JGit v6.4.0.202211160543-m3

Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>
Change-Id: I8c2a0ede168224e6572bb2b41cd106c3492ac4fc

Merge branch 'master' into stable-6.4

* master:
  [benchmarks] Remove profiler configuration
  Add SHA1 benchmark
  [benchmarks] Set version of maven-compiler-plugin to 3.8.1
  Fix running JMH benchmarks
  Add option to allow using JDK's SHA1 implementation
  Fix API breakage caused by extracting WorkTreeUpdater
  Update Orbit to S20221109014815
  Use replace instead of replaceAll in toCleanString
  Extract Exception -> HTTP status code mapping for reuse
  Don't handle internal git errors as an HTTP error
  Fix the path for JSchText.properties
  Fix Maven SHA1 for Bazel build
  UploadPack: Receive and parse client session-id
  TransferConfig: Move reading advertisesid setting into TransferConfig
  FirstWant: Parse client session-id if received.
  ReceivePack: Receive and parse client session-id.
  Ignore IllegalStateException if JVM is already shutting down
  Allow to perform PackedBatchRefUpdate without locking loose refs

Change-Id: Ib38376bb8fa4a64af93bf1ffb5883711eaa432d7

Merge branch 'stable-6.3'

* stable-6.3:
  [benchmarks] Remove profiler configuration
  Add SHA1 benchmark
  [benchmarks] Set version of maven-compiler-plugin to 3.8.1
  Fix running JMH benchmarks
  Add option to allow using JDK's SHA1 implementation
  Fix API breakage caused by extracting WorkTreeUpdater
  Extract Exception -> HTTP status code mapping for reuse
  Don't handle internal git errors as an HTTP error
  Ignore IllegalStateException if JVM is already shutting down
  Allow to perform PackedBatchRefUpdate without locking loose refs

Change-Id: Ib58879be292c54a2a7f4936ac0986997985c822b

Merge branch 'stable-6.2' into stable-6.3

* stable-6.2:
  Extract Exception -> HTTP status code mapping for reuse
  Don't handle internal git errors as an HTTP error
  Allow to perform PackedBatchRefUpdate without locking loose refs

Change-Id: I562be0802efa231023c5f10e6461339b2d7fbacf

Merge branch 'stable-6.1' into stable-6.2

* stable-6.1:
  Extract Exception -> HTTP status code mapping for reuse
  Don't handle internal git errors as an HTTP error
  Allow to perform PackedBatchRefUpdate without locking loose refs

Change-Id: Icb321779184d20f3871e236fda1a3acba605a6da

Merge "Merge branch 'stable-6.0' into stable-6.1" into stable-6.1

Merge branch 'stable-6.2' into stable-6.3

* stable-6.2:
  [benchmarks] Remove profiler configuration
  Add SHA1 benchmark
  [benchmarks] Set version of maven-compiler-plugin to 3.8.1
  Fix running JMH benchmarks
  Add option to allow using JDK's SHA1 implementation
  Ignore IllegalStateException if JVM is already shutting down

Change-Id: I9c1576011c11b4ff8f453d18d9e786cee59860fa

Merge branch 'stable-6.1' into stable-6.2

* stable-6.1:
  [benchmarks] Remove profiler configuration
  Add SHA1 benchmark
  [benchmarks] Set version of maven-compiler-plugin to 3.8.1
  Fix running JMH benchmarks
  Add option to allow using JDK's SHA1 implementation
  Ignore IllegalStateException if JVM is already shutting down

Change-Id: Ie433c46a01a0f33848d54ecf99b30a44ca01e286

Merge branch 'stable-6.0' into stable-6.1

* stable-6.0:
  [benchmarks] Remove profiler configuration
  Add SHA1 benchmark
  [benchmarks] Set version of maven-compiler-plugin to 3.8.1
  Fix running JMH benchmarks
  Add option to allow using JDK's SHA1 implementation
  Ignore IllegalStateException if JVM is already shutting down

Change-Id: I176419026c3f4fdd8ebd34c61468c1ec3482ff45

Merge branch 'stable-5.13' into stable-6.0

* stable-5.13:
  [benchmarks] Remove profiler configuration
  Add SHA1 benchmark
  [benchmarks] Set version of maven-compiler-plugin to 3.8.1
  Fix running JMH benchmarks
  Add option to allow using JDK's SHA1 implementation
  Ignore IllegalStateException if JVM is already shutting down

Change-Id: I40105336f0b9e593a8a2c242a9557f854c274fdc

[benchmarks] Remove profiler configuration

Profiler configuration can be added when required. It was commented out
in most benchmarks.

Change-Id: I725f98757f7d4d2ba2589658e34e2fd6fbbbedee

Add SHA1 benchmark

Results on a Mac M1 max:

    size     SHA1Native SHA1Java    SHA1Java
                        without     with
                        collision   collision
                        detection   detection
    [kB]     [us/op]    [us/op]     [us/op]
---------------------------------------------
      1       3.662       4.200       4.707
      2       7.053       7.868       8.928
      4      13.883      15.149      17.608
      8      27.225      30.049      35.237
     16      54.014      59.655      70.867
     32     106.457     118.022     140.403
     64     212.712     237.702     281.522
   1024    3469.519    3868.883    4637.287
 131072  445011.724  501751.992  604061.308
1048576 3581702.104 4008087.854 4831023.563

The last 3 sizes (1, 128, 1024 MB) weren't committed
here to limit the total runtime.

Bug: 580310
Change-Id: I7d0382fd4aa4c4734806b12e96b671bee37d26e3

[benchmarks] Set version of maven-compiler-plugin to 3.8.1

Change-Id: Ib14db133c76a55358ea79663ef38d9fb47a67f45

Fix running JMH benchmarks

Without this I sometimes hit the error:

$ java -jar target/benchmarks.jar
Exception in thread "main" java.lang.RuntimeException: ERROR: Unable to
find the resource: /META-INF/BenchmarkList
at org.openjdk.jmh.runner.AbstractResourceReader.getReaders(AbstractResourceReader.java:98)
at org.openjdk.jmh.runner.BenchmarkList.find(BenchmarkList.java:124)
at org.openjdk.jmh.runner.Runner.internalRun(Runner.java:253)
at org.openjdk.jmh.runner.Runner.run(Runner.java:209)
at org.openjdk.jmh.Main.main(Main.java:71)

Change-Id: Iea9431d5f332f799d55a8a2d178c79a2ef0da22b

Add option to allow using JDK's SHA1 implementation

The change If6da9833 moved the computation of SHA1 from the JVM's
JCE to a pure Java implementation with collision detection.
The extra security for public sites comes with a cost of slower
SHA1 processing compared to the native implementation in the JDK.

When JGit is used internally and not exposed to any traffic from
external or untrusted users, the extra cost of the pure Java SHA1
implementation can be avoided, falling back to the previous
native MessageDigest implementation.

Bug: 580310
Change-Id: Ic24c0ba1cb0fb6282b8ca3025ffbffa84035565e

Fix API breakage caused by extracting WorkTreeUpdater

448052dc2e made WorkTreeUpdater package visible which breaks API for
subclasses of ResolveMerger since they cannot access WorkTreeUpdater.

Fix this by moving WorkTreeUpdater into ResolveMerger as a nested class
and mark it protected so that subclasses can use it.

Bug: 581049
Change-Id: I5a2c4953f8514dc0a1b8041c8e069d28370bb2eb

Update Orbit to S20221109014815

and update
- com.sun.jna to 5.12.1.v20221103-2317
- com.sun.jna.platform to 5.12.1.v20221103-2317
- org.bouncycastle.bcpg to 1.72.0.v20221013-1810
- org.bouncycastle.bcpkix to 1.72.0.v20221013-1810
- org.bouncycastle.bcprov to 1.72.0.v20221013-1810
- org.bouncycastle.bcutil to 1.72.0.v20221013-1810
- org.mockito.mockito-core to 4.8.1.v20221103-2317
- org.objenesis to 3.3.0.v20221103-2317

Change-Id: If00094d23e51d5f66928f83c1334aa6b18b98dfe

Use replace instead of replaceAll in toCleanString

This is from SonarLint (rule.java:S4348)
Regex patterns should not be created needlessly:

When String::replaceAll is used, the first argument should be a real
regular expression. If it’s not the case, String::replace does exactly
the same thing as String::replaceAll without the performance drawback of
the regex.

Change-Id: I00ba967ff4a27eeeb6fccf9373f6df2c94ecd823

Extract Exception -> HTTP status code mapping for reuse

Extract private static method UploadPackServlet#statusCodeForThrowable
to a public static method in the UploadPackErrorHandler interface so
that implementers of this interface can reuse the default mapping.

Change-Id: Ie4a0a006b0148d5b828d610c55d19ce407aab055

Don't handle internal git errors as an HTTP error

The fix that fixed the propagation of error-codes:
  8984e1f66 HTTP Smart: set correct HTTP status on error [1]
made some faulty assumptions.

"Wants not valid", can be an intermittent git error and the HTTP
response should be 200 and not 400 since the request isn't necessary
faulty.

[1] https://git.eclipse.org/r/c/jgit/jgit/+/192677

Bug: 579676
Change-Id: I461bc78ff6e450636811ece50d21c57a2a7f2ae3

Fix the path for JSchText.properties

The paths needs to include "ssh" to match the class's package name. This
resolves

Caused by: TransportException: ssh://git@git.xx.com/xx/xx.git: remote hung up unexpectedly
    Caused by: TranslationBundleLoadingException: Loading of translation bundle failed for [org.eclipse.jgit.internal.transport.ssh.jsch.JSchText, en_US]
        Caused by: MissingResourceException: Can't find bundle for base name org.eclipse.jgit.internal.transport.ssh.jsch.JSchText, locale en_US

Also see [1] for reference.

[1]: https://github.com/oss-review-toolkit/ort/issues/5894#issuecomment-1292100687

Change-Id: Ie27b9fc1cdd1d83f8123821be42e65da59ecf49d
Signed-off-by: Sebastian Schuberth <opensource@schuberth.dev>

Merge "UploadPack: Receive and parse client session-id"

Merge "TransferConfig: Move reading advertisesid setting into TransferConfig"

Merge "FirstWant: Parse client session-id if received."

Fix Maven SHA1 for Bazel build

The httpcore SHA was wrong resulting in a build breakage.

With this change, `bazelisk build all` succeeds.

Change-Id: I111ab450db2db2328e7d4fe849e29f55e4897543

UploadPack: Receive and parse client session-id

Before this change JGit did not support the session-id capability
implemented by native Git in UploadPack. This change implements
advertising the capability from the server and parsing the session-id
received from the client during an UploadPack operation.

Enable the transfer.advertisesid config setting to advertise the
capability from the server. The client may send a session-id capability
in response. If received, the value from this is parsed and available
via the getClientSID method on the UploadPack object.

This change does not add the capability to send a session-id from the
JGit client.

https://git-scm.com/docs/gitprotocol-capabilities#_session_idsession_id

Change-Id: Ib1b6929ff1b3a4528e767925b5e5c44b5d18182f
Signed-off-by: Josh Brown <sjoshbrown@google.com>

TransferConfig: Move reading advertisesid setting into TransferConfig

The config setting to enable advertising the session-id capability is
currently read in the ReceivePack class. This change moves it to a
common location in the TransferConfig class so that it can be reused
in other places like UploadPack. TransferConfig is also a more logical
place for the setting as it resides in the `transfer` config section.

Set the transfer.advertisesid setting to true to send the session-id
capability to the client.

Change-Id: If68ecb5e68b59f5c452a7992d02e3688b0a86747
Signed-off-by: Josh Brown <sjoshbrown@google.com>

FirstWant: Parse client session-id if received.

In protocol V0 the client capabilities are appended to the first line.
Parsing session-id is currently only supported during a ReceivePack
operation. This change will parse the client session-id capability if
it has been sent by the client.

If the server sends the session-id capability to the client. The client
may respond with a session ID of its own. FirstWant.fromLine will now
parse the ID and make it available via the getClientSID method.

This change does not add support to send the session-id capability from
the server. The change is necessary to support session-id in UploadPack.

Change-Id: Id3fe44fdf9a72984ee3de9cf40cc4e71d434df4a
Signed-off-by: Josh Brown <sjoshbrown@google.com>

Merge branch 'stable-6.4'

* stable-6.4:
  Prepare 6.4.0-SNAPSHOT builds
  JGit v6.4.0.202210260700-m2

Change-Id: I3839c8b57912f7678e1a9f9f06349bee321ff175

ReceivePack: Receive and parse client session-id.

Before this change JGit did not support the session-id capability
implemented by native Git. This change implements advertising the
capability from the server and parsing the session-id received from
the client during a ReceivePack operation.

Enable the transfer.advertisesid config setting to advertise the
capability from the server. The client may send a session-id capability
in response. If received, the value from this is parsed and available
via the getClientSID method on the ReceivePack object. All capabilities
in the form `capability=value` are now split into key value pairs at the
first `=` character. This change replaces specific handling for the
agent capability.

This change does not add advertisement or parsing to UploadPack. This
change also does not add the ability to send a session ID from the JGit
client.

https://git-scm.com/docs/protocol-v2/2.33.0#_session_idsession_id

Change-Id: I56fb115e843b11b27e128c4ac427b05d5ec129d0
Signed-off-by: Josh Brown <sjoshbrown@google.com>

Ignore IllegalStateException if JVM is already shutting down

Trying to register/unregister a shutdown hook when the JVM is already in
shutdown throws an IllegalStateException. Ignore this exception since we
can't do anything about it.

Bug: 580953
Change-Id: I8fc6fdd5585837c81ad0ebd6944430856556d90e

Prepare 6.4.0-SNAPSHOT builds

Change-Id: If4da93f775bcbe923e400ebb9315a34485646b40

Allow to perform PackedBatchRefUpdate without locking loose refs

Add another newBatchUpdate method in the RefDirectory where we can
control if the created PackedBatchRefUpdate will lock the loose refs or
not.

This can be useful in cases when we run programs which have exclusive
access to a Git repository and we know that locking loose refs is
unnecessary and just a performance loss.

Change-Id: I7d0932eb1598a3871a2281b1a049021380234df9

JGit v6.4.0.202210260700-m2

Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>
Change-Id: Iedb1530c5d30a22be7c9eed80c043daac64b0517

PushCommand: allow users to disable use of bitmaps for push

Reachability bitmaps are designed to speed up the "counting objects"
phase of generating a pack during a clone or fetch. They are not
optimized for Git clients sending a small topic branch via "git push".
In some cases (see [1]), using reachability bitmaps during "git push"
can cause significant performance regressions.

Add PushCommand#setUseBitmaps(boolean) to allow users to tell "git push"
not to use bitmaps.

[1]: https://lore.kernel.org/git/87zhoz8b9o.fsf@evledraar.gmail.com/

Change-Id: I7fb7d26084ec63ddfa7249cf58abb85929b30e56
Signed-off-by: kylezhao <kylezhao@tencent.com>

I/O redirection for the pre-push hook

Fix and complete the implementation of calling the pre-push hook.
Add the missing error stream redirect, and add the missing setters
in Transport and in PushCommand. In Transport, delay setting up a
PrePushHook such that it happens only on a push. Previously, the
hook was set up also for fetches.

Bug: 549246
Change-Id: I64a576dfc6b139426f05d9ea6654027ab805734e
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

PackParser: populate full size of the PackedObjectInfos

We need the full size of the objects to populate the object-size index
of a pack. This size is not always the one encoded in the object header
in the pack (e.g. for deltas).

Populate the full size of PackedObjectInfos in the PackParser, which is
invoked when receiving a pack e.g. in a push.

Change-Id: I102c20901aefb5e85047e2e526c0d733f82ff74b

PackedObjectInfo: add the full size to the description

So we can create a size index later.

Change-Id: I9db47ced929fbf045fc37bead6449bbf5484d308

ObjectReader: New #isNotLargerThan method

Partial clones filter the objects to send by size calling
ObjectReader#getObjectSize per object. This method reads the object from
storage to get the size, which can be expensive.

Offer a #isNotLargerThan method. The default implementation reads the
object, but subclasses can override it with more efficient lookups (e.g.
adding an index).

isNotLargerThan gives implementors more options to optimize than
getObjectIndex (e.g. can be implemented storing only object over certain
size).

Change-Id: Iefd4b1370cb9144f15cc0391286aeeb365e6ea87

Fail build if there are license issues with dependencies

Configure the dash license-tool-plugin to fail the build if there are
license issues with build dependencies. This plugin will generate a list
of all build dependencies and their license to target/dash/summary.

Delete the checked-in dependency list DEPENDENCIES since the build now
always generates it to target/dash/summary.

See https://github.com/eclipse/dash-licenses#example-maven-plugin

Change-Id: I0c2bf8eb166d85b840d42afc61750b4a083b7659

Update org.apache.httpcomponents:httpcore to 4.4.15

In target platform we updated to this version already earlier.

Change-Id: Iefa06bac2c007810936a5675482addd99f8f9cd3

Update Orbit to S20220927175816

and
- com.google.code.gson:gson to 2.9.1

Change-Id: Ia9e4fdc557478d3ca37b0169be93711791952068

Update JMH to 1.35

Update
- org.openjdk.jmh:jmh-core to 1.35
- org.openjdk.jmh:jmh-generator-annprocess to 1.35

Change-Id: Iaebae71a9b49b2116da9d2614e6ae1ddbd692aab

Update org.eclipse.jdt:ecj to 3.31.0

Change-Id: I410f762de37e5273916d4850157744f0a9be1564

Update plexus compiler to 2.12.1

Change-Id: Id55b46b7546c830a90cbdf794bb237abf2afbbe4

Update org.apache.maven.wagon:wagon-ssh to 3.5.2

Change-Id: If80cb8e81a5ff8888812626d0658106dec5303ab

pgm/BUILD: Add dependencty to java EWAH

A fetch to a locally run daemon triggers a runtime exception:

Listening on localhost/127.0.0.1:9418
java.lang.NoClassDefFoundError:
com/googlecode/javaewah/EWAHCompressedBitmap

Add javaEWAH in the deps of the PGM library.

To reproduce:

0. Assume a git repo in <dir-with-repos>/a-repo
1. Run daemon e.g.:
  $ bazel run //org.eclipse.jgit.pgm:jgit -- daemon --export-all=true
  --listen localhost --enable upload-pack <dir-with-repos>

2. Fetch:
  $ git clone git://0.0.0.0:9418/a-repo

Change-Id: I503f9fe45347a5891c3f3de0452b7f300b1e8206

[sshd] Guard against numerical overflow

Check the key length before adding; the addition might overflow.

Change-Id: Icde7c92a5bb267fdd869d5a1c0842967ab1a7fd9
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

Merge branch 'stable-6.3'

* stable-6.3:
  Remove unused imports

Change-Id: I4a92c5afb8f179798234eb772eb34879d41808af

Remove unused imports

Change-Id: Ib6f80a5f013d30a9b7a59cb05e3ee13aa46b28c8

Remove unused API filters

Change-Id: Ief32f935c701842f03b173ee48465d7dcf7dfabd

ObjectDirectory: avoid using File.getCanonicalPath()

On java 17 + Windows OS java.io.File.getCanonicalPath is a very slow
system call which uses most time during clone.

That is since JDK 12 the result of File.getCanonicalPath is not cached
anymore by default:
https://bugs.openjdk.java.net/browse/JDK-8207005

* Use toRealPath() to follow symbolic links also on windows.
* Cache the result.

Bug: 580568
Change-Id: I95f4f5b2babefd7210ee4740646230225ebf3788

AutoCRLFOutputStream: use BufferedOutputStream

This should improve performance of autocrlf checkout.

Bug: 580651
Change-Id: I2e2fe0273ac3c71fad50a575278234804ee28306

CloneCommand: set HEAD also when not checking out

CloneCommand, when setNoCheckout(true) was set, did not set HEAD.
With C git, "git clone --no-checkout" does.

Change-Id: Ief3df7e904ce90829a6345a6c3e9ee6a68486ab0
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

Pass on shallowSince only if not null

FetchCommand.setShallowSince() and Transport.setDeepenSince() require
a non-null argument.

Change-Id: I1c3a20be518374e380a4e90787ed834438da40ee
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

Fix wrong @since tag

PatchApplier was merged only in JGit 6.4.

Change-Id: Ica84d8184c1d3a1acce8beba9b076f6c32e749d7
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

Merge "Split out ApplyCommand logic to PatchApplier class"

Split out ApplyCommand logic to PatchApplier class

PatchApplier now routes updates through the index. This has two
results:

* we can now execute patches in-memory.

* the JGit apply command will now always update the
index to match the working tree.

Change-Id: Id60a88232f05d0367787d038d2518c670cdb543f
Co-authored-by: Han-Wen Nienhuys <hanwen@google.com>
Co-authored-by: Nitzan Gur-Furman <nitzan@google.com>

Prepare 6.4.0-SNAPSHOT builds

Change-Id: I47ca5f1d0263caa0bfc7c303042360c6c5ac4dec

Fix typo in FetchV2Request javadoc

Change-Id: I905dda15e1b7f5e431816d3fbb01a1672e5fc786
Signed-off-by: kylezhao <kylezhao@tencent.com>

Merge branch 'stable-6.3'

* stable-6.3:
  Prepare 6.3.1-SNAPSHOT builds
  JGit v6.3.0.202209071007-r
  JGit v6.3.0.2022009070944-r
  [merge] Fix merge conflicts with symlinks
  Update DEPENDENCIES for 6.3.0
  Update tycho to 2.7.5
  Revert "Adds FilteredRevCommit that can overwrites its parents in the DAG."
  Revert "Option to pass start RevCommit to be blamed on to the BlameGenerator."
  Prepare 6.3.0-SNAPSHOT builds
  JGit v6.3.0.202208161710-m3

Change-Id: Ia9430fb516dca795e25064a190704b70689af364

Prepare 6.3.1-SNAPSHOT builds

Change-Id: I44e159eca4131880d74d3078060e7e20f9b5ce76

Merge "DfsBundleWriter: Add test case about GC_REST pack."

DfsBundleWriter: Add test case about GC_REST pack.

Add a test case to make sure that the bundle writer writes objects in
GC_REST packs as well.

Signed-off-by: Yunjie Li <yunjieli@google.com>
Change-Id: Iba4d88c573aa1cda4505afbe2b83581a09a343df

JGit v6.3.0.202209071007-r

Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>
Change-Id: Iea3fae9f6f6c5fb0a79f7684334a3e0059738c4f

JGit v6.3.0.2022009070944-r

Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>
Change-Id: I3cc78dbcf8c7970e80bf1499751611110ec2b30b

[merge] Fix merge conflicts with symlinks

Previous code would do a content merge on symlinks, and write the merge
result to the working tree as a file. C git doesn't do this; it leaves
a symlink in the working tree unchanged, or in a delete-modify conflict
it would check out "theirs".

Moreover, previous code would write the merge result to the link target,
not to the link. This would overwrite an existing link target, or fail
if the link pointed to a directory.

In link/file conflicts or file/link conflicts, C git always puts the
file into the working tree.

Change conflict handling accordingly. Add tests for all the conflict
cases.

Bug: 580347
Change-Id: I3cffcb4bcf8e336a85186031fff23f0c4b6ee19d
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

Update DEPENDENCIES for 6.3.0

Change-Id: Ie057e4c94a102113fc9026d9773657984530c9c6

Update tycho to 2.7.5

Change-Id: I5ef981cf9f01cc8493dc6178938819f5e086f26a

Merge branch 'master' into stable-6.3

* master:
  Move WorkTreeUpdater to merge package
  WorkTreeUpdater: use DirCacheCheckout#StreamSupplier
  DirCacheCheckout#getContent: also take InputStream supplier
  WorkTreeUpdater: remove safeWrite option

Change-Id: I8be570dbc4ad0d0b46046b85cbda24c3adcba170

Merge changes I888f313f,I98de155c,I2efa9a6d,Ifa79dac2

* changes:
  Move WorkTreeUpdater to merge package
  WorkTreeUpdater: use DirCacheCheckout#StreamSupplier
  DirCacheCheckout#getContent: also take InputStream supplier
  WorkTreeUpdater: remove safeWrite option

Move WorkTreeUpdater to merge package

This avoids making it public with the associated costs for backward
compatibility guarantees.

Change-Id: I888f313f3854deace8d4cd92f354a6ef0d3b5460

WorkTreeUpdater: use DirCacheCheckout#StreamSupplier

This avoids having to introduce the StreamLoader bridging class.

Change-Id: I98de155c458745236df24d6323eabed5061e7f8c

DirCacheCheckout#getContent: also take InputStream supplier

This lets us use DirCacheCheckout for routines that want to write
files in the worktree that aren't available as a git object.

DirCacheCheckout#getContent takes a InputStream supplier rather than
InputStream: if filtering fails with IOException, the data is placed
unfiltered in the checkout. This means that the stream has to be read
again, from the start.

Use it in this way in ApplyCommand. This use is incorrect, though: the
same InputStream is returned twice, so if the read to be retried, the
stream will return 0 bytes. It doesn't really matter, because in
either case, the SHA1 will not match up, and the patch fails.

Change-Id: I2efa9a6da06806ff79b155032fe4b34be8fec09e

Revert "Adds FilteredRevCommit that can overwrites its parents in the
DAG."

This reverts commit 6297491e8adb85e43d60ffe75fb71f335e733449.

This is done as a quick fix for the failure of egit tests caused by  the
introduction of FilteredRevCommit.

Bug: 580690
Change-Id: Ia6b651dd11b0a4b02d5e52247eb4bf13adf94e27

Revert "Option to pass start RevCommit to be blamed on to the
BlameGenerator."

This reverts commit 5747bba48b22a11beba8ebe0caf13a53d4ca96f2.

This is done as a quick fix for the failure of egit tests caused by  the
introduction of FilteredRevCommit.

Bug: 580690
Change-Id: Ia0178bc2de4fc825a81207bbd7979bf3a386c955

WorkTreeUpdater: remove safeWrite option

This was added in Ideaefd5178 to anticipate on writing files for
ApplyCommand, but we are keeping WorkTreeUpdater private to the merge
package for now.

Change-Id: Ifa79dac245e60eb7a77eaea4cc1249222e347d38

Merge branch 'master' into stable-6.3

* master:
  Update Orbit to R20220830213456 for 2022-09
  BaseSuperprojectWriter: report invalid paths as manifest errors
  ApplyCommand: fix ApplyResult#updatedFiles
  WorkTreeUpdater: rename metadata maps
  WorkTreeUpdater#Result: hide data members
  Add javadoc on RevCommit
  Option to pass start RevCommit to be blamed on to the BlameGenerator.
  WorkTreeUpdater: re-format and clean-up
  Adds FilteredRevCommit that can overwrites its parents in the DAG.

Change-Id: Ie92037b78b54c4ab290db80034e3192b1f90a1fc

Update Orbit to R20220830213456 for 2022-09

Change-Id: Iab04fd9e72102abe3d9d927a5cae4a1df2001aa2

BaseSuperprojectWriter: report invalid paths as manifest errors

An invalid path in the manifest (e.g. '.') is reported by DirCache in a
runtime exception. In server context this becomes a 500 instead of a user error.

Wrap the runtime invalid path exception into a checked ManifestErrorException that
caller can handle.

Change-Id: I61a2104922765506ae232334891057bb06141d97

ApplyCommand: fix ApplyResult#updatedFiles

On executing a copy, mark the destination as updated.

On executing a rename, mark both source and destination as updated.

Change-Id: Ied5b9b0e5a14eac59a06cdd0961e25e143f50ff0

WorkTreeUpdater: rename metadata maps

Change-Id: I8ff3803da8fc13377d11c2dc5523e9e32d0650cb

WorkTreeUpdater#Result: hide data members

This is the standard across JGit.

Change-Id: Ie52ad7000d8725657b33dd4f3adcc05ab9666875

Merge "WorkTreeUpdater: re-format and clean-up"

Add javadoc on RevCommit

Change-Id: Ib413154fe52983286cb6307862a7373af4fec6e8

Option to pass start RevCommit to be blamed on to the BlameGenerator.

This can allow passing a FilteredRevCommit which is the filtered list of
commit graph making it easier for Blame to work on. This can
significantly improve blame performance since blame can skip expensive
RevWalk.

Change-Id: Ie127cb710d004079e9f53a5802130afdb49a7de1

WorkTreeUpdater: re-format and clean-up

Reformat using the standard JGit formatter settings. Clean-ups:

* Try to improve javadoc.
* Remove blindly copy-pasted "@since 6.1" annotations.
* Get rid of private method nonNullNonBareRepo(); it's not needed.
* Simplify method nonNullRepo(), and annotate as @NonNull.
* Rename setInCoreFileSizeLimit() to getInCoreFileSizeLimit().

Change-Id: Ib1797e7cf925d87554307468330971e8ab2e05e9
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>
Signed-off-by: Han-Wen Nienhuys <hanwen@google.com>

Prepare 6.3.0-SNAPSHOT builds

Change-Id: Ie398b651c5308ec86812bf01fcc563d3e679c828

Adds FilteredRevCommit that can overwrites its parents in the DAG.

Change-Id: I1ea63a3b56074099688fc45d6a22943a8ae3c2ae

JGit v6.3.0.202208161710-m3

Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>
Change-Id: I0954d11a1f35eff196b157df3aa8386476c48a7e

Merge changes Ib6689f54,I3b5c22ee

* changes:
  Remove unused API problem filters
  Add missing @since tag for RevCommit#parents introduced in 61b4d105e4

DirCacheCheckout: load WorkingTreeOptions only once

Previous code loaded the WorkingTreeOptions afresh for every single
file being checked out. This checked the git config (all three files,
repo, user and system config) for having been modified every time.

These checks can be costly, for instance on Windows, or if one of the
three config files is not on a local disk, or on an otherwise slow
storage.

Improve this by loading the options and thus checking the git config
only once before the checkout.

Bug: 579715
Change-Id: I21cd5a808f9d90b5ca2d022f91f0eeb8ca26091c
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

WorkTreeUpdater: Fix unclosed streams

1. A TemporaryBuffer.LocalFile must be destroyed to ensure the
   temporary file gets deleted on disk.
2. TemporaryBuffer.openInputStream() may be used only after
   TemporaryBuffer.close().
3. The caller of DirCacheCheckout.getContent() is responsible for
   closing the OutputStream!

Change-Id: I46abb0fba27656a1026858e5783fc60d4738a45e
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

Merge "Fix API errors caused by 23a71696cd"

Fix adding symlinks to the index when core.symlinks=false

With core.symlinks=false, symlinks are checked out as plain files.
When such a file is re-added to the index, and the index already
contains a symlink there, add the file as a symlink. Previous code
changed the index entry to a regular file.

Bug: 580412
Change-Id: I5497bedc3da89c8b10120b8077c56bc5b67cb791
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

Remove unused API problem filters

Change-Id: Ib6689f545585bd59b8fc06ca3a104080021424d6

Add missing @since tag for RevCommit#parents introduced in 61b4d105e4

Change-Id: I3b5c22eea7d0af5464c7df7a7cd855ea08029853

Fix API errors caused by 23a71696cd

- add missing @since 6.3 for new protected field workTreeUpdater and new
  class WorkTreeUpdater
- suppress API errors caused by removing/adding protected fields and
  methods

We follow OSGi semantic versioning which allows breaking implementers in
minor versions which are e.g. subclassing a public class.

Change-Id: I28f0d7b4fdd9a1f0fbc6b137d6c68dda9fe3c11e

Merge "Provide encoding to String#getBytes()"

Merge changes Ideaefd51,I6c347393

* changes:
  Reapply "Create util class for work tree updating in both filesystem and index."
  ResolveMerger: add coverage for inCore file => directory transition