Automatic merge from branch-6.1

* origin/branch-6.1:
  SONAR-8178 ignore rows with corrupted data
  SONAR-8178 ignore rows with null data

SONAR-8178 ignore rows with corrupted data

SONAR-8178 ignore rows with null data

Fix Quality flaws

Bring back some methods in PermissionDao for GOV

Merge branch 'branch-6.1' into 'master'

Merge branch 'branch-5.6' into 'branch-6.1'

Exclude FxCop plugin from ITs since it is interefing with C# and VB.NET plugins

Exclude FxCop plugin from ITs since it is interefing with C# and VB.NET plugins

SONAR-8148 use sonar-api logger rather than SLF4J's

disable QA upgrade tests due to bug in orchestrator and build stack

SONAR-8099 add missing UT on CreateDefaultOrganization

SONAR-8183 fix quality flaws on BackendCleanup

SONAR-8100 fix handling of DefaultOrganizationCache in safe-mode

SONAR-8100 remove return of id and id parameter in organizations WSs

Fix Quality flaws

Remove unused QualityProfileDao methods

Remove unused QProfileProjectLookup

SONAR-8173 delete existing permissions "shareDashboard" from db

SONAR-8173 drop global permission "shareDashboard"

SONAR-8185 FileSourceDao.readLineHashesStream supports null in DB

SONAR-8185 FileSourceDao.selectLineHashes supports null in DB

Fix Quality flaws

SONAR-8148 exception proof FeedFileSourcesBinaryData

Add missing DbSession parameters to PermissionDao

Remove RoleDao#insertUserRole()

Remove useless <where> in mybatis

Add javadoc to ExtendedUserPermissionDto

Rename AuthorizationDao to PermissionDao

Rename MyBatis alias UserRole to UserPermission

Move and rename GroupRoleDto to GroupPermissionDto

Remove dead code in GroupPermissionMapper.xml

Rename PermissionDao to GroupPermissionDao

Remove user permissions from RoleDao

Fix UserPermissionDao#delete()

Remove remaining methods related to users from PermissionDao

Remove some methods related to users from RoleDao

Complete move from RoleDao/PermissionDao to UserPermissionDao

Add UserPermissionDao to DbClient

Drop useless DTOs in permissions

Add UserPermissionDao

Rename misleading PermissionQuery.withPermissionOnly() by withAtLeastOnePermission()

Clean-up permission templates

Fix Quality flaws

Replace MyBatis SqlSession by org.sonar.db.DbSession

Clean-up GroupMembershipDao

Remove the unused Ruby WS /user_groups/search and the
related Java code.

Clean-up AuthorizationDao

Remove deprecated code in permission DAOs

fixing quality flaws (mostly Java NIO slow methods usage)

SONAR-8183 fix medium test DB cleaning too violent

medium test DB cleaning was deleting data inserted by default in DB: schema_migrations, user admin, default organization

SONAR-8183 fail at startup of default organization is missing

or if it's not configured at all

SONAR-8100 /api/organizations/delete prevents default orga deletion

SONAR-8098 fix OrganizationIt

SONAR-8100 add DefaultOrganization to Pico container in CE and Web

includes a ThreadLocal cache to avoid multiple calls to DB for same information

SONAR-8098 create organization in H2 schema

SONAR-8099 create default organization when migrating to SQ 6.2

Fix instability of LogbackHelper

Fix Quality flaw in MonitorTest

Upgrade Elasticsearch from 2.3.3 to 2.3.5

Upgrade Logback from 1.1.3 to 1.1.7

Automatic merge from branch-6.1

* origin/branch-6.1:
  SONAR-8056 fix loading of issues

SONAR-8100 add IT for organizations Web Services

SONAR-8056 fix loading of issues

SONAR-8100 add OrganizationService to access WS organizations

SONAR-8120 createdAt and updateAt handled in OrganizationDao

SONAR-8100 add WS /api/organizations/delete

SONAR-8100 add OrganizationDao.deleteByUuid and deleteByKey

SONAR-8172 add WS /api/organizations/update

SONAR-8172 add OrganizationDao.update

SONAR-7187 fix pagination on Oracle and MsSQL

SONAR-8096 add WS /api/organizations/search

SONAR-8096 add selectByQuery to OrganizationDao

does not yet implement any actual filtering, only paging

SONAR-8097 add WS /api/organizations/create

SONAR-8095 add OrganizationDao

SONAR-8095 add table ORGANIZATIONS

SONAR-8095 sort DTO aliases and Mapper declaration in alphabetic order

Automatic merge from branch-6.1

* origin/branch-6.1:
  Fix Javadoc of org.sonar.api.batch.sensor.highlighting.TypeOfText
  SONAR-5856 add wildcards help
  fix image paths
  update wording on quality profiles page
  SONAR-8021 fix "null" error
  SONAR-5856 fix default value for boolean fields

Fix Javadoc of org.sonar.api.batch.sensor.highlighting.TypeOfText

SONAR-5856 add wildcards help

fix image paths

SONAR-8136 Provide a special input to configure conditions based on ratings

SONAR-8119 Correctly display rating conditions in quality gates and in project dashboard

remove usages of periods

SONAR-8118 Add IT on quality gate on rating measures

SONAR-8117 Validate rating conditions

Check that warning and error value is a valid rating
Check that conditions "< A" and "> E" are not used

SONAR-8118 Allow rating measures when computing quality gate in CE

SONAR-8117 Allow rating measures when updating quality gates with WS

SONAR-8117 Extract update of quality gate condition into QualityGateConditionsUpdater

SONAR-8117 Extract creation of quality gate condition into QualityGateConditionsUpdater

SONAR-8117 Extract creation of quality gate into QualityGateUpdater

SONAR-8116 Return rating metrics in api/qualitygates/app

update wording on quality profiles page

SONAR-8021 fix "null" error

SONAR-5856 fix default value for boolean fields

Automatic merge from branch-6.1

* origin/branch-6.1:
  SONAR-7950 WS ce/component fix typo in description

SONAR-8021 fix "null" error

SONAR-7950 WS ce/component fix typo in description

Improve handling of some thread interruptions

Improve thread-safe initialization of SLF4J

http://jira.qos.ch/browse/SLF4J-167 has been fixed in SLF4J 1.7.14
so that the initialization trick can be removed from SonarQube.

update IT main pom to latest version