[SCRIPTS] unziping silently in start.sh

[SCRIPTS] make patches more visible in logs

[SCRIPTS] add support to set non existing property in property_utils

[SCRIPTS] add support for patches to start.sh

use seperate start and stop to avoid unpredictable errors when applying patches on a live SQ instance

SONAR-6717 Mark org.sonar.api.issue.action.Action as deprecated

SONAR-6482 WS permissions/groups list permission's groups

Use PermissionUpdate instead of PermissionServer to remove a permission

SONAR-6484 WS permissions/remove_group remove by group id or name

SONAR-6483 WS permissions/add_group add by group id or group name & rely on PermissionUpdater

SONAR-6479 WS permissions/users search users with a specific permission

WS api/issues/create must return 400 if component does not exist

WS api/issues/plan and assign must return 400 if bad params

Do not set some empty string fields in api/issues response

 - assignee
 - resolution
 - reporter
 - actionPlanKey

Do not allow componentId nor msg on primary location

Remove ability to set effortToFix on manual issues

Gix compatibility of IssueMapper with postgres

Store issues locations in DB and return in WS

Rewrite some Ruby WS api/issues/{operation} in Java

- api/issues/create
- api/issues/set_severity
- api/issues/plan
- api/issues/do_transition
- api/issues/plan

Improve compatibility of api/issues/search2

Improve response of POST api/issues/assign

Return the same format as for api/issues/search, except that:
- field "issues" is replaced by "issue"
- of course there are no facets nor paging
- field "languages" is not present (that should be dropped from api/issues/search too)

Fix ActionPlanStats on Postgres

Rename protobuf files of sonar-db

Minor refactoring of DdlChange

Add column LOCATIONS to db table ISSUES

WS api/issues/assign in Java+Protobuf

Draft of WS api/issues/search2

- protobuf specification of response
- do not rely on ES docs to return data (will allow to remove _source
   from ES index)
- sanitize response format
- sanitize request parameters (no more 'hideXXX' and 'f')

ComponentDao#selectByKeys() supports more than 1'000 inputs

Load project UUID from action plan DAO

Project UUID must be used internally instead of project key.

Support absent protobuf arrays in ProtobufJsonFormat

Protobuf does not support concept of absent arrays (repeated field).
It does not distinguish empty arrays from absent arrays.
ProtobufJsonFormat introduces a naming convention to mark an
empty array field as absent. In this case the field is not output
to JSON.

New WS api/rules/list for batch

SONAR-6754 Add support of execution flow in Xoo

Fix some quality flaws

SONAR-6761 Drop incremental mode

Rework new measure API

compile .jsx files

add react.js

Improve quality

Replace some usage of org.sonar.server.db.DbClient by org.sonar.db.DbClient

Fix WS persistent cache

Remove dependency management for WS client

SONAR-6750 Support new SQ Runner API for retrieving issues

Fix issue tracking when no server analysis

Declare multiline rule in Xoo

SONAR-6770 Improve logging of cache usage

SONAR-6582 do not rely on "projects" and "actionPlanName"

SONAR-6772 Do not save JSON report by default

SONAR-6374 add computation timing to CE Queue MBean

SONAR-6374 ensure CEQueueStatus is initialized before MBean is registered

FIX reduce awaitTermination delay

FIX typos and better naming

SONAR-6734 add MBean to expose Commpute Engine Queue info

SONAR-6660 rewrite setup page

compile_protobuf.sh does not need local installation of protoc

fix issues callback with multiple analysis

SONAR-6483 ws permissions/add_group impossible to add the admin permission to the 'anyone' group

SONAR-6693 WS issue_filters/search return distinct issue filters

Lowercase field selection in RoleMapper

Cross database definition of temporary table

use "additionalFields" when request issues

Add alias to temporary table in RoleMapper

Fix local issue tracking when there are issues on modules/folders

use new rules WS

Improve quality

use new rule WS

Improve quality

SONAR-6723 Use SQ version in cache keys

SONAR-6481 SONAR-6484 SONAR-4475 do not remove the last admin user or group permission

Upgrade to travis-utils v16

SONAR-6052 Extract primaryLocation as a special attribute

Also rework new issue API on batch side.

Write raw issues directly in protobuf report

Avoid intermediate storage in persistit

show a message when there are no quality profiles

Fix selenium id in ProjectAdministrationTest

SONAR-6661 remove "offline" badge

Prepare upgrade to protobuf 3

Files .proto must declare: syntax = "proto2";

Add name to api/rules/list

Adjust performance timing due to new environment

refactoring of permissions

SONAR-6750 Support new SQ Runner API for retrieving issues

Add org.sonar.api.server.ws.Request#getMediaType()

Move protobuf specs of WS into new module sonar-ws

New WS api/rules/list for batch

Copy RuleDao#selectEnabledAndNonManual() from sonar-server to sonar-db

The source method in org.sonar.server.rule.db can not be dropped as it's still
used through DAOv2

Remove classes badly committed

Draft of protobuf specification of WS api/issues/search

Change format of copyright headers in .proto files

Add ProtobufJsonFormat to convert protobuf messages to JSON

SONAR-6575 remove RoR code related to old metrics WS

SONAR-6631 delete RoR concerning custom measures (ex manual measures)

SONAR-6693 WS issue_filters/search return both favorite and shared filters

SONAR-6652 WS system/db_migration_status improve description message

SONAR-6652 WS system/db_migration_status add MIGRATION_REQUIRED status

SONAR-6736 add CE and steps timing logs at INFO level

fork Profiler into sonar-core to change return type of stop methods

Update .sonarsource.properties

SONAR-6742 Stop displaying plugin actions for issues

SONAR-6631 drop old manual measures page

Fix quality flaws

Fix rules handling with duplicated internalKey

deprecate RulesProfile

SONAR-6661 show update center in offline mode