Check for write errors in standard out and exit with error

The underlying problem is that System.out is a PrintWriter and
as such it does not throw exceptions on error, but rather just
sets a flag and continues.

This changes replaces the use of System.out with a PrintWriter-like
writer that does not catch error, but instead throw them to the
caller.

Bug: 366243
Change-Id: I44405edc4416e943b87f09a0f6ed041c6c51b046

Merge changes I8449695e,Idecd8018

* changes:
  Use assertEquals instead of == for literal primitives
  Use assertTrue/False instead of equals with boolean literals

Use assertEquals instead of == for literal primitives

Change-Id: I8449695ecc94a423369a7644a6ec93cf0cacef5d

Use assertTrue/False instead of equals with boolean literals

This include replacing assertTrue(!..) with assertFalse()

Change-Id: Idecd8018641454e10127d82ea3ddda3f671489ef

Merge "Ignore non-commit refs when in RevWalkUtils.findBranchesReachableFrom"

[findBugs] Silence warning about Transport initialization

Change-Id: I98fc9720106bcd873b330090bafde276508f8a40
Signed-off-by: Robin Stocker <robin@nibor.org>
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Fix ResolveMerger issue with submodule conflict

ResolveMerger throws a MissingObjectException when it encounters
a submodule conflict while merging. The reason is that it treats
the submodule link as a blob and tries to read its contents.

We solve the issue by detecting before content merge whether the
path to be merged is a submodule link, and skip the content
merge if it is.

Bug: 389238
Change-Id: I9a58dfc7716b28a21f5c04cf3a865091ae8dfe7e
Signed-off-by: Tommi Siivola <tommi.siivola@eficode.com>

Merge "Added new Status CLI command 'jgit status'"

Merge "README: Convert to Markdown and rename to README.md"

Ignore attempts to set the timeout to -1

The value of -1 is the default value used by the underlying http
transports provided by the jre. On some versions an attempt to
set the timeout explicitly to -1 triggers a check condition,
disallowing negative numbers.

Bug: 389003
Change-Id: I74a22f8edc6c8e15843ad07c96a137739d9dcad1
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Added new Status CLI command 'jgit status'

This is a first basic implementation that displays current branch and
list of files of various status, but isn't as refined as its native
counterpart (e.g. does not say if we're ahead or behind the remote).
It's been helpful in the diagnostic of bug #347885.

Bug: 348318
CQ: 6769
Change-Id: Ifc35da608fbba652524c1b5b522e3c0d5369ad5e
Signed-off-by: François Rey <eclipse.org@francois.rey.name>
Signed-off-by: Robin Rosenberg <robin.rosenberg@dewire.com>

README: Convert to Markdown and rename to README.md

This makes it display nicely on the GitHub mirror repository. And it is
still very pleasant to read in plain text.

Change-Id: I0c5e1caa58a22684cdbd9a02e9ec38e97d5adb1a
Signed-off-by: Robin Stocker <robin@nibor.org>

Ignore non-commit refs when in RevWalkUtils.findBranchesReachableFrom

This methods is for finding branches only.

Change-Id: Ic68b5295ff814401890f0592ae95851554706ca6

Mark fields of BaseReceivePack private

None of these should have been exposed to base classes. The majority
of them are private implementation details that are not required by a
subclass in order to interact with the base protocol definition. The
few that are needed should be visible as accessor methods, so the
internals can be modified without breaking the public JGit API.

Change-Id: I874179105c9c37703307facbbf99387c52bf772c
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Delete checkObjectCollisions from PackParser

This flag was added to provide an unsafe operation on the local
repository because the storage.dht code was too damn slow to provide
proper safe Git behavior all of the time. Now that stoarge.dht has
been removed from the repository, also delete this unsafe flag to
prevent applications from misusing the JGit library and permitting
users to potentially damage their local repository with bad data
received from an untrusted peer.

Change-Id: Ib1861c48bb74836731e7b7d57b635dd654b0dc66
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Delete storage.dht package

This experiment proved to be not very useful. I had originally
planned to use this on top of Google Bigtable, Apache HBase or
Apache Cassandra. Unfortunately the schema is very complex and
does not perform well. The storage.dfs package has much better
performance and has been in production at Google for many months
now, proving it is a viable storage backend for Git.

As there are no users of the storage.dht schema, either at Google or
any other company, nor any valid open source implementations of the
storage system, drop the entire package and API from the JGit project.
There is no point in trying to maintain code that is simply not used.

Change-Id: Ia8d32f27426d2bcc12e7dc9cc4524c59f4fe4df9
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Output result of switching branch -- o.e.jgit.pgm.Checkout

Change-Id: I9829950b686ce3b8c70b8f7a1774d5e2b55cd00a
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Fix NPE when notes are present

Change-Id: If9200ae4a7f582a5562aecf323ff0430ba154583
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

cleanup: use assertArrayEquals for assertion on arrays

Change-Id: I1df945011f8e5f03959b693d3564fe357e707f91

cleanup: Prefer assertEquals over assertTrue(....equals(...))

That is the common style and yields better diagnostics on failure.

Change-Id: I831a55615a812734af0912a5d6bbfd1edc75308e

Merge "Support branches with name 'config'"

Merge "Add tests for more coverage of CheckoutCommand"

Add tests for more coverage of CheckoutCommand

Change-Id: Id3ab5f56f88d7e9636c71b30258c268a75fc422e
Signed-off-by: Robin Stocker <robin@nibor.org>
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

DirCacheCheckout: Fix handling of files not in index

When a file is not in the index and neither contents nor mode differ
between "head" and "merge", the index state should be kept. If they
differ, a checkout conflict should occur. This is described in Git's
git-read-tree.txt.

JGit used to replace the index state with "merge" in both of the above
cases.

A confusing effect of this was that when one removed a file and then did
a rebase, the file silently reappeared again.

The changes to dir/file conflict handling are a consequence of this
change, as the index handling change made tests in DirCacheCheckoutTest
break. I compared these cases to C Git and the new behavior there also
matches what C Git does.

Bug: 387390
Change-Id: I5beb781f12172a68f98c67d4c8029eb51ceae62d
Signed-off-by: Robin Stocker <robin@nibor.org>

Create an input stream that transforms LF to CRLF

The transformation is the same as AutoCRLFOutputStream does, but
the direction is reversed. The tests are reused, but the implementation
derives somewhat from the EolCanonicalizingInputStream.

This stream will be used to compare blobs with LF line endings with
worktree data that has CRLF line endings.

Bug: 387501
Change-Id: I80d96e453e7f780dd464a89778de124cf35384e1
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Enhance statistics for repo by sizes and ref-counts

The statistics for a repo now expose how many bytes are used in the
filesystem to store all loose/packed objects. The number of packed/loose
refs are also exposed.

Change-Id: I335a4c7630a2629a86f13a2a5cd99f79a2c2afa4

Implement a parser for dates

In order to parse user specified strings containing date and time info
a thread-safe parser is implemented. This is needed for example to
interpret configuration parameters (e.g. gc.pruneexpire where need to
parse strings like "2 weeks ago"). The parser is thread-safe by caching
SimpleDateFormat instances in a ThreadLocal cache.

Native git has a parser called approxidate which is able to interpret a
huge number of formats ("1 year ago", "tea time", ...). Ideally JGit
should be able to parse the same strings as native git but for now this
parser understands the following subset:

"now"
"yesterday"
"(x) years|months|weeks|days|hours|minutes|seconds ago"
"yyyy-MM-dd HH:mm:ss Z" (ISO)
"EEE, dd MMM yyyy HH:mm:ss Z" (RFC)
"yyyy-MM-dd"
"yyyy.MM.dd"
"MM/dd/yyyy"
"dd.MM.yyyy"
"EEE MMM dd HH:mm:ss yyyy Z" (DEFAULT)
"EEE MMM dd HH:mm:ss yyyy" (LOCAL)

Change-Id: Iccb66dadb60da13104e73140e53d5e2de068369c

Merge "Fix gc's usage of progress monitor"

Fix Jetty's p2 repository URL

The Jetty 7.x p2 repository was moved to the archive server

Change-Id: If864c64e8a64ced9b9b982332b412b367a6c1011
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Update last jgit release version used in clirr API checks

Change-Id: I20b1dd7d45eb7bb2644865f019ab726354c840c7
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Update maven plugin versions

Change-Id: I547e89b11eaa291f1e512a209ac49eaa15273b42
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Enable rebase to continue for all rebase stages

EGit should be able to continue a rebase started by C Git.

Change-Id: I63058026295fec34157b5687ae87ae9cb0c27c86
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Merge "Refactor detection of Windows platform to SystemReader"

Merge "Set core.precomposeunicode to true when creating repository on Mac"

Merge "Refactor detection of OS X to SystemReader"

Fix gc's usage of progress monitor

Change-Id: I8dcdf0b83e91e6132dc490e8ec53818220773c94
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Refactor detection of Windows platform to SystemReader

Change-Id: Id0b8aef92f10572d4f1ec198e0281162fcd7ed4e

Set core.precomposeunicode to true when creating repository on Mac

Java has no option but to use precomposed Unicode, so we should
state that when creating a new repository. Not that Java will use
precomposed unicode regardless of this setting, but this reduces
the risk of incompatibility with C Git.

Change-Id: I3779b75f76d2e2061c836cbc9b4b7c2ae0cf18f4

Refactor detection of OS X to SystemReader

Change-Id: I34e9ba4a26f7af5b88140c070f02a7990f1941af

Merge changes I98df46ce,Ifb815a12,I051a1724

* changes:
  Support [<ref>]@{upstream} revision syntax
  Support parsing previous checkout as a revision expresion.
  Allow a @ without branch in revision syntax

Merge "Refactored method to find branches from which a commit is reachable"

Merge changes I4f73487b,I1d1ed122

* changes:
  The Git API's only likes /, not \ in paths
  Skip a test that cannot be verified on Windows

The Git API's only likes /, not \ in paths

Therefore this test fails on Windows

Change-Id: I4f73487b720ea1479e95108344f1dc3711106408

Skip a test that cannot be verified on Windows

Change-Id: I1d1ed122c714f39ca7fb557224756205274804eb

Support branches with name 'config'

JGit was not able to lookup refs which had the name of files which exist
in the .git folder. When JGit was looking up a ref named X it has a
fixed set of directories where it searched for files named X
(ignore packed refs for now). First directory to search for is .git. In
case of the ref named 'config' it searched there for this file, found it
(it's the .git/config file with the repo configuration in it), parsed
it, found it is an invalid ref and stopped searching. It never looked
for a file .git/refs/heads/config.

I changed JGit in a way that when it finds a file in GIT_DIR which
corresponds to a ref name and if this file doesn't contain a valid ref
then it will ignore the InvalidObjectIdException and continue searching.

Change-Id: Ic26a329fb1624a5b2b2494c78bac4bd76817c100
Bug: 381574
Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>
Signed-off-by: Stefan Lay <stefan.lay@sap.com>

Refactored method to find branches from which a commit is reachable

The method uses some heuristics to obtain much better performance
than isMergeBase.

Since I wrote the relevant code in the method I approve the license
change from EPL to EDL implied by the move.

Change-Id: Ic4a7584811a2b0bf24e4f6b3eab2a7c022eabee8
Signed-off-by: Robin Rosenberg <robin.rosenberg@dewire.com>

Teach BranchTrackingStatus to handle tracking of local branches

EGit wasn't able to decorate local branches tracking another local
branch with number of commits the checked out local branch differs from
the other local branch it's tracking.

Bug: 376970
Change-Id: I74e932d5eacd74dbf6b0dffcfc65ba3222a8250e
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Improve ours/theirs conflict markers for rebase, cherry-pick

On conflicts in rebase or cherry-pick, the conflict markers were like
this:

    <<<<<<< OURS
    a
    =======
    b
    >>>>>>> THEIRS

This is technically correct, but it could be better.

It's especially confusing during a rebase, where the meaning of
OURS/THEIRS is not obvious. The intuition is that "ours" is the commits
that "I" did before the rebase, but it's the other way around because of
the way rebase works. See various bug reports and stackoverflow
discussions.

With this change, in the case of a cherry-pick while on master, the
markers will be like this:

    <<<<<<< master
    a
    =======
    b
    >>>>>>> bad1dea Message of the commit I'm cherry-picking

In the case of a "git rebase master":

    <<<<<<< Upstream, based on master
    a
    =======
    b
    >>>>>>> b161dea Message of a commit I'm rebasing

It's not "master" because that would only be correct for the first
cherry-pick during a rebase, after that, it's master + already
cherry-picked commits.

And in the case of a "git pull --rebase":

    <<<<<<< Upstream, based on branch 'master' of git@example.org:repo
    a
    =======
    b
    >>>>>>> b161dea Message of a commit I'm rebasing

Bug: 336819
Change-Id: I1333a8dd170bb0077f491962013485efb6f2a926
Signed-off-by: Robin Stocker <robin@nibor.org>
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Merge changes Ie949f321,I403de522

* changes:
  Implement wasDeltaAttempted() in DfsObjectRepresentation.
  Do not delta compress objects that have already tried to compress.

Fix idOffset when the working tree iterator matches a dircache entry

idOffset is not zero when idBuffer comes from blob in the dircache

Change-Id: Iff768422cba140a5d6a776e2c627b852f079c1da

Implement wasDeltaAttempted() in DfsObjectRepresentation.

In DFS, everything is stored in a pack but only objects in a pack with
source GC or UNREACHABLE_GARBAGE have had delta compression attempted.
Expose the PackSource setter and getter on DfsPackDescription in order
to implement wasDeltaAttempted.

Change-Id: Ie949f321147ad870f1c3f23b552343bbbda32152

Do not delta compress objects that have already tried to compress.

If an object is in a pack file already, delta compression will not
attempt to re-compress it. This assumes that the previous
packing already performed the optimal compression attempt, however,
the subclasses of StoredObjectRepresentation may use other heuristics
to determine if the stored format is optimal.

Change-Id: I403de522f4b0dd2667d54f6faed621f392c07786

Merge "Allow JGit to read C Git rebase state"

Make CheckoutCommand pass modified files through result

This change makes CheckoutCommand pass the list of modified files
through the OK result, enabling outside world to react in a smaller
scope (for example refresh only resources containing the modified
files).

Change-Id: I53c50ee09bc0d3ff501bdc25196e52e739c3f1f9
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <zx@twitter.com>

Allow JGit to read C Git rebase state

C Git prefixes the time stamp in the author script with a "@"

Change-Id: I140b29519acc101da78296eef562368fc6b61135

Allow detection of case insensitive file systems

Change-Id: I03f59d07bcc3338ef8d392cbd940799186ca03bd
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>
Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>

Ensure a directory exists before trying to create/merge a file into it.

Since git doesn't keep track of empty directories, they should be
created first. Test case included demonstrates that using
StashApplyCommand(). Bugfix is applied to the DirCacheCheckout class,
because StashApplyCommand() uses it internally to apply a stash.

Change-Id: Iac259229ef919f9e92e7e51a671d877172bb88a8
Signed-off-by: Jevgeni Zelenkov <jevgeni.zelenkov@gmail.com>
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Merge "Fix PlotCommit for commits with duplicate parents"

Fix PlotCommit for commits with duplicate parents

JGit allows to create commits which have duplicate parents: e.g. a
commit X has first parent Y and second parent Y. Such commits are not
handled correctly by PlotCommit leading to wrong display of the history
in EGit. In such cases there is a never ending passing line drawn beside
all commits younger than the commit with duplicate parents. This commit
fixes this by explicitly checking for duplicate parents.

In a different commit we should fix JGit not to create commits with
duplicate parents. I think native git also doesn't allow such commits,
although history display in native git (gitk, git log --graph) is not
damaged by such commits.

Change-Id: Ie3019ef613a507023958bea27b1badc3b8950279

Merge "Update the README file to refer to the EDL rather than BSD license."

Update the README file to refer to the EDL rather than BSD license.

The wordings of the two license are the same. This change is there
to make this file consistent with the LICENSE file.

Change-Id: I7c9d7a8f3622dd4099ca311af3dd032034bf56c0

Merge "Fix resolving of relative file URIs in TransportLocal"

Merge "Garbage collector for FileRepositories"

Garbage collector for FileRepositories

Implements a garbage collector for FileRepositories. Main ideas are
copied from the garbage collector for DFS based repos
(DfsGarbageCollector). Added functionalities are
- pruning loose objects
- handling of the index
- packing refs
- handling of reflogs (objects referenced from reflog will not be
pruned/)

These are features of a GC which are not handled in this change and
which should come with subsequent changes:
- unpacking packed objects into loose objects (to support that pruning
packed objects doesn't delete them until they are older than two weeks)
- expiration of reflogs
- support for configuration parameters (e.g. gc.pruneExpire)

Change-Id: I14ea5cb7e0fd1b5c50b994fd77f4e05bfbb9d911
Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>

Merge "Expose some DFS APIs as public or protected"

Expose some DFS APIs as public or protected

Expose class DfsReader and method DfsPackFile.hasObject() as public.
Applications may want to be able to inquire about some details of
the storage of a repository. Make this possible by exposing some
simple accessor methods.

Expose method DfsObjDatabase.clearCache() as protected, allowing
implementing subclasses to dump the cache if necessary, and force
it to reload on a future request.

Change-Id: Ic592c82d45ace9f2fa5f8d7e4bacfdce96dea969

Fix resolving of relative file URIs in TransportLocal

A configured remote url like "../repo" works with C Git.

In JGit, it only worked if Java's current working directory happened to
be the local repository working directory.

Change-Id: I33ba3f81b37d03cf17ca7ae25a90774a27e7e02b
Signed-off-by: Robin Stocker <robin@nibor.org>

Merge "[findBugs] Make ChunkKey serializable"

Again teach ResolveMerger to create more correct DirCacheEntry's

Currently, after a merge/cherry-pick/rebase, all index entries are
smudged as the ResolveMerger never sets entry lengths and/or
modification times. This change teaches it to re-set them at least for
things it did not touch. The other entries are then repaired when the
index is persisted, or entries are checked out.

The first attempt to get this in was commit
3ea694c2523d909190b5350e13254a62e94ec5d5 which has been reverted.
Since then some fixes to ResolveMerger and a few more tests have
been added which check situations where the index is not matching
HEAD before we merge.

Change-Id: I648fda30846615b3bf688c34274c6cf4bc857832
Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>
Also-by: Markus Duft <markus.duft@salomon.at>

Merge "Revert "Teach ResolveMerger to create more correct DirCacheEntry's""

Revert "Teach ResolveMerger to create more correct DirCacheEntry's"

This reverts commit 3ea694c2523d909190b5350e13254a62e94ec5d5

Merges with unmodified subtrees are broken with this commit present.
Back it out until a fixed version can be supplied.

Support [<ref>]@{upstream} revision syntax

Resolves into a ref name corresponding to the named (or current)
branch's upstream ref.

Change-Id: I98df46cedb498724cf14343fbb168f24ff667929

Support parsing previous checkout as a revision expresion.

Repository.resolve can only return an ObjectId and will
continue to do so, but another method, simplify(), will
be able to return a branch name for some cases.

Previous checkouts can be specified as @{-n}, where n is an
integer speifying the n:th previous branch. The result
is the branch name, unless the checkout was a detached head,
in which case the object id is returned. Since the result
is a branch it may be followed by a references to the reflog,
such as @{-1}@{1} if necessary.

A simple expression like "master" is resolved to master in
simplify, but anything starting with refs gets resolved to
its object id, even if it is a branch.

A symbolic ref is resolved to its leaf ref, e.g. "HEAD" might
be resolved to "master".

Change-Id: Ifb815a1247ba2a3e2d9c46249c09be9d47f2b693

Merge "Teach ResolveMerger to create more correct DirCacheEntry's"

Teach ResolveMerger to create more correct DirCacheEntry's

Currently, after a merge/cherry-pick/rebase, all index entries are
smudged as the ResolveMerger never sets entry lengths and/or
modification times. This change teaches it to re-set them at least for
things it did not touch. The other entries are then repaired when the
index is persisted, or entries are checked out.

Change-Id: I0944f2017483d32043d0d09409b13055b5609a4b
Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>

show: Implement command line show for any object

Change-Id: I4dea84428d48b3de0e187c510b766f965323b21b
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>
Signed-off-by: Robin Rosenberg <robin.rosenberg@dewire.com>

Fix "description" in o.e.jgit.source.feature/feature.properties

Currently, update manager displays the comment message (starting with
"###...") which should not be part of the description.

Change-Id: I1c748cd5987b30f25aca3ca8eb593448bcf128ae
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Allow a @ without branch in revision syntax

No branch before @ is interpreted as the currently checked out branch.
For detached heads it would be HEAD, but normally it is the branch
that HEAD refers to.

Change-Id: I051a1724fa390b8212e8986ba832b1347a20371e

Make ApplyCommand create missing parent directories for new files

Otherwise applying will fail with a FileNotFoundException, because
File.createNewFile() fails with missing parents.

Contains change & according test.

Change-Id: I970522b549b8bb260ca6720da11f12c57ee8a492
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <zx@twitter.com>

Merge "Rename local variables in Repository.resolve"

[findBugs] Make ChunkKey serializable

It's used in DhtMissingChunkException, which is serializable.

Change-Id: I2b76bc1bc373efd44214be4598a03c62c681a200
Signed-off-by: Robin Stocker <robin@nibor.org>

Typo in CLIText#unknownMergeStratey, should be #unknownMergeStrategy

Change-Id: I4d4aa59723d6422ff755165e45f368da76d309ab
Signed-off-by: Robin Rosenberg <robin.rosenberg@dewire.com>

Rename local variables in Repository.resolve

This is to prepare for extension. The new names better reflect
the content of the variables.

Change-Id: Ic2b4741ab33223aa7f239915d9138b254890bf7b

Get rid of warning about possible NullPointerException

Do this by using one of the two references that are dependent
of checkReferencedIsReachable.

Change-Id: I4f16916c62ed8ea434013925f49fb03fe57b7d7e

Merge "Work around smart HTTP bugs in C Git"

Create parent dir if necessary on checkout

An example where this is necessary is when a whole directory was deleted
and checkout is used to restore a file which was in that directory.

Bug: 372133
Change-Id: I1d45e0a5d2525fe1fdfbf08c9c5c166dd909e9fd
Signed-off-by: Robin Stocker <robin@nibor.org>

Merge branch 'stable-2.0'

* stable-2.0:
  Improve performance of persisting an index by magnitudes

Change-Id: I880f4d0be81c263b598ee24e8373c6f8cb781c51
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Improve performance of persisting an index by magnitudes

When updating smudged entries use a pathfilter to iterate only over
working tree files which have an associated smudged index entry.

Commit dac66672df0535f61a13273524d46e1e0012ca69 introduced that we
check and update smudged entries while persisting a dircache. Before
that commit adding a file to git caused  file i/o for the index file,
the object database (to store new content) and all files we wanted to
add (to read new content). After that commit we have additionally file
i/o for every file in the working tree (even ignored files).
Especially on windows iterating over the working tree can be very
time consuming. This decreased the performance of persisting a dircache
dramatically (I measured factors 4 to 10 while adding a file to linux
kernel repo). One could easily see this effect when dragging&dropping
modified files in a linux kernel repo in the egit staging view.

Change-Id: I568dec77635013cf6bb46f652d3f2b89de041c82
Signed-off-by: Kevin Sawicki <kevin@github.com>

Work around smart HTTP bugs in C Git

I have unfortunately introduced a few bugs in the native Git client
over the years. 1.7.5 is unable to send chunked requests correctly,
resulting in corrupt data at the server. Ban this client whenever
it uses chunked encoding with an error message.

Prior to some more recent versions, git push over HTTP failed to
report status information and error messages due to a race within
the client and its helper process. Check for these bad versions and
send errors as messages before the status report, enabling users
to see the failures on their terminal.

Change-Id: Ic62d6591cbd851d21dbb3e9b023d655eaecb0624

Make InMemoryRepository pack names globally unique

It was easy to create multiple packs with exactly the same name and
same DfsRepositoryDescription in a test, which can poison the
DfsBlockCache. The javadoc for DfsObjDatabase.newPack() explicitly
says pack names should be unique within an entire DFS, so do this by
making the packId AtomicInteger static.

Arguably, test writers shouldn't be doing things like putting
'new DfsRepositoryDescription("test")' in a setUp() method, but that's
a natural thing to do, and we don't document this restriction
anywhere.

Change-Id: I9477413ab3950d83b7d17e173fbc0a3e064896e3

Merge "Disable PackParser EOF check if more data expected"

Disable PackParser EOF check if more data expected

The PackParser EOF check is incompatible with the expect data after
pack footer flag, so turn off the EOF check if the expecting data
flag is true.

Change-Id: I697ebd9e1d1eed765d00aecaef955cf978cfd0b9

Use the working tree's .gitmodules in SubmoduleWalk.forIndex()

This was broken in fe1f1b8f8aba60fdd1ad6f0f72e9c9180978cc60, which
preferred the index over the working tree when both were present.

Change-Id: I97dcf9a088adcbd0187fa7eec9ef34445ce3a981
Signed-off-by: Kevin Sawicki <kevin@github.com>

Merge changes I6b2ce96b,I499f518f

* changes:
  Fix order of deletion for files/dirs in ResolveMerger
  Don't return success on failing paths in ResolveMerger

Add toString() to simplify debugging rebase steps

Change-Id: Id1508c5f007a6a6680928992a1c7524c266a9ce4
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Ignore empty lines when parsing git-rebase-todo

When starting a rebase with C Git, there may be empty lines in the
git-rebase-todo file. Before this change, JGit would fail to parse the
file with e.g. the following exception:

  JGitInternalException: Unknown or unsupported command "
  #", only "pick" is allowed.

This happened when there was an empty line just before the comments,
because the nextSpace would be the one from the comment. Now the empty
lines are ignored by checking for nextSpace < ptr outside of the loop.

Change-Id: I94ad299f367c846e7729c74f49c6b8f93f75ae81
Signed-off-by: Robin Stocker <robin@nibor.org>

Fix order of deletion for files/dirs in ResolveMerger

Before, the paths to delete were stored in a HashMap, which doesn't have
a particular order. So when e.g. both the file "a/b" and the directory
"a" were to be deleted, it would sometimes try to delete "a" first. This
resulted in a failed path because File#delete() fails when a directory
isn't empty.

With this change, an ArrayList is used for storing the paths to delete.
The list contains the paths in a top-down order, as defined by the order
of processEntry. When the files are deleted, the list is iterated in
reverse, ensuring that all files of a directory are deleted before the
directory itself.

Bug: 354099
Change-Id: I6b2ce96b3932ca84ecdfbeab457ce823c95433fb
Signed-off-by: Robin Stocker <robin@nibor.org>

Don't return success on failing paths in ResolveMerger

ResolveMerger#mergeImpl() was only returning false (= failed) when there
were unmerged paths. In the case when there were only failing paths, it
returned true.

Because MergeCommand looks at the return value for determining if the
merge failed, it would fall into the successful case there, where it
should instead return a MergeResult with MergeStatus.FAILED.

This change adds a test case for this and makes the ResolveMerger return
false when there are failing paths.

This was discovered while working on fixing bug 354099 and is needed for
its test case.

Bug: 354099
Change-Id: I499f518f6289ef93e017db924b2aa857f2154707
Signed-off-by: Robin Stocker <robin@nibor.org>

Merge "Serve 403 from RepositoryFilter on ServiceMayNotContinueException"

Make clear method on StoredConfig public

EGit needs this to be able to revert unsaved changes.

Change-Id: I50cc8056aaff47fef6080970866962e3eb634e29
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>