SONAR-2973 do not display the previous severity

Improvements of management of dashboards

* SONAR-1929 do not create a dashboard if another one with the same name exists

* SONAR-3103 unfollow default dashboard

SONAR-2662 Fix some issues

SONAR-2662 Insert feedback from Freddy

- Smaller font-size for dates in the action plan widget
- "Back" does not work on Chrome
- A user shouldn't have to be authenticated to list reviews
- In the "Plan" form, button "Plan" replaced by "Link"
- Remove background color for the table in the action plan widget
- Do not show closed action plans by default on the admin page so
  that the greatest "due for" date is displayed first

SONAR-3063 Make consistent look when widgets are empty

SONAR-3086 improve usability of review forms

Fix compatibility of the ruby method Widget#property_value with the SQALE plugin

SONAR-2662 Add the "Planned reviews" widget

SONAR-2662 Display review detail in the context of the project

SONAR-2662 Review widgets refactoring + open list on project context

SONAR-2662 Add "Unplanned reviews" widget

Rename a unit test in ProjectFilterTest

SONAR-3096 Exclude source sub-directories starting with a dot

Refactor the packages of sonar-core

* The root package should be org.sonar.core -> org.sonar.persistence is moved to org.sonar.core.persistence
* Classes are grouped by functional domain (resource, review, rule, ...)

SONAR-983 do not index libraries

SONAR-983 Display resource viewers when selecting a file

* New javascript global variable : baseUrl. Examples : '/dev' or ''

SONAR-2980 WS API: allow to retrieve unassigned reviews

Fix some quality flaws

SONAR-983 i18n, better purge, fix NPE when deleted resource

SONAR-989 add loading image on black background

SONAR-983 Index modules during migration

SONAR-983 Replace the existing Ajax search engine

SONAR-983 Improve relevance of results and group them by qualifier

SONAR-2660 Check that temporary directory is available for creation of a new files

SONAR-3090 Fix purge for MySQL

Fix backward compatibility of the ruby method Widget#property_value

Rename log in the migration script 231

SONAR-983 resources are indexed during analysis

 * Rename the column RESOURCE_INDEX.PROJECT_ID to ROOT_PROJECT_ID
 * Increase the size of RESOURCE_INDEX.PROJECT_ID
 * Clean resource index from dbcleaner plugin
 * Experimental: indexes all the existing resources during upgrade from sonar < 2.13

SONAR-2968 Do not force to add the root project to the property sonar.includedModules

SONAR-3107 do not hide initial exception when server components fail to start

Merge remote branch 'upstream/master'

SONAR-3105 Problem with the web service /api/projects and an oracle db

SONAR-2662 Improve the action plan widget

SONAR-2662 Improve action plans

- The create/update form is now on the same page as the listing of
  the action plans (and on an orange background)
- Must be possible to create action plans with the same name in
  different projects
- Do not put links on '0' in the progress bar
- Improve rendering of progress bar on Chrome
- Display an alert message if one wants to plan a review whereas no
  action plan has been defined on the project
- If only one action is available, select it automatically when
  planning a review
- Add a "Unlink" button and remove the "none" entry in the select box
- Add "Back" button on the review listing page
- Fix bug on Derby with dead_line date

SONAR-2662 Add action plan widget

SONAR-3054 Change some Findbugs rule titles

SONAR-2662 Adapt validation of dead_line

It should not be done at every save, but only when creating/editing
the action plan (=> it must be possible to close an action plan when
its dead-line is reached).

SONAR-2662 Various improvements on action plans

- Should not be possible to link a review to a closed action plan
- Display a message when about to close an action plan that has open
  reviews
- Display the date in red if the dead-line is in the past

SONAR-983 index existing projects during upgrade

+ remove unused SELECT operations from MyBatis dao

SONAR-3090 Remove DUPLICATIONS_INDEX.ID

In order to do this - remove entity DuplicationBlock and use native
query in PurgeUtils.

SONAR-2662 Make it possible to assign a review to an action plan

- From the resource viewer
- From the review detail/permalink page

SONAR-983 first implementation of the search engine of projects, directories and files

* The POST request to the URL /search/reset starts the indexation of resources

* The search engine is available at /search

SONAR-2662 Add missing files linked to new table "action_plans"

SONAR-2662 Make it possible to assign a review to an action plan

SONAR-2662 Allow to close & reopen an action plan

SONAR-3095 Update to JaCoCo 0.5.5

Fix violations

SONAR-2662 Create a pagination helper

It is currently used for the review listing page, but it can
normally be used elsewhere.

SONAR-2662 Create action plans which are a set of manual reviews

- Improve progress bar
- Display the list of reviews in a separate page which is still in
  the context of the project

SONAR-2662 Create action plans which are a set of manual reviews

- Create the service to manage action plans

SONAR-3101 fix the Collapse link

Refactoring: define the constant ResourceHelper::DUPLICATION_SNIPPET_DEFAULT_NB_OF_LINES=6

Move org.sonar.jpa.dialect to org.sonar.persistence.dialect and refactor DialectRepository

SONAR-983 create table RESOURCE_INDEX

The related myBatis classes are in the package org.sonar.persistence.resource

Minor refactoring on ruby variable names

Fix the URL /widget

SONAR-1929 add ability for administrators to delete dashboards registered programmatically by plugins

+ SONAR-3103 Do not allow to unshare dashboard when it's used as a default dashboard

SONAR-3101 "Duplications" tab shows incorrect lines

SONAR-3099 Search of reviews by id must ignore other criteria

SONAR-1929 do not register dashboards which name already exits

+ remove the useless column DASHBOARDS.KEE

SONAR-1929 move the package org.sonar.api.web.dashboard to org.sonar.api.web

No need anymore of a dedicated package

SONAR-1929 minor refactoring + add some tests

Fix typo in conf/sonar.properties

Fix violation, add test

Fix violations

SONAR-3060 Improve new CPD algorithm

* Remove recursive part of algorithm to avoid StackOverflowError
* Fix violations

SONAR-1929 refactor the extension point to define dashboards

SONAR-1929 refactoring of the extension point Dashboard

SONAR-3034 API: default value of WidgetProperty is not injected in Ruby widgets

The column WIDGET_PROPERTIES.VALUE_TYPE is removed because it duplicates the Java extensions.

SONAR-2795 Add pagination over 20, with "First" and "Last" links.

rename the constant ReviewDto.STATUS_OPENED to STATUS_OPEN

SONAR-3086 do not strikethrough rule name when review is resolved

Merge remote branch 'upstream/master'

SONAR-1929 Improve the Dashboard template API

Use of enum instead of simple String constants.

Decrease visibility of some methods of org.sonar.persistence.review.ReviewQuery

SONAR-2984 review widgets must not fail if reviews have no comments

SONAR-3984 allow to delete all the comments

SONAR-3086 improve the detail of a review

SONAR-3086 Improve usability of review forms

SONAR-3086 Improve usability of review forms

Sonar Persistence API refactoring

- Class mapped to tables should now be named "MyTableDto"
- DTOs, DAOs and Mappers of a same concern should be packed in a
  single package, allowing to use package visibility amongst them.

=> org.sonar.persistence has been reorganized following those rules.

SONAR-1929 Fix problem migration (I18n API not initialized)

Fix test

SONAR-1929 Fix problem with MyBatis on Oracle

Fix violations

SONAR-3060 Refactor new CPD algorithm

* Fix violations
* Remove duplications
* Add Javadocs
* Method SortedListsUtils#contains now uses iterators, so doesn't
  require RandomAccess list in order to work efficiently in terms of
  performance.

SONAR-2018 Improve rule for detection of commented-out code

Proper recognition of JSNI methods (GWT).

SONAR-3058 downgrade to jetty 6.1.25 because of AJP regression

SONAR-2973 improve the form that changes severity

SONAR-2912 [Rename quality profile] Default value: put profile name

SONAR-2939 Rename "Functions distribution /complexity" metric

Original request: "On the complexity widget, rename "Functions
distribution /complexity" in "Methods distribution /complexity"

SONAR-2399 In differential mode, display reviews until today

SONAR-2018 Improve rule for detection of commented-out code

JSNI methods (GWT) should not be considered as commented-out code.

SONAR-2018 Improve rule for detection of commented-out code

* Only one violation in one block of comment.
* Proper recognition of Javadocs.

SONAR-1929 Modify the new DashboardTemplate API

- Replace the annotation-based one with a POJO one
- Fix some issues based on Simon's feedback

Add utility class to simplify assertions in tests for checks

And update tests to use this new class.

SONAR-2973 fix the severity of violations if manually set by end-users

SONAR-3063 Implement the hotspots page as a dashboard

SONAR-1929 Add localization to name & description of dashboards

SONAR-1929 New extension point: dashboard template

- Create API
- Make required DB modifications (on MyBatis side)
  * new 'loaded_template' table
  * new 'kee' column on 'dashboards' table
- Create startup RegisterProvidedTemplates
- Create 2 first implementations:
  * the main Dashboard
  * a simple Hotspot dashboard (will be done in another ticket)
- Update migration scripts (remove creation of main dashboard)

Fix some violations