CommitGraphWriter: Add progress monitor to bloom filter computation

Bloom filter computation can be an expensive process and right now it
is invisible to the user.

Report progress while calculating bloom filters.

Log of GC with bloom filter enabled:

Computing commit-graph path bloom filters: 100% (9551/9551)
Computing commit-graph generation numbers: 100% (9551/9551)
Writing out commit-graph: 100% (9551/9551)

Change-Id: Ife65e63ac2c37d064d5f049a366cbb52c3ef6798

CommitGraphWriter: Use ProgressMonitor from the OutputStream

The same progress monitor is passed around as parameter and inside the
output stream. The functions use one to start tasks and another to
report progress, which is confusing. The stream needs the monitor to
check cancellations so we cannot remove it from there.

Make all code take the monitor from the stream.

Change-Id: Id3cb9c1cb0bd47318b46ef934a9d4037341e25a7

CommitGraphWriter: Unnest generation-number progress

The ProgressMonitor task to track the calculation of generation
numbers is nested inside the task that follows the writing of all
lines in the commit-graph. ProgressMonitor doesn't support nested
tasks and this confuses the counting.

Move the start/end of the "writing commit graph" task to the
writeCommitData section, after calculating the generation
numbers. Make that task track by commits instead of by lines.

Moving the start/end of the progress task to the chunk-writing
functions is clearer and easier to extend.

Logging of GC before:
Writing out commit-graph in 3 passes:  51% ( 9807/19358)
Computing commit-graph generation numbers: 100% (9551/9551)

Logging of GC after:
Computing commit-graph generation numbers: 100% (9551/9551)
Writing out commit-graph: 100% (9551/9551)

Change-Id: I87d69c06c9a3c7e75be12b6f0d1a63b5924e298a

Optimise Git protocol v2 `ref-prefix` scanning

Currenty JGit will go over all refs in the repository for each
`ref-prefix`. This means that refs will be read multiple
times, which leads to subpar performance.

Native git, uses a different approach, where all refs are read once
and then for each ref, all `ref-prefix` filter values are checked in
one pass.

This change implements this approach in JGit. And makes `ref-prefix`
filtering ~28% faster for a repository with fully packed refs
and ~5% when RefTable is used instead of refdir.

Different implementations were tested on a synthetic file repository
with 300k refs. Different implementations were tested for unpacked and
fully packed refs (results are in seconds).

Unpacked refs:
 Current Impl:               54.838   57.234   56.138
 Nested for loops:           36.094   37.025   36.502
 Nested stream's:            36.154   35.989   37.262
 Parallel stream + stream:   36.923   37.272   35.362
 Nested parallel stream's:   35.512   38.395   36.745
 Stream + for loop:          34.950   36.164   37.191
 Parallel stream + for loop: 37.695   35.511   35.378

Packed refs:
 Current Impl:               39.713   39.954   38.653
 Nested for loops:           29.891   29.753   29.377
 Nested stream's:            30.340   29.637   30.412
 Parallel stream + stream:   28.653   28.254   29.138
 Nested parallel stream's:   29.942   28.850   31.030
 Stream + for loop:          29.405   29.576   30.539
 Parallel stream + for loop: 29.012   29.215   29.380

RefTable:
 Current Impl:               0.273   0.294   0.330
 Nested for loops:           0.252   0.169   0.215
 Nested stream's:            0.252   0.228   0.213
 Parallel stream + stream:   0.233   0.259   0.247
 Nested parallel stream's:   0.416   0.309   0.340
 Stream + for loop:          0.224   0.247   0.242
 Parallel stream + for loop: 0.347   0.246   0.346

The elapsed time was measured around `getRefsByPrefix` call in
`UploadPack.getFilteredRefs(Collection<String>)` (around lines 952 and
954).

Based on the above results, the implementation with parallel stream and
stream was selected.

Bug: 578550
Change-Id: Iac3a3aacf897b87b3448c1d528cdac64ad312199
Signed-off-by: Dariusz Luksza <dariusz.luksza@gmail.com>

UploadPackTest: Cover using wanted-refs as advertised set

Parent change introduced using "wanted-refs" as advertised set during
fetchV2, but it tested only a request without wantIds (only
wanted-refs).

Add a second where the request has wanted-refs AND wantId (which
disables the optimization). Change the test to measure the amount of
refs considered advertised, instead of relying in calls to the
refdb.

Change-Id: Id64ec933fd737bae1bfd429c7b8cc05b51a83870

UploadPack: use want-refs as advertised set in fetch v2

Protocol v2 introduced refs-in-wants and ls-remote with
prefixes. UploadPack already uses prefixes provided by the client
during a v2 ref advertisement (ls-refs). However, when the client
consequently sends another request to fetch a previously advertised
ref (with want-ref lines), the server uses the whole set of advertised
refs to compute reachability.

In repos with many refs, this slows down the reachability checks
setting up and walking through unnecessary refs. For gerrit it can
also break valid requests because in gerrit "all" means "recent" and
the wanted-ref could fall out of the "recent" range when reloading all
refs at fetch time.

Treat wanted-refs like a ref-prefix when calculating the advertised
refs on v2 fetch command. Less refs means a faster setup and less walk
for the reachability checks. Note that wanted-refs filters only over
the refs visible to the user, so this doesn't give any extra
visibility to the caller.

If the request contains also "want <oid>" lines, we cannot use this
optimization. Those objects could be reachable from any visible
branch, not necessarily in the wanted-refs.

Google-Bug: b/122888978
Change-Id: I2a4ae171d4fc5d4cb30b020cb073ad23dd5a66c4

BasePackFetchConnection: Avoid full clone with useNegotiationTip

With the useNegotiationTip flag (introduced in change 738dacb), the client sends to the server only the tips of the wanted refs for the negotiation. Some wanted refs may not exist in the client (yet) and our implementation ignores them. So when only non-existing refs are wanted, jgit doesn't send any tips and the server understands it is a full clone.

In useNegotiationTip, send ALL_REFS if any of the wanted refs does not exists locally.

Change-Id: Ide04c5df785b9212abcd9d3cba194515e0af166f

.gitignore: ignore all Maven output directories `target/`

Change-Id: Ib405f3db99290fe9c1f1349759f6598819f1b886

benchmarks: use org.eclipse.jgit-parent as parent pom

Change-Id: I2248c12072adccaf2ba525da5dec4fb5b35ca383

Generate SBOMs using cyclonedx maven plugin

and specify JGit's license using its SPDX identifier.

See https://gitlab.eclipse.org/eclipsefdn/emo-team/sbom/-/blob/main/docs/sbom.adoc#sbom-maven

Change-Id: I8f022002c84200ea430325916fa38c3764979c02

DfsPackFile: Do not attempt to read stream if pack doesn't have it

Other getters (e.g. bitmap or commit graph) cover the case that the
pack doesn't have the corresponding extension.

Do the same here to detect this early and avoid an IOException in
openFile.

Change-Id: I29726b7ede0f795d35543453a3e7f92cee872a78

PackObjectSizeIndexLoader: Log wrong bytes on exception

When the exception is thrown, we don't know if it is because the
stream didn't have data or had a wrong header.

Log the read bytes to differentiate these cases.

Change-Id: Ie7612eab39016f5ad7f1bfb2e07cab972dab796f

Silence API warnings for API added in 5.13.3

This was added in
- f103a1d5c605 "Add support for git config repack.packKeptObjects"
- f5f4bf0ad97f "Do not exclude objects in locked packs from bitmap
                processing"

Change-Id: Id6af9fe549535c4e92de9080a41ef9f72a6646dd

FileBasedConfig: in-process synchronization for load() and save()

On Windows reading and replacing a file via renaming concurrently may
fail either in the reader or in the thread renaming the file. For
renaming, FileUtils.rename() has a last-case fallback in which it
deletes the target file before attempting the rename. If a reader reads
at that moment, it will produce an empty config, and the snapshot and
hash may be wrong because the concurrently running save() may set them.

It's not really possible to do all this in a thread-safe manner without
some synchronization. Add a read-write lock to synchronize readers and
writers to avoid at least that JGit steps on its own feet.

Bug: 451508
Change-Id: I7e5f0f26e02f34ba02dc925a445044d3e21389b4
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

FileUtils.rename(): better retry handling

When the atomic move fails on Windows, it may be because some other
thread is currently reading the destination. If we delete the file
then, that reader may get an exception, and conclude the file didn't
exist, even though the rename() would re-create it right away.

Try to avoid this from happening frequently by only deleting the
destination on the last retry. Also don't sleep after the last attempt.

Bug: 451508
Change-Id: I95bb4ec59d6e7efb4a7fc8d67f5df301f690257a
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

FileBasedConfig: ensure correct snapshot if no file

When no config file exists, use FileSnapshot.MISSING_FILE.

Bug: 451508
Change-Id: I8a09cb756a8a4746189da5b3514dfcf81d10b3b1
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

DeleteBranchCommand: update config only at the end

When multiple branches were to be removed, the git config was updated
after each and every branch. Newly do so only once at the end, after all
branches have been deleted.

Because there may be an exception after some branches have already been
deleted, take care to update the config even if an exception is thrown.

Bug: 451508
Change-Id: I645be8a1a59a1476d421e46933c3f7cbd0639fec
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

Config.removeSection() telling whether it changed the config

Add a variant of unsetSection() that returns whether it did indeed
change the config. This can be used in to skip saving the config if
it was not changed.

Also fix the iteration over the entries: lastWasMatch was never reset,
and thus all empty lines after a match would be removed.

Change-Id: Iea9e84aa74b1e4bb3c89efe3936fa3a8a09532e5
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

RebaseCommand: return correct status on stash apply conflicts

Ensure that also the fast-forward cases return status
STASH_APPLY_CONFLICTS when applying the stash produces conflicts.

Bug: 582526
Change-Id: Ib989ff431dca6e301eb05156ca054a7115fa6ad5
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

Merge branch 'stable-6.7'

* stable-6.7:
  PackConfig: fix @since tags
  Remove unused API problem filters
  Add support for git config repack.packKeptObjects
  Do not exclude objects in locked packs from bitmap processing

Change-Id: I7e0856a5d70d5d155cf6874383ea1f5622d5238a

Use net.i2p.crypto.eddsa 0.3.0 from new Orbit build

consuming it directly from Maven Central.

The bundle net.i2p.crypto.eddsa 0.3.0 contains bad OSGi metadata,
earlier it was repackaged in Orbit tweaking its mandatory dependency to
sun.security.x509 to an optional dependency.

This project seems to be orphaned, probably because Java 15 added
support for eddsa with JEP339 [1].

This repackaged bundle is no longer available after Orbit was renovated
[2] to consume the vast majority of bundles directly from Maven Central
without repacking them. Hence we have to workaround this (probably
false) mandatory dependency. For that export an empty dummy package
"sun.security.x509" to satisfy OSGi.

[1] https://openjdk.org/jeps/339
[2] https://github.com/eclipse-orbit/orbit-simrel/issues/15

Change-Id: I2267e15823ebce6cf1d448e1e16a129f703e0f80

Merge branch 'stable-6.6' into stable-6.7

* stable-6.6:
  PackConfig: fix @since tags
  Remove unused API problem filters
  Add support for git config repack.packKeptObjects
  Do not exclude objects in locked packs from bitmap processing

Change-Id: I29241619e6c09933bb856e486f379be10dd609c2

Merge branch 'stable-6.5' into stable-6.6

* stable-6.5:
  PackConfig: fix @since tags
  Remove unused API problem filters
  Add support for git config repack.packKeptObjects
  Do not exclude objects in locked packs from bitmap processing

Change-Id: I7272a22451c0de6b4770767e7bb4e24c81518c20

Merge branch 'stable-6.4' into stable-6.5

* stable-6.4:
  PackConfig: fix @since tags
  Remove unused API problem filters
  Add support for git config repack.packKeptObjects
  Do not exclude objects in locked packs from bitmap processing

Change-Id: I2951d01f5f4581bee20079508cd8ee6ca8554f1f

Merge branch 'stable-6.3' into stable-6.4

* stable-6.3:
  PackConfig: fix @since tags
  Remove unused API problem filters
  Add support for git config repack.packKeptObjects
  Do not exclude objects in locked packs from bitmap processing

Change-Id: I4b94a2b79941c085fa2f62246e8e879aaa85cd3f

Merge branch 'stable-6.2' into stable-6.3

* stable-6.2:
  PackConfig: fix @since tags
  Remove unused API problem filters
  Add support for git config repack.packKeptObjects
  Do not exclude objects in locked packs from bitmap processing

Change-Id: I22b89bf00dcef26b2096d25397aa9a57a745a92b

Merge branch 'stable-6.1' into stable-6.2

* stable-6.1:
  PackConfig: fix @since tags
  Remove unused API problem filters
  Add support for git config repack.packKeptObjects
  Do not exclude objects in locked packs from bitmap processing

Change-Id: Ib4e4fe407dce334c7537bf278baa39db93aa2f09

Merge branch 'stable-6.0' into stable-6.1

* stable-6.0:
  PackConfig: fix @since tags
  Remove unused API problem filters
  Add support for git config repack.packKeptObjects
  Do not exclude objects in locked packs from bitmap processing

Change-Id: I0c9c0b3c206cac03a93b30eda348177a4de35c36

Merge branch 'stable-5.13' into stable-6.0

* stable-5.13:
  PackConfig: fix @since tags
  Remove unused API problem filters
  Add support for git config repack.packKeptObjects
  Do not exclude objects in locked packs from bitmap processing

Change-Id: Ifeaa4b4f0c5944d4ecd3042be429833ff72b43ed

PackConfig: fix @since tags

Change-Id: Ia513f7cdbf3c197e8661720fc804984ff165fc5c

Remove unused API problem filters

Change-Id: I9d5b96cf841478af8613667ef8574423630f8028

Add support for git config repack.packKeptObjects

Change Ide3445e652 introduced the `--pack-kept-objects` option to GC for
including the objects contained in the locked packfiles during the
repack phase.

Whilst this allowed to explicitly pass a command line argument to the
jgit gc program, it did not allow the option to be read from
configuration.

Allow the pack kept objects option to be configured exactly as C-Git
documents [1], by introducing a new `repack.packKeptObjects`
configuration.

`repack.packKeptObjects` defaults to `true`, when the
`pack.buildBitmaps` is `true` (which is the default case), `false`
otherwise.

[1] https://git-scm.com/docs/git-config#Documentation/git-config.txt-repackpackKeptObjects

Bug: 582292
Change-Id: Ia931667277410d71bc079d27c097a57094299840

Do not exclude objects in locked packs from bitmap processing

Packfiles having an equivalent .keep file are associated with in-flight
pushes that haven't been completed, with potentially a set of git
objects not yet referenced by a ref.

If the Git client is not up-to-date, it may result in pushing a
packfile, generating a <packfile>.keep on the server, which
may also contain existing commits due to the lack of Git protocol
negotiation in the git-receive-pack.

The Git protocol negotiation is the phase where the client and the
server exchange the list of refs they have for trying to find a common
base and minimise the amount of objects to be transferred.

The repack phase in GC was previously skipping all objects that were
contained in all packfiles having a <packfile>.keep file associated
(aka "locked packfiles"), which did not take into consideration the
fact that excluding the existing commits would have resulted in the
generation of an invalid bitmap file.

The code for excluding the objects in the locked packfiles was written
well before the bitmap was introduced, hence could not consider a use
case that did not exist at that time.

However, when the bitmap was introduced, the exclusion of locked
packfiles was not changed, hence creating a potential problem.
The issue went unnoticed for many years because the bitmap generation
was disabled when JGit noticed any locked packfiles; however, the
bitmaps are enabled again since  Id722e68d9f , and the the issue is now
visible and is impacting the GC repack phase.

Introduce the '--pack-kept-objects' option in GC for including the
objects contained in the locked packfiles during the repack phase,
which is not an issue because of the following:

- If there are any existing commits duplicated in the packfiles
  they will be just considered once anyway because the repack doesn't
  generate duplicates in the output packfile.

- If there are any new commits that do not have any ref pointing to
  them, they will be automatically excluded from the output repacked
  packfile.

The same identical solution is adopted in the C implementation of git
in repack.c.

Because the locked packfile is not pruned, any new commits not pointed
by any refs will remain in the repository and there will not be any
accidental pruning or object loss as it is today before this change.

As a side-effect of this change, it is now potentially possible to still
have duplicate BLOBs after GC when the keep packfile contained existing
objects. However, it is way better to keep the duplication until the
next GC phase rather than omitting existing objects from repacking and,
therefore generating an invalid bitmap and incorrect packfile.

Bug: 582292
Bug: 582455
Change-Id: Ide3445e652fcf256a7912f881cb898897c99b8f8

Merge changes Ibd71a992,Ib7fa7cb7

* changes:
  [errorprone] Fix InconsistentCapitalization
  Update orbit to orbit-aggregation/2023-12

[errorprone] Fix InconsistentCapitalization

See https://errorprone.info/bugpattern/InconsistentCapitalization

Change-Id: Ibd71a992128ca2e5f916a08dd11da67c5a2f8aad

TestRepository: Add getInstant method

Error Prone is flagging Date-API as obsolete and recommends to migrate
to Instant and LocalDate. Given that more JGit users starting to migrate
to new Time API, offer getInstant method.

Change-Id: Ie010b76d1c213cd0a645f716783ed2d57fc78071

Update orbit to orbit-aggregation/2023-12

- add target platform for Eclipse 4.30 (2023-12)
- update org.apache.ant to 1.10.14

Change-Id: Ib7fa7cb79e93ecd6009784bc0ad4269bfa71cb29

Merge branch 'stable-6.8'

* stable-6.8:
  Prepare 6.8.0-SNAPSHOT builds
  JGit v6.8.0.202310031045-m1

Change-Id: I6a6526fee84e15bb463a6ce0a0548a8b82ea7e4e

Prepare 6.8.0-SNAPSHOT builds

Change-Id: Idb86bac4bd152e57f1810c789bdbd26648f0b6ae

JGit v6.8.0.202310031045-m1

Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>
Change-Id: Ida0108f3661213922b1e4340216d60a640a1b662

UploadPack: Delay freeing refs in sendPack()

Change [1] set refs to null at the beggining of sendPack claiming they
are not needed anymore, but they are still used few lines below to
hoist referenced objects to the front of the pack. With refs nullified,
the hoist doesn't happened. This hasn't caused any problem so far,
probably because it is just an optimization and the objects are in the
pack anyway.

Move the nullification after the hoisting to keep the optimization and
save the memory.

[1] https://git.eclipse.org/r/c/jgit/jgit/+/161341

Change-Id: I8455249d8482f616af362d3912b718064d473b49

Merge "Fix log level for successful execution of ShutdownHook#notify to debug"

ByteBufferInputStream: add missing @since 6.8

Change-Id: I80574a514ade608b87bed2dae79851e53a850c31
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

Fix log level for successful execution of ShutdownHook#notify to debug

This is debug trace and shouldn't be logged as a warning.

Change-Id: Ibb24e91e857a05aa6b74b0e2c5b11ab057f6206a

Eclipse features: update copyright year

Set upper bound to 2023.

Change-Id: I67acc12b3fe80ab7ca4a9303b0e96325a1e707e9
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

SSH agent: correct plug-in title

It's not only "Unix SSH agent" support, but also for Windows. Drop
"Unix".

Change-Id: I22deb3e5750825a70c78eec46b1f2968544857b9
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

Fix DefaultCharset bug pattern flagged by error prone

See more details in: [1].

[1] https://errorprone.info/bugpattern/DefaultCharset

Change-Id: Ib6aa279f9dcf63dff0672df5b5be3ea72597b1d8

Activate additional error prone checks

Change-Id: I1b351e04da9f08681f08aae9ce984c3d3285e88e
Signed-off-by: David Ostrovsky <david@ostrovsky.org>

WorkingTreeIterator: directly filter input stream

This way we can avoid to access the byte buffers backing array.
Implement a ByteBufferInputStream to wrap a byte buffer which we can use
to expose the filter result as an input stream.

Change-Id: I461c82090de2562ea9b649b3f953aad4571e3d25

[errorprone] Add missing javadoc summary

see https://google.github.io/styleguide/javaguide.html#s7.2-summary-fragment

Change-Id: Iaf4a6b55d4e4c59b7a2da3451164abb1bb47d4a1

[errorprone] Fix BadImport

See https://errorprone.info/bugpattern/BadImport

Change-Id: Iea98b15862ed0bc4bcad759a7240133769680808

[errorprone] Prevent int expression may overflow

see https://errorprone.info/bugpattern/IntLongMath

Change-Id: Id201b7fc49b953d500e88b95e183127fe40ef6cc

[errorprone] Suppress ByteBufferBackingArray

The byte buffers used here are created by wrapping a byte[].

See https://errorprone.info/bugpattern/ByteBufferBackingArray

Change-Id: Idbc16d5ae4ff9f64b97be07a3cdf190716da191f

[errorprone] Suppress JavaLangClash to avoid breaking change

Renaming this class is a breaking change. Add a todo to rename it in
next major release.

See https://errorprone.info/bugpattern/JavaLangClash

Change-Id: I3528fd654e30d98f4ea43e71107d83324942141c

[errorprone] Fix EqualsGetClass

See https://errorprone.info/bugpattern/EqualsGetClass

Change-Id: Ida19a7e60656f87518e5ae2ef5eae511edb5b837

[errorprone] MockSystemReader: fix CatchAndPrintStackTrace

See https://errorprone.info/bugpattern/CatchAndPrintStackTrace
Change-Id: If1ec66ea65eaef9311a650d8a5741a03ac76cb88

Change-Id: Ic52205bab141a4e3c6a9fefecf749f1ccfc0e491

[errorprone] MetaFilter: fix IdentityHashMapUsage

See https://errorprone.info/bugpattern/IdentityHashMapUsage

Change-Id: Ib49c2ca5506ea7468d2680faba254fa9cd430c2c

[errorprone] InternalFetchConnection: Suppress CatchAndPrintStackTrace

Handled by the client side pipe handling.

See https://errorprone.info/bugpattern/CatchAndPrintStackTrace

Change-Id: I4ae19dbd0d20d1a75b6587ce7ad36f58cb58dbc2

[errorprone] Don't swallow exception

See https://errorprone.info/bugpattern/UnusedException

Change-Id: I01568dfa22adbbaa50191aa2d0a445a3c252b803

[errorprone] Fix inconsistent capitalization

See https://errorprone.info/bugpattern/InconsistentCapitalization

Change-Id: I5eaa35a053aca738e180fe22a05fad97877b7e0f

[errorprone] PageRef#isStringRef: suppress UnusedMethod

See https://errorprone.info/bugpattern/UnusedMethod

Change-Id: I8c2ca60ac786e20edb7112c268d638aa2488bcb8

[errorprone] FileReftableStack: fix EqualsUnsafeCast

See https://errorprone.info/bugpattern/EqualsUnsafeCast

Change-Id: I23274c1850061f0574133f52692e125cfa6b92ff

[errorprone] Suppress MissingSummary for translation bundles

Change-Id: I4da51c7e089366b016a0cc64f768a151c24bc956

[errorprone] CommandLineMergeTool: Remove unused constuctor

See https://errorprone.info/bugpattern/UnusedMethod

Change-Id: I711279d7b81c61111c7c129b3d119affc515fe70

[errorprone] SimilarityRenameDetector: suppress IntLongMath

Indexes are positiv.

See https://errorprone.info/bugpattern/IntLongMath

Change-Id: I9ef90b3667f833e2d708ff608929990e0a09036c

Add comment why protocol list uses WeakReference

Change-Id: I997933cbf1bcae94a6edd9db58c25ec1bb96445f

[errorprone] Transport: Suppress ModifyCollectionInEnhancedForLoop

CopyOnWriteArrayList is thread-safe.

See
https://docs.oracle.com/en/java/javase/11/docs/api/java.base/java/util/concurrent/CopyOnWriteArrayList.html
https://errorprone.info/bugpattern/ModifyCollectionInEnhancedForLoop

Change-Id: I97c411e7d171cb39a9c0676b076d48103db6ff88

[errorprone] Rename method parameter to silence InvalidParam

See https://errorprone.info/bugpattern/InvalidParam

Change-Id: I53279bc5e0fc59788d42994be9931857b918414b

[errorprone] MyersDiff#main: fix CatchAndPrintStackTrace

Use a PrintWriter similarly like Main#run of org.eclipse.jgit.pgm does.

See https://errorprone.info/bugpattern/CatchAndPrintStackTrace

Change-Id: I8ee34da53d94ddb72b73ae86bfebc3b7f0a3dc04

[errorprone] TagCommand: Remove unused parameter of private method

See https://errorprone.info/bugpattern/UnusedVariable

Change-Id: I7e8aae3494ce60dbeb474f6bead0817c36276e69

[errorprone] PathFilter#getPathsBestEffort: fix ArrayAsKeyOfSetOrMap

See https://errorprone.info/bugpattern/ArrayAsKeyOfSetOrMap

Change-Id: Ia94899bfa68db39f4eb8bfca455c92f5c888647c

[errorprone] DirCacheEntry: suppress JavaInstantGetSecondsGetNano

We get the seconds in the line before we access nanos.

See https://errorprone.info/bugpattern/JavaInstantGetSecondsGetNano

Change-Id: If79690378d5b31d76b06d26e07434d3dff8c92fb

[errorprone] Directly implement functional interface

instead of saving it in a lambda. Prefer to implement the functional
interface method directly and use a method reference instead.

See https://errorprone.info/bugpattern/UnnecessaryLambda

Change-Id: I7f7ebd27cd6354545c157960718d9845882e1732

[errorprone] InterruptTimer#terminate: ensure Thread#join succeeds

See https://errorprone.info/bugpattern/ThreadJoinLoop

Change-Id: Ia67a284311a156c22c18575470ee5fbf734e10cc

[errorprone] RawParseUtils@parseHexInt64: suppress IntLongMath

see https://errorprone.info/bugpattern/IntLongMath

Change-Id: I71acd5eec252b8c43d7c411f513e502694830727

[errorprone] Exceptions should not override #toString

Instead of overriding #toString provide getter for additional
information so that code handling the exception can access it.

See https://errorprone.info/bugpattern/OverrideThrowableToString

Change-Id: Ie577ae9327e0234d55481253f2604b1644ea3f01

[errorprone] Fix invalid param in javadoc

See https://errorprone.info/bugpattern/InvalidParam

Change-Id: Ife74575bb4080c3386affbfbaf9373931d72c3f3

[errorprone] FS#searchPath: handle surprising behavior of String#split

See https://errorprone.info/bugpattern/StringSplitter

Change-Id: Ic80f6c53ea96537ed4d046621e774288fced7ce1

[errorprone] FileStoreAttributes#FUTURE_RUNNER: Fix corePoolSize

[ErroneousThreadPoolConstructorChecker] Thread pool size will never go
beyond corePoolSize if an unbounded queue is used.

see https://errorprone.info/bugpattern/ErroneousThreadPoolConstructorChecker

Change-Id: Icdeaffa05301567611682da86130440f863f2ecc

[errorprone] Express duration using seconds which is clearer

[CanonicalDuration] Duration can be expressed more clearly with
different units.

see https://errorprone.info/bugpattern/CanonicalDuration

Change-Id: I7f358b5adabee1523e56b109a2c81c74ec523b74

[errorprone] Use ArrayList instead of LinkedList

[JdkObsolete] It is very rare for LinkedList to out-perform ArrayList or
ArrayDeque.

see https://errorprone.info/bugpattern/JdkObsolete

Change-Id: I13fb953f55fc7b6e007d6fd6a6a1bfd377773588

[errorprone] AddCommand#filepattern: use a more specific type

Variable type can use a more specific type to convey more information to
callers.
private Collection<String> filepatterns;
                  ^
    (see https://errorprone.info/bugpattern/PreferredInterfaceType)

Change-Id: I68b74de65aba3bb849ef508d7dcdd8b85b0ab100

[errorprone] Suppress UnnecessaryParentheses

for the sake of readability.

See https://errorprone.info/bugpattern/UnnecessaryParentheses

Change-Id: I8444db78c408d4e8bd71bf7e575b9af637900629

[errorprone] Remove unnecessary parentheses

see https://errorprone.info/bugpattern/UnnecessaryParentheses

Change-Id: Id08cf0e05b3d35f139fc34e0aa83882555a8a81a

tools/BUILD: Sort errorprone rules alphabetically

Change-Id: I006940eb8a7710d5b8ea66c6f805f0dd08e62a31

Update jetty to 10.0.16

Change-Id: I918e308e71fa978c9f25e3fad63c5f2e94ec3be7

Update bazel to 6.3.2

With bazel 6.2.0 building the change
I918e308e71fa978c9f25e3fad63c5f2e94ec3be7 fails with this error:

$ bazelisk build all
INFO: Invocation ID: ba94402e-d1db-4920-ad46-58139ef7ca55
INFO: Analyzed target //:all (96 packages loaded, 1961 targets
configured).
INFO: Found 1 target...
ERROR: /Users/xxxxxxx/.cache/bazel/b645215973ac043930fa5900e337e822/external/jetty-util-ajax/jar/BUILD:3:12:
Extracting interface @jetty-util-ajax//jar:jar failed: (Segmentation
fault): ijar failed: error executing command (from target
@jetty-util-ajax//jar:jar)
external/remote_java_tools_darwin_arm64/java_tools/ijar/ijar
external/jetty-util-ajax/jar/jetty-util-ajax-10.0.16.jar ... (remaining
3 arguments skipped)
...

Updating bazel to 6.3.2 fixes this problem.

Release notes for bazel 6.3.2:
https://github.com/bazelbuild/bazel/releases/tag/6.3.2

Change-Id: I4f697b2f9a560732c89e2a0410ae6133e8c382ef

DfsPackFile: remove unnecessary @SuppressWarnings("boxing")

Change-Id: I7af999dc4434b7b57bb7e0b84b9b64d24efce220

CommitGraphWriter: Remove unnecessary semicolon

Change-Id: I8ea87d0ff3be8a541e72210f0da7fec1f43008e8

CommitGraphWriter: fix boxing warnings

Change-Id: I35c3a3baadb8d7d73c01252fe4333fa2159722ee

CommitGraphWriter#createCoreChunks: Remove not-thrown exceptions

Change-Id: I0e6f32ed415dc3a0ccadbeae46c979c378ebb0fc

CommitGraphWriter: Decouple Stats from computing bloom filters

The public stats object is created only to be populated by the computation of
bloom filters.

Make the computation return its numbers with the results and copy them
to the stats when needed. This eliminates the side effects from the
computation and makes it easier to add more data to the stats later.

Change-Id: I7a5e55fc3a17f5a294edf3a3b725b2d9c0280a5a

CommitGraphWriter: Move bloom filter calculation out of createChunks

It looks confusing that the createChunks method calculates bloom
filters.

Make the calculations before and pass the result to the method.

Change-Id: If6e3c0e644f7f940f268ca7266f577f012278ff3

Documentation: Move writeChangedPaths flag from commitGraph to gc section.

The flag commitGraph.writeChangedPaths is not correct. The option was introduced in commit 3b77e33 (Jul 19th) under gc section so updating the documentation to reflect it under correct section.

Change-Id: Ie8f82931594ed3fd1ee3e4532d2e7475878a33a1

[errorprone] Fix wrong comparison which always evaluated to false

org.eclipse.jgit/src/org/eclipse/jgit/internal/storage/commitgraph/GraphObjectIndex.java:59:
error: [ComparisonOutOfRange] ints may have a value in the range
-2147483648 to 2147483647; therefore, this comparison to
Integer.MAX_VALUE will always evaluate to false
if (table[k] > Integer.MAX_VALUE) {
             ^

See https://errorprone.info/bugpattern/ComparisonOutOfRange

We need to check if variable `uint` of type `long` exceeds the maximum
possible int value before casting it to `int` below.

This was introduced in Ib5c0d6678cb242870a0f5841bd413ad3885e95f6

Change-Id: I675d594f523084be4c1678328cc343065e32d998

[errorprone] Remove unnecessary comparison

Raised by errorprone:

org.eclipse.jgit/src/org/eclipse/jgit/lib/CommitConfig.java:406: error:
[ComparisonOutOfRange] chars may have a value in the range 0 to 65535;
therefore, this comparison to 0 will always evaluate to true
if (ch >= 0 && ch < inUse.length) {
       ^
see https://errorprone.info/bugpattern/ComparisonOutOfRange

Change-Id: I9625aa7894a34dbffd77d39a40c6e285c86b56d5

Update org.eclipse.jdt:ecj to 3.35.0

Change-Id: Ic1d7fe65a0255bc0cdaf7a7285dd3532277ec07b

Update org.apache.commons:commons-compress to 1.24.0

Change-Id: I896298f9e94b50dda6c6396e652f4a191a722a68

[errorprone] Suppress ImmutableEnumChecker for ShutdownHook

Here we use enum to implement a singleton. Hence suppress the errorprone
error ImmutableEnumChecker.

Change-Id: I21f6ed83c08936dfc9aa591af809e69f3053a050

Update bytebuddy to 1.14.8

Change-Id: I60ad9ea9300099eeabbb5023d7a5264593e60dc0