SONAR-2327, SONAR-2382 Refactor code

Purpose: review service and web service use the same DB request method

Use parameter target instead of deprecated tasks for maven-antrun-plugin

Slightly improve fix bug of violation tracking when past violation has no checksum.

Fix bug of violation tracking. NPE when past violation has no checksum.

SONAR-2261 Exclusion patterns must be trimmed

Trim them on Java and Ruby side.

SONAR-2321 Fix test for Windows

SONAR-2321 Cobertura plugin must not search for XML reports when Cobertura has not been executed

SONAR-2382 Create a new "reviews" web service API

SONAR-2327 Improve rendering for violations when source code is missing

Improve display of resource viewers on projects and directories.

SONAR-2338 Unable to drilldown by dependency metrics from sub-project

SONAR-2201 Display project violations

Exclude sonar-testing-harness from analysis. It's used for unit tests.

Define new constants in DecoratorBarriers

START_VIOLATION_TRACKING and END_OF_VIOLATION_TRACKING are used to benefit from tracking data of Violation :

- Violation#isSwitchedOff()
- Violation#getCreatedAt()

More information in Javadoc.

SONAR-2381 The "violations" web service API must return violations decorated with review

SONAR-1973, SONAR-2327 Fix issues based on Evgeny's feedback

SONAR-1973, SONAR-2327 Fix issues based on Freddy's feedback

SONAR-2382 Create a new "reviews" web service API

SONAR-2381 Improve the violations WS decorated with reviews

Fix NPE

Force creation of project workDir

Set project description to empty string if property was not specified

Move derby logs generated during unit tests to target/

Ignore plugins/sonar-core-plugin/derby.log generated during unit tests

Remove System.out.println

Fix loading of locale in charts

Increase timeout of CommandExecutorTest for slow boxes

SONAR-2202 Calculate variations on quality model measures

SONAR-2384 append target='_blank' when building an hyperlink

Fix scheduling of ViolationDecorator

ViolationPersisterDecorator must be executed before computing measures on violations, so the flag switched_off is correctly loaded from database.

Fix some ruby warnings (don't put space before argument parentheses)

SONAR-2386 Web service should return lineId for violation only if value exists

Fix vertical alignment of severity icons

Add header to comparison of quality profiles

Ensure that cost to fix violation cannot be set to negative or NaN value

Merge branch 'master' of github.com:SonarSource/sonar

SONAR-2299 Show Hibernate SQL only if debug logging level enabled, but not info level

SONAR-2384 use backtick instead of simple quote in the HtmlCodeChannel

SONAR-2386 Define contract for lineId in Violation

Value can be null or greater than zero, so setter must log warning if
not null and less than 1. It will throw an exception in future releases.

SONAR-2266 ProjectFileSystem should return only existing source and test directories

Fix violations

SONAR-2369 User list is not correctly sorted in the Groups page

SONAR-2323 Remove logs specific to Maven

Write valid HTML : a tag is badly closed

SONAR-2179 the 'bulk change' option of quality profiles fail when there are too many selected rules

SONAR-2327 Provide a new "Reviews" service

SONAR-2327 Provide a new "Reviews" service

SONAR-2382 Highlight selected line in source panel

SONAR-2382 Display source in review detail

SONAR-2298 Rename MavenProjectBuilder to ProjectBuilder

SONAR-2327 Provide a new "Reviews" service

SONAR-1973 Rework action link positions

Fix rendering of age (variable {count} not interpreted)

Merge branch 'master' of github.com:SonarSource/sonar

Do not feed RULE_FAILURES.PERMANENT_ID when rendering violations

SONAR-2384 Fix a bug on HtmlListChannel which was due to CodeBuffer.length() method and make the HtmlEmphasisChannel handle sentence

SONAR-2382 Complete review web service

SONAR-1973 Fix bug in DB request

SONAR-2327 add help on markdown

SONAR-2327 split actions for resource viewer and reviews page

SONAR-2298 Add support for multi-modules for non-Maven projects

* Use ProjectDefinition in ProjectTree instead of MavenProject

* Allow to specify extensions for project's container via
  ProjectDefinition, so MavenProject not passed directly to batch in mojos

* ProjectDefinition should store all information in properties

* Replace DefaultProjectFileSystem by DefaultProjectFileSystem2, which
  works not only for Maven projects

* Add DefaultProjectClasspath, which works not only for Maven projects

* Enable ProjectLinksSensor only for Maven

SONAR-2371 UnitTestDecorator should not save anything if tests measure already exists

Sonar Markdown : Fix typo in the javadoc (Thanks Evgeny)

SONAR-2358 Add unit test

SONAR-2384 Add support for html list and fix javadoc by escaping html tags

Add some javadoc to the Sonar Markdown module

Sonar Channel : Add license header to package-info.java file

Add some javadoc to the Sonar Channel module

Merge branch 'master' of github.com:SonarSource/sonar

SONAR-2358 Reapply patch 'Mechanism to calculate checksums for violations is unstable'

SONAR-2384 Support markdown in review comments

SONAR-2384 Add a new HtmlCodeChannel to transform ''printf()'' into <code>printf()</code>

SONAR-2384 Complete the support of emphasis

SONAR-2384 Fix CI failure by updating the header of the RegexChannel file

SONAR-2384 First implementation : Create a markdown dedicated to Sonar needs

SONAR-2384 First implementation : Create a markdown dedicated to Sonar needs

Sonar Channel : Slightly improve the readability of the source code in charge to increment the line number

SONAR-2344 Improve the algorithm in charge to define/update the creation date of each violation

SONAR-2327 improve CSS

Tests should be independent from EOL in resources

SONAR-2381 temporarily deactivate switch-off property from violations ws

SONAR-2381 The "violations" web service API must return violations
decorated with review

Ruby controller updated, need now to add the WS client part of it

SONAR-2380 The "violations" web service API must not return
"false-positive" violation

Also modified the batch side ViolationQuery class that I created so
that they have the same API.

SONAR-2380 The "violations" web service API must not return
"false-positive" violation

SONAR-2327 rotate the icon status/open.png

SONAR-2327 first step to refactor reviews page

SONAR-2327 add link to review

SONAR-2327 render review results in a table

Merge remote branch 'upstream/master'

SONAR-1973 Improve Resource Viewer

SONAR-2341 Deprecate Project.getPackaging and don't use it in findbugs plugin

Increase coverage for a new code in UnitTestDecorator

Update some Maven plugins to latest versions for thread safety

* maven-assembly-plugin 2.2.1
* maven-plugin-plugin 2.7
* maven-antrun-plugin 1.6
* maven-war-plugin 2.1.1

SONAR-2379 Fix ClassCastException in DependencyUnmarshaller

GwtUtils.getString returns string representation of a numeric field,
so this is a contract in WSUtils.getString and JdkUtils.getString
must not cast Object to String.

SONAR-1973 Improve Resource Viewer

SONAR-2293,SONAR-2282 Re-apply changes, which were lost

SONAR-2347 Add unit test to ReviewsDecorator

SONAR-2378 Fix directory attributes in zip archive

Apply workaround for http://jira.codehaus.org/browse/MASSEMBLY-422
described in comments for http://jira.codehaus.org/browse/MASSEMBLY-449

SONAR-2255 the metric 'classes' must not be 0 on unit tests

SONAR-1973 Add possibility to show only switched-off violations

Remove unused file

Fix crlf

Fix crlf

SONAR-2367 Filter error when a column is on a disabled metric