Merge pull request #1348 from flaix/ci-coverage

build: Create single XML JaCoCo report

ci: Enable upload to Codecov.io in CircleCI J8 build.

build: Activate JaCoCo explicitly for Ant build

When building with Ant, instead of Moxie, JaCoCo is not included in the
classpath. So explicitly initialise the full `jacocoant.jar` from the
`.moxie` repository.

For this we had to switch the dependency to use the `nodeps` jar which
includes all dependencies.

build: Create single XML JaCoCo report

This can be uploaded to coverage services like Coveralls etc.

Add contributing guidelines

Add some guidelines for contributors regarding pull requests,
commits and code conventions.

Merge pull request #1345 from davehofmann/master

Add service scripts for FreeBSD

Add service scripts for FreeBSD

Reset build identifiers for next point release cycle

Prepare 1.9.1 release

📖docs: Add update of service scripts in upgrade GO documentation

Also: release notes.

🏃 run: Fix Linux service scripts to use classpath and class

Update the service scripts to use `-cp` and specify the GitBlitServer
class, instead of the `-jar` parameter.

Fixes #1333

🏃run: Use quotes around class path in scripts

While most systems will not need the class path passed to the JVM with
the `-cp` parameter to be in quotes, apparently some exist where that
will not work without the quotes, e.g. FreeBSD.
So always use quotes for the class path in all scripts.

Issue #1333

Change tests in shell scripts to be more compatible with Bourne shell

This is needed for the scripts to work in Alpine Linux, which
comes with a Bourne shell.

Delete password from memory in AuthenticationManager

Zero out the password to remove it from memory after use.
This is only a first step, implementing it for one method:
`AuthenticationManager.authenticate(String, char[], String)`.

🦟  fix: Password hash upgrade kills existing passwords

The upgrade of a MD5 stored password hash to a PBKDF password hash
destroys the stored password. The has check zeroes out the password that
is tested, so that the new hash is built over the zeroed out value.

This fix prevents that an also adds a check to the test.

Fixes #1335

docu: Fix typo

Switch Eclipse repositories to HTTPS.

The Eclipse maven repositories changed to only allow HTTPS and not
serve HTTP anymore. HTTP will redirect to HTTPS, which moxie does
not handle well and fails.

So the registered Eclipse repositories are changed to 'https://'
transport.

Fixes #1334

Fix download link in README file.

Reset build identifiers for next point release cycle

Prepare 1.9.0 release

ci: Ignore all branches starting with `release`.

Set the ignored branches pattern to `release*` for the normal ci workflow.

Build: Set GitHub org to `gitblit` for release.

Merge branch 'release-github' into master

Build: Store release version information in file.

If requested, by setting a file name in the `versionInfo`
property, store release version and tag in a file, for
other scripts and programs to pick up.

Doc: Fix change log in built-in docs

Use the same templates as in `buildSite` to generate the change log
in the built-in documentation.

Build: Fix output prints

Add Maven Central to registeredRepositories

Moxie does have these defined by default, but with transport HTTP.
Since January 2020, Maven Central only accepts HTTPS, no HTTP
anymore. So we add them here explicitly, with `https://`.
We add it to the `build.moxie` file, instead of keeping it in a
local `settings.moxie`, so that a CI server can immediately use it.

Doc: Change download button on Readme to point to GitHub

Doc: Remove Google+ from Readme

Since Google Plus doesn't exist any more...

Doc: Update built-in docs with missing pages and links

Add pages for `fail2ban` and GFS to the `generateDocs` target, so that
they also show up in the documentation on GO etc.
Also adjust the links to issues and commits.

Add the replacement of the download base URL.

Use GitHub org property in octokit calls

Add Twitter link to site overview and built-in docs.

Site: Remove link to Bintray update notifications

Site: Change the download URL to GitHub

Site: Remove Google Plus id

Google Plus is gone, so linking to it makes no sense anymore.

Add project property `release.tag` as a global `project.tag`

Add property `release.tag` to keep a generally available property.
The `project.tag` was getting used in many places, so I need a global
definition for it. The property `project.tag`, defined in the target
`tagRelease` could not be reused, since when that target runs, the
version is still a SNAPSHOT version. (And properties don't get
re-assigned.) So instead a new property `release.tag` is defined,
just like `release.name`, which can be only used sensible in a
release stage, i.e. after `tagRelease` ran.

Update the gh-pages branch

The site was generated, but updating the gh-pages branch was included
in the `publishSite` target. So a new target is added and called,
`updateSite`.

Adjust `release.template` for publishing releases on GitHub

The major change is switching from `publishBinaries`, which still
exists and uploads to Bintray, to `releaseBinaries`, which creates
a draft release on GitHub and uploads the binaries.

Another change is some reordering. Now first the binaries are
uploaded, the maven artifacts pubished and the tag and site pages
pushed. Then the GitHub release is made public.
Only after that is the minor version bumped and pushed.

The whole script could use some error checking and stoping when
things go wrong, instead of blindly continuing.

A minor change, and temporary, is that we need and check for Ant 1.9,
as we still build with Java 7.

Add deployment of a release to GitHub

Add Ant tasks and macros to deploy binaries to GitHub,
using GitHub's releases.

Adds an Awk script to extract GH flavoured markdown release notes
from the release.moxie file.

Adds `ok.sh` to the repository so that it is readily available.
This is a Bourne shell GitHub API client, used to create a release
on GitHub and upload the binaries.

Change single quotes to back ticks for formatting

Run build and tests on Java 7.

Merge branch 'ci' into master

Now we can also build on GitHub

ci ignore

ci: Ignore release and gh-pages branches for CI build on push

ci: Add build with Java 7 on Linux

Add a job to run a build with Java 7.
The job currently only runs on Linux.
In order to run on Java 7, an old Ant version is downloaded and
installed. We use moxie+ant for this, so we build with moxie.

Build on matrix of latest Ubunutu and latest Windows.

Currently that is Ubuntu 18.04 and Windows Server 2019.
https://help.github.com/en/actions/automating-your-workflow-with-github-actions/virtual-environments-for-github-hosted-runners

Build as matrix of Java 8 and 11, only.

We cannot build with Ant on GitHub since the provided Ant
version does not run on Java 7.

Build with matrix of Java 7, 8 and 11.

Add ci workflow to build on every push.

Update JGit to versoin 4.5.7.201904151645-r

Correct issue in FAQ page to link to GitHub issue.

Add dependency javax.activation to WAR, manager and fedclient, too.

I actually don't know if it is needed for the manager and fedclient,
but right now I'm going with better safe than sorry.

Add pattern to create links to GitHub commits from release notes etc.

Change issue links in release history to point to correct GitHub issues

Update release notes

Update release notes

Adjust versions of JaCoCo and parboiled to match and work.

Adjust the version of JaCoCo down to 0.8.4 and the version
of parboiled-java up to 1.3.1. They need to match because both
use ASM. This combination has the same dependency on ASM: 7.1.

And it seems to work, at least the docs get generated and the
`moxie test` doesn't fail building the report anymore.

Update test file with MD hashed password

With the feature of passwords getting automatically
upgraded to a hashed version, the default `admin`
password in the test-users file will get stored
as MD5 hashed during test execution. Commit this
change, so that the file isn't always showing up
as changed.

Set .classpath back to moxie generated version.

Update JaCoCo to version 0.8.5 to work when run under Java 11.

Running `moxie test` will crash under Java 11 with JaCoCo 0.7.8.

Merge pull request #1324 from fzs/fix-prefLocale-docsNPE

Two fixes: broken links to docs and preferred language selection

Fix user preferences selecting the wrong preferred locale.

Due to a wrong comparison, when loading the preferred locale in the
user preferences page, in cases like `zh_CN` or `de_DE` the wrong
locale would be chosen.

As with too many things, the code is duplicated on the `UserPage`
and the `EditUserPage`. And they differ. So extract the choosing of
the preferred language for display into a method in the (more up-to-date)
`UserPage` and call that from the `EditUserPage`.

Guard docs pages against bad URLs

If, for example, an external site links to a docs page or a specific
doc page, and the branch that link points to is no longer existing,
an internal error happens due to a NPE.

The NPE is guarded against and a No Docs page is returned.

Add `clone.bundle` as known command, but reject it as not implemented.

Fix NPE when no action can be parsed from the URL

Renames `static final` variables according to convention to be in all
upper case. That makes it easier to see that in an `equals` comparison
the final variable should come first as it will not trigger a NPE.

Also strip parameters from the URL when extracting the repository
name from it. Parameters can not be part of a repository name, and
this way an empty repository name can be detected.

Fixes #1092

:book: Fix link to LDAP sample data LDIF file in setup.

In SSH tests ignore an external SSH tool

The SshDaemonTest would fail under Windows. That is because JGit looks
at the `GIT_SSH` environment variable. If it is set, the tool the variable
is pointing to is used for the SSH connection. This is a problem when
it is set to "Plink" under Windows, because Plink will not recognize the
server key and will not find it in the registry, cached as a known host.
Since a test can/should not add the key to the registry but simply wants
to ignore it, but there is no way to tell Plink to do so, the tests would
fail.

This patch filters the `GIT_SSH` environment variable from JGit's
`SystemReader`, so that the internal SSH client is used.

Merge pull request #1322 from fzs/sshd_update

Update dependencies MINA to 2.0.21 and SSHD to 1.2.0

Update SSHD to fix an issue with hmac-sha2-512. This resolves problems with clients that prefer SHA-512 over SHA-256.

This also updates the dependency on SLF4J to the latest version, as the updated dependency on MINA did also bring in higher SLF4J versions.

Update SLF4J dependency to latest version 1.7.29.

Update SSHD dependency to version 1.2.0.

Update SSHD dependency to version 1.1.0.

Update MINA to version 2.0.21.

This includes a fix in MINA to a CVE.

Update BouncyCastle dependency to version 1.57

To support the new PBKDF2 password hashing, the Bouncy Castle provider
needs to be updated to a version that supports PBKDF2 with HMAC SHA265.
The current version doesn't have PBKDF2WithHmacSHA265, and neither does
Java 7, so that under Java 7 it can not be used. This update enables
the new password hashing under Java 7, too.

Ignore the `RedisTicketService` tests until they are fixed.

Currently the tests cannot run as no Redis is available. Needs to be
fixed at some time.

Remove Launcher from Manager and Federation Client.

They will need to be called with the classpath and main class now,
instead of simply using the Jar.

Merge pull request #1266 from pingunaut/1262_java9

Added javax.activation dependency

Fix NullpointerException when stopping GitBlit Server.

When GitBlit server did not start properly, is running but couldn't
start the `PluginManager`, then stopping the server via the `--stop`
argument on the command line resulted in a NullpointerException.
Which left the server running. Now this is prevented and the server
will actually shut down.

For Java 9+ define the classpath instead of using a Launcher.

The (moxie and other) Launcher do not work with Java 9 and later anymore.
It used to dynamically extend the classpath, misusing an internal
interface of the `URLClassLoader`. This is no longer possible since Java 9,
which closed that path and does not offer any way to dynamically extend
the classpath during runtime.

So the choice is between providing one large Jar with everything in it,
providing a Jar that has the Jars in `ext` listed explicitly in its
manifest, and specifying the classpath on the command line where
the `ext` directory can be added and all contained jar files will
be put on the classpath.

The motivation for the Launcher class was to be able to simply drop
new jar files into a directory and they will be picked up at the
application start, without having to specify a classpath. We opt
for solution three here. This way jar files can still be dropped
into the ext directory, albeit the directory needs to be added to
the classpath on the command line. Unfortunately using a wildcard
is not possible in the manifest file. We change the calls in the
script files accordingly. This seems like a good compromise,
since no one will run the application manually typing the whole
commandline anyway.

This also does away with the splash screen, by the way. Again,
doesn't seem like a big loss, as I don't think it was ever shown
for the Authority.

Personally, I am not convinced that it is the best way, because
I don't really think that the use case of dropping whatever jar
files into the `ext` directory is a valid one that happened a lot.

This does not yet fix the client programs, which still use a
Launcher. Maybe for them a all-in-one Jar is a better solution.

Fixes #1262
Fixes #1294

Report Java versions used during build and server start.

With three versions about to be supported right now
it is getting more important to know which Java version is
used when building and testing Gitblit, and which Java
version is used to run Gitblit.

So have the Moxie build report the javac version, and the
JVM version that Moxie is running on. These might be
different.
The `GitBlitServer` will print the Java version and vendor,
so that it gets visible if a user would paste a log output
for analysis.

Update to recommended com.sun.activation package.

Update the dependency to the recommended JAF stand-alone
com.sun.activation:javax.activation:1.2.0

Setup build matrix for OpenJDK 8, 9 and 11 on Circle CI

Travis: Build and test on JDK 7, 8 and 11.

This uses the Trusty (14.04) image since that in the only one
where all three JDKs are available.

Merge branch 'pingunaut-1166_more_secure_password_hashes' into master.

Add more PasswordHash tests with strings beyond iso-8859-1.

Use the new PasswordHash classes.

Integrate the `PasswordHash` class and subclass in the user
and password editing and authentication. Replaces the old code and
the previous `SecurePasswordHashingUtils` class.

Add support for PBKDF2 to PasswordHash

Integrate the work of pingunaut to add support for PBKDF2 password
hashing. A new class `PasswordHashPbkdf2` is added, which builds
on his `SecurePasswordHashUtils` class, but makes it a subclass
of `PasswordHash`. This will replace the original class when
integrating the new PasswordHash way into GitBlit.

Add a PasswordHash class as a central place to deal with password hashes.

Instead of having to deal with the implementation details of hashing
and verifying passwords in multiple places, have a central unit
be responsible for it. Otherwise we need to edit three different places
when adding a new hashing scheme.
With this class adding a new hashing scheme just requires creating a
new subclass of `PasswordHash` and registering its type in the enum
`PasswordHash.Type`.
The rest of the code will use a common interface for all hashing
schemes and doesn't need to be changed when a new one is added.

encoded email's sender name with utf-8.

Set default to `expanded` for collapsible repo groups.

Move the new property `web.collapsibleRepositoryGroups` into the
`web` section, close to the list type property. Set the default
to be `expanded`, so that the new feature is visible but the list
is still the full list like before.

Add new value `tree` to the description of the property
`web.repositoryListType`.

Remove "folding outlines" and sort repositories before subfolders.

Remove guard rails at the left to get a cleaner look.
To make it easier to determine which repositories belong to which
folder, display the repositories first, then the subfolder.

Decreased indentation a little.

Add support nested groups on the Repositories page

Fix for #725.
Also covers #527.

This is a squashed commit of the following commits,
merging and closing pull request #1267:

commit 55fee41769ffab1aff59344fe117d481687aa743
Author: Martin Spielmann <mail@martinspielmann.de>
Date:   Mon Nov 6 17:19:53 2017 +0100

    declared local variable final to fix travis build

commit 131e4d14a48c2a3fdce621fa54637de50684d040
Author: Martin Spielmann <mail@martinspielmann.de>
Date:   Mon Nov 6 14:11:55 2017 +0100

    fix formatting (use tab for identation)

commit 8da5f6d5967894f157251c320928acdab3a451e7
Author: Martin Spielmann <mail@martinspielmann.de>
Date:   Mon Nov 6 13:45:39 2017 +0100

    Add repositoryListType tree. Addresses #725, 527 and includes #1224

commit 6c061651fb95212ae242dbca06c8d9ef80146201
Merge: f365daa3 40ee9653
Author: Martin Spielmann <mail@martinspielmann.de>
Date:   Sat Nov 4 13:19:08 2017 +0100

    Merge remote-tracking branch 'collapsible/ticket/527' into 725_nested_repos

commit f365daa3b1d6be135365f9b11bdece320beabf4e
Author: Martin Spielmann <mail@martinspielmann.de>
Date:   Sat Nov 4 13:10:24 2017 +0100

    first working version of tree model

collapsible group repositories

Add build dependency on parboiled to fix build of documentation.

Updating JaCoCo in commit 23072ffb broke the build of the
HTML documentation. As found out by @chirontt, adding parboiled
as a build dependency fixes it.

Fixes #1220 and closes #1313

Escape folder names in JGitUtils to allow special characters. Fixes #999

Fix revLog test that broke due to changes in the hello-world repository.

Create unit tests for special characters in path names

Create a regression test for issue #999.
Add directories with '[]' ans '()' in the name to the
hello-world repository, so that they can be used in unit
tests for repository paths with special characters.

Null-safe compare for ticket milestones without due date

Do not resolve symbolic links to repositories.

When symbolic links under the base repository folder point to repositories
outside the base repository folder, the forming of relative repository
names failed and resulted in NullPointerExceptions.

Create the relative path by not following symbolic links, i.e. the link
name is taken as is and not resolved to the external path.

This also changes the whole `exactPath` method to work on Paths, instead
of Files.

Fixes #891 and fixes #837.

Merge branch 'chirontt-external_repos_zipped' into master.

Zips of recreated hello-world.git and all external repositories for testing.

This hello-world.git repo is created using the native Git for Windows
software.

Various test classes in the GitBlitSuite test suite require the presence
of the hello-world.git repo in github.com/git/ which has been missing,
hence causing many test failures in the suite. This recreation of the
hello-world.git repo aims to conform to the many test cases'
requirements in the suite, and to be checked in as part of the gitblit
repo, thus eliminates the requirement of a remote hello-world.git repo
during the test run. The repo is now stored is a zip ball in the new
src/test/data folder.

The hello-world repo's various commit IDs were hard-coded in various
test classes. These commit IDs, which must now have new values in the
recreated repo, are now extracted out to the
src/test/data/hello-world.properties file. The gitblit's build.xml is
modified to generate the HelloworldKeys.java file containing the
hello-world.properties file's key strings, in similar fashion as the
existing generation of the com.gitblit.Keys.java file. And these key
strings in HelloworldKeys.java are now used in the various test classes,
thus eliminating the hard-coding of the hello-world repo's commit IDs in
the test code.

During the test run by GitBlitSuite test suite, some repos from GitHub
were cloned and became part of the test data. These repos are now zipped
to be part of gitblit repo itself, thus eliminating the network fetch at
the start of test run which can be slow, especially with the JGit repo
cloning which is huge and time consuming. The cloned JGit repo is now
zipped and checked in to gitblit, along with the other 4 repos
(hello-world, ambition, gitective and ticgit). They will be unzipped
during the test suite run and be available in the local file system,
thus avoiding the need for some network fetch.

Special note on the zipped JGit repo: this repo is big (and growing all
the time on GitHub), and takes up about 32MB of disk space after cloning
from GitHub. I've made it smaller by resetting HEAD back to a commit of
5 years ago (with git reset --hard <commitId> command), to put it back
to roughly where/when the tests were written for it (which is not quite,
because there are tons of commit history since which can't be removed.)
The local JGit repo is then garbage-collected (with git gc --prune
--aggressive) to reduce its size to about 19MB.

Zipped it is still 17MB. This is a lot of MBs for a few tests.
So the JGit repo is not included in this commit.

Fixes #1275

Fix for various test failures.

Most of failures were due to temporary test repos, users and/or teams
being left behind after the test run, and these left-over stuff in
$baseFolder/data/git caused assertion errors in many tests in subsequent
test runs. This fix tries to delete those left-over stuff at the end of
each test, mainly in their @Afterclass code blocks.

PushLogTest.java is deleted as it doesn't work, and has been superseded
with better tests in various protocol test suites (GitServletTest,
GitDaemonTest, SshDaemonTest, etc.)