ファイルストアを使う場合、先ずは Git-LFS Client をインストールし、git lfs install を実行しておかなければなりません。
その際、パスワード認証を使うのであれば、git credential storage を設定するのがお勧めです。
Git-LFS が各ファイルに対してパスワードを要求するのを避けることが出来ます。
Windows での例: git config --global credential.helper wincred
既定の Git-LFS に繋いで {repository}/info/lfs/objects/ を参照するには、単に git clone とするだけです。それ以上の操作は必要ありません。
リポジトリがサードパーティの Git-LFS サーバーを使っている場合、 手動での設定する必要が有ります。
git lfs track "*.bin" を使ってファイルタイプやパスの設定を行った後ならば、単に git add コマンドでファイルの追加が行えます。
追跡されたファイルもまた、.gitattributes ファイルを使うことで手動で設定できます。
Git-LFS からファイルを削除した際には、リンクファイルがリポジトリから削除されるだけです。
全てのファイルは、以前のバージョンとしてチェックアウト出来るよう、サーバーに残っています。
より詳しい最新の Git-LFS の仕様を参照してください。