Fix adding symlinks to the index when core.symlinks=false

With core.symlinks=false, symlinks are checked out as plain files.
When such a file is re-added to the index, and the index already
contains a symlink there, add the file as a symlink. Previous code
changed the index entry to a regular file.

Bug: 580412
Change-Id: I5497bedc3da89c8b10120b8077c56bc5b67cb791
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

Merge "Provide encoding to String#getBytes()"

Merge changes Ideaefd51,I6c347393

* changes:
  Reapply "Create util class for work tree updating in both filesystem and index."
  ResolveMerger: add coverage for inCore file => directory transition

Provide default shallowCommits getter and setter in ObjectDatabase

I649db9ae679ec2606cf7c530b040f8b6b93eb81a added a default implementation
for getShallowCommits and setShallowCommits to DfsObjDatabase, for the
convenience of any implementers that define subclasses. But we forgot
that some implementers inherit from ObjectDatabase directly instead.
Move the default getter and setter to the base class so that such
callers do not need source changes to unbreak their build.

This also lets us update the api_filters to reflect that this is no
longer an API-breaking change.

Change-Id: I5dcca462eb306e511e57907b7d9264d51b3f3014

Reapply "Create util class for work tree updating in both filesystem and index."

This reverts commit 5709317f71ccaf26eceaa896150f203879b634b8.

Add a bugfix for deletions in ResolveMergers instantiated with just an
ObjectInserter as argument.

Original change description:

Create util class for work tree updating in both filesystem and index.

This class intends to make future support in index updating easier.

This class currently extracts some logic from ResolveMerger. Logic
related to StreamSupplier was copied from ApplyCommand, which will be
integrated in a following change.

Co-authored-by: Nitzan Gur-Furman <nitzan@google.com>
Co-authored-by: Han-Wen Nienhuys <hanwen@google.com>
Change-Id: Ideaefd51789a382a8b499d1ca7ae0146d032f48b

ResolveMerger: add coverage for inCore file => directory transition

Change-Id: I6c3473932eb418a036f5943c78e619184559ef3a

Provide encoding to String#getBytes()

Fixes ErrorProne complaint.

Change-Id: I706b225f98187bf5f86999ed5342d0072e57e314

Revert "Create util class for work tree updating in both filesystem and index."

This reverts commit 5151b324f4605b1091ac5843dcc1f04b3996f0d1. It is
producing NullPointerExceptions during merges, causing Gerrit's
acceptance tests to fail:

com.google.gerrit.extensions.restapi.RestApiException: Cannot rebase ps
[...]
at com.google.gerrit.server.api.changes.RevisionApiImpl.rebase(RevisionApiImpl.java:280)
at com.google.gerrit.acceptance.api.change.ChangeIT.rebaseChangeBase(ChangeIT.java:1584)
Caused by: com.google.gerrit.server.update.UpdateException: java.lang.NullPointerException: repository is required
at com.google.gerrit.server.update.BatchUpdate.executeUpdateRepo(BatchUpdate.java:588)
[...]
Caused by: java.lang.NullPointerException: repository is required
at org.eclipse.jgit.merge.Merger.nonNullRepo(Merger.java:128)
at org.eclipse.jgit.merge.ResolveMerger.addDeletion(ResolveMerger.java:380)
at org.eclipse.jgit.merge.ResolveMerger.processEntry(ResolveMerger.java:553)
at org.eclipse.jgit.merge.ResolveMerger.mergeTreeWalk(ResolveMerger.java:1224)
at org.eclipse.jgit.merge.ResolveMerger.mergeTrees(ResolveMerger.java:1174)
at org.eclipse.jgit.merge.ResolveMerger.mergeImpl(ResolveMerger.java:299)
at org.eclipse.jgit.merge.Merger.merge(Merger.java:233)
at org.eclipse.jgit.merge.Merger.merge(Merger.java:186)
at org.eclipse.jgit.merge.ThreeWayMerger.merge(ThreeWayMerger.java:96)
at com.google.gerrit.server.change.RebaseChangeOp.rebaseCommit(RebaseChangeOp.java:360)

Change-Id: Idf63de81666d0df118d2d93c4f6e014e00dc05b8

Provide a default implementation for set/get shallowCommits on DfsObjDatabase

Jgit change https://git.eclipse.org/r/c/jgit/jgit/+/193329 adds an implementation for get/set shallow commits in ObjectDatabase. This failed gerrit's acceptance tests since there is no default implementation for them in DfsObjDatabase.

Change-Id: I649db9ae679ec2606cf7c530b040f8b6b93eb81a

Merge "Revert "Option to pass start RevCommit to be blamed on to the BlameGenerator.""

Merge "Revert "Adds FilteredRevCommit that can overwrites its parents in the DAG.""

Revert "Adds FilteredRevCommit that can overwrites its parents in the DAG."

This reverts commit ceb51a5e0e9db166e572ea7cd362795b4662b0cd.

Reason for revert: The change in https://git.eclipse.org/r/c/jgit/jgit/+/194354 broke the egit test [1]. Calling c.getShortMessage() causes an NPE.

[1] https://ci.eclipse.org/egit/job/egit.gerrit/2711/

Change-Id: I411565b6eaa0bbb562cc1c8a355942ff09fd29bc

Revert "Option to pass start RevCommit to be blamed on to the BlameGenerator."

This reverts commit 59e8bec6e7705a89b5d0b9c6ac004b323ffa16b0.

Reason for revert: The change in https://git.eclipse.org/r/c/jgit/jgit/+/194354 broke the egit test [1]. Calling c.getShortMessage() causes an NPE.

[1] https://ci.eclipse.org/egit/job/egit.gerrit/2711/

Change-Id: Iaf5feb35f4bb4c3487b04be15d1fe11376975523

CleanCommand: fix prefix matching

String.startsWith() is not a valid test for file path prefixes:
directory "a" is _not_ a prefix of a file "ab", only of "a/b".

Add a proper Paths.isEqualOrPrefix() method and use it in CleanCommand.

Bug: 580478
Change-Id: I6863e6ba94a8ffba6561835cc57044a0945d2770
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

Option to pass start RevCommit to be blamed on to the BlameGenerator.

This can allow passing a FilteredRevCommit which is the filtered list of
commit graph making it easier for Blame to work on. This can
significantly improve blame performance since blame can skip expensive
RevWalk.

Change-Id: I5dab25301d6aef7df6a0bc25a4c553c730199272

Adds FilteredRevCommit that can overwrites its parents in the DAG.

Change-Id: I2df9843dde0f589f5fea6cedaaff52e313eea6de

Add the ability to override parents on RevCommit.

This makes RevCommit extensible to allow having different structure of
child-parent relationship. This change is a pre-requsite for having a
FilteredRevCommit that overrides parents from the RevCommit. That then
provides a cheaper way to walk over a subset of RevCommits instead of
an expensive way that applies filters while walking over selected
commits. Useful with Blame which works on a single file and that can be
made performant, if we know all the commits needed by the Blame
algorithm. So Blame algorithm can avoid walking over finding what
commits to blame on.

This change makes parents field on RevCommit private and exposes it
thrrough overrideable methods such as getParents, getParent at index,
getParentCount and setParents. All other files other than RevCommit are
updating the usages of accessing RevCommits parents.

Change-Id: I2d13b001c599cc4ebc92d1ab6e07b07acb3b7fe5

Refactor NameConflictTreeWalk.fastMin method

Change-Id: Iac2e6f615463e18ddf788e6ddfe15ef023cac977

Fix BUILD rules for FilteredRenameDetectorTest

The FilteredRenameDetectorTest was added in [1], but bazel build rules
were not updated.

[1] https://git.eclipse.org/r/c/jgit/jgit/+/194200

Change-Id: I7fc713e19b4768176eb84e9768137431b33a805e

Rename fastMinHasMatch to allTreesNamesMatchFastMinRef

Change-Id: I2d9165616650e9d44745c6848d2cf1045f53f33c

Merge "Document TreeWalk#min()"

Merge "NameConflictTreeWalk: respect git order on multi-tree iteration"

Document TreeWalk#min()

Change-Id: I29a6c023929d8270a8cdd1e7f012817a06428f42
Signed-off-by: Han-Wen Nienhuys <hanwen@google.com>

Squash error-prone messages

Change-Id: Ibbccc4d1faf1f0a1f0f4136c5bf075f155d80157
Signed-off-by: Han-Wen Nienhuys <hanwen@google.com>

Use constants for git packet protocol line identifiers

Introduce named constants for packet line headers and use them instead
of direct string literals everywhere. This not only makes the code more
readable because we don't need NON-NLS markers, it also makes it more
robust since we can use the length of these constants instead of magic
numbers.

Change-Id: Ie4b7239e0b479a68a2dc23e6e05f25061d481a31
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

ObjectDirectory: improve reading of shallow file

Use FileUtils.readWithRetries().

Change-Id: I5929184caca6b83a1ee87b462e541620bd68aa90

Fetch: add support for shallow

This adds support for shallow cloning. The CloneCommand and the
FetchCommand now have the new methods setDepth, setShallowSince and
addShallowExclude to tell the server that the client doesn't want to
download the complete history.

Bug: 475615
Change-Id: Ic80fb6efb5474543ae59be590ebe385bec21cc0d

[tests] Stabilize the HTTP server's request log

The TestRequestLog added log entries only after a request had been
handled. But the response is already sent at that point, so the
following sequence was possible:

  client sends request A
  server thread T1 handles request A and sends back response
  client receives response
  client sends request B
  server thread T2 handles request B (and sends back response)
  server thread T2 logs B
  server thread T1 logs A

Fix this by logging events before handling a request, and then filling
in the response data after the request has been handled. This should
avoid such inversions, at least for tests using a single single-threaded
client. With multiple concurrent or multi-threaded clients, all bets
about the log order would be off anyway.

Bug: 528187
Change-Id: I99a46df17231fa7c4f75a8c37e2c14dc098c4e22
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

NameConflictTreeWalk: respect git order on multi-tree iteration

The NameConflictTreeWalk class is used in 3-way merge for iterating over
entries in 3 different commits. The class provides information about a
current entry and a state of the entry in commits (e.g entry is file,
entry is directory, entry is missing). In rare cases, the tree walker
can mix information about entries with different name.

The problem appears, because git uses unusual sorting order for
files. Example (this is a simplified real-life example):
Commit 1:
* gradle.properties - file
* gradle - directory (with nested files)
*   gradle/file - file in gradle directory
Commit 2:
* gradle.properties - file
* no entry with the name gradle
Commit 3:
* gradle.properties - file
* gradle - file
Here the names are ordered like this:
"gradle" file <"gradle.properties" file < "gradle/file" file.

NameConflictTreeWalk iterator already have code for processing
git sorting order, however in the example above the code doesn't
work correctly. Before the fix, NameConflictTreeWalk returns:
#next()
"gradle - directory" | "gradle.properties" | "gradle - file" - which is
wrong. The expected result is
#next()
"gradle - directory | MISSED_FILE | "gradle - file"
#next()
"gradle.properties"|"gradle.properties"|"gradle.properties"

Ensure that the "matches" field of tree iterators (which contains the
current path) is kept in sync in the case above.

Change-Id: Ief5aa06d80b358f4080043c8694aa0fd7c60045b
Signed-off-by: Dmitrii Filippov <dmfilippov@google.com>

Update Orbit to S20220726152247 and bouncycastle to 1.71

Change-Id: I036b9029d575e66ab67839468e5d2a8a7dd85c83

Merge "Create util class for work tree updating in both filesystem and index."

Create util class for work tree updating in both filesystem and index.

This class intends to make future support in index updating easier.

This class currently extracts some logic from ResolveMerger. Logic
related to StreamSupplier was copied from ApplyCommand, which will be
integrated in a following change.

Change-Id: I8dc5a582433fc9891038c628385d3970b5a8984b

Fix the handling of .git/info/exclude and core.excludesFile

The RootIgnoreNode in a WorkingTreeIterator must _not_ add the rules
from .git/info/exclude or from the file designated by git config
core.excludesFile to the list of rules read from the root .gitignore.
These really must be separate nodes in a hierarchy, otherwise the
precedence rules from [1] are violated and the outcome is not the
same as in C git.

[1] https://git-scm.com/docs/gitignore

Bug: 580381
Change-Id: I57802ba7bbbe4f183504c882b6c77a78cc3a9b99
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

Remove version constraints from org.tukaani.xz package

Fixes compilation errors in org.eclipse.jgit.test with 4.25 platform

Bug: 580370
Change-Id: I9b7cb21bcbb87d14176fc0675bf03d20f81fa009

Merge branch 'stable-6.2'

* stable-6.2:
  UploadPack: don't prematurely terminate timer in case of error
  Do not create reflog for remote tracking branches during clone
  UploadPack: do not check reachability of visible SHA1s
  Add missing package import javax.management to org.eclipse.jgit

Change-Id: Ia2280b848cea7bdfa5bc48356484e040d159845d

Merge branch 'stable-6.1' into stable-6.2

* stable-6.1:
  UploadPack: don't prematurely terminate timer in case of error
  Do not create reflog for remote tracking branches during clone
  UploadPack: do not check reachability of visible SHA1s
  Add missing package import javax.management to org.eclipse.jgit

Change-Id: Ib3ff6a038e1b92a931a7f2624c19bbefd8cb95fd

Merge branch 'stable-6.0' into stable-6.1

* stable-6.0:
  UploadPack: don't prematurely terminate timer in case of error
  Do not create reflog for remote tracking branches during clone
  UploadPack: do not check reachability of visible SHA1s
  Add missing package import javax.management to org.eclipse.jgit

Change-Id: I08734ee2c8f3296d908da6a29d53ed87c4b48eb2

Merge branch 'stable-5.13' into stable-6.0

* stable-5.13:
  UploadPack: don't prematurely terminate timer in case of error
  Do not create reflog for remote tracking branches during clone
  UploadPack: do not check reachability of visible SHA1s
  Add missing package import javax.management to org.eclipse.jgit

Change-Id: I6db0a4d74399fde892eeec62efd2946f97547a5d

Add aarch64 environment to target platform configuration

Change-Id: Ib2b25f2f0abb9aac6327c030fc530c0c361cc0f9

JGit blame very slow for large merge commits that rename files

Adjusted BlameGenerator to filter rename detection with the blame path.
This reduces the running time of the blame computation significantly,
for repositories with massive commits involving renames.

The filtered rename detection is made (internally) available with:
org.eclipse.jgit.internal.diff.FilteredRenameDetector

Bug: 578900
Change-Id: I6580004e81102d685081b8180da1587a35073d36
Signed-off-by: Simeon Andreev <simeon.danailov.andreev@gmail.com>

UploadPack: don't prematurely terminate timer in case of error

In uploadWithExceptionPropagation don't prematurely terminate timer in
case of error to enable reporting it to the client. Expose a close
method so that callers can terminate it at the appropriate time.

If the timer is already terminated when trying to report it to the
client this failed with the error java.lang.IllegalStateException:
"Timer already terminated".

Bug: 579670
Change-Id: I95827442ccb0f9b1ede83630cf7c51cf619c399a

Merge "Do not create reflog for remote tracking branches during clone" into stable-5.13

Do not create reflog for remote tracking branches during clone

When using JGit on a non-bare repository, the CloneCommand
it previously created local reflogs for all branches including remote
tracking ones, causing the generation of a potentially large
number of files on the local filesystem.

The creation of the remote-tracking branches (refs/remotes/*) during
clone is not an issue for the local filesystem because all of them are
stored in a single packed-refs file. However, the creation of a large
number of ref logs on a local filesystem IS an issue because it
may not be tuned or initialised in term of inodes to contain a very
large number of files.

When a user (or a CI system) performs the CloneCommand against
a potentially large repository (e.g., millions of branches), it is
interested in working or validating a single branch or tag and is
unlikely to work with all the remote-tracking branches.
The eager creation of a reflogs for all the remote-tracking branches is
not just a performance issue but may also compromise the ability to
use JGit for cloning a large repository.

The behaviour implemented in this change is also consistent with the
optimisation done in the C code-base [1].

We differentiate between clone and fetch commands using --branch
<initialBranch> option, that is only available in clone command,
and is set as HEAD per default.

[1] https://github.com/git/git/commit/58f233ce1ed67bbc31a429fde5c65d5050fdbd7d

Bug: 579805
Change-Id: I58d0d36a8a4ce42e0f59b8bf063747c4b81bd859
Signed-off-by: Luca Milanesio <luca.milanesio@gmail.com>

UploadPack: do not check reachability of visible SHA1s

When JGit needs to serve a Git client requesting SHA1s
during the want phase, it needs to make a full reachability
check from the advertised refs to the ones requested to
keep all objects in the correct scope of confidentiality
allowed by the avertised refs.

The check is also performed when the SHA1 corresponds to
one of the tips of the advertised refs which is a waste of
resources.

Example:

fetch> ref-prefix refs/heads/foo
fetch< 900505eb8ce8ced2a1757906da1b25c357b9654e refs/heads/foo
fetch< 0000
fetch> command=fetch
fetch> 0001
fetch> thin-pack
fetch> ofs-delta
fetch> want 900505eb8ce8ced2a1757906da1b25c357b9654e

The SHA1 in the want is the tip of refs/heads/foo and therefore
the full reachability check can be shortened and resolved more
quickly.

Change-Id: I49bd9e2464e0bd3bca2abf14c6e9df550d07383b
Signed-off-by: Luca Milanesio <luca.milanesio@gmail.com>

Fix warnings about non-externalized string literals

Four occurrences in RefSpec marked with //$NON-NLS-<n>$.

Change-Id: Ie603a58c41357562f0739445e3fe77ca87a3eb54
Signed-off-by: Thomas Wolf <thomas.wolf@paranor.ch>

[sshd] Correct signature for RSA keys from an SSH agent

Ensure that there is always a list of signature factories in public key
authentication. For keys loaded directly, Apache MINA sshd will use the
(always set) list from the SSH session by default, but for keys from an
SSH agent it won't and instead consider the list set locally on the
UserAuthPublicKey instance. Only that one is null by default, and then
Apache MINA sshd just uses the key type as signature type. Which for
RSA keys from an agent is the "ssh-rsa" signature, i.e., the deprecated
SHA1 signature.

Fix this by explicitly propagating the list from the session to the
UserAuthPublicKey instance if not set already.

Upstream issue is SSHD-1272.[1]

[1] https://issues.apache.org/jira/browse/SSHD-1272

Bug: 580073
Change-Id: Id7a783f19d06c9e7c8494b1fbf7465d392ffc366
Signed-off-by: Thomas Wolf <thomas.wolf@paranor.ch>

Run tests that checks araxis output only on Linux

Bug: 580189
Change-Id: Ieb14f5cf061fcb468b602c7f27e27b672e3b09e2
Signed-off-by: Simeon Andreev <simeon.danailov.andreev@gmail.com>

Add missing package import javax.management to org.eclipse.jgit

Class org.eclipse.jgit.util.Monitoring uses JMX hence we need this
import otherwise OSGi applications can face ClassNotFoundException.

Bug: 577018
Change-Id: Ifd75337b87c7faec95d333b771bb0a2f3e46a418

Add 4.25 target platform for Eclipse 2022-09

Change-Id: Icc6d1bf340baabbc271f6572b1d45420ae61f314

Suppress API errors raised for new API introduced in 5.13.1

Change-Id: I55ec887c3192468d7773e8cf0236c7ed48af3ade

Eclipse 4.24 was released, adapt p2 URL accordingly

Change-Id: I807f15507f7ba1d03f0633b121419170f5423c02

Fix DefaultCharset bug pattern flagged by error prone

See more details in: [1].

[1] https://errorprone.info/bugpattern/DefaultCharset
Change-Id: I3de0be57a2d74490a5b4e66801e9767b38f13bf9

Use SystemReader#getDefaultCharset to read console input

In I986f97a410 SystemReader.getDefaultCharset() that provides the
locale-dependent charset the way JEP 400 recommends.

Change-Id: I30560ac47e450070e3864325d153d45f1a66882c

Merge "Merge branch 'stable-6.2'"

Annotate the exception with the possible failure reason when Bitmaps are not enabled.

When bitmaps are not enabled the RevWalk is expensive. AllowFilter
provides an override to continue walking. PedestrianWalk can be
expensive and fails when the clone is a partial clone using
--filter=tree:0. This can only work when bitmaps are enabled.

Having a message to the exception improves debuggability of such cases.

Change-Id: Ie61de20a39a765e6f6f77e81b4c3bbda2eefbaf3

Merge branch 'stable-6.2'

* stable-6.2:
  Prepare 5.13.2-SNAPSHOT builds
  JGit v5.13.1.202206130422-r
  AmazonS3: Add support for AWS API signature version 4

Change-Id: I13514595f3a710b0d6e3c2de62f6508b950d22f9

Merge branch 'stable-6.1' into stable-6.2

* stable-6.1:
  Prepare 5.13.2-SNAPSHOT builds
  JGit v5.13.1.202206130422-r
  AmazonS3: Add support for AWS API signature version 4

Change-Id: Id4965aacd4e2ea1e8575a2c1bd4845729db6049a

Merge branch 'stable-6.0' into stable-6.1

* stable-6.0:
  Prepare 5.13.2-SNAPSHOT builds
  JGit v5.13.1.202206130422-r
  AmazonS3: Add support for AWS API signature version 4

Change-Id: Ie9c38ab8033fe1283e8b444b6acd3f4298062bf3

Merge branch 'stable-5.13' into stable-6.0

* stable-5.13:
  Prepare 5.13.2-SNAPSHOT builds
  JGit v5.13.1.202206130422-r
  AmazonS3: Add support for AWS API signature version 4

Change-Id: Ibd663a1d874d1aac274abc3dd44354fd99f64c39

Prepare 5.13.2-SNAPSHOT builds

Change-Id: I4862e5d80a7d95a1a119d06306e3f6927445d1d3

JGit v5.13.1.202206130422-r

Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>
Change-Id: Ife74d64e8171c68dbf08271492c0ac852a6dc51c

AmazonS3: Add support for AWS API signature version 4

Updating the AmazonS3 class to support AWS Signature version 4 because
version 2 is no longer supported in all AWS regions. The version can be
selected with the new 'aws.api.signature.version' property (defaults to
2 for backwards compatibility). When set to '4', the user must also
specify the AWS region via the 'region' property. The 'region' property
must match the region that the 'domain' property resolves to.

Bug: 579907
Change-Id: If289dbc6d0f57323cfeaac2624c4eb5028f78d13

Fix typo in DiffTools#compare javadoc

Change-Id: Ib9f8453b3b948b098d433e1b1426c32b4b4f5af8

Update jgit-last-release-version to 6.2.0.202206071550-r

Change-Id: I055d8512e5acfb3a65ec68debf2ad12e100bcbe7

Merge branch 'stable-6.2'

* stable-6.2:
  Prepare 6.2.1-SNAPSHOT builds
  JGit v6.2.0.202206071550-r

Change-Id: Iecdf7e16c9625cc1855f635f59959b4d24f28f95

Prepare 6.2.1-SNAPSHOT builds

Change-Id: I4a0f3919ff43a3b9fafa85b8ecec2d760b7eb161

JGit v6.2.0.202206071550-r

Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>
Change-Id: Ib4ae85a0cabcc9cb867f2c85034d72fb676a500a

Merge branch 'stable-6.2'

* stable-6.2:
  Update DEPENDENCIES for 6.2.0 to be released with 2022-06
  Update orbit to R20220531185310 for 2022-06
  Prepare 6.2.0-SNAPSHOT builds
  Fix connection leak for smart http connections
  JGit v6.2.0.202206011217-rc1

Change-Id: Ia11744588952f8627ea37421821759675aa79688

Merge branch 'stable-6.1' into stable-6.2

* stable-6.1:
  Fix connection leak for smart http connections

Change-Id: I4d38c62fa5416fd40b699de5b0ecfa03d498c21d

Merge branch 'stable-6.0' into stable-6.1

* stable-6.0:
  Fix connection leak for smart http connections

Change-Id: I8b7e643b87c0f788cdafb060a2c9e8b4ef6f7375

Merge branch 'stable-5.13' into stable-6.0

* stable-5.13:
  Fix connection leak for smart http connections

Change-Id: Ic851f2c4660ed761f5527e405b116b54da42fb7c

Merge branch 'stable-5.12' into stable-5.13

* stable-5.12:
  Fix connection leak for smart http connections

Change-Id: Id34f29c1b27a80c2b56c911cad7e3f64ef63af48

Merge branch 'stable-5.11' into stable-5.12

* stable-5.11:
  Fix connection leak for smart http connections

Change-Id: I6caabf4774ccf34706cef846c1087710f67e2ecd

Merge branch 'stable-5.10' into stable-5.11

* stable-5.10:
  Fix connection leak for smart http connections

Change-Id: I3885c6114caed897f762f5ce523d3b27288205b2

Merge branch 'stable-5.9' into stable-5.10

* stable-5.9:
  Fix connection leak for smart http connections

Change-Id: I5e7144b2f5cd850978220c476947001ae2debb8e

Prepare 6.3.0-SNAPSHOT builds

Change-Id: I092fdd2c35d85bf35e3ef700aa7078e6d304d977

Update DEPENDENCIES for 6.2.0 to be released with 2022-06

Change-Id: Ifdead74d1000fb110802eeb421b021ab674a9d59

Update orbit to R20220531185310 for 2022-06

Change-Id: I436ba965e5f6677f7967ee8f4992dfb467054472

Merge branch 'master' into stable-6.2

* master:
  [releng] Fix MANIFEST.MF of o.e.j.ssh.apache.agent

Change-Id: Ica9069dd97b58aeefc6ac39f2034e513eb58f1e6

Prepare 6.2.0-SNAPSHOT builds

Change-Id: Id2ad8d5b561620723b2c52c86909321d628de12f

[releng] Fix MANIFEST.MF of o.e.j.ssh.apache.agent

Add the missing Bundle-Localization header.

Bug: 580081
Change-Id: If21e0778dbb60b49a8f83030461670656eeb0ce4
Signed-off-by: Thomas Wolf <thomas.wolf@paranor.ch>

Fix connection leak for smart http connections

SmartHttpPushConnection: close InputStream and OutputStream after
processing. Wrap IOExceptions which aren't TransportExceptions already
as a TransportException.

Also-By: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>
Change-Id: I8e11d899672fc470c390a455dc86367e92ef9076

Merge branch 'master' into stable-6.2

* master:
  Adapt diff- and merge tool code for PGM and EGit usage
  Teach JGit to handle external diff/merge tools defined in
.gitattributes

Change-Id: I3aefc14160caaac859bd3548460dd755ebe42fc5

Teach JGit to handle external diff/merge tools defined in .gitattributes

Adds API that allows UI to find (and handle) diff/merge tools, specific
for the given path. The assumption is that user can specify file type
specific diff/merge tools via gitattributes.

Bug: 552840
Change-Id: I1daa091e9afa542a9ebb5417853dff0452ed52dd
Signed-off-by: Mykola Zakharchuk <zakharchuk.vn@gmail.com>
Signed-off-by: Andrey Loskutov <loskutov@gmx.de>
Signed-off-by: Andre Bossert <andre.bossert@siemens.com>

Adapt diff- and merge tool code for PGM and EGit usage

see: https://git-scm.com/docs/git-mergetool

* DiffTools and MergeTools
  * store FS, gitDir and workTree for usage without
git repository (for EGit preferences)
  * add getUserDefinedToolNames() and getPredefinedToolNames()
  * replace getToolNames() with getAllToolNames() that combines the two
lists and put default tool name (diff.tool or merge.tool) as first
element (for EGit preferences)
* FileElement: refactoring of getFile() and friends to have midName
(LOCAL, REMOTE etc.) always added to the temp file name (also for EGit)
* FileElement: added directory attribute that is used in getFile() to
return path with workDir as parent
* DiffTool and MergeTool
  * added errw.flush(), because sometimes stderr is not printed in case
of die()
  * print e.getMessage() always to stderr
* Moved toolname and prompt logic into managers
* Exported internal packages required for egit.ui

Bug: 356832
Change-Id: I71e7f4dc362169a7612ca4f6546a021bc4b2b5f4
Signed-off-by: Andre Bossert <andre.bossert@siemens.com>
Signed-off-by: Tim Neumann <Tim.Neumann@advantest.com>

JGit v6.2.0.202206011217-rc1

Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>
Change-Id: Id9639b466583d8c373ef700402cb685ce4a8ee15

Merge branch 'master' into stable-6.2

* master:
  Fixed since tags added for new merge constants
  Add filtering with help of DirCacheCheckout.getContent()
  Avoid warning "no explicit project encoding"
  Add mergetool merge feature (execute external tool)
  Add command line support for "git mergetool"
  Add config reader for user-defined mergetools
  Add difftool compare feature (execute external tool)

Change-Id: Ie215b8205b85cfd9efddb622c90dfad7a5ae0caa

Add availability check of pre-defined tools

see: https://git-scm.com/docs/git-difftool
see: https://git-scm.com/docs/git-mergetool

* now all available tools are printed with "--tool-help"
* if no diff.tool or merge.tool is defined the first available
pre-defined tool is used

TODO:
- add mergetools to difftools --> extra change or merge to this
- return the exit-code of the tool to jgit / java runtime

Bug: 356832
Change-Id: I20fb04e71ced981f5625020f461bbac24e6cec70
Signed-off-by: Andre Bossert <andre.bossert@siemens.com>

Merge "Add filtering with help of DirCacheCheckout.getContent()"

Fixed since tags added for new merge constants

Bug: 356832
Change-Id: I70197522675de0e9b53399ee3d9ed3f10312ff6b

Add filtering with help of DirCacheCheckout.getContent()

see: https://git-scm.com/docs/git-mergetool

* refactoring of content (FileElement) handling
* now the temporary files are already filled with filtered content in
the calling classes (PGM), that can be used with EGit content too

TODO:
 * keep the temporaries when no change detected and the user answers no
to the question if the merge was successful

Bug: 356832
Change-Id: I86a0a052d059957d4d152c1bb94c262902c377d2
Signed-off-by: Andre Bossert <andre.bossert@siemens.com>

Merge branch 'stable-6.1' into stable-6.2

* stable-6.1:
  Remove stray files (probes or lock files) created by background threads

Change-Id: I1645106e91bc28153ec032ea66ad0f30f47b647e

Merge "Merge branch 'stable-6.1' into stable-6.2"

Merge branch 'stable-6.1' into stable-6.2

* stable-6.1:
  Remove stray files (probes or lock files) created by background threads

Change-Id: I7114d68b059a2549fde69fa1b04e45b7bb876804

Merge branch 'stable-6.0' into stable-6.1

* stable-6.0:
  Remove stray files (probes or lock files) created by background threads

Change-Id: Iab21b9776c2ebecd4cad5d015028cadd4b6541db

Merge branch 'stable-5.13' into stable-6.0

* stable-5.13:
  Remove stray files (probes or lock files) created by background threads

Change-Id: I7af1355a77f14995118145162f6bb8a4f1755f2b

Merge "Add mergetool merge feature (execute external tool)"

Merge "Add command line support for "git mergetool""

Merge "Add config reader for user-defined mergetools"

Merge "Add difftool compare feature (execute external tool)"