SONAR-3321 Fix bug in file rename algorithm

* Real technical bug causing the error was that matches
were not properly filtered so that a file that was already
matched could be matched again
* This also allowed to spot a functional bug: matches candidates were
processed in ascending score order. Means that lowest score got highest priority.

SONAR-7700 Fix column size of b_qualifier

Do not hide exception when fail to close json

Improve quality

SONAR-7883 Expose InputFile charset in API

Fix unclosed resource

Make Xoo a SonarLint plugin

SONAR-7832 Hide irrelevant permissions for views and developers

SONAR-7840 SONAR-7879 Improve UX on permissions pages

SONAR-7838 SONAR-7835 Return all permissions of matching users

When searching for permissions users that match a given permission, instead of only returnin this permission we now return all user permissions

SONAR-7838 WS api/permissions/groups returns group permissions

SONAR-7838 DAO to select groups and group permissions

SONAR-7835 Delete old permissions.UsersAction

SONAR-7835 WS permissions/users return permissions in response

Refactor UserPermissionDto

Move permissions template classes and resources to a specific package in sonar-db

SONAR-7835 Select user permissions

SONAR-7835 Select users by query

SONAR-7835 Update WS API of permissions/users

SONAR-7835 Rename UsersAction to OldUsersAction

Revert "Make Xoo a SonarLint plugin"

This reverts commit c0fc296133ab2c1f6b4b2f1fddf7e1afa26b426e.

SONAR-7786 merge PROJECTS table clean migrations and do them earlier

SONAR-7786 move migration adding index measures_component_uuid

to be grouped with other migrations on table PROJECT_MEASURES

SONAR-7786 compress DUPLICATIONS_INDEX migrations

SONAR-7700 re-enable ignored UTs on PurgeDao

SONAR-7700 re-enable IT PurgeTest

SONAR-7700 Decrease size of B VARCHAR columns in PROJECTS

SONAR-7700 use "B columns" strategy for update of PROJECTS

B columns are used to keep changes in a "functional" transaction
but not a DB transaction

SONAR-7700 support boolean columns in java db migrations

Fix Quality flaws

Make Xoo a SonarLint plugin

Fix Xoo UT

Relax visibility of File constructor to allow hacking in SonarLint

Make Xoo Plugin compatible with SonarLint Core

SONAR-7741 remove support for Java 7 in HttpConnector

SONAR-7741 upgrade OK HTTP to 3.3.1

SONAR-7876 Add an API for Sensors to report files that can't be analyzed

SONAR-7876 Add an API for Sensors to report files that can't be analyzed

SONAR-7856 Do not use "sonar.core.serverBaseURL" to detect if server is using SSL

SONAR-7804 /api/events creates events only on PROJECT

SONAR-7690 fix /api/events use of Event.already_exists

SONAR-7705 add migration to kill tree errors in snapshots and projects

SONAR-7705 make it more obvious in that project_uuid is uuid of root

SONAR-6730 improving javadoc of org.sonar.api.ce.measure.Measure

SONAR-7783 Ensure Sensors don't save same data twice

upgrade travis-utils to v31 (#1088)

Automatic merge from branch-5.6

* origin/branch-5.6:
  Fix Java plugin version in UpgradeTest

fix various quality flaws

SONAR-7779 fix persistence of View analysis

persistence was using a generated UUID rather than the one from AnalysisMetadataHolder

SONAR-7705 add UT for MeasureDao#selectProjectMeasuresOfDeveloper

SONAR-7800 add override of MeasureDao#selectByQuery with ResultHandler

SONAR-7683 add SnapshotDao#selectByUuids

SONAR-7692 restore JRubyFacade#indexResource as indexComponent

this method is used by Developer Cockpit

SONAR-7705 add MeasureDao#selectProjectMeasuresOfDeveloper

SONAR-7705 replace id by uuid in ViewsSnapshotDto

SONAR-7780 add MeasureQuery.analysisUuid

required by Governance

SONAR-7794 WS api/qualityprofiles/search add userUpdatedAt in response example

Fix Java plugin version in UpgradeTest

SONAR-7783 Ensure Sensors don't save same data twice

Automatic merge from branch-5.6

* origin/branch-5.6:
  SONAR-7869 api/measures/* formats correctly big MILLISEC metrics

apply feedback for the quality profiles page

SONAR-7354 Display total analysis time in scanners

SONAR-7647 Improve error log when there is a failure in a ProjectBuilder

fix bad refactoring

apply feedback for the quality profiles page

SONAR-7755 deploy/plugins/index.txt should expose SonarLint compatibility

SONAR-7751, SONAR-7756 SonarLint API

SONAR-7783 Ensure Sensors don't save same data twice

SONAR-7647 Improve error log when there is a failure in a ProjectBuilder

Fix bad indent

Fix deprecated calls to SonarRunner in tests

SONAR-7705 refactoring

including some renaming of "snapshot" to "analysis"

SONAR-7700 Temporarily disable some purge tests

SONAR-7780 Drop column PROJECT_MEASURES.SNAPSHOT_ID

Remove unused methods of IdUuidPairs

Optimize insert in table RESOURCE_INDEX

by specifying the JDBC types of columns in MyBatis mapper.

SONAR-7807 drop SNAPSHOTS tree columns

SONAR-7705 stop using SNAPSHOTS tree columns in Java codebase

SONAR-7705 Stop using SNAPSHOTS tree columns in Ruby codebase

SONAR-7869 api/measures/* formats correctly big MILLISEC metrics

SONAR-6651 Trim SCM logins

SONAR-7664 Fail on empty TextRange (except when selecting empty line)

SONAR-7727 Remove org.sonar.api.resources.InputFile

Fix compilation issue in Eclipse

Rename package org.sonar.batch to org.sonar.scanner

Fix some quality flaws

Fix quality flaws

Disable VB and CPP ITs

Currently not compatible with SQ 6.0

SONAR-7727 Remove deprecated stuff from Resources API

Provide plugin key when failing to load an extension

SONAR-7727 Remove some deprecated properties

SONAR-7727 Remove deprecated metrics + methods on Settings

SONAR-7727 Remove CheckFactory and AnnotationCheckFactory

SONAR-7727 Remove SquidUtils and deprecated methods on old SensorContext

Disable tests using symlink on Windows

SONAR-7727 Remove SonarIndex and ResourceFilter

SONAR-7727 Remove AbstractSourceImporter

SONAR-7727 Remove deprecated stuff on ProjectDefinition

SONAR-7750 Deprecate ExtensionProvider

apply feedback for the quality profiles page