Refactor issue indexer (project-agnostic approach)

WIP SONAR-5802 Log progress of bulk index

SONAR-5826 Fix reentrance of migration, add unique constraint on file_sources to prevent dups

Fix measure filter as a list

SONAR-5811 Use the new /api/sources/raw WS instead of the deprecated /api/sources

Remove unused test file

SONAR-5292 fix mime type of response api/sources/raw

Fix XSS

SONAR-5869 Remove last references to snapshot_sources from Rails code

SONAR-5869 Drop snapshot_sources table

Fix regression concerning SONAR-5878 (task property was released too early)

Fix some quality flaws

add file_sources to cleanup task

SONAR-5819 SONAR-5868 Fix required permission in description of source related WS

SONAR-5817 remove snapshot_sources use during purge and snapshot delete

Fix SearchActionMediumTest (which worked until hardcoded date 2014-12-04)

Workaround is not good at all (postponed the date). Waiting for removal of formatted dates in ws response.

SONAR-5878 More improvement concerning memory consumption
  * replace all Properties objects by Map<String, String>
  * release Settings after each module analysis

SONAR-5804 fix source lines purge of multi module projects

compute engine – move ProjectPurgeTask on the server side

SONAR-5819 Add check for codeviewer permission on /api/sources/show

SONAR-5819 Add check for codeviewer permission on /api/sources/raw

SONAR-5868 Add check for codeviewer permission on api/sources/hash

Fix parameter descriptions when create a custom rule

Fix message

SONAR-5819 Check sourceviewer permission on /api/sources/lines WS

SONAR-5804 delete source lines from index while purging and deleting a project

Fix db migration on mssql

SONAR-5827 Decrease memory use during SourcePersister phase

Fix additional logging for web MTs

Add additional logging for web MTs

SONAR-5718 Fix loading more source code

Fix generating issues url from ruby

SONAR-5869 Remove persistence of highlighting and symbols in snapshot_data

Add module sonar-data-test to build

Fix execution of web MTs

SONAR-5869 Remove SnapshotSourceDto and all related code. Remove colorizer stuff on server side.

SONAR-5869 Remove source code display from issue/show modal

rename subProjectId by parentProjectId in ComponentDto except in WS use

Conflicts:
server/sonar-server/src/test/java/org/sonar/server/component/db/ComponentDaoTest.java
sonar-core/src/test/java/org/sonar/core/component/ComponentDtoTest.java

SONAR-5804 delete file_sources when deleting a project or during the data cleaning step

Fix problem of MySQL closed connections between Ruby and Java migrations

Improve reentrancy of InsertProjectsAuthorizationUpdatedAtMigration

SONAR-5877 Add the issue underline for just created issues

SONAR-5877 Return back the issue underline

SONAR-5877 Return back the issue underline

SONAR-5827 Disable batch session when inserting in file_sources to avoid OOM

Disable JS tests when enabling the profile dbTests

Increase default ES max heap size from 256m to 1G

SONAR-5877 Integrate the duplications info

SONAR-5819 Fix handling of empty highlighting rules

SONAR-5827 Do not produce empty higlighting rules like 0,0,k

SONAR-5871 Migration of duplications into file_sources

Increase default ES max heap size from 256m to 1G

Scroll FILE_SOURCES rows one by one

Fix disabling of JS tests by Maven

Fix error during previous merge

SONAR-5868 Issue tracking now use hash WS instead of raw sources

SONAR-5871 Add duplication data to lines WS

Fix quality flaws

SONAR-5877 Fix bug with large duplications column

Merge remote-tracking branch 'origin/branch-4.5'

Conflicts:
sonar-colorizer/src/main/java/org/sonar/colorizer/HtmlOptions.java
sonar-plugin-api/src/main/java/org/sonar/api/batch/SonarIndex.java
sonar-plugin-api/src/main/java/org/sonar/api/component/ResourcePerspectives.java
sonar-plugin-api/src/main/java/org/sonar/api/web/CodeColorizerFormat.java

Disable execution of JS tests if -DskipTests

SONAR-5864 API cleanup
  * add a proper way to create perspective on InputFile
  * add a proper way to convert InputFile to resource
  * deprecate colorizer

SONAR-5877 Fix showing of duplications

SONAR-5718 Encode url parameters for bulk change

Fix quality flaws

SONAR-5867 SONAR-5819 Index symbol highlighting and exploit it in api/sources/lines

Enable all web MTs

Fix loading of available port in sonar-web

Remove unused javascript code

Fix quality flaws

Support port paratemer in grunt

Use an available port for JS tests

Rename index type issueAuthorization to authorization

Delete unused class IssueAuthorizationDto

Add missed zero trend icon

Fix execution of web medium tests. Fix minification of the js files

SONAR-5871 Add duplications to file_sources

Add grunt jshint

Add server benchmarks

SONAR-5801 Use short instead of int in ES source line index (size optim)

Cosmetic refactoring of org.sonar.server.source.index

Fix sonar-data-test

SONAR-5718 Fix syntax highlighting in the issues page

Minor improvement in ServerTester

Revert previous commit to have faster build

This reverts commit 6516646e2f0b558ef81f8be705ae0c1764c0eb17.

Use the shared Elasticsearch instance in EsTester

Fix thread leak in server tests

Shared elasticsearch instance for server tests

End of CI error investigations - creation of ES indices was not synchronous, so failed on slow boxes

CI error investigations - add verifications when creating index

CI error investigations - add logs to ServerTester

CI error investigations - add logs to ServerTester

CI error investigations - temporarily disable random execution of tests

CI error investigations - temporarily disable tests using EsTester

Temporary increase of JVM memory for server tests

Fix qualify flaws

Remove ignored tests

Fix memory leaks in server medium tests

Re-enable random execution of tests

SONAR-5867 Add symbol references data into file_sources table