SONAR-2642 Support MSSQL DB for cross-project CPD

SONAR-2956 Support Boolean type with Derby

- Change DDL to use BOOLEAN instead of SMALLINT
- Modify Hibernate dialect
- Modify activerecord-jdbc-adapter
  (ideas were taken from arjdbc/postgresql/adapter.rb)
- Use Derby for unit tests instead of HSQL and fix incorrect tests

SONAR-2831 Values are not aligned in the page Components

Merge executions of maven-enforcer-plugin

This allows to remove useless messages during build.

SONAR-2932 log exception stacktrace

SONAR-2424 improve error handling of URL /profiles/export

Remove unused logger org.sonar.DBSTATISTICS

SONAR-2914 disable BeanUtils DEBUG logs when sonar.verbose is enabled

SONAR-2642 Support Oracle DB for cross-project CPD

Don't use ping command to test CommandExecutor

This command causes strange problems on Windows 7.

Move the files derby.log generated by unit tests to target/

Minor modifications to make it easier to write ITs

Fix regression on the resource viewer (when no source available)

SONAR-2584 add support for Java7 in PMD

SONAR-2584 add support for Java7 in Checkstyle and Squid

Merge branch 'dups'

SONAR-2733 Fix bug that highlights 2 rows at the same time

=> occurs if a duplication is found in the same file

+ improves code for better performances

SONAR-2698 Display of arrows to sort columns

SONAR-2919 Prevent user from creating twice the same event

- Most importantly for versions
- Check also made on any event
- WS API updated accordingly

SONAR-2642 use MyBatis ScriptRunner + improve unit test logs + prepare migration of hibernate unit tests on derby

Improve boolean parameters of Hibernate HQL queries

Remove useless files (JS and CSS) from WAR

SONAR-2733 Display duplicated blocks by group in the resource viewer

Now waiting for the new table to feed the data that is displayed
by this new duplication tab.

SONAR-2632 Improved the unit test associated to removal of channel buffer length limit

SONAR-2642 Use MyBatis instead of Hibernate for CPD

Revert "SONAR-2594 Fix tests"

This reverts commit 6c0ae292c9d12eaa61b1507831eb9905ea2c6c40.

Revert "SONAR-2594 FindBugs plugin should support localized violations"

This reverts commit 84d96bf6ada999fe22db0551b3e9d56f6605c9bd.

SONAR-2941 Exclude isolated methods from LCOM4 computation

SONAR-2934 Transitive accessor computation now excludes recursive methods

Fix violations

SONAR-2733 Fix unit test and remove useless code

SONAR-2849 Remove declarations of third-party repositories from root pom

Enforce that repositories not declared in pom.xml, except of modules
sonar-checkstyle-plugin and sonar-squid-java-plugin due to dependency
on Checktyle 5.1, which is not available in Central.

This allows to remove side effects in Maven plugins.

SONAR-2733 Display duplicated blocks by group in the resource viewer

First shot, needs improvements.

SONAR-2642 add DAOs to picocontainer + improve unit tests

SONAR-2919 Update purge mechanism

Moved the event deletion from the PurgeEventOrphans class to the
PurgeUtils class that centralizes everything linked to snapshots.

SONAR-1928 Improve performances by splitting the SQL query in 2

SONAR-2642 do not duplicate derby DDL files

SONAR-2919 Fix issues on the event handling

- Make it impossible to create event without a category
  -> created "Other" category
  -> updated both UI and WS (actually: constraint on Event class)
- Fix display issue on Chrome
- Make it impossible to remove version from last snapshot
- Show event widget on sub-projects
- Update purge mechanism to delete events that are not attached to
  a snapshot or attached to an unexisting snapshot

SONAR-2934 Transitive accessor computation now supports recursive methods

SONAR-2580 Use dos-style for line endings in configuration files

SONAR-2937 Disallow start of multiple instances at the same time on Windows

Fix CRLF and remove executable flag for non-executable file

SONAR-2642 improve unit test of mybatis mappers

SONAR-2642 add unit tests

SONAR-2642 first step to integration mybatis

SONAR-2934 Accessors should be considered transitively

Moved the place accessors are computed from a bytecode visitor to a property on the bytecode resource AsmMethod

Fix EmailNotificationChannelTest

* Use SubEthaSMTP instead of Dumbster
* Enable test on Mac OS X

SONAR-2724 SONAR-2723 Improved getter and setter detection algorithm

SONAR-801 Events on Dashboard confused for same project dates

It is now possible to specify 'sonar.projectDate' as a standard
ISO time. (ex. "2011-10-25T10:45:42+0100")

Fix violations

SONAR-2038 Marked a critical violation in Sonar as false-positive

SONAR-2879 Trim paths (sources, tests, binaries, libraries) before usage

SONAR-2038 LCOM4 value is incorrect when mixing getter/setter and direct field access

mend

SONAR-2038 LCOM4 value is incorrect when mixing getter/setter and direct field access

SONAR-2038 LCOM4 value is incorrect when mixing getter/setter and direct field access

SONAR-2796 Display which directories Sonar will use during analysis

* Dedicated Initializer was created in order to do this.
* Exclusions also displayed by this component.

SONAR-2919 Updated WS API for events

SONAR-2919 Remove old useless code

Merge branch 'master' of github.com:SonarSource/sonar

SONAR-2741 The method JavaAstScanner.scanDirectory(..) can't be called several times

SONAR-2928 Fix handling of new violations in case of null checksum

SONAR-2919 Alert/Profile/Version event sensors fill "created_at" col.

SONAR-2919 Update tests of db cleaner

SONAR-2696 On filters, the Name column cannot be sorted on the descending way

SONAR-2695 case-insensitive sort of filter results

SONAR-2932 log 500 errors + fix error handling in web services

SONAR-2919 Update tests of event purge mechanism

SONAR-2919 Update Events table

Migration script:
- name column => 400
- description column => 4000
- data column removed
- tries to attach snapshots to events that do not have one

SONAR-2715 Provide meaningful exception message, when source file cannot be imported

Fix violations

SONAR-2632 Remove sonar-channel buffer restriction

* Add test for backward compatibility with a COBOL plugin
* Fix violations
* Simplify code

SONAR-2929 Windows with UAC now displays Access Denied when not ran as Administrator

SONAR-2632 for backward compatibility reason with COBOL plugin, we should stop reading a stream of characters as soon as the read(..) method returns -1 or 0

Fix "Enable GWT Dev mode for sonar-jacoco-plugin"

SONAR-2668 Fixed problem on Email settings page

Fix "Enable GWT Dev mode for sonar-jacoco-plugin"

SONAR-2919 Change the way to handle events in Sonar

- Removed the possibility to handle them in the widget
- Added the management in the History service

Still needs to:
- Update the WS API
- Remove useless code
- Update batch side
- Write DB migration script

Fix unit test to bypass the bug SONAR-2927

SONAR-2923, SONAR-2632 Add javadoc and quiet close reader

SONAR-2762 Improve examples in page "project exclusions"

Enable GWT Dev mode for sonar-jacoco-plugin

Update list of developers

SONAR-2923, SONAR-2632?: Fixed some side effects on other modules (again)

SONAR-2923 and SONAR-2632: Fixed some side-effect compilations error in other modules

SONAR-2923 and SONAR-2632: Remove sonar-channel buffer restriction and character pushback feature

SONAR-2762 Fully refactor construction of regular expression in WildcardPattern

Thus now it provides correct escaping for regular expression operators.

SONAR-2771 new URL /widget : improve error handling and security

Some helper methods have been added to simplify error handling : bad_request(message), not_found(message) and access_denied.

Remove unused RoR files (/scripts)

Various improvements on sorting of rows in UI

SONAR-2697 list of users in administration pages of roles
SONAR-2695 list of dashboards, filters, event categories, manual metrics and rules (in Quality Profiles)

SONAR-2594 Fix tests

SONAR-2594 FindBugs plugin should support localized violations

Remove some DEBUG logs when building plugin classloaders

Fix logs of HTTP and database requests

Change logging level of EmailNotificationChannel from INFO to DEBUG

SONAR-2892 Add more tests and javadocs

SONAR-1928 Fix various details

SONAR-2748 Make the profile backup available as permalink

Fix config of Hibernate logs on batch side

SONAR-2809 Don't hide metric "Weighted violations"