SONAR-2126: Change api to work with project file system

* Introduce InputFile (file and reference to base directory),
  which can be retrieved from ProjectFileSystem

* Reduce dependencies on MavenProject - don't use project.getPom()
  in DefaultProjectFileSystem and MavenUtils in ProjectUtils

revert IT to WAR mode

SONAR-2130 add some unit tests

SONAR-1526 ResourceFilters are not used by Squid

SONAR-2130 Publish measures of Java methods on resource tree

improve exception when saving a measure twice on the same resource

Merge branch 'master' of github.com:SonarSource/sonar

SONAR-2130 Publish measures of Java methods on resource tree

SONAR-2127 API: do not automatically create hierarchy of resource tree

SONAR-2126: Rename ProjectDirectory to FileSystemDirectory

SONAR-2126: Change API to work with project

* Add natures and exclusions/inclusions to ProjectDirectory

* Deprecate ProjectFileSystem and Project.getFileSystem()

* Instead of interface ProjectDefinition provide class
  only for bootstrap of batch

add the classes org.sonar.api.resources.Qualifiers and Scopes

create the module sonar-java-api dedicated to Java support

SONAR-1664: Add access to project settings/properties

SONAR-2066: Allow PUT requests from Java Web Service Client

Add new structure to define project in a form suitable for bootstrapping Sonar batch

SONAR-1514: Add support for a new Ant task to analyze projects

* Put sonar-design-plugin back to distribution

SONAR-1514: Add support for a new Ant task to analyze projects

* Add new environment - Ant.

* Introduce new component (Reactor) in order to break dependency on MavenSession.

* Add annotation SupportedEnvironment and corresponding check to BatchPluginRepository.
  To allow specify in which environments BatchExtension should be active.

* Use this new annotation to disable MavenDependenciesSensor in Ant environment.

SONAR-2115 add an unit test to reproduce the bug (Files with Windows end of lines are badly parsed by syntax highlighter)

SONAR-2113: Fix loading of static resources

* According to Javadocs name of resource should not start with "/"
  when loading directly from ClassLoader.

* Usage of malformed name was allowed because of bug in older version
  of plexus-classworlds.

SONAR-2113: Enable integration test

increase default memory used in quick-build.sh

add .gitignore to exclude temp directories of integration tests

SONAR-2110 Add Tomcat 7.x to list of supported servers

Simplify configuration of dev GWT modules

* Inherit settings from original module

* Introduce reusable module org.sonar.SonarDev

Do not let maven-release-plugin push changes to upstream.

* Pushing changes manually is better in case problems arise,
  as one can easily erase flawed commits locally through rebasing.

activate the dev profile in quick-build scripts

optimizing GWT compilation to speed up build in dev environments

merge 2.5: fix tracking of violations when message contains whitespace or is too long - fix a bug + add unit tests

merge 2.5: fix IT and web service TimeMachine

merge 2.5: open a new window when clicking on the warning of violations drilldown

fix TimeMachine webservice when metric is uncovered_lines or uncovered_conditions

fix tracking of violations when message starts or ends with whitespaces

merge 2.5: SONAR-2101 Drilldown is sometimes empty when the parameter characteristic is set

merge 2.5: SONAR-2024 Improvements to Java WS client

merge 2.5-RC2: fix random execution of NewViolationsDecorator

merge 2.5-RC2: inheritance of profiles - keep search engine context when reverting a rule to parent definition

upgrade to junit 4.8.2

Merge branch 'master' of github.com:SonarSource/sonar

merge 2.5-RC2: fix header for radiator plugin

merge 2.5-RC2: SONAR-1760: Support the annotation "@SuppressWarnings" at class level

merge 2.5-RC2: fix alignment of trend icons in the components page

SONAR-2067 Upgrade to JRuby 1.5.6

merge 2.5-RC2: add a warning message in violations drilldown when a period is selected

Add README

improve the date format in 'Time changes' select-box

merge 2.5-RC2: missing close of input stream

merge 2.5-RC2: save SNAPSHOTS.VARIATION_x columns on views

do not log timemachine messages 'Compare to ...' on views

filters: fix bug when CRITERIA.VARIATION is null

filters: fix bug on db migration + do not fail if criterion on disabled metric

Rule.getRulesCategory() must return a fake category instead of null

override the method WildcardPattern.toString()

SONAR-1481: Allow Findbugs extensions

Apply contributed patch

improve .gitignore

move sonar-update-center to its own repository

extracted sonar-dev-maven-plugin to its own repository

improve .gitignore

upgrade to maven-release-plugin 2.1 + fix scm url

[maven-release-plugin] prepare for next development iteration

[maven-release-plugin] prepare release 2.5-RC1

improve db migration to avoid deleting special snapshots (like pacbase projects)

fix migration to delete unvalid snapshots generated in sonar <= 2.3

exclude library snapshots from timemachine services

remove libraries from timemachine calendar

fix regression issue in violations drilldown: reload sources when selecting a new file

do not display the period select-box on treemaps

period by number of days : search for the nearest snapshot, even if it's older than (analysis date - nb of days)

variation periods: keep period when clicking on a resource from filters + disable treemaps

Violations viewer : do not display the empty period filter

improve batch logs : more details on the comparison periods

Violations viewer : keep the rule selected in drilldown

fix IT

Remove empty directories

Remove empty directories

Remove empty directories

fix derby migration

postgresql : improve type of PROJECT_MEASURES.VARIATION_VALUE columns

db migration improvement: use db-specific DDL to merge alter statements and speed up migration

display variation values of master project

rename the tab "Inheritance tree" to "Profile inheritance"

dbcleaner plugin: Change default value for cutoff beyond which we suppress all snapshots to 60 months

Set Sonar version to 2.4

Add php to list of plugins

SONAR-2078: Support new manifest entry "Extend-Plugin"

revert trunk version to 2.5-SNAPSHOT

Move timemachine components from core plugin to batch + do not depend on Snapshot in PastSnapshotLoader components + fix NPE when calculating variations on measures that are still not persisted

do not display skipped unit tests when value is 0

fix whitespaces in complexity widget

fix display of measures

fix display of measures

fix rendering of string measures

[maven-release-plugin] prepare release 2.5

[maven-release-plugin] prepare branch 2.5

rename select box in filter header

improve labels of diff views

inheritance tree: display the number of overriding rules

fix bug on oracle to avoid restarting the server

fix migration on oracle

log a warning when period properties are not valid