Display a maximum of 20 page links, which will prevent UI side
effects (no need to have more than 20 links, people never go that
far in pagination).

Add couple of functional tests for CPD

Fix violations, increase coverage

Try to fix DbUnit tests on MSSQL

SONAR-3046 remove the links on the severity icons

SONAR-3046 the link 'More' must contain the selected period and severity

Add Idea file to .gitignore

Add .idea directories to .gitignore

Rename view drilldown/_severity.erb to _severity.html.erb

SONAR-1974 add a page to manage manual rules

Manual rules allow users to create their own violations directly from UI. These rules can
also be defined 'on the fly' while creating violations.

SONAR-1974 add all the available rules in the form to create violations

Remove unused Javascript code

SONAR-2399 Make the differential mode work on Derby and "More" links

SONAR-3057 Use appropriate colors for measures

Differential measures on violation & duplication related metrics
should be displayed with red or green colors.

SONAR-2891 Breadcrumb is not valid in the page Dependencies

SONAR-3037 Remove the + sign before the number of skipped tests

SONAR-3036 upgrade to the latest version of protovis-msie

SONAR-1974 fix the select-box to filter by rules in violations viewer

SONAR-3062 API: org.sonar.api.config.Settings#getStringArray() should trim values

Fix iBatis ReviewMapper.xml for MsSQL

SONAR-3060 Use new CPD algorithm

SONAR-3060 Add new CPD algorithm based on suffix tree

SONAR-1974 improve UI+error handling

SONAR-2399 Improvements on review widgets

Fix compatibility of DbUnit with Oracle (lack of boolean type)

Fix creation of Oracle sequences in integration tests of MyBatis

SONAR-1974 add the form to create its own violations

Try to fix Oracle tests

Improve rendering of source code

* remove top and bottom borders from all the line numbers
* remove top and bottom borders from groups of violations
* remove the margin before source code. It can be mixed up with real whitespaces or tabulations in source code

SONAR-3056 do not select line numbers when copying source code

SONAR-3055 API: remove the attribute "classes" of the annotations @DependsUpon and @DependedUpon

SONAR-1974 do not disable the rules of the repository "review" at startup

SONAR-1974 automatically close reviews that relate to resolved manual violations

Remove INFO logs in unit tests and fix Oracle tests

Fix some violations

SONAR-2018 Add rule to detect commented-out lines of code

SONAR-1974 inject manual violations into batch

Fix drilldown page in order to accept the parameter period=0

SONAR-3052 add dependency on Guava 10

SONAR-1974 fix a conflict of column names in the WS /api/violations

Add log to debug integration tests with Oracle

Add missing header + remove hibernate logs when executing unit tests

Fix DaoTestCase for Oracle

We didn't succeed in using java.sql.DatabaseMetaData#getTables() on Oracle.

Table names are not correctly loaded in DaoTestCase

Add logs to DaoTestCase in order to list the TRUNCATE commands

+ Unit tests must log with level INFO

SONAR-1974 add missing change

SONAR-1974 support creation of manual violations in the web service /api/reviews

Improve exception handling of web app when the requested resource does not exist

Fix typo in RuleDaoTest

The field "period_index" of the ruby component Api::DashboardConfiguration should be nil when undefined, but not 0

Rollback incorrect change in sonar.css due to the merge with the branch release-2.12

SONAR-1974 refactor tables RULE_FAILURES and REVIEWS

* Rollback the previous changes on RULE_FAILURES : SNAPSHOT_ID NULLABLE and new column RESOURCE_ID
* Add the columns REVIEWS.RULE_ID (nullable) and MANUAL_VIOLATION (boolean)
* Add experimental MyBatis mapper for reviews
* Add the fields manualViolation (boolean) and permanentId to org.sonar.api.rules.Violation

Allow criteria with null values in DatabaseSession#getResults(Class, Object... criteria)

Escape the value of sonar.jdbc.schema on Oracle

SONAR-2819 Upgrade to PMD 4.3

New rules in PMD 4.3:
* DontCallThreadRun
* GuardDebugLogging

New rules in PMD 4.2.6:
* GenericsNaming
* AvoidCatchingGenericException
* AvoidLosingExceptionInformation
* AvoidLiteralsInIfCondition
* UseConcurrentHashMap
* DoNotHardCodeSDCard

SONAR-3046 change the title when a period is selected + improve links on violation drilldown

SONAR-3045 Guess the property sonar.jdbc.driverClassName

SONAR-1836 Upgrade to Checkstyle 5.5

New rules in 5.2:
* InnerTypeLast

Modified rules in 5.2:
* DeclarationOrder
* ImportOrder

New rules in 5.3:
* OuterTypeFilename
* NestedForDepth
* MethodCount
* OneStatementPerLine

Modified rules in 5.3:
* PackageDeclaration
* MagicNumber
* AbstractClassName
* AvoidStarImport

Modified rules in 5.4:
* UnusedImports
* MagicNumber
* EqualsAvoidNull
* IllegalThrows
* RedundantModifier

Merging from release-2.12 branch

Fix migrations on MSSQL

Remove deprecated calls to org.sonar.api.resources.Project

Fix loading of title in the widget hotspot by metric

SONAR-1974 Add RULE_FAILURES.RESOURCE_ID

SONAR-1974 RULE_FAILURES.SNAPSHOT_ID must be nullable

SONAR-3027 Update the Dependencies Viewer (GWT)

SONAR-3039 Refactor the LCOM4 viewer with Ruby extension

Fix name of CoreMetrics#metrics

Hotspot widgets: complete SQL request + move HTML templates to a dedicated repository

Format source WeightedViolationsDecorator.java