Use correct method link in Javadoc

Change-Id: I7fb5a44910a4738bbb14ad025cee7cbedbba2d07
Signed-off-by: Dani Megert <Daniel_Megert@ch.ibm.com>

Rename PackConstants to PackExt, a typed pack file extension.

PackConstants previously contained string values for the pack and pack
index extension. Change PackConstant to be PackExt, a typed wrapper
around the string pack file extension.

Change-Id: I86ac4db6da8f33aa42d6f37cfcc119e819444318

Remove getReverseIndexSize() from DfsPackDescription.

The method is used in only one location (DfsPackFile). Furthermore,
PackIndex already does an explicit computation of the size in
DfsPackFile. Simplify the DfsPackDescription by removing the method
and do the calculation similar to PackIndex.

Change-Id: I1391fdaaf7c2c3226d96ada1ae8647bcdff4794e

Use file extension with DfsPackDescription get/set file size.

Previously the size getters and setters had explicit methods for index
and pack. Update the api to be based on the file extension. This will
make it possible to support other extensions in the future, such as
the forthcoming bitmap extensions.

Change-Id: Iab9d4abe0af65b2fc71ad71ef1db0feb6b3b5c58

Fix concurrent creation of fan-out object directories

If multiple threads attempted to insert loose objects into the same new
fan-out directory, the creation of that directory was subject to a race
condition that could lead to an unnecessary IOException being thrown -
because an inserter could not 'create' a directory that had just been
generated by a different thread. All we require is that the directory
does indeed *exist*, so not being able to _create_ it is not actually a
fatal problem. Setting 'skipExisting' to 'true' on the call to mkdir()
fixes the issue.

I found this issue as a real world occurrence while working on The BFG
Repo Cleaner (https://github.com/rtyley/bfg-repo-cleaner), a tool which
concurrently performs a lot of object creation.

In order to demonstrate the problem here I've added a small test case
which reliably reproduces the issue on the few different hardware
systems I've tried. The error thrown when the race-condition arises is
this:

java.io.IOException: Creating directory /home/roberto/repo.git/objects/e6 failed
at org.eclipse.jgit.util.FileUtils.mkdir(FileUtils.java:182)
at org.eclipse.jgit.storage.file.ObjectDirectory.insertUnpackedObject(ObjectDirectory.java:590)
at org.eclipse.jgit.storage.file.ObjectDirectoryInserter.insertOneObject(ObjectDirectoryInserter.java:113)
at org.eclipse.jgit.storage.file.ObjectDirectoryInserter.insert(ObjectDirectoryInserter.java:91)
at org.eclipse.jgit.lib.ObjectInserter.insert(ObjectInserter.java:329)

Change-Id: I88eac49bc600c56ba9ad290e6133d8a7113125ab

Accept '-' instead of space in enum config values

This is necessary because some versions of JGit containing
the flawed c98abc9c0586c73ef7df4172644b7dd21c979e9d were
used in the wild and wrote bad configuration files. We now
must accept this value in addition to the preferred case.

Change-Id: I3ed5451735658df6381532499130e5186805024a

Revert "Add additional FastForwardMode enums for different config contexts"

This reverts commit c98abc9c0586c73ef7df4172644b7dd21c979e9d.

Change-Id: I1d2a0de81eb17860ee36b6d3d3c00959b880fb85

Fix enum parsing from Config files

Change-Id: Ib0b86ceab070d46903de7b55f2fd441714855141

Merge changes Ifc8fc3e5,I7c403b50

* changes:
  Remove packIndex field from FileObjDatabase openPack method.
  Update DfsObjDatabase API to open/write by pack extension.

Remove packIndex field from FileObjDatabase openPack method.

Previously, the FileObjDatabase required both the pack file path and
index file path to be passed to openPack().  A future change to add
a bitmap index will add a .bitmap file parallel to the pack file
(similar to the .idx file). Update the PackFile to support
automatically loading pack index extensions based on the pack file
path.

Change-Id: Ifc8fc3e57f4afa177ba5a88df87334dbfa799f01

Update DfsObjDatabase API to open/write by pack extension.

Previously, the DfsObjDatabase had a hardcoded getPackFile() and
getPackIndex() methods which opens a .pack and .idx file, respectively.
A future change to add a bitmap index will need to be stored in a
parallel .bitmap file. Update the DfsObjDatabase to support opening and
writing of files for any pack extension.

Change-Id: I7c403b501e242096a2d435f6865d6025a9f86108

Peel tags during resolve of foo^

Once we start talking about parents of tags, we are in the commit
graph, so treat all objects from this point as commits. This fixes
spurious IncorrectObjectTypeExceptions on resolving expressions like
tag^^.

Change-Id: I29ece1fdb49c9c5b9ca415efcd1876bc72e97120

Merge "Revert "Speed up PathFilterGroup.include for large set of paths""

Revert "Speed up PathFilterGroup.include for large set of paths"

This reverts commit 576e5acdd054e2dcd8cde3fe4d822bc3609850c1

The comparator is broken.

Change-Id: Ic59110b154613f3ff4a215a6c1293a4c15cd3885

Delete the iplog generator, cont'd

Change-Id: I1f5e8dad3f61fde0d0573817d10e25a7384885d2

Delete the iplog generator

It stopped working when we moved to the Eclipse foundation's Gerrit
server since it doesn't use the Gerrit internal user store but LDAP.
Instead, since 2.0, we use the Eclipse foundation's automatic IP log
generator [1] to generate IP logs for releasing jgit and egit.

[1] http://www.eclipse.org/projects/ip_log_selector.php

Change-Id: I98dc65efb62909bc0258e6c680df0c93a57e9677
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Merge "Consider that some Java version on Linux only return integral timestamps"

Merge changes I3e9735c7,I76a16594

* changes:
  Speed up PathFilterGroup.include for large set of paths
  Speed up handling of "only" paths in the CommitCommand

Return info about config subsection when trying to get an invalid enum

Change-Id: Id4a72a68bdbd485619f4801683d38ad98f9841a2

Merge "Add additional FastForwardMode enums for different config contexts"

Add additional FastForwardMode enums for different config contexts

FastForwardMode should be represented by different enums depending on
context it is set or get from. E.g. FastForwardMode.FF_ONLY for
branch.<name>.mergeoptions is "--ff-only" but for merge.ff it is "only".

Change-Id: I3ecc16d48e715b81320b73ffae4caf3558f965f2

Speed up PathFilterGroup.include for large set of paths

This requires that we internally sort all paths so content of
directories follow the directory immediately.

Bug: 397185
Change-Id: I3e9735c7bdd99437929da8f9c9d4960a1273054b

Speed up handling of "only" paths in the CommitCommand

Use binary search to reduce the number of lookups for very large number
of paths.

Change-Id: I76a16594b756bffd95298897414485a9cd637819

pgm: Attempt to detect a broken pipe and exit silently

When piping output to another program, the other pipe may exit
before we are done. An example is "jgit log|head". The result is
that errno get set to EPIPE. Unfortunately Java does not have
specific exception for this so we have to look at the exception
message and hope that the number of variants are small.

The detection here seem to work on Windows, Linux and OS X and it
seems the message is usually not localized.

Change-Id: Id6968ea7a53ae27ba5496303f1a479e41e41fdcc

Merge "Do not install unnecessary Orbit bundles"

Do not install unnecessary Orbit bundles

The org.eclipse.jgit.orbit.feature introduced recently in order to
install 3rd party Orbit dependencies is a too coarse grained approach
and has the effect to install some dependencies only needed for
org.eclipse.jgit.pgm when installing org.eclipse.jgit.feature.

Hence include the required 3rd party bundles into the respective jgit
features directly in order to avoid this problem.

Bug: 397356
Change-Id: I3a4a07de42808e787515a6865875d9513542d3f8
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Consider that some Java version on Linux only return integral timestamps

This logic is similar to what we do on Windows, but in this case it's
Java that truncates the timestamps, not Git.

Bug: 395410
Change-Id: Ie55dcb9fa583f5c3dd10d7a1b582e5b04b45858d

Ignore removed files with an assume-valid index entry

Bug: 347067
Change-Id: I5472e69dc77e26b5f248a4a04295775cf5051215
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <zx@twitter.com>

Merge "Revert "Stop PathFilter after walking all matching paths""

Revert "Stop PathFilter after walking all matching paths"

This reverts commit 75eb6a147ffa8089e48d409f0215a16c755305e7.
Applications that want a PathFilter to abort the walk early should be
using PathFilterGroup. When a PathFilterGroup is created with exactly
one path its implementation is the same that 75eb6 tried to perform,
but has been long documented as having the behavior of breaking a
higher level OR filter graph node.

Change-Id: I6c85d75c474784471c32e866eef3402b9f193c08

Update the revert command and things relating to revert

Cherry-pick has been fixed, but even though revert does
basically the same thing, the fixes were not carried over here.

- Recognize the revert-states, analogous to the cherry picking states
- Make reset handle a revert-in-progress
- Update REVERT_HEAD and MERGE_MSG when revert fails due to conflicts
- Clear revert state on commit and reset
- Format the message similarily to how cherry-pick does. This is
  not exactly how C Git does it.

The interface is still not the same as for cherry-picking.

Change-Id: I8ea956fcbc9526d62a2365360feea23a9280eba3
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <zx@twitter.com>

Stop PathFilter after walking all matching paths

After the current path of the TreeWalk is no longer a prefix of the
PathFilter's path, there can be no more matching entries, but TreeWalk
will happily keep walking the rest of a (potentially very large and
recursive) tree unless StopWalkException is thrown. So, throw
StopWalkException from PathFilter.include() at the earliest
opportunity.

Change-Id: If6c4f395a3d5ed5b71bf68de23be9f2b0620e7f1

Do not enforce DeltaWindow maxMemory when zero.

The maxMemory for a DeltaWindow can be optionally disabled when it is
less than or equal to zero. Respect this configuration when enforcing
the limits on object load.

Change-Id: Ic0f4ffcabf82105f8e690bd0eb5e6be485a313b3

Merge "Enforce max memory for DeltaWindow."

Enforce max memory for DeltaWindow.

Previously, memory limits were enforced at the start of each iteration
of the delta search, based on objects that were currently loaded in
memory. However, new objects added to the window may be expanded in a
future iteration of the search and thus were not accounted for correctly
at the start of the search. To fix this, memory limits are now enforced
before each object is loaded.

Change-Id: I898ab43e7bf5ee7189831f3a68bb9385ae694b8f

Make jgit diff obey core.autocrlf

Change-Id: I0a756943d95ee20f189c154b27cd2972a116f550

Hide deprecation warnings in some test classes

These test classes heavily rely on Tree and associated classes. They
are convenient for building test cases and hence not yet replaced, but
there is a deprecation warning at about every line, which is not helpful.

Change-Id: Ia7cc8f3bb980dc03055b94748b6c7529a82ea5a5

Declare essentially static methods as static

Change-Id: I83ca25fb569c0dbc36eb374d5437fcf2b65a6f68

Add type argumente to some raw reclaration

Change-Id: Ief195fb5c55f75172f0428fdac8c8874292ae566

Do not perform character translation on copies in patches

Translation is unnecessary and risks damaging the file. Also
ensure that we close the file if an I/O error occurs.

Change-Id: Ieae6eb941fdeaa61f2611f4cd14dd39117aa12f9

Mark non-externalizable strings as such

A few classes such as Constanrs are marked with @SuppressWarnings, as are
toString() methods with many liternal, but otherwise $NLS-n$ is used for
string containing text that should not be translated. A few literals may
fall into the gray zone, but mostly I've tried to only tag the obvious
ones.

Change-Id: I22e50a77e2bf9e0b842a66bdf674e8fa1692f590

Add org.eclipse.jgit.pgm.Reset to commands catalog

Change-Id: I7acfd051a07be889b27cfcfc1f396d86a9f86ab2
Signed-off-by: Tomasz Zarna <tzarna@gmail.com>

Prepare 2.3.0 builds

Change-Id: I0ca539e8cfe444f96c64dc56d1f0ef33b66e0cff
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Merge branch 'stable-2.2'

* stable-2.2:
  Prepare post 2.2.0.201212191850-r builds
  JGit v2.2.0.201212191850-r

Change-Id: Iebe7c45eacb8abee21d1900e27143ccaa2724e28
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Prepare post 2.2.0.201212191850-r builds

Change-Id: I1a0fe51c71551fcfc98f5dd435eb283fd661b77a
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

JGit v2.2.0.201212191850-r

Change-Id: Idc49f17d03886b6a1e61a94ff81e32625c8675d9
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Merge remote-tracking branch 'gerrit/stable-2.2'

* gerrit/stable-2.2:
  Ensure that jgit p2 repository is self-contained
  Fix hidden field warning
  Fix empty control block warnings

Change-Id: Ifa0751be7db9401081a1a5c28a0102a2d0c692f9

Ensure that jgit p2 repository is self-contained

Add a new feature for the 3rd party dependencies jgit needs and include
this in org.eclipse.jgit.feature. This ensures that the jgit p2
repository is self-contained and downstream consumers don't need to find
the dependencies elsewhere. We don't add the jetty dependencies needed
to install the test feature org.eclipse.jgit.junit since this is only
used by egit tests.

Change-Id: I60425c746cd50f1875ef8597a8bbefb598b8c982
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Merge "Fix hidden field warning" into stable-2.2

Merge "Fix empty control block warnings" into stable-2.2

Merge branch 'stable-2.2'

* stable-2.2:
  DirCacheIterator: Fix reset() and back()
  Cleanup unused import and Java 6 syntax in Archive

Change-Id: Icc59b28a4066c4781ea8d6270dfe20eb63b4185e

DirCacheIterator: Fix reset() and back()

reset() was broken and probably only worked when the position was
at the beginning. More serious was that back() sometimes descended
into the tree rather than skipping backward at the same level. Sometimes
this would result in false conflicts, but one could suspect silent
errors too. back() is called by the NamingConflictTreeWalk when looking
for directory/file conflicts.

Also added toString to DirCacheTree to simplify debugging.

Bug: 396127
Change-Id: Iaa1b4e20e623d84c2e5ac26748f42e991080dbcd

Fix hidden field warning

Change-Id: Ic52527c32f8167db3c7bb7fa0297c86fee21da27
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Fix empty control block warnings

Change-Id: I7c546fa89f5e1933cff6648b2e03e07db61273e8
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Cleanup unused import and Java 6 syntax in Archive

@Override for implementation of interface is Java 6. JGit's execution
environment is still Java 5.

Change-Id: I48d10b3bf81a60938da86e026053b2f3d5e24ad3
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Disable response compression on /git-receive-pack URLs

Compressing the response with gzip causes the stream to delay
flushing until gzip has seen the entire response message, or buffers
fill up and the compressed data has to be sent. This hides the
resolving progress monitor from the client, as well as any other
progress messages the server might be trying to send.

Disable compression in receive, matching what /git-upload-pack has.

Change-Id: Ic8d8abe1f43c3f540d1ee7c43a8947a555307d94

Merge "archive: Add tar support"

Merge "archive: Add --format option that switches between formats"

Merge "archive: Record executable and symlink bits"

[findBugs] Don't pass null for non-null parameter in RebaseCommand

Change-Id: Iee4d50aa9c6b75f9906d2c51a940ddc90a944192

archive: Add tar support

Unlike ZIP files, tar files do not treat symlinks as ordinary files
with a different mode, so tar support involves a little more code than
would be ideal.

Change-Id: Ica2568f4a0e443bf4b955ef0c029bc8eec62d369

archive: Add --format option that switches between formats

Prepare for .tar support.

Change-Id: Ieb07702da1a54b41ae764fbb425f70826907b593
Improved-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

archive: Record executable and symlink bits

Setting the mode for a zip entry is now as simple as
"entry.setUnixMode(mode)", so do that.

The test checks using the system's "zipinfo" command (from InfoZIP)
that the mode has been recorded correctly on systems that happen to
have a "zipinfo" command, using org.junit.Assume to distinguish them.

Change-Id: I4236c102fd76f18d01b2dc926eeb9b9fa11a61b7

Merge "[RFC] archive: Switch to commons-compress as ZIP archiver"

Merge "Commit message may not necessarily be in UTF-8"

Fix DeltaWindow.clear() to release loaded buffer bytes.

It is possible for the buffer to be set but not the index. It
ocurrs when an exception occurs during creating an index, but
after the buffer is loaded. Furthermore, the cleared DeltaWindowEntry
should have been ent and not res.

Change-Id: I2e0d79540316635bf7aa43efd225e4eb38230844

[RFC] archive: Switch to commons-compress as ZIP archiver

The Apache Commons Compress library provides a similar interface to
java.util.zip with some features not found in java.util.zip, including
support for inclusion of metadata (file mode and symlink targets) and
support for multiple file formats (zip, .tar.xz, etc).

Use it, in preparation for making use of these features.  No
functional change intended yet.

A previous version of this patch used plexus-archiver.  That is a
heavier-weight dependency and offers a less convenient interface.

Thanks to James Moger and Chris Aniszczyk for advice.

Change-Id: Id01146950bb9c18dae0169311e3cde2c3bfa675e

Enable reuse of FileTreeIterator and FileEntry for non subclasses

For EGit change I2c41d86b8b74c2a334433de1bbfed5b36af872bf,
ContainerTreeIterator also needs to create entries for File objects in
case of filtered resources. Instead of reimplementing FileEntry there,
make the constructor public so that it can be reused.

Also allow to pass a WorkingTreeIterator instead of a FileTreeIterator
in FileTreeIterator's constructor, which is enough and allows to pass
other subclasses.

Bug: 358901
Change-Id: Ie0f9c9434ef7d73a8d73d4fe46db4147ded1d267
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <zx@twitter.com>

Merge "Support --cached in RmCommand"

Support --cached in RmCommand

Also extend documentation and add examples.

Bug: 395599
Change-Id: Id1ddbc9da787472f82e58834092bc073224b262b
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <zx@twitter.com>

Add basic "jgit add" tests

Change-Id: I056c2556c7db98bf57e2527dec11af7c3daf472a
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <zx@twitter.com>

add: Fix bad metaVar reference in <filepattern> help

Without this patch, "jgit add --help" throws two exceptions
(NoSuchFieldException: metavar_filepattern; MissingResourceException:
Can't find resource for bundle java.util.PropertyResourceBundle, key
metavar_filepattern) instead of printing a usage message, due to a
small typo and a missing declaration.

Change-Id: I4b848b3a8c7b1a49d8b9582809375daa4aca6b50

Commit message may not necessarily be in UTF-8

Trying different encoding makes presentation nicer
to user.

Change-Id: I2d2c2a95d0b5cd709855d7a67cbc247478434d2f

Merge "Do not warn about non-translated strings in the ant library"

Merge "Do not warn about non-translated strings in the iplog generator"

Merge "Do not warn about non-translated strings in the http library"

Add a case statement for fast-forward merge

This case was ommitted. Treat the same as a non-fastworwad
merge.

Change-Id: Ia81e2430dfe04c3ce9b6e2f8fb4b6c646293a174

Do not warn about non-translated strings in the ant library

Ant tasks are generally not translated, hence don't warn about
untranslated strings

Change-Id: I60920ccdaf3c0139979bb4ef19eb42036bb7e07f

Do not warn about non-translated strings in the iplog generator

This module is used by very few people so translation is not a priority
and hence we need no warnings about untranslated strings.

Change-Id: I11be2e9903583d1a3dade7bf3d5eb77a30152b7c

Do not warn about non-translated strings in the http library

The strings here are for machine-to-machine communications.

Change-Id: Ia0d19fce3d9843d18d329d9bc5b10d62c4125db8

RevWalk support for shallow clones

StartGenerator now processes .git/shallow to have the
RevWalk stop for shallow commits.

See RevWalkShallowTest for tests.

Bug: 394543
CQ: 6908
Change-Id: Ia5af1dab3fe9c7888f44eeecab1e1bcf2e8e48fe
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <zx@twitter.com>

Add support for rebase interactive 'edit' command

The 'edit' command allows you to change arbitrary commit
content and the message of any commit in the repository.

Bug: 394577
Change-Id: I43a44782cdb10b29f13784fa75ab37fe5d4da01b
Signed-off-by: Dariusz Luksza <dariusz@luksza.org>
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <zx@twitter.com>

Add support for rebase interactive 'reword' command

'reword' command is used to change commit message of any
commit in git history.

Bug: 394575
Change-Id: Ic974e76dfd923fd6f0cb8f07d1a6fbecd9abbf31
Signed-off-by: Dariusz Luksza <dariusz@luksza.org>
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <zx@twitter.com>

Add GarbageCollectCommand to porcelain API

Bug: 394544
Change-Id: I73faa55d860db64efc3412fee27386df47552a75
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <zx@twitter.com>

Have git-ls tree to accept path args like git-ls-tree

Usage is:

jgit ls-tree [-r|--recursive] <tree-ish> [-- paths...]

Change-Id: I2e1c9c3cc8cddfa12ca4bfb9afc4df0492a9fce1
Signed-off-by: Robin Rosenberg <robin.rosenberg@dewire.com>
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <zx@twitter.com>

Add config constant for "mergeoptions"

Bug: 336933
Change-Id: Idcc0fbc8a8143dd665e80e4d6f4a4adaeae287db
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <zx@twitter.com>

Add "jgit archive" tool that writes a tree as a ZIP file

C Git's "git archive" command represents a tree object using a
standard archival format like tar, zip, or tgz, ready for consumption
by other, git-unaware users or tools.

Add a bare-bones analagous "jgit archive" command to show what is
possible, supporting only ZIP format for now.  It uses java.util.zip
which is not aware of the InfoZIP extensions for representing symlinks
and file permissions, so symlinks, executable files, and submodule
entries are represented as plain text files.

Making this functionality available from the library, improving
handling of special entries, and support for other output formats are
left for later patches.  Ultimately the intent is to offer a
TreeArchiveStream class for use by web frontends like Gitiles to offer
"download as zip/tgz/txz" links and use by, for example, code search
tools to get easy access to the content of git tree objects.

Test with "jgit archive my-favorite-tree >out.zip".

Change-Id: Ib590f173ceff3df4b58493cecccd6b9a1b355e3d

Allow commandline tests to use raw output

Introduce a new CLIGitCommand.rawExecute() helper that behaves
just like execute() except that instead of processing its output
it returns it raw.

So now you can do

final byte[] expect = { 0, 1, 2, 3 };
final byte[] actual = CLIGitCommand.rawExecute(
"git show HEAD:goo.raw", db);
assertArrayEquals(expect, actual);

to test the output from "git show HEAD:goo.raw" without being
distracted by encoding issues.

Noticed while writing tests for a new "jgit archive" command that
writes its output in ZIP format.

Change-Id: I2fe6020a537975d0ccf414b7125d85d6cd86898c

Add support for pull with --rebase and --no-rebase

Bug: 394501
Change-Id: I697e2fc82a46c03762111eb1de93e673a2643b4f
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <zx@twitter.com>

Declare all thrown exceptions in Repository

Bug 393155
Change-Id: If702f2e54b17e82890f016126ee7bde4bff4af1d
Signed-off-by: Dani Megert <Daniel_Megert@ch.ibm.com>
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <zx@twitter.com>

Import non-java.* JRE packages

Otherwise loading javax.net.ssl.TrustManager fails if
osgi.compatibility.bootdelegation=false which became the Equinox default
since bug 344850 was fixed.

Bug: 392056
Change-Id: I464871723649095942dbf77da93890ac8ec39075
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <zx@twitter.com>

Adapt Status and CleanCommand to support cleaning directories

This adds the possibility to:

 * retrieve untracked directories from the status
 * instruct the CleanCommand to clean those directories.
 * retrieve ignored paths from the status
 * instruct the CleanCommand to leave those ignored paths alone

Bug: 338717
Change-Id: Ibed0459005a5e306c010b9932f5b5fd107fb5448
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <zx@twitter.com>

Add reflog command to JGit CLI

Bug: 394497
Change-Id: Ib8bc1d9fd789d22fe5f10e03068a11cfdd3e46eb
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <zx@twitter.com>

CheckoutCommand: Support checking out ours and theirs

The checkoutPaths body is split into two implementations, depending on
whether we are checking out the index or a branch. This improves
readability, as in the index case we now also need to have access to
DirCacheIterator.

Bug: 390147
Change-Id: I99fd599b25b2ace9bdd84535a56565286a3cb7f1
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <zx@twitter.com>

Make an exception for the formatting rules (turn off) for some files

Our rule to enforce javodocs for public members gives us a problem
because there are some patterns where javadoc make little sense so we
make the comments as small as possible, which our formatting rules do
not like, so disable it for those source files.

Change-Id: I6e3edb1e650ed45428b89cf41e6151b6536bca8a
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <zx@twitter.com>

Harmonize the JDT settings within JGit

Note the the settings are slightly less restrictive for test bundles.
-Also cleanup a couple of malformed javadocs
-Update compiler warnings/errors to include default values from Juno
-We now flag diagnosed null dereference as error. We didn't do that
 earlier because of some false positives.

Change-Id: I58386d63164e65d3d8d1998da3390d99bdc7381a
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <zx@twitter.com>

DirCacheEditor: Apply PathEdit for each stage

This behavior was defined in the Javadoc of PathEdit, but not actually
implemented.

It's necessary when one wants to use a PathEdit to check out a specific
stage in apply.

Bug: 390147
Change-Id: Iaed5cf60c554fc17e6c4d188caf4f0231da920d0
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <zx@twitter.com>

Add missing @since tags to mark API added in 2.2

Change-Id: I458167739210214fa54c4b3d62fac5abc82f96f7
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <zx@twitter.com>

Add support for --no-ff while merging

Bug: 394432
Change-Id: I373128c0ba949f9b24248874f77f3d68b50ccfd1
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <zx@twitter.com>

Add a test for org.eclipse.jgit.pgm.Tag

The test checks if an error is thrown when trying to create the same tag
for the second time.

Change-Id: I4ed2f6c997587f0ea23bd26a32fb64a2d48a980e
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <zx@twitter.com>