SONAR-2469 add unit tests

SONAR-2469 add unit tests

Improve guide about creation of migration scripts

SONAR-2468 new extension point org.sonar.api.bootstrap.ProjectBuilder

SONAR-1922 Improve UI for profile changelog

* Reorder columns

* Use bold instead of italic to express parameter changes

* Show severity icons

* Lowercase action text and simplify code

SONAR-2388 clear the "Assigned to" field when appropriate

Clear the "Assigned to" field when the options "With false-positives"
and "Only false-positives" are selected otherwise no result is
returned as false-positive review are automatically unassigned.

SONAR-1922 Add a kind of version control for quality profiles

Apply patch, which was contributed by Julien Henry:

* Following algorithm was implemented: Every profile starts with
  version=1 and used=false. As soon as there is an analysis of a
  project, the involved profile is set to used=true. Every modification
  to a quality profile (activation, deactivation or modification of
  rule) is logged in DB in dedicated tables. When a modification is done
  on a profile that is used=true, then version number is increased and
  profile is set to used=false.

* Introduced new metric to store profile version, which was used during
  analysis.

* If profile for project is different than the one used during previous
  analysis, then event would be created.

* Introduced new tab 'changelog' for profiles.

Following fixes were applied on original patch:

* Index name limited to 30 characters in Oracle DB, so names were
  reduced.

* Field ActiveRuleChange.profileVersion never read locally, because
  ruby read it directly from DB, so getter added.

* Direction doesn't make sense for 'profile_version' metric, so was
  removed.

* Fixed ProfileEventsSensor: it seems that TimeMachine not guarantee
  that the order of measures would be the same as in query, so we should
  perform two sequential queries.

* Fixed handling of null values during migration.

SONAR-1688 Search box does not allow mouse clicks to select the item.

Had to comment 1 line in scriptaculous.js file.

SONAR-2388 Make it possible to search for 'false-positive' reviews

- Adds select box on the search page
- Change comment icon color if false-positive
- Add "False positive" label on the permalink page
- Adjust link that opens the resource to directly open the resource
  viewer on the false-positives

SONAR-2443 Remove indicator from suggest field to prevent "shaking"

FI: the display of the indicator is handle by the scriptaculous
component, which uses the "display" property instead of the
"visibility" one to hide/show the indicator. This is what causes
the "shaking" of elements placed on the right side of the component
while waiting for the answer from the server.

SONAR-2397 Remove sort on Assignee and Project

The reason is that the DB request fails on Derby because of the joint
needed to get the assignee name or the project name.
FI: it worked on Postgres (and probably all other "real" DBs).

SONAR-2453 Update the way "FALSE-POSITIVE" reviews are managed

1- Update the DB, migration scripts & co.
2- Update the model, controller & co.
3- Update the WS Client

SONAR-2469 fix typo in name of InstantiationStrategy class

SONAR-2469 refactor Module

SONAR-2469 instanciation strategy of batch extensions

SONAR-2469 fix initialization of project

Merge branch 'modif'

SONAR-2473 Fix SQL request to prevent "closing" again a review

SONAR-2450 Display the last comment of review in the Reviews page

- Fix alignment of comment with title
- Replaces '\n' by a space

SONAR-2443 Improve DB request to potentially fix IT pbm on Oracle

The Markdown class uses the new ChannelDispatch Builder

Add missing Javadocs for Metric.Builder

SONAR-2443 Improve the assignee select-box in the resource viewer

For:
- creating a review
- assigning a review

SONAR-2443 Improve the user select-box when searching for review

- For field "author" and "assignee"
- Done as a reusable component

SONAR-2425 Add index on CHARACTERISTIC_PROPERTIES.CHARACTERISTIC_ID

Index name limited to 30 characters in Oracle DB.

Provide a builder to the ChannelDispatcher class and depreciate all constructors

SONAR-2425 Add index on CHARACTERISTIC_PROPERTIES.CHARACTERISTIC_ID

SONAR-2464 Metric.Builder must set best and worst values when type percent

SONAR-2462 Leave false-positive review open until violation removed

A "False-Positive" review should be closed only when the underlying
violation disappears

SONAR-2454 Assignee must become null when flagging as false-positive

SONAR-2457 Fix source shown on review even if user is not 'codeviewer'

SONAR-2450 Display last comment on each review in the Reviews page

Displays only an excerpt of the comment if the comment is too long.

Use factory Metric.Builder instead of Metric constructor

SONAR-2438 Display the last update date of reviews

Improve UI

SONAR-2397 Add the ability to sort the reviews in the "Reviews" page

SONAR-2450 Display the last comment on each review in the Reviews page

SONAR-2438 Display the last update date of reviews

SONAR-2419 Remove background color and border for permalinks

On the resource viewer, as it could look ugly if the violation
message was on more than 1 line

SONAR-2449 'updated_at' attribute of a review is not always updated

It was not updated when a comment is added, edited or deleted.
Now it is the case.

SONAR-2432 Tune best and worst values for coverage metrics

* Define "0" best value on uncovered_lines, uncovered_conditions,
  new_uncovered_lines and new_uncovered_conditions

* Define "100" best value and "0" worst value on line_coverage

SONAR-2445 Do not remove BouncyCastle security provider

SONAR-2426 Allow to directly assign a violation to users

Fix "Assignee" label alignment (noticed on Chrome).

Merge branch 'WS'

SONAR-2419 Improve permalink visibility on review

- Permalinks are more visible on the resource viewer
- The review search page returns directly permalinks

Fix merge of release 2.8

SONAR-2421 Review WS API is limited to "VIOLATION" by default

By default when using the reviews web service API, search is
limited to "VIOLATION" whereas this should not be the case.

SONAR-2402 When specifying a review id in the "Reviews" page, all other filter value should be deactivated/reinitialized

Done on Web client side, in Javascript, so that the result is
consistent with what the user sees on the search criteria.

SONAR-2426 Allow to directly assign a violation to users

Forgot the option to leave unassigned.

SONAR-2426 Allow to directly assign a violation to users

Merge branch 'release-2.8'

Release 2.8

SONAR-2419 Improve permalink visibility on review

- Permalinks are more visible on the resource viewer
- The review search page returns directly permalinks

Fix CloseReviewDecorator on SQL Server and Oracle

SONAR-2347 CloseReviewsDecorator should execute only if isLastestAnalysis

Forgot to commit the test

SONAR-2347 Close review when resource does not exist anymore

Decorator should execute only on root projects

Fix association between Project and ProjectDefinition

SONAR-2347 Close review when resource does not exist anymore

SONAR-2347 Update the "updated_at" column when closing reviews

SONAR-2347 Close a review when its corresponding violation is fixed

Update the DB Cleaner plugin to delete reviews and review comments
related to deleted projects.

Sample: remove the quality profile and rule repository extensions

Fix security issue

SONAR-1973 Fix review not linked to the project but to the module

Reviews should reference the top project that contains the violation
they reference, and not the module. It was not the case, and as a
consequence, the search engine did not work as expected.

Upgrade to version 2.9-SNAPSHOT

Fix security issue in /reviews/show URL

Fix error log in webapp

Fix display of source code in review detail

The problem occurs when the review relates to a violation tracked over time.

Add comment in conf/sonar.properties for Oracle installation

Fix NPE: register ReviewUnmarshaller

Add Javadocs for CoreMetrics

Temporarily downgrade version to 2.8-SNAPSHOT

Fix CommandExecutorTest.java test on Windows

Upgrade Javadoc maven plugin

Improve versions of samples

Upgrade version to 2.9-SNAPSHOT

Release 2.8-RC2

Fix compatibility with Oracle

Try to fix CommandExecutorTest on Windows

Fix IE7 bug

Do not display violations viewer on modules/directories if there are no violations

SONAR-1973 Fix bug on submit button

If two reviews or false-positive were edited at the same time, the
submit buttons would not behave correctly as they had the same name.

Improve the test CommandExecutorTest#shouldStopWithTimeout for slow boxes

Remove the script deploy-docs.sh

Fix dev profile

Fix cobertura plugin to remove warning about lineId

Replace -Ddev by -Pdev to increase build duration

SONAR-2298 Fix bug, when root project not a first one in Maven reactor

This situation shouldn't lead to partial analysis.

Fix 2 issues on drilldown pages

SONAR-2411 Filter out best values for packages and modules in drilldown
SONAR-2413 Empty variations in measure drilldown pages

SONAR-2319 Add some HTML ids for integration tests

SONAR-2344 Remove the warning 'experimental service'

Improve the web services 'violations' and 'reviews'

SONAR-2249 always use unix newline (LF) in violation messages
SONAR-2382 always use unix newlines (LF) in review comments (plain output)
SONAR-2382 use upper-case constants for output parameter
SONAR-2382 replace the XML node <user> by <author>

Exclude samples from analysis

Rename the class MarkdownEngine to Markdown

Merge remote branch 'upstream/master'

SONAR-2381 Fix error in Review WS client

Reduce technical debt

Delete unused GWT classes

Remove some dead code

SONAR-2357 Add samples to build + improve samples for rules

Edited samples/README.txt via GitHub

SONAR-2357 Add sample of PMD extensions

Fix ruby warning on deprecated i18n label

SONAR-2357 add a sample for Checkstyle extensions