SONAR-2662 Create a pagination helper

It is currently used for the review listing page, but it can
normally be used elsewhere.

SONAR-2662 Create action plans which are a set of manual reviews

- Improve progress bar
- Display the list of reviews in a separate page which is still in
  the context of the project

SONAR-2662 Create action plans which are a set of manual reviews

- Create the service to manage action plans

SONAR-3101 fix the Collapse link

Refactoring: define the constant ResourceHelper::DUPLICATION_SNIPPET_DEFAULT_NB_OF_LINES=6

Move org.sonar.jpa.dialect to org.sonar.persistence.dialect and refactor DialectRepository

SONAR-983 create table RESOURCE_INDEX

The related myBatis classes are in the package org.sonar.persistence.resource

Minor refactoring on ruby variable names

Fix the URL /widget

SONAR-1929 add ability for administrators to delete dashboards registered programmatically by plugins

+ SONAR-3103 Do not allow to unshare dashboard when it's used as a default dashboard

SONAR-3101 "Duplications" tab shows incorrect lines

SONAR-3099 Search of reviews by id must ignore other criteria

SONAR-1929 do not register dashboards which name already exits

+ remove the useless column DASHBOARDS.KEE

SONAR-1929 move the package org.sonar.api.web.dashboard to org.sonar.api.web

No need anymore of a dedicated package

SONAR-1929 minor refactoring + add some tests

Fix typo in conf/sonar.properties

Fix violation, add test

Fix violations

SONAR-3060 Improve new CPD algorithm

* Remove recursive part of algorithm to avoid StackOverflowError
* Fix violations

SONAR-1929 refactor the extension point to define dashboards

SONAR-1929 refactoring of the extension point Dashboard

SONAR-3034 API: default value of WidgetProperty is not injected in Ruby widgets

The column WIDGET_PROPERTIES.VALUE_TYPE is removed because it duplicates the Java extensions.

SONAR-2795 Add pagination over 20, with "First" and "Last" links.

rename the constant ReviewDto.STATUS_OPENED to STATUS_OPEN

SONAR-3086 do not strikethrough rule name when review is resolved

Merge remote branch 'upstream/master'

SONAR-1929 Improve the Dashboard template API

Use of enum instead of simple String constants.

Decrease visibility of some methods of org.sonar.persistence.review.ReviewQuery

SONAR-2984 review widgets must not fail if reviews have no comments

SONAR-3984 allow to delete all the comments

SONAR-3086 improve the detail of a review

SONAR-3086 Improve usability of review forms

SONAR-3086 Improve usability of review forms

Sonar Persistence API refactoring

- Class mapped to tables should now be named "MyTableDto"
- DTOs, DAOs and Mappers of a same concern should be packed in a
  single package, allowing to use package visibility amongst them.

=> org.sonar.persistence has been reorganized following those rules.

SONAR-1929 Fix problem migration (I18n API not initialized)

Fix test

SONAR-1929 Fix problem with MyBatis on Oracle

Fix violations

SONAR-3060 Refactor new CPD algorithm

* Fix violations
* Remove duplications
* Add Javadocs
* Method SortedListsUtils#contains now uses iterators, so doesn't
  require RandomAccess list in order to work efficiently in terms of
  performance.

SONAR-2018 Improve rule for detection of commented-out code

Proper recognition of JSNI methods (GWT).

SONAR-3058 downgrade to jetty 6.1.25 because of AJP regression

SONAR-2973 improve the form that changes severity

SONAR-2912 [Rename quality profile] Default value: put profile name

SONAR-2939 Rename "Functions distribution /complexity" metric

Original request: "On the complexity widget, rename "Functions
distribution /complexity" in "Methods distribution /complexity"

SONAR-2399 In differential mode, display reviews until today

SONAR-2018 Improve rule for detection of commented-out code

JSNI methods (GWT) should not be considered as commented-out code.

SONAR-2018 Improve rule for detection of commented-out code

* Only one violation in one block of comment.
* Proper recognition of Javadocs.

SONAR-1929 Modify the new DashboardTemplate API

- Replace the annotation-based one with a POJO one
- Fix some issues based on Simon's feedback

Add utility class to simplify assertions in tests for checks

And update tests to use this new class.

SONAR-2973 fix the severity of violations if manually set by end-users

SONAR-3063 Implement the hotspots page as a dashboard

SONAR-1929 Add localization to name & description of dashboards

SONAR-1929 New extension point: dashboard template

- Create API
- Make required DB modifications (on MyBatis side)
  * new 'loaded_template' table
  * new 'kee' column on 'dashboards' table
- Create startup RegisterProvidedTemplates
- Create 2 first implementations:
  * the main Dashboard
  * a simple Hotspot dashboard (will be done in another ticket)
- Update migration scripts (remove creation of main dashboard)

Fix some violations

Improve DateUtils by using generics in ThreadLocal + rename some unit tests of DateUtilsTest

SONAR-3077 rename priority to severity in Rule#toString()

SONAR-2973 replace RULE_FAILURES_OVERRIDDEN_SEVERITY by REVIEWS.MANUAL_SEVERITY (boolean)

Rename some Ruby methods of Review.rb in order to respect convention namings

SONAR-3077 Don't use ReflectionToStringBuilder in Rule.toString()

Fix MyBatis integration tests with MsSQL

Add DecoratorBarriers START_VIOLATION_PERSISTENCE and END_OF_VIOLATION_PERSISTENCE

SONAR-3071 The settings page fails if a property has a null value

SONAR-3070 DateUtils should not parse badly formatted strings

Fix integration tests of MyBatis on MsSQL. Table names must be lower-case.

Increase size of RULE_FAILURES.COMMITTER to 100

Add icons to the select box of the widget Most Violated Rules

SONAR-1974 only administrators can create new manual rules + Fix sort of severities in select-box

Remove useless comment from metrics_controller.rb

SONAR-2973 add the column RULE_FAILURES.OVERRIDDEN_SEVERITY (BOOLEAN)

The name is not really sexy. If true, then the violation severity has been explicitly changed by user so it must not be reset when analyzing project.

SONAR-3057 Do not put a '+' if variation is zero in 'light' mode

SONAR-2795 Remove link on "Next" if page index is max (20)

Revert some changes in the CSS of code viewer

SONAR-1974 do not reload the page when the violation is created

Add RULE_FAILURES.COMMITTER

Note that this field is experimental and should not be used by plugins,
even if it can be accessed via API classes.

SONAR-2795 Paging at filters page

Display a maximum of 20 page links, which will prevent UI side
effects (no need to have more than 20 links, people never go that
far in pagination).

Add couple of functional tests for CPD

Fix violations, increase coverage

Try to fix DbUnit tests on MSSQL

SONAR-3046 remove the links on the severity icons

SONAR-3046 the link 'More' must contain the selected period and severity

Add Idea file to .gitignore

Add .idea directories to .gitignore

Rename view drilldown/_severity.erb to _severity.html.erb

SONAR-1974 add a page to manage manual rules

Manual rules allow users to create their own violations directly from UI. These rules can
also be defined 'on the fly' while creating violations.

SONAR-1974 add all the available rules in the form to create violations

Remove unused Javascript code

SONAR-2399 Make the differential mode work on Derby and "More" links

SONAR-3057 Use appropriate colors for measures

Differential measures on violation & duplication related metrics
should be displayed with red or green colors.

SONAR-2891 Breadcrumb is not valid in the page Dependencies

SONAR-3037 Remove the + sign before the number of skipped tests

SONAR-3036 upgrade to the latest version of protovis-msie

SONAR-1974 fix the select-box to filter by rules in violations viewer

SONAR-3062 API: org.sonar.api.config.Settings#getStringArray() should trim values

Fix iBatis ReviewMapper.xml for MsSQL

SONAR-3060 Use new CPD algorithm

SONAR-3060 Add new CPD algorithm based on suffix tree

SONAR-1974 improve UI+error handling

SONAR-2399 Improvements on review widgets

Fix compatibility of DbUnit with Oracle (lack of boolean type)

Fix creation of Oracle sequences in integration tests of MyBatis

SONAR-1974 add the form to create its own violations