SONAR-6679 Move computation of language ditribution measures to CE

SONAR-6679 Remove computation of language distribution measures from batch

Rename SensorMetrics to BatchMetrics

Add NewCoverageTest in the suite

Add ITs on new coverage measures

Fix computation of new coverage

Merge branch 'branch-5.1' + SONAR-6700 fix for 5.2

Allow COMMENTED_OUT_CODE_LINES and PACKAGES to be send by the batch

SONAR-6652 ws system/db_migration_status status of database migration

SONAR-6366 rename MigrateDbSystemAction to MigrateDbAction

Remove unused db classes Snapshot and ResourceModel

SONAR-6703 fix coverage rules

SONAR-6703 load common rule parameters from batch report

Remove unused constants in FileStructure

SONAR-6703 new common rules

SONAR-6709 Simplify RulesDefinition API when two plugins define the same repository

SONAR-6703 Register common rules at startup

SONAR-6700 fix undeleted computation working dir and cache files

SONAR-6693 Create a new WS to list issue filters

SONAR-6682 Move computation comment_lines to CommentMeasuresStep

Rename getNewMeasureXXX by getAddedMeasureXXX

SONAR-6678 Add computation of duplication measures in compute engine

SONAR-6678 Remove duplication decorators from the batch

Update tests that were badly based on Measure.equals()
As Measure.equals()/hashcode() does not contains values, variations, etc., tests should do assertion directly on what they want to check : int value, double value, data, variations, etc.

Add Optional<Measure> getNewRawMeasure(int componentRef, String metricKey) in MeasureRepositoryRule

Cosmetic changes in SumFormula

Fix quality flaws

Fix medium tests and improve temp folders

Move Java db migrations from sonar-server to sonar-db

SONAR-6716 remove data migrations of v4.4

Disable JMX in Persistit

SONAR-6716 do not accept db upgrades from versions previous to LTS

SONAR-6716 Fix quality flaw in DatabaseVersion

SONAR-6716 Move some additions of columns and indices

SONAR-6716 Rename migrations 061  and 283 to follow conventions

SONAR-6716 Compress migrations of table action_plans

SONAR-6716 Rename migration 061 to follow conventions

SONAR-6716 Compress migrations of table manual_measures

SONAR-6716 Compress migrations of table project_measures

SONAR-6716 Compress migrations of table alerts

SONAR-6716 Compress migrations of table rules

SONAR-6716 Compress migrations of table characteristics

SONAR-6716 Compress migrations of table widget_properties

SONAR-6716 Compress migrations of table rules_profiles

SONAR-6716 Remove unused db migrations of data (not structures)

End of support of db migrations from versions lower than 3.7

SONAR-6716 Remove temporary creation of tables for "reviews"

End of support of db migrations from versions lower than 3.7

SONAR-6716 Remove temporary creation of tables for "filters"

Rename remaining variables "sut" to "underTest" in tests

Rename variables "sut" to "underTest" in tests

Add empty profile to xoo plugin

Remove BiSumCounter

SONAR-6682 Merge DocumentationMeasuresStep into CommentMeasuresStep

SONAR-6702 Fix UT on MsSQL when projects.kee is null

Revert "SONAR-6556 remove RoR code of WS projects/ghosts/index and projects/provisioned/index"

This reverts commit 4af490d55e155f4db4b977fb939ec006303386c8.

SONAR-6702 Reactivate previously removed components

SONAR-6702 Add migration to update PROJECTS.PROJECTS_KEE index
Remove enabled column from the index
Set unique index (not on MySQL)

SONAR-6702 Add migration to remove duplicated components with same key

Remove no more used PurgeDao.selectPurgeableFileUuids()

remove dependency in old DbClient

Revert "SONAR-6631 delete RoR code concerning custom measures (ex manual measures)"

This reverts commit 8613533e2166c217f27beaf00c71e940fe6fc084.

Move custom measures in sonar-db

Merge remote-tracking branch 'origin/branch-5.1'

Drop use of ad-hoc MultiSets and use Guava's instead

SONAR-6685, SONAR-6351 Fix syntax issue when generating HTML report

SONAR-6631 delete RoR concerning custom measures (ex manual measures)

SONAR-6718 Issue tracking is not accurate when an action was done on issue from webapp

SONAR-6556 remove RoR code of WS projects/ghosts/index and projects/provisioned/index

Fix quality flaws

Add missing annotations

SONAR-6682 Add computation of comment density measures in Compute Engine

Clean PersistMeasuresStepTest
Replace usage of MeasureVariations.setVariation(int, value) by MeasureVariations.setVariation(period, value)
Replace usage of org.sonar.server.db.DbClient by org.sonar.db.DbClient

SONAR-6682 Remove computation of comment density measures from the batch

Filter metrics that can be read from the batch
Only plugin metrics and some defined core metrics are allowed to be read from the batch

Create BiSumCounter to do a sum on 2 metrics

Replace usage of MeasureRepositoryImpl by MeasureRepositoryRule

Move accessors formula to compute engine

Add test with no data on formulas

SONAR-6377 ws plugins/available add homepage and issue tracking URLs

add a type validation module

SONAR-6615 ws custom_measures/search update documentation and tests to include the pending/name/domain fields

SONAR-6610 ws custom_measures/create improve exception management

Merge remote-tracking branch 'origin/branch-5.1'

Conflicts:
sonar-batch/src/main/java/org/sonar/batch/scan/ProjectScanContainer.java
sonar-core/src/main/java/org/sonar/core/notification/DefaultNotificationManager.java

Merge pull request #403 from SonarSource/feature/fix_notif_manager_preview

SONAR-6673 Do not try to load DefaultNotificationManager in preview mode

SONAR-6572 ws metrics/update metric key format validation

SONAR-6571 ws metrics/create metric key format validation

Show the maven command being used

Use latest version of travis-utils

Revert "Use latest travis-utils"

This reverts commit 0533907055e465dad873e66ef125ac527a11f5d6.

Use latest travis-utils

The test is still unstable

Merge SqlUtil and DatabaseUtils

SONAR-6644 do not compute issue debt if SQALE characteristic is not set

fix quality flaw: method can be static

remove deprecated method MeasureVariations.Builder#setVariation(int, double)

SONAR-6645 rewrite computation of new coverage with Formula

in addition, merge aggregation and computation steps into one

extend Formula to be able to generate more than one measure

SONAR-6709 Simplify RulesDefinition API when two plugins define the same repository

Fix 's' parameter description

Use JDK 7 in Travis-ci

Automatic merge from branch-5.1

* origin/branch-5.1:
  SONAR-6706 org.sonar.api.rules.ActiveRule.getRule().getTemplate() is always null on batch