SONAR-3323 slight improvements of snapshot#metric_keys

Improve logging of exception during server-side picocontainer startup

Add MyBatis stuff for table AUTHORS

SONAR-3357 Improve the "Violations" widget

- replace "On new code" label by "Added"
- replace "On old code" label by "Removed"

Refactor the table AUTHORS

* add primary key
* rename the column COMMITTER to LOGIN

Improve message when database must be upgraded

SONAR-3354 Display empty table instead of message if no measures

Fix violations

Improve DB readme file.

SONAR-3295 sonar.jacoco.excludes must exclude classes from coverage report

SONAR-3346 Add property "sonar.pmd.generateXml"

SONAR-3352 Change boolean columns to non-nullable in migration script

SONAR-3352 Fix issue linked to nullable boolean columns

SONAR-3346 Consume violations directly from PMD - no need to parse XML

SONAR-3347 Limit time of analysis of single file for bridge between PMD and Sonar CPD

SONAR-3031 Add logging for exceptions from Checkstyle

SONAR-3032 Add parameter suppressLoadErrors to Checkstyle rules RedundantThrows and JavadocMethod

SONAR-3295 sonar.jacoco.excludes must exclude classes from coverage report

SONAR-3354 Display an explicit message if no measure is available

SONAR-3353 TimeMachine widget not correctly displayed

This happens if for all the metrics that must be displayed, each one
of them has only 1 snapshot with a non-null value. In this case, the
sparkline can't be displayed, so there's a layout problem in the
<table> element.

SONAR-2197 Be able to display Design/Libraries tab for any languages

Also modified to be displayed only when required measures are
available:
- the Dependencies tab
- the LCOM4 tab

Fix violations

Fix some quality flaws

Add some HTML ids for integration tests

SONAR-3224 update javadoc

Fix some quality flaws

Enforce that parameters are non null by default in sonar-checkstyle-plugin

SONAR-3224 remove the need for server restart

SONAR-3224 API: support Ruby on Rails applications

SONAR-3323 Display tab/page/widget only when required measures exist

=> new annotation @RequiredMeasure(mandatory={}, oneOf={}) that can
   be applied on any views.
   Tested on pages, tabs and widgets

Fix backward-compatibility of /api/properties

Keep status 200 when property not found

SONAR-3343 Improve AnnotationRuleParser for better consistency

When a rule is annotated, its name and its description fields
should be saved as NULL if they are not not provided.

SONAR-2977 Stop Sonar if more than 1 default profile for a language

SONAR-2977 Fix issue when new profile added and set to default

If in a new version, a plugin adds a new profile and sets this one as
the default profile, then the language gets 2 defaults profiles.
=> Fixed.

SONAR-2084 missing whitespace

SONAR-3289 Mark metric 'class_complexity_distribution' as deprecated

Remove calendar.css from dev mode

SONAR-3328 Measure drilldown should not display zero variations

SONAR-3229 PMD fails when inspecting Java files suffixed with .jav

Remove some classes of org.sonar.check that are deprecated since 2.3

SONAR-2900 The AnnotationCheckFactory should accept check objects and not only check classes

SONAR-3344 Display metadata of SonarSource licenses

API: add the methods DateUtils#parseDateQuietly(String) and parseDateTimeQuietly(String)

SONAR-3289 Mark metric 'class_complexity_distribution' as deprecated

SONAR-3006 Remove ChartsControler and related code

This is useless now the TimeMachine service has been replaced.

SONAR-3006 Remove the old TimeMachine page & all related code

SONAR-2084 open documentation in a new tab

SONAR-2084 improve usability

SONAR-2084 fix some quality flaws

SONAR-2084 fix the key of the property sonar.secretKeyPath

SONAR-2084 focus on the clear text input when loading the administration console

SONAR-3283 Do not allow to search reviews by author/assignee ID

SONAR-3278 Fix some rendering issues

And do not display permalink icon for reviews (as the URL is already
a permalink).

SONAR-3289 On java projects compute complexity distribution by file

And do not compute complexity distribution by class.

Add some Javadocs

SONAR-3072 Fix wrong refactoring of ViolationTrackingDecorator

Merge remote-tracking branch 'origin/master'

Fix POST /api/properties on embedded database

SONAR-1700 Some links to the projects end up in new session

SONAR-2977 Setting a profile to default via the API doesn't work

SONAR-2721 Display number of "projects" in "Size" widget

Thus add new metric - 'projects'.

Reformat code for some core widgets

* Replace tabs by spaces
* Align blocks

Revert "SONAR-2977 Setting a profile to default via the API doesn't work"

This reverts commit 43012d7d54f1a0bdff26c4cc4f656ea8e4e1b93d.

SONAR-1378 validate type when creating/updating properties with the web service /api/properties

SONAR-2977 Setting a profile to default via the API doesn't work

SONAR-1378 auto-detect password properties that are suffixed by .password.secured

SONAR-3072 Restore behaviour of tracking of violations when importSources=false

Minor - remove useless ; in enum

SONAR-1378 validate property types + update type of core properties

SONAR-3277 Improve HTML rendering

Add missing license headers

SONAR-3072 sonar-diff module is useless for the moment, so remove it

Move all code directly into sonar-core-plugin.

SONAR-3319 Extract code used for backward compatibility into a method

SONAR-3072 Add greedy algorithm to track violations based on blocks

SONAR-3316 trim all the properties

SONAR-2043 fix error when opening file without sources and with the URL parameter period

SONAR-3334 Drop the table RULES_CATEGORIES

Merge remote-tracking branch 'origin/master'

Do not use deprecated rule categories (column MEASURES.RULES_CATEGORY_ID, table RULES_CATEGORY_ID), but keep them in API for backward-compatibility

SONAR-3332 API: delete the deprecated class org.sonar.api.batch.AbstractViolationsStaxParser

Merge branch 'current'

SONAR-3319 Update location of HMLT files in L10n English plugin

SONAR-2084 complete Web UI to encrypt properties

SONAR-1378 Add the ability to specify a "type" when defining a plugin property

SONAR-2084 default value of sonar.secretKeyPath is ~/.sonar/sonar-secret.txt

Fix some quality flaws

SONAR-3319 Update one test method

SONAR-3319 Prevent conflicts in l10n of description for rules

Indeed, repository key must be used.

=> HTML description files must now be stored in:
       org.sonar.l10n.<pluginKey>_<Language>.rules.<repoKey>
   instead of:
       org.sonar.l10n.<pluginKey>_<Language>

(which means that existing files just have to be moved into a
 subfolder named "rules/<repoKey>")

=> Backward compatibility is ensured
=> This also works if several plugins define rules for the same repo

SONAR-3327 Make the links to external resources open on a new tab

SONAR-1708 Problems with alert status

SONAR-3326 Problem displaying History when project has a Green Alert

SONAR-2084 add the page "Settings Encryption"

Fix some quality flaws

Fix quality flaws in tests: remove unused imports

SONAR-3072 Add sonar-diff library

Skip sanity checks in dev profile

Move skip of sanity checks from quick-build scripts into dev profile.
This is more convenient at least for users of Maven bash completion.

Do not log 'require upgrade' on fresh installs

SONAR-2084 complete web UI to generate secret key and to encrypt passwords

SONAR-2084 draft of new page 'Password encryption'

Merge remote branch 'origin/master'