SONAR-2384 Add support for html list and fix javadoc by escaping html tags

Add some javadoc to the Sonar Markdown module

Sonar Channel : Add license header to package-info.java file

Add some javadoc to the Sonar Channel module

Merge branch 'master' of github.com:SonarSource/sonar

SONAR-2358 Reapply patch 'Mechanism to calculate checksums for violations is unstable'

SONAR-2384 Support markdown in review comments

SONAR-2384 Add a new HtmlCodeChannel to transform ''printf()'' into <code>printf()</code>

SONAR-2384 Complete the support of emphasis

SONAR-2384 Fix CI failure by updating the header of the RegexChannel file

SONAR-2384 First implementation : Create a markdown dedicated to Sonar needs

SONAR-2384 First implementation : Create a markdown dedicated to Sonar needs

Sonar Channel : Slightly improve the readability of the source code in charge to increment the line number

SONAR-2344 Improve the algorithm in charge to define/update the creation date of each violation

SONAR-2327 improve CSS

Tests should be independent from EOL in resources

SONAR-2381 temporarily deactivate switch-off property from violations ws

SONAR-2381 The "violations" web service API must return violations
decorated with review

Ruby controller updated, need now to add the WS client part of it

SONAR-2380 The "violations" web service API must not return
"false-positive" violation

Also modified the batch side ViolationQuery class that I created so
that they have the same API.

SONAR-2380 The "violations" web service API must not return
"false-positive" violation

SONAR-2327 rotate the icon status/open.png

SONAR-2327 first step to refactor reviews page

SONAR-2327 add link to review

SONAR-2327 render review results in a table

Merge remote branch 'upstream/master'

SONAR-1973 Improve Resource Viewer

SONAR-2341 Deprecate Project.getPackaging and don't use it in findbugs plugin

Increase coverage for a new code in UnitTestDecorator

Update some Maven plugins to latest versions for thread safety

* maven-assembly-plugin 2.2.1
* maven-plugin-plugin 2.7
* maven-antrun-plugin 1.6
* maven-war-plugin 2.1.1

SONAR-2379 Fix ClassCastException in DependencyUnmarshaller

GwtUtils.getString returns string representation of a numeric field,
so this is a contract in WSUtils.getString and JdkUtils.getString
must not cast Object to String.

SONAR-1973 Improve Resource Viewer

SONAR-2293,SONAR-2282 Re-apply changes, which were lost

SONAR-2347 Add unit test to ReviewsDecorator

SONAR-2378 Fix directory attributes in zip archive

Apply workaround for http://jira.codehaus.org/browse/MASSEMBLY-422
described in comments for http://jira.codehaus.org/browse/MASSEMBLY-449

SONAR-2255 the metric 'classes' must not be 0 on unit tests

SONAR-1973 Add possibility to show only switched-off violations

Remove unused file

Fix crlf

Fix crlf

SONAR-2367 Filter error when a column is on a disabled metric

Merge remote branch 'upstream/master'

[SONAR-2327] Fix a bug

[SONAR-1973] Remodeling of UI based on Simon's feedback

[SONAR-1973] Increase table primary keys

[SONAR-1957] Add ViolationQuery on SonarIndex and DecoratorContext
APIs

[SONAR-1957] Adds "switched off" attribute on Violation class and make
sure this gets set by the ViolationPersister

[SONAR-1973] Make it possible to edit the last comment

[SONAR-1973] Add title & assignee on review, improve UI

[SONAR-2347] Close a review when its corresponding violation does not
exist anymore

[SONAR-1973] Update code to use the permanent ID of violations, set
resource on review and update review date when comment added

[SONAR-1973] Add a updated_at column

[SONAR-1973] Fix small issue with icon replacement after creating an
issue

[SONAR-1973] Improve UI

[SONAR-1973] Add images

[SONAR-1973] Improve UI

SONAR-2372 Upgrade to maven-cobertura-plugin 2.5

[SONAR-1973] Change icons

Temporary commit before merging with Simon's modifications on
RuleFailure

[SONAR-2327] Improve code of the DB request

[SONAR-2327] Rename methods to stick to Ruby conventions

[SONAR-2327] Add the commented_by param on the review search query

[SONAR-2327] Add more params to SQL query for reviews service

[SONAR-1973] "Add comment" link should not be visible if user is not
authenticated

[SONAR-1973] Fix a wrong link

[SONAR-2327] First implementation of the review service

[SONAR-1973] Add status and type constants

[SONAR-1973] Displays the comment in right DIV after a validation
fails

[SONAR-1973] Update correctly the "Add" button visibility

[SONAR-1973] Adds select box for severity

[SONAR-1973] Add security checks before saving reviews & comments

[SONAR-1973] Adds validation, improves form & removes unused
"external_link"

[SONAR-1973] Add validations on forms

[SONAR-1973] Rename code elements to follow conventions

[SONAR-1973] Improve review&comment forms

[SONAR-1973] Add/list reviews&comments

ReviewData changed into ReviewComment : OK

TEMP commit before changing review_data into review_comment

[SONAR-1973] Add first model of review concept

[SONAR-1973] Add first model of review concept

SONAR-2371 SurefireSensor should not insert unit test measures when there is no reports

- UnitTestDecorator should save zero for unit test measure for project, when there is
  no values for summarizing and type of analysis is reuse reports or dynamic

- Don't use pom.getPackaging() in AbstractSurefireParser

SONAR-2358 Don't use org.codehaus.plexus.util.StringInputStream to calculate checksums for violations

Fix support of SQLServer

SONAR-2278 Improve exception handling of decorators

Fix copyright headers

SONAR-2366 Upgrade embedded database to Derby 10.7.1.1 + add DatabaseTestCase to sonar-testing-harness

Fix loading of db dialect in ruby on rails

SONAR-2282 Show last lines of source code, even if they are blank

SONAR-2249 Display Violation message with new lines in web

SONAR-2293 support CR and CR/LF newlines in source viewers and web service

SONAR-2115 : use StringBuilder.append() instead of String+String

fix SONAR-2295 : Line number representation in source code view are wrong for files that use mixed line endings

fix SONAR-2115 : Files with Windows end of lines are badly parsed by syntax highlighter

SONAR-1865 Dollars ($) are not accepted in java class names

Remove warnings about reuseExistingRulesConfiguration from checkstyle, pmd and findbugs plugins

SONAR-2359 Most of properties sonar.jdbc.* should not be required when JDBC datasource is loaded from JNDI

SONAR-2100 ruby on rails webapp : do not load JDBC datasource from JNDI in ruby on rails

Remove maven-clover2-plugin from pluginManagement because we don't use it any more

SONAR-2309 Error when browser locale is Hebrew

SONAR-2284 upgrade to jruby 1.6.1

SONAR-2329 NonUniqueResultException occurs when analyzing both a maven module and its parent

Slight refactoring of squid

SONAR-1957 add the column RULE_FAILURES.SWITCHED_OFF (boolean)