SONAR-5877 Fix bug with large duplications column

Merge remote-tracking branch 'origin/branch-4.5'

Conflicts:
sonar-colorizer/src/main/java/org/sonar/colorizer/HtmlOptions.java
sonar-plugin-api/src/main/java/org/sonar/api/batch/SonarIndex.java
sonar-plugin-api/src/main/java/org/sonar/api/component/ResourcePerspectives.java
sonar-plugin-api/src/main/java/org/sonar/api/web/CodeColorizerFormat.java

Disable execution of JS tests if -DskipTests

SONAR-5864 API cleanup
  * add a proper way to create perspective on InputFile
  * add a proper way to convert InputFile to resource
  * deprecate colorizer

SONAR-5877 Fix showing of duplications

SONAR-5718 Encode url parameters for bulk change

Fix quality flaws

SONAR-5867 SONAR-5819 Index symbol highlighting and exploit it in api/sources/lines

Enable all web MTs

Fix loading of available port in sonar-web

Remove unused javascript code

Fix quality flaws

Support port paratemer in grunt

Use an available port for JS tests

Rename index type issueAuthorization to authorization

Delete unused class IssueAuthorizationDto

Add missed zero trend icon

Fix execution of web medium tests. Fix minification of the js files

SONAR-5871 Add duplications to file_sources

Add grunt jshint

Add server benchmarks

SONAR-5801 Use short instead of int in ES source line index (size optim)

Cosmetic refactoring of org.sonar.server.source.index

Fix sonar-data-test

SONAR-5718 Fix syntax highlighting in the issues page

Minor improvement in ServerTester

Revert previous commit to have faster build

This reverts commit 6516646e2f0b558ef81f8be705ae0c1764c0eb17.

Use the shared Elasticsearch instance in EsTester

Fix thread leak in server tests

Shared elasticsearch instance for server tests

End of CI error investigations - creation of ES indices was not synchronous, so failed on slow boxes

CI error investigations - add verifications when creating index

CI error investigations - add logs to ServerTester

CI error investigations - add logs to ServerTester

CI error investigations - temporarily disable random execution of tests

CI error investigations - temporarily disable tests using EsTester

Temporary increase of JVM memory for server tests

Fix qualify flaws

Remove ignored tests

Fix memory leaks in server medium tests

Re-enable random execution of tests

SONAR-5867 Add symbol references data into file_sources table

Revert "SONAR-5742 Add ignorePaging parameter handle to WS client (for IT)"

This reverts commit 58dd4353773af1c010facbcc05c17cd1cac5b9be.

SONAR-5742 Add ignorePaging parameter handle to WS client (for IT)

SONAR-5718 Apply feedback

Fix quality gate modals

Omit lucene norms on non-analyzed string fields

Do not memory store for elasticsearch tests

Fix closing of connection in SourceLineResultSetIteratorTest

Fix DB connection leak

SONAR-5742 Add explicit parameter to ignore paging in issue search

Do not reuse previous Elasticsearch installations in EsTester

SONAR-5878 Fix another regression (should not remove root properties from TaskProperties)

SONAR-5872 Apply feedback

SONAR-5877 Make the coverage and duplication popups work

Fix quality flaws

SONAR-5878 Fix regression on deep multi-module projects after previous change

SONAR-5718 Drop old issues page

Fix quality flaws

Temporarily disable random execution of tests for investigating infra FP

SONAR-5877 Fix adding manual issues

Migrate source viewer to js

SONAR-5878 High memory consumption for very big Maven projects

Fix compatibility of migration FeedFileSources with Oracle

SONAR-5866 Add coverage data to lines WS

Increase timeout of ES to go to yellow status (3s -> 30s)

Add module sonar-server-benchmark

SONAR-5877 Unified source viewer

Fix quality flaws

SONAR-5866 Fix UT

Update web MTs

SONAR-5866 Add IT and Overall coverage data into file_sources

Stabilize startup of ES in tests

Add some missing close()

Fix critical issue in WorkDuration

Improve issue indexing

SONAR-5801 support empty files

+ fix quality flaws

Support empty files in SourceLineResultSetIterator

Change type of column PROJECTS.AUTHORIZATION_UPDATED_AT from TIMESTAMP to BIGINT

Temporarily disable benchmark of issue db extraction

Refactor issue authorizations in Elasticsearch

Fix DB connection leak

SONAR-5819 Fix handling of empty line (IOOBE in WS)

SONAR-5868 Protect against NPE when there is no source for a file (e.g directory)

Fix faulty test

SONAR-5819 Add highlighting in api/sources/lines

SONAR-5872 Apply feedback

SONAR-5868 Improve performances of fs indexation

SONAR-5868 Add WS to fetch line hashes for issue tracking

SONAR-5845 Fix overlap of issue message and issue line number

Update qualifier icons

SONAR-5845 Fix separator between issues

SONAR-5718 Small UI fix

SONAR-5718 Fix double page loading

Consistent view of source scm

SONAR-5868 Try to reduce memory consumption of line hashes

SONAR-5718 Fix grouping issues by component

SONAR-5718 Show SCM around the code

SONAR-5718 Group issues by component

Fix some quality flaws