SONAR-3289 On java projects compute complexity distribution by file

And do not compute complexity distribution by class.

Add some Javadocs

SONAR-3072 Fix wrong refactoring of ViolationTrackingDecorator

Merge remote-tracking branch 'origin/master'

Fix POST /api/properties on embedded database

SONAR-1700 Some links to the projects end up in new session

SONAR-2977 Setting a profile to default via the API doesn't work

SONAR-2721 Display number of "projects" in "Size" widget

Thus add new metric - 'projects'.

Reformat code for some core widgets

* Replace tabs by spaces
* Align blocks

Revert "SONAR-2977 Setting a profile to default via the API doesn't work"

This reverts commit 43012d7d54f1a0bdff26c4cc4f656ea8e4e1b93d.

SONAR-1378 validate type when creating/updating properties with the web service /api/properties

SONAR-2977 Setting a profile to default via the API doesn't work

SONAR-1378 auto-detect password properties that are suffixed by .password.secured

SONAR-3072 Restore behaviour of tracking of violations when importSources=false

Minor - remove useless ; in enum

SONAR-1378 validate property types + update type of core properties

SONAR-3277 Improve HTML rendering

Add missing license headers

SONAR-3072 sonar-diff module is useless for the moment, so remove it

Move all code directly into sonar-core-plugin.

SONAR-3319 Extract code used for backward compatibility into a method

SONAR-3072 Add greedy algorithm to track violations based on blocks

SONAR-3316 trim all the properties

SONAR-2043 fix error when opening file without sources and with the URL parameter period

SONAR-3334 Drop the table RULES_CATEGORIES

Merge remote-tracking branch 'origin/master'

Do not use deprecated rule categories (column MEASURES.RULES_CATEGORY_ID, table RULES_CATEGORY_ID), but keep them in API for backward-compatibility

SONAR-3332 API: delete the deprecated class org.sonar.api.batch.AbstractViolationsStaxParser

Merge branch 'current'

SONAR-3319 Update location of HMLT files in L10n English plugin

SONAR-2084 complete Web UI to encrypt properties

SONAR-1378 Add the ability to specify a "type" when defining a plugin property

SONAR-2084 default value of sonar.secretKeyPath is ~/.sonar/sonar-secret.txt

Fix some quality flaws

SONAR-3319 Update one test method

SONAR-3319 Prevent conflicts in l10n of description for rules

Indeed, repository key must be used.

=> HTML description files must now be stored in:
       org.sonar.l10n.<pluginKey>_<Language>.rules.<repoKey>
   instead of:
       org.sonar.l10n.<pluginKey>_<Language>

(which means that existing files just have to be moved into a
 subfolder named "rules/<repoKey>")

=> Backward compatibility is ensured
=> This also works if several plugins define rules for the same repo

SONAR-3327 Make the links to external resources open on a new tab

SONAR-1708 Problems with alert status

SONAR-3326 Problem displaying History when project has a Green Alert

SONAR-2084 add the page "Settings Encryption"

Fix some quality flaws

Fix quality flaws in tests: remove unused imports

SONAR-3072 Add sonar-diff library

Skip sanity checks in dev profile

Move skip of sanity checks from quick-build scripts into dev profile.
This is more convenient at least for users of Maven bash completion.

Do not log 'require upgrade' on fresh installs

SONAR-2084 complete web UI to generate secret key and to encrypt passwords

SONAR-2084 draft of new page 'Password encryption'

Merge remote branch 'origin/master'

SONAR-2084 replace asymetric RSA by symetric AES

SONAR-3297 Sort issue with stripes on groups

SONAR-3277 Add message to inform about dups with deleted resources

SONAR-2084 use RSA to encrypt settings

SONAR-3073 column sorting for 'key' does not work in filter

SONAR-3003 Fix issue

=> when #split_newlines is called by #convert_string_to_unix_newlines

SONAR-3003 Remove only the last empty line, not all

SONAR-3003 Do not display last empty line in source viewer

SONAR-3243 Rollback popup removal and put it in seperate GitHub repo

=> See https://github.com/bellingard/sonar/tree/popup-removal to
   test the removal of automatic-popup links

SONAR-3243 Pass params and anchor to the file page

SONAR-3278 Display the review permalink in the breadcrumb

SONAR-3243 Wrong permalink & breadcrumbs when file is shown

- Permalinks have been moved to the latest part of the breadcrumb
- Breadcrumbs are now correct and show every part till the file
  (if the resource being displayed is a file)
- All the links that used to open a file in a popup are now "regular"
  links and open files in the default layout
  => for instance: links on files in the "component" page

SONAR-3278 Incorrect breadcrumb link on review listing

=> when someone clicks on the links of an action plan.

Remove Hibernate from org.sonar.server.platform.ServerImpl

Remove picocontainer stackstace from logs

Skip sanity checks in quick-build scripts

Log a clean message when an exception is thrown during picocontainer startup

Remove Hibernate from the component org.sonar.api.config.Settings

Complete the MyBatis DAO for PROPERTIES

Fix indentation

SONAR-2841 Tests suite results are not always ignored

SONAR-3294 Elements of "History table" widget is unordered

=> They are now ordered using the natural "human" order

SONAR-3305 NPE thrown when no description or title on a rule

=> Sonar server now fails at startup if a rule has no name or no
   description

Merge remote-tracking branch 'origin/release-2.14'

Fix MeasuresFilters

Upgrade to JDK 6 compilation. Remove sanityChecks profile, now using the property skipSanityChecks

SONAR-3006 Make the TimeMachine service a dashboard page

=> New dashboard implemented, still need to remove the "old" time
   machine service when this new dashboard has been tested and
   validated.

[maven-release-plugin] prepare for next development iteration

[maven-release-plugin] prepare release 2.14-RC3

SONAR-3277 NPE on duplications tab when a project has been deleted

Merge remote-tracking branch 'origin/release-2.14'

Merge branch 'release-2.14' of github.com:SonarSource/sonar into release-2.14

Persist duplications XML measure directly into database

Do not close false-positives

Delete unused class DatabaseException

Decrease the number of Hibernate initializations in unit tests

SONAR-3292 improve messages when database is not up-to-date

Persist duplications XML measure directly into database

[maven-release-plugin] prepare for next development iteration

[maven-release-plugin] prepare release 2.14-RC2

SONAR-1053 NPE in config backup

SONAR-2270 Make Checkstyle:ParameterNumber rule instantiable

SONAR-3172 It should not be possible to create a manual violation on a unit test source code

Upgrade some JDBC libs

* SONAR-3281 postgresql 9.1-801-jdbc4
* SONAR-3311 mysql connector/j 5.1.18
* SONAR-3282 commons-dbcp 1.4

Merge branch 'release-2.14'

The button 'assign to me' should accept a comment

Commit instead of flush statements when changing preparedStatement of batch

Fix alignment of resource viewers in drilldown page

Fix loading of resource viewers when a resource is selected in drilldown pages

Improve usage of JDBC batch mode when deleting a project from UI

SONAR-3307 Add the parameter rewriteBatchedStatements=true to MySQL JDBC URL

Improve batch execution of DELETE statements in PurgeDao

Improve purge tasks of DbCleaner

* improve logs
* decrease the nb of SQL requests required to purge aborted builds and historical data of directories/files