Merge branch 'master' of https://github.com/skitt/sonarqube into skitt-master

Prepare removal of BaseIndex from IssueIndex

Allow to declare doc_values fields in Elasticsearch

SONAR-5824 upgrade to elasticsearch 1.4.1

Specify data types on inserts into project_measures

At least when using Oracle databases, projects with large volumes of
updates (over a million inserts per hour) see lots of cursor
contention, accounting for up to 40% of the database's activity (after
adjusting the shared pool size appropriately). This is due to the
presence of null values where the database can't determine the data
type, and therefore has to try different variants of the statement.

Specifying the data types on the non-blob columns avoids the type
uncertainty, and solves the cursor contention.

Signed-off-by: Stephen Kitt <steve@sk2.org>

SONAR-5934 Simple User Creation WS

Fix enforcer rule for java 7

Adjust ES benchmark assertions

SONAR-5934 Create Java user service to create a user

Apply feedback from code review

SONAR-5935 Move management of tags one class higher, handle network slowness/errors

SONAR-3499 Update issue tags UI

SONAR-5884 Use rules search to get manual rules

SONAR-5884 Add component name to the measures window

SONAR-5901 Allow bulk removal of tags from UI

SONAR-5901 Refactor issue bulk change tags actions

SONAR-5901 Add Java implementation of bulk tag removal

Affine assertions of indexing benchmarks

SONAR-5917 upgrade JDBC drivers

SONAR-5706 move to Java 7 codebase

Simplify the building of sorting criteria of ES requests

Automatic close of ResultSetIterator when reaching last element

Improve ResultSetIterator to correctly follow Iterator specification

next() must throw NoSuchElementException

SONAR-5901 Allow to bulk add tags on issues from UI

Remove DigestReportStep from Computation steps as it throw an NPE in some cases

SONAR-5884 Finish measures window

SONAR-5901 Start add_tags bulk action on issues

SONAR-5935 Implement tag edition on issues

SONAR-5935 Show tags in Issues page

SONAR-5939 delete report folder at the end of the analysis - disabled at the moment

SONAR-5910 refactoring to add a ComputeEngineContext with decompressed report directory

SONAR-5910 create digest report step & delete unused experimental mode

SONAR-5910 unzip analysis report

SONAR-5910 change report data from clob to blob

Fix web MTs

SONAR-5905 Fix issue when using an external authentication

Revert "Revert "SONAR-5905 Index Users in E/S""

This reverts commit 7f1704b6ed4357e2b5b67a0e6677bc951211c6d1.

SONAR-5918 Fix issue when upgrading from previous version, having login with remember me settings

SONAR-5924 When deactivating a user, the UPDATED_AT column is not updated

Automatic merge from branch-5.0

* origin/branch-5.0:
  Readd the assembly configuration since zip file has incorrect mode
  SONAR-5929 TreeMap Widget: colors of squares are not matching Sqale Rating
  Remove useless Elasticsearch Marvel settings
  [maven-release-plugin] prepare for next development iteration
  [maven-release-plugin] prepare release 5.0-RC2

Improve SearchServerTest to prepare upgrade to ES 1.4

Readd the assembly configuration since zip file has incorrect mode

Readd the assembly configuration since zip file has incorrect mode

Add a shortcut for 'mute' transition of issues

Fix design web tests

SONAR-5929 TreeMap Widget: colors of squares are not matching Sqale Rating

Fix execution of web tests

SONAR-5929 TreeMap Widget: colors of squares are not matching Sqale Rating

SONAR-5884 Update measures window

Enable Clirr profile when "clirr" property is set to true

Add configuration of Clirr plugin in a dedicated profile

Remove useless Elasticsearch Marvel settings

[maven-release-plugin] prepare for next development iteration

[maven-release-plugin] prepare release 5.0-RC2

SONAR-5918 Really fix creation of admin user

SONAR-5918 Fix creation of admin user by setting time without timezone

Automatic merge from branch-5.0

* origin/branch-5.0:
  Remove too early deprecations

Remove too early deprecations

SONAR-5918 Fix creation of admin user by setting table name in lowercase

Revert "SONAR-5905 Index Users in E/S"

This reverts commit 0dcc64de7a36c4709f8245955eea7685fc9bf169.

SONAR-5918 Fix creation of admin user

Automatic merge from branch-5.0

* origin/branch-5.0:
  Temporary disable web tests
  Try to remove unstable test
  Web Tests: take a screenshot on failure. Fix the test
  Web Tests: take a screenshot on failure
  SONAR-5753 Fix issue on MySQL

Temporarily disable JS tests because of random Linux errors

Refactor ES proxy requests

Attempt to make test coding-rules-spec.js more reliable

Temporary disable web tests

Try to remove unstable test

Web Tests: take a screenshot on failure. Fix the test

Web Tests: take a screenshot on failure

SONAR-5753 Fix issue on MySQL

SONAR-5903 Feed issues tags

Automatic merge from branch-5.0

* origin/branch-5.0:
  SONAR-5718 Do not allow to modify the search sorting

SONAR-5910 read report sent via WS

SONAR-5899 Add completion to tags facet

SONAR-5905 Index Users in E/S

Fix quality flaws

SONAR-5900 Add api/issues/set_tags WS

Fix quality flaw

SONAR-5718 Do not allow to modify the search sorting

Merge remote-tracking branch 'origin/branch-5.0'

Conflicts:
server/sonar-server/src/main/java/org/sonar/server/db/migrations/DatabaseMigrations.java
sonar-core/src/main/java/org/sonar/core/persistence/DatabaseVersion.java
sonar-core/src/main/resources/org/sonar/core/persistence/rows-h2.sql

Db migration to remove sort criteria from existing issue filters

SONAR-5884 Limit the maximum number of lines

Automatic merge from branch-5.0

* origin/branch-5.0:
  Remove unused ruby files (issues2 MVC)
  [maven-release-plugin] prepare for next development iteration
  [maven-release-plugin] prepare release 5.0-RC1
  SONAR-5923 A project admin user cannot delete a project

Remove unused ruby files (issues2 MVC)

SONAR-5884 Fix redirection if component not found

SONAR-5910 use JDBC 3.0 compliant method while setting PreparedStatement

SONAR-5910 close PreparedStatement

[maven-release-plugin] prepare for next development iteration

[maven-release-plugin] prepare release 5.0-RC1

SONAR-5923 A project admin user cannot delete a project

SONAR-5884 Add an ability to see issue boxes

SONAR-5919 Fix issue when reactivated a user

SONAR-5919 Remove migration that feed scm accounts with login and email

Fix the period in issues drilldown

SONAR-5910 persist report in database

Automatic merge from branch-5.0

* origin/branch-5.0:
  Fix incorrect commit where URL of Codehaus was changed

Fix incorrect commit where URL of Codehaus was changed

Complete DbTester with methods countSql(String sql) and countRowsInTable(String table)

Rename class TestDatabase to DbTester in order to be consistent with EsTester and ServerTester

Profile dbTests enables only the tests involving a database