Move integration & volume tests

Add MavenInitializer

* Configures Java versions and encoding of sources based on Maven POM

SONAR-2172: New extension point - Initializer

* Rename AbstractInitializer to Initializer

* Execute Initializers before Sensors

Set RULES_PROFILES.ENABLED to true when creating a profile

SONAR-2172: New extension point - AbstractInitializer

* Mark interface DependsUponMavenPlugin by annotation
  SupportedEnvironment with value "maven"

* Extract CoberturaMavenInitializer from CoberturaSensor

* Extract CloverMavenInitializer from CloverSensor

SONAR-2171 Do not compute LCOM4/RFC measures when bytecode is not available

SONAR-2171 Do not compute LCOM4/RFC measures when bytecode is not available

Remove integration tests

Replace enum Environment by class EnvironmentInformation

* Each environment should provide key and version

* Plugins for Maven 2.x and Maven 3.x have same key "Maven"
  and provide a real version of Maven

SONAR-2155 Resource filters are ignored in RFC/LCOM4 distributions of Java projects

SONAR-2169: Add CoverageExtension to API

Fix bug on deprecated profiles

Fix restoring of backups when rules not found

Upgrade copyright headers

My first commit in GIT :-)

SONAR-2165 Cardinality of checkstyle rule Local Variable Name should be updated to multiple

SONAR-2166 Cardinality of checkstyle rule Member Name should be updated to multiple + replace the deprecated attribute 'priority' by a node

SONAR-2094 Do not delete ACTIVE_RULES rows when rules are disabled

Decrease ZIP size: remove many unused ruby files

Improve IT for postgresql

SONAR-2106: Improve sonar-batch-bootstrapper

* Add BootstrapClassLoader

* Instead of RuntimeException use BootstrapException

* Improve quality according to Sonar report

SONAR-2094 Support backups without the field <enabled>

SONAR-2094 Remove the deprecated ruby model RulesProfile (replaced by Profile) + support the ENABLED column

SONAR-2161: Normalize Java version for PMD

SONAR-1302 Upgrade to rails 2.3.5 to fix session expiration

Merge branch 'SONAR-2094'

Fix org.sonar.api.utils.AnnotationUtils: search for annotations in interfaces too

Improve ProjectDefinition

* Replace properties "sonar.projectBinaries" and "sonar.projectLibraries"
  by explicit fields in ProjectDefinition

SONAR-2137: Fix updating of past violations

* Database field rule_failures.failure_level should be updatable

* Change corresponding unit test

SONAR-2094 Add the column RULES_PROFILES.ENABLED

Improve IT in order to better support performance issues

Move calculation of accessors from squid to sonar

Add property "sonar.projectLibraries"

Disable downloading for certain files from BatchResourcesServlet

SONAR-2159 The total classes used in complexity distribution is different than the number of classes

SONAR-1280: Fix unit test

Add missing deprecated annotations

SONAR-1280: Add experimental Findbugs rules

Change format of response from BatchResourcesServlet

Back to commons-collection 3.2.1

Fix bug in BatchDownloader

Upgrade to jruby-rack 1.0.5

SONAR-2133 Upgrade to Postgresql JDBC driver 9.0-801.jdbc3

Change format of response from BatchResourcesServlet

Upgrade Apache Commons libraries (commons-io 2.0.1, commons-collection 3.3, commons-lang 2.6)

Rename the profile check-java-api to sanity-checks

Add profile to check copyright headers + fix some badly formatted headers

Don't hide stack trace in BatchDownloader

Add properties "sonar.projectName" and "sonar.projectDescription"

Add missing copyright header

SONAR-1800: Fix issue with ClassLoader for Maven 3.x and Java 1.5

* Restore context ClassLoader after execution of Maven plugin.

* Add abstract implementation of MavenPluginExecutor to reduce duplications
  in concrete implementations for different Maven versions.

Add workDir to ProjectDefinition

[maven-release-plugin] prepare for next development iteration

[maven-release-plugin] prepare release 2.6-M1

Add some unit tests

SONAR-2149 Resource filters are ignored in complexity distributions of Java projects

This issue implies SONAR-2153 : API: A decorator should override formulas

Deprecate Resource#isExcluded(), replaced by SensorContext#isExcluded(Resource). It makes inheritance of Resource easier.

add helper methods to Qualifiers + do not accept null parameters

add methods Scopes#isHigherThan() and isHigherThanOrEquals()

SONAR-2151: Add new property to manage source encoding

SONAR-2148: Fix NPE in JavaUtils

SONAR-2148: Add new properties to manage level of Java language

* Use sonar-java-api in sonar-pmd-plugin and sonar-clover-plugin

SONAR-2126: Change API to work with file system of a project

* Use language keys instead of objects.

* ProjectFileSystem now BatchComponent, so DefaultProjectFileSystem
  uses benefits from injections and some old code was removed from
  it to improve immutability.

* Small performance improvement for DefaultInputFile.

SONAR-2046: Reuse unmarshallers from sonar-ws-client for sonar-gwt-api

* WSUtils has two implementations - one for GWT and another for Java,
  so can be used by unmarshallers in both cases. But this not very good,
  because code is not type-safe. In fact it would be better to use
  emulation of types from org.json.simple for GWT, but this solution is
  more straightforward.

Upgrade to sonar-dev-maven-plugin 1.2 in order to fix IT (increase cargo timeout)

fix stop server in IT

SONAR-2130 Fix backward-compatibility: resources can be automatically indexed when adding data

Add the method ResourceUtils#isPersistable(Resource)

Add javadoc to InputFile + improve JavaFile#toString()

add missing dir in IT

Execute IT in build directory instead of temp dir

SONAR-2138 Displaying differential values in % can be misleading

Squid for Java : remove unused code

Fix Squid plugin to correctly build the relation between a Java file and its package

Improve backward-compatibility when adding data to a non-indexed resource

deactivate sonar.hardIndexLock in integration tests

Fix unit test for Windows

Use default value for property "project.build.directory"

Add new property "sonar.projectBinaries"

SONAR-791 add a project with invalid source dir in IT

fix unit test of SquidPluginTest

SONAR-791 When the source directory is not exactly the java package root, Sonar should stop the analysis

SONAR-2130 deprecate the component SquidSearch

SONAR-2116 Cannot build 2.5 war, ant-nodeps-1.7.0.jar library is missing

Improve org.sonar.api.resources.Scopes and Qualifiers

Remove deprecated constants of org.sonar.api.resources.Resource (deprecated since 1.11)

Squid for Java : remove unused code

Use CoreProperties for in-memory POM construction

Use Properties in ProjectDefinition instead of Configuration

Fix bug in construction of in-memory POM

Add maven-shade-plugin to parent pom

Rename method in InputFile from getBaseDir() to getFileBaseDir()

SONAR-2106: Improve batch bootstrap

SONAR-2126: Partially revert previous changes

* Maven can modify source directories during Sonar execution
  via see MavenPhaseExecutor.

SONAR-2106: New Java library to bootstrap project analysis

* Add BatchResourcesServlet to allow downloading libraries from server

* Create in memory POM for non-maven environments

* Provide fake MavenPluginExecutor for non-maven environments

* Add new module sonar-batch-maven-compat with shaded maven-project

SONAR-1526 comment_line_density is not rounded twice anymore -> fix IT

remove unused class from squid java plugin

SONAR-2126: Change api to work with project file system

SONAR-2126: Change api to work with project file system

SONAR-2126: Change api to work with project file system

* Introduce InputFile (file and reference to base directory),
  which can be retrieved from ProjectFileSystem

* Reduce dependencies on MavenProject - don't use project.getPom()
  in DefaultProjectFileSystem and MavenUtils in ProjectUtils