SONAR-2419 Improve permalink visibility on review

- Permalinks are more visible on the resource viewer
- The review search page returns directly permalinks

Upgrade to version 2.9-SNAPSHOT

Fix security issue in /reviews/show URL

Fix error log in webapp

Fix display of source code in review detail

The problem occurs when the review relates to a violation tracked over time.

Add comment in conf/sonar.properties for Oracle installation

Fix NPE: register ReviewUnmarshaller

Add Javadocs for CoreMetrics

Temporarily downgrade version to 2.8-SNAPSHOT

Fix CommandExecutorTest.java test on Windows

Upgrade Javadoc maven plugin

Improve versions of samples

Upgrade version to 2.9-SNAPSHOT

Release 2.8-RC2

Fix compatibility with Oracle

Try to fix CommandExecutorTest on Windows

Fix IE7 bug

Do not display violations viewer on modules/directories if there are no violations

SONAR-1973 Fix bug on submit button

If two reviews or false-positive were edited at the same time, the
submit buttons would not behave correctly as they had the same name.

Improve the test CommandExecutorTest#shouldStopWithTimeout for slow boxes

Remove the script deploy-docs.sh

Fix dev profile

Fix cobertura plugin to remove warning about lineId

Replace -Ddev by -Pdev to increase build duration

SONAR-2298 Fix bug, when root project not a first one in Maven reactor

This situation shouldn't lead to partial analysis.

Fix 2 issues on drilldown pages

SONAR-2411 Filter out best values for packages and modules in drilldown
SONAR-2413 Empty variations in measure drilldown pages

SONAR-2319 Add some HTML ids for integration tests

SONAR-2344 Remove the warning 'experimental service'

Improve the web services 'violations' and 'reviews'

SONAR-2249 always use unix newline (LF) in violation messages
SONAR-2382 always use unix newlines (LF) in review comments (plain output)
SONAR-2382 use upper-case constants for output parameter
SONAR-2382 replace the XML node <user> by <author>

Exclude samples from analysis

Rename the class MarkdownEngine to Markdown

Merge remote branch 'upstream/master'

SONAR-2381 Fix error in Review WS client

Reduce technical debt

Delete unused GWT classes

Remove some dead code

SONAR-2357 Add samples to build + improve samples for rules

Edited samples/README.txt via GitHub

SONAR-2357 Add sample of PMD extensions

Fix ruby warning on deprecated i18n label

SONAR-2357 add a sample for Checkstyle extensions

SONAR-2357 Improve samples of plugins

Reduce duplication by moving part of configuration of maven-assembly-plugin to parent POM

Improve plugin samples

Remove the switch button of comparison of Q profiles

SONAR-2371 Add Javadoc for Tests metric

SONAR-2371 Rework UnitTestDecorator and SurefireSensor

* UnitTestDecorator should not save zero value for tests metric

* SurefireSensor should save zero when no reports and project do not
  contain any modules

SONAR-2381, SONAR-2382 Web services return comment in HTML by default

Available for the Violation and Review WS:
- parameter 'output' on the request
- if set to 'html', comments are returned in HTML
- otherwise comments are returned as raw text
- Java WS client updated consequently

SONAR-2301 ClassComplexityCheck NullPointerException

SONAR-2409 Remove ability to use deprecated property 'branch'

SONAR-2249 Display Violation message with new lines in web

New method Api::Utils.split_newlines(input) in order to split a string by newlines, whatever the encoding of return carriage.

Remove unused ruby code

SONAR-2346 Failing with Current container state was: CONSTRUCTED

SONAR-1973 Remove the '#' from the review IDs in the UI

Prepare for next development iteration

Prepare 2.8-RC1

SONAR-2275 Remove Checkstyle "Design For Extension" rule from "Sun checks" profile

SONAR-2327 Fix problem with Derby for SQL request

SONAR-1973, SONAR-2327 Fix minor UI issues

SONAR-2176 Default value for rule parameter should be updated in database if was updated in repository

SONAR-2327 Fix a problem on the permalink page

SONAR-2327, SONAR-1973 Improve security checks

SONAR-2327, SONAR-2382 Add security checks

deprecate methods parse_datetime and format_datetime of Api::ApiController

SONAR-2382 Improve the web service 'reviews'

- New class Api::Utils to define some shared methods (around ISO datetime, markdown, ...)

- Move to_json and to_xml methods to RuleFailure and Review models

- Delete the class MarkdownHelper. Method to convert to html is moved to Api::Utils

SONAR-2382 Create a new "reviews" web service API

- Add possibility to use keys or ids for resources/projects
- Add possibility to use logins or ids for authors/assignees
- Remove the "html" parameter on the ReviewQuery (comments will
  always be returned in HTML)

Fix portential hibernate error

SONAR-2327, SONAR-2382 Refactor code

Purpose: review service and web service use the same DB request method

Use parameter target instead of deprecated tasks for maven-antrun-plugin

Slightly improve fix bug of violation tracking when past violation has no checksum.

Fix bug of violation tracking. NPE when past violation has no checksum.

SONAR-2261 Exclusion patterns must be trimmed

Trim them on Java and Ruby side.

SONAR-2321 Fix test for Windows

SONAR-2321 Cobertura plugin must not search for XML reports when Cobertura has not been executed

SONAR-2382 Create a new "reviews" web service API

SONAR-2327 Improve rendering for violations when source code is missing

Improve display of resource viewers on projects and directories.

SONAR-2338 Unable to drilldown by dependency metrics from sub-project

SONAR-2201 Display project violations

Exclude sonar-testing-harness from analysis. It's used for unit tests.

Define new constants in DecoratorBarriers

START_VIOLATION_TRACKING and END_OF_VIOLATION_TRACKING are used to benefit from tracking data of Violation :

- Violation#isSwitchedOff()
- Violation#getCreatedAt()

More information in Javadoc.

SONAR-2381 The "violations" web service API must return violations decorated with review

SONAR-1973, SONAR-2327 Fix issues based on Evgeny's feedback

SONAR-1973, SONAR-2327 Fix issues based on Freddy's feedback

SONAR-2382 Create a new "reviews" web service API

SONAR-2381 Improve the violations WS decorated with reviews

Fix NPE

Force creation of project workDir

Set project description to empty string if property was not specified

Move derby logs generated during unit tests to target/

Ignore plugins/sonar-core-plugin/derby.log generated during unit tests

Remove System.out.println

Fix loading of locale in charts

Increase timeout of CommandExecutorTest for slow boxes

SONAR-2202 Calculate variations on quality model measures

SONAR-2384 append target='_blank' when building an hyperlink

Fix scheduling of ViolationDecorator

ViolationPersisterDecorator must be executed before computing measures on violations, so the flag switched_off is correctly loaded from database.

Fix some ruby warnings (don't put space before argument parentheses)

SONAR-2386 Web service should return lineId for violation only if value exists

Fix vertical alignment of severity icons

Add header to comparison of quality profiles

Ensure that cost to fix violation cannot be set to negative or NaN value