Merge branch 'stable-6.10' into stable-7.0

* stable-6.10:
  Update Apache sshd to 2.14.0
  LfsConnectionFactoryTest: remove unnecessary cast
  JSchSshProtocol2Test: remove unnecessary cast
  ApacheSshProtocol2Test: remove unnecessary cast
  NoteMapMerger: remove unnecessary cast

Change-Id: I8fca74d88efadc827955b0a5032e6fbd72ce3e0d

Update Apache sshd to 2.14.0

This fixes an 'incorrect signature' error when trying to use the keys
generated by SSHD during server init with an OpenSSH client.

This also includes a few other changes since 2.13.2:
* GH-524 Performance improvements
* GH-533 Fix multi-step authentication
* GH-582 Fix filtering in NamedFactory
* GH-587 Prevent NullPointerExceptionon closed channel in NettyIoSession
* GH-590 Better support for FIPS
* GH-597 Pass on Charset in ClientSession.executeRemoteCommand()

https://github.com/apache/mina-sshd/releases/tag/sshd-2.14.0

Change-Id: I76909fd56e70ee4ce16a075bd40ed6b2a609cc47

LfsConnectionFactoryTest: remove unnecessary cast

Change-Id: I08ed51b13aa269a4f6b64ac723b6bd7649c6591c

JSchSshProtocol2Test: remove unnecessary cast

Change-Id: Id3767f43cbbfd0c05f9a7f0d5620943da874df92

ApacheSshProtocol2Test: remove unnecessary cast

Change-Id: Ie8e7b097e48342a9cda6873e8595146a1b3f1427

NoteMapMerger: remove unnecessary cast

Change-Id: I3be4963f506529bbadc5b6dfc0b625ee85effc1f

Merge branch 'stable-6.10' into stable-7.0

* stable-6.10:
  AdvertisedRequestValidator: fix WantNotValidException caused by race

Change-Id: I22ec79d91136f8209a3799465db5593d83f7bea9

Merge branch 'stable-6.9' into stable-6.10

* stable-6.9:
  AdvertisedRequestValidator: fix WantNotValidException caused by race

Change-Id: I662c7a76470cedf0d4c975c50c3981c1c86245f2

Merge branch 'stable-6.8' into stable-6.9

* stable-6.8:
  AdvertisedRequestValidator: fix WantNotValidException caused by race

Change-Id: Ia5a0a4f0e900d96fa638bb9f97988ac66f4b7068

Merge branch 'stable-6.7' into stable-6.8

* stable-6.7:
  AdvertisedRequestValidator: fix WantNotValidException caused by race

Change-Id: I1e485422608cf55373c1d86c4c0d50c9f9f49f20

Merge branch 'stable-6.6' into stable-6.7

* stable-6.6:
  AdvertisedRequestValidator: fix WantNotValidException caused by race

Change-Id: I5b7b097a4b57ec48a3ee20fc25cb0d080cc1af80

AdvertisedRequestValidator: fix WantNotValidException caused by race

Fetch with protocol V2 failed under the following conditions
- fetch uses bidirectional protocol (git, ssh) which uses a shortcut
  to determine invalid wants
- not all wants are advertised
- race condition: wanted ref is updated during fetch by another thread
  after the thread serving upload-pack determined wants and before it
  checks not advertised wants

Fix this by calling
`new ReachableCommitRequestValidator().checkWants(up, wants)`
instead of throwing WantNotValidException in [1]
if this race happened in the same way like it's done for unidirectional
protocols (http) [2].

[1] https://github.com/eclipse-jgit/jgit/blob/stable-6.10/org.eclipse.jgit/src/org/eclipse/jgit/transport/UploadPack.java#L2002
[2] https://github.com/eclipse-jgit/jgit/blob/stable-6.10/org.eclipse.jgit/src/org/eclipse/jgit/transport/UploadPack.java#L2000

Bug: jgit-48
Change-Id: I32f28502923815dc49781aab5d810c9afbe7e7e6

Prepare 7.0.1-SNAPSHOT builds

Change-Id: I5a6a9e398d8b81bf7bd0afbd6c82116d4472a349

JGit v7.0.0.202409031743-r

Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>
Change-Id: I86507936091e6f7af7588835722672ff2668a205

Revert "Remove deprecated
LocalDiskRepositoryTestCase#create(boolean,boolean)"

This reverts commit 3682611cef41ade46cf5ac194f0674b46367a395.

Reason: removing this deprecated method caused a ton of warnings about
closing an already closed Repository when running tests.

Change-Id: I3e9f224c55c167f92dad39caabfab5e43cf54cfb

Remove deprecated JschSession#getSftpChannel method

Change-Id: I5b5d3cbc6b0e5f85df26fe6c288c973cf5609296

Remove deprecated AutoLFInputStream constructors

Change-Id: I00241e45d947582886658fa528cc20a961fed9e6

Remove deprecated RawParseUtils#UTF8_CHARSET

Change-Id: I4b3f1344f77a575b2d0e00462806eddb4e9a6b80

Remove deprecated FS#setAsyncFileStoreAttributes method

Change-Id: Iea9f61fd65772ab247b382c93035e3c9974705aa

FS, FS_Posix: remove deprecated #createNewFile(File) method

Change-Id: Id34a0be998eee360e69f74b469c4990afa153c1b

Remove deprecated lastModified methods using long

from
- FileUtils#lastModified
- FileUtils#setLastModified
- FS#getLastModifiedTime
- FS#lastModified
- FS#setLastModified
- FileTreeIterator.Entry#getEntryLastModified
- WorkingTreeIterator#getEntryLastModified
- WorkingTreeIterator.Entry#getEntryLastModified

Change-Id: I5073f05c32f8f626383a91048470c79332983121

UserAgent: remove deprecated #getAgent, #hasAgent methods

Change-Id: Ib53de6dabea7f73ecfde85cb30f49fa05ee48551

Remove deprecated Transport#getFilterBlobLimit methods

Change-Id: Ia72cc228b0acaa8df8f405bd224916cc76eadd22

Remove deprecated RefAdvertiser#send(Map<String, Ref>) method

Change-Id: Ifffcfa6bf9baf9f6879a5a7e0f05d317347983f6

Remove deprecated ReceivePack#setEchoCommandFailures method

Change-Id: Ieeeb33b8b3dc8272023af5d47b3330f4a94c5b96

Remove deprecated class ReceivePack.FirstLine

Change-Id: I1143612088dba4fdced8f14c97293d17ff9658bb

PacketLineIn: make deprecated #END and #DELIM private

Change-Id: I1b7ba9f7e3dffe54313fc5d27051ad56a02a05b9

WindowCacheStats: remove deprecated #getOpenFiles, #getOpenBytes

Change-Id: If254177fd7914cb1f909f6620032bb4016208855

Remove deprecated PatchApplier#applyPatch(InputStream)

Change-Id: I79923b95861af983b676d436938aaeebe8c5b658

Remove deprecated MergeMessageFormatter#formatWithConflicts

Change-Id: I3040f655318c47f268433294720a99325ae78863

Remove deprecated MergeFormatter#formatMerge using charset name

Change-Id: I7d0bdb61a8698e94bb40c22fe1c40c70cec65dfc

Remove deprecated MergeFormatter#formatMerge using charset name

Change-Id: Id2bdcb865203ed192fea35cfcf82c34667710726

Remove deprecated TagBuilder#toByteArray method

Change-Id: I14e78bcd4bbdb491bcc44a53ff19609b79c0831b

Remove deprecated Repository#hasObject(AnyObjectId) method

Change-Id: I473dff6bdc23cfb126d22e18c168390a0e21301d

Make deprecated Repository#peel(Ref) private

Change-Id: I1c16196bba00a5d0f54c10261cc08185305ba4a3

Remove deprecated RefDatabase#getRef(String) method

Change-Id: I89f42db2b9dabee18d4220457436b9f9b6340f50

CoreConfig: remove deprecated #isLogAllRefUpdates method

Change-Id: I4e5f96696b57512488f48e66a82760b2e8671878

Constants: remove deprecated #CHARSET and #CHARACTER_ENCODING

Change-Id: If2d3c1a96560e0bc5e352bdbcab4c191cbed1a42

Remove deprecated ConfigConstants#CONFIG_KEY_STREAM_FILE_TRESHOLD

Change-Id: I3521ba8f8456160bd18ccb22c7d4a131aaac4ff2

Remove deprecated CommitBuilder#setEncoding(String) method

Change-Id: I5bd8d0c292151bfa58325d51ef51928715871cf1

Remove deprecated static #equals(AnyObjectId, AnyObjectId) method

Change-Id: I72544d2b3c85b8f96c2b8f94b86fb9b362f09475

Remove deprecated FileSnapshot.save(long) method

Change-Id: I9b77142127cc96ee6658e85a6cf0586d941c5c0c

Remove deprecated lastModified accessors returning long

- FileSnapshot#lastModified
- LockFile#getCommmitLastModified

Change-Id: I6962166ca5decbb332dfb25851c93debfe2ca90c

Remove deprecated PackInvalidException constructors

Change-Id: I8db6b1dd8e39811ebde676389833dbc906106452

DirCacheEntry: remove deprecated methods

- boolean mightBeRacilyClean(int, int)
- long getLastModified()
- void setLastModified(long)

Change-Id: I428fbb2109e13e80b8655622531c10e55a922a6f

Remove deprecated DirCacheCheckout#checkoutEntry methods

Change-Id: I28d00d7a70af0fbb76e237dd77b929508720ecdb

Remove deprecated StashApplyCommand#setApplyUntracked method

Change-Id: I23e3ed3259edad3a22b59cca938f041b39ebf0cb

Remove deprecated StashApplyCommand#setApplyIndex method

Change-Id: I2183285f6ccba1b62a318e711f2451df5d083ca1

Remove deprecated RemoteSetUrlCommand#setUri method

Change-Id: Ib9041be0d88dd837aa68eda2b00f3aa9ebc54c27

Remove deprecated RemoteSetUrlCommand#setPush method

Change-Id: I4026531148a7560179dae89c05424f256e6600d2

Remove deprecated RemoteSetUrlCommand#setName method

Change-Id: I769e999b5990f83719e3c638da9dfd0be4c5b826

Remove deprecated RemoteRemoveCommand#setName method

Change-Id: I2bd2a213b4642283b11f787ffcbab29916e2c5e7

Merge "Remove deprecated CheckoutCommand#setForce method" into stable-7.0

Remove deprecated CheckoutCommand#setForce method

Change-Id: Ie0b59ec21fc8dbe18242bbb52cb794e5a02c1ed5

Remove deprecated CheckoutCommand#setForce method

Change-Id: I39cfbeba0171c66e0f03b7b3785313da55b1dcac

Remove deprecated static AnyLongObjectId#equals method

Change-Id: Ie67b9a4a5e1972ec3aebf50e058a9aabf5a20099

Remove deprecated LocalDiskRepositoryTestCase#create(boolean,boolean)

Change-Id: I9eff2d405b5302753ff2ec1d0eab431bdba69fe0

Merge branch 'master' into stable-7.0

* master:
  walks: Remove deprecated #createReachabilityChecker() method
  RepoCommand.RemoteReader: Remove @Deprecated method
  ReachabilityChecker: Remove @Deprecated method
  UploadPack: Remove @Deprecated classes and methods
  ObjectId: Add method to read an ObjectId from a ByteBuffer
  DfsPackFile: re-add metrics for bitmap index loads

Change-Id: I383c9784ced95dfd58f01454fd13b086b180d462

walks: Remove deprecated #createReachabilityChecker() method

Change-Id: If9375ac49fa82e988e0708d89f0f929495e6e7cc

RepoCommand.RemoteReader: Remove @Deprecated method

Cleaning up before 7.0 release.

Change-Id: I83db715a8170a54957dd5bcf38df5b0911a12107

ReachabilityChecker: Remove @Deprecated method

Cleaning up before 7.0 release.

Change-Id: I620c3a485785b3d1efc950317fe552b8465a479e

UploadPack: Remove @Deprecated classes and methods

The coming 7.0 release is a chance to clean up these deprecated
classes and methods.

Change-Id: I23d263c9244c1e0096eb7c96c290213c9e668a03

ObjectId: Add method to read an ObjectId from a ByteBuffer

Some storages return data in a convenient ByteBuffer wrapper, but
there is no straigh-forward method to read ObjectIds from it.

Add ObjectId#fromRaw(ByteBuffer) to read object ids from byte buffers.

Change-Id: Ia3b244005e4d9a613294f5ad9dab3b8e7bc3d7df

Remove unused API warning filters

Change-Id: If5cfd8963db0699669be3594e844e14d38f97943

ObjectDirectoryTest: ensure WindowCursor is closed

Change-Id: I75b7d36181a0d404d4e3dca17b9e436892d97b42

PackExtBlockCacheTableTest: fix empty block warning

Change-Id: I35e7527c6c555cd57fce14889412fa2fd6beab88

PackExtBlockCacheTableTest: suppress unchecked conversion warnings

Change-Id: I5fcad7a824c4a320683d11da52c4e2035231f85d

PackObjectSizeIndexV1: fix boxing warnings

Change-Id: I25e6194fb8bf09dcac1613cec8349c3893a4f81a

PackExtBlockCacheTableTest: suppress boxing warning on test class

Change-Id: Ie9d5da0c065ba0118927d530ed589952fb3b2c2b

DfsBlockCacheConfigTest: suppress boxing warning on test class

Change-Id: Ibe7edc5e53c3d467e0e6144a3f8a32989f1ac6af

Suppress non-externalized string warnings

for texts which don't need to be translatable.

Change-Id: Iacac5df9525ddbc9942b7c440450b6aad4864135

Update jakarta.servlet:jakarta.servlet-api to 6.1.0

Change-Id: Ie95e0247e6a23a16343e0f644d613dfe95fd2d1e

Update org.apache.commons:commons-compress to 1.27.1

Change-Id: Ibd48bfe5ec3fdd3d52d755dc4881e013aae21d5d

Update org.tukaani:xz to 1.10

Change-Id: Ibd565d4d4e5ef0dd32514fdc6d73b44c25aaa27f

Update org.assertj:assertj-core to 3.26.3

Change-Id: I37816b1700bbcd102eb5b1b2591ba493edea4b36

Update org.apache.commons:commons-lang3 to 3.16.0

Change-Id: I7ec0cf1090aab26c1b1f70f816963fba63405034

Update bytebuddy to 1.15.0

Change-Id: Idec6369bb5da997e532b912c2984b51e77a3ac0d

Update commons-logging:commons-logging to 1.3.4

Change-Id: I3dba27df9425484fdc630b067ddb19a2425aa891

Update commons-codec:commons-codec to 1.17.1

Change-Id: Ie78b1479ec95632981033342e65d546fc7bd905d

Update jetty to 12.0.12

Change-Id: I8b4381fcd067280050f31d6b8526c9f409244b55

Prepare 7.0.0-SNAPSHOT builds

Change-Id: Ifa0a549e9551a2016241169e1c1e9052174c49d1

DfsPackFile: re-add metrics for bitmap index loads

The calculations for readBitmapIdxBytes and readBitmapIdxMicros
metrics were unintentionally removed in
https://gerrithub.io/c/eclipse-jgit/jgit/+/1177262, so this change
adds those metrics back.

Change-Id: I7ac7769acd092680933a27b2b3e70dd67690cfbf

JGit v7.0.0.202408271414-rc1

Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>
Change-Id: I969947a7c5fef72ed0c2f50e96a60787474f9906

Merge branch 'master' into stable-7.0

* master:
  DfsReaderIoStats: getters to object size index micros/bytes
  Do not set headers if response is already committed
  AmazonS3: Ensure SAXParserFactory sets valid/expected input params
  Signing: refactor interfaces
  Add a missing license header
  LockFile: Retry lock creation if parent dirs were removed
  GpgConfig: Add missing @since
  DfsReaderIoStats: Order fields and methods consistently

Change-Id: I81bf15379c25e3ba69dda222c6980648fff07ec5

DfsReaderIoStats: getters to object size index micros/bytes

These properties of the stats object don't have a getter and it is
required to export those values in logs.

Change-Id: I7f91a38ee4d02668aff1cbc8424ea669cdb1d2f7

Merge branch 'stable-6.10'

* stable-6.10:
  AmazonS3: Ensure SAXParserFactory sets valid/expected input params
  LockFile: Retry lock creation if parent dirs were removed

Change-Id: I599f698f812e11ae37843cac2333c9971ec30dd8

Do not set headers if response is already committed

This fixes issues when the response headers were already set and sent
to the client. In all other cases this is a no-op.

Change-Id: Ifb429e78f721cc514bb6eb1a3ef3412425cd2f1c
Signed-off-by: Max Haslbeck <haslbeck@google.com>

AmazonS3: Ensure SAXParserFactory sets valid/expected input params

Change Ie8a9d411fc19e8b7bf86c0b4df0b02153a0e9444 broke setting
valid/expected input parameters for the XML parser. This can be fixed
by calling SaxParserFactory#setNamespaceAware, see [1]. Also see earlier
fix in [2].

[1] https://stackoverflow.com/questions/24891323/namespace-handling-with-sax-in-java
[2] I05e993032ab3a6afb78634290b578ebc73cf1cbd

Bug: jgit-87
Change-Id: Id4e9eebac8d9de81e5d48a608066db3cc862e15c

Signing: refactor interfaces

This is a big API-breaking change cleaning up the signing interfaces.

Initially, these interfaces were GPG/OpenPGP-specific. When EGit added
new signers and signature verifiers that called an external GPG
executable, they were found inadequate and were extended to be able to
pass in the GpgConfig to get access to the "gpg.program" setting.

With the introduction of X.509 S/MIME signing, it was discovered that
the interfaces were still not quite adequate, and the "Gpg" prefix on
the class names were confusing.

Since 7.0 is a major version bump, I'm taking this chance to overhaul
these interfaces from ground up.

For signing, there is a new Signer interface. With it goes a
SignerFactory SPI interface, and a final Signers class managing the
currently set signers. By default, signers for the different signature
types are created from the signer factories, which are discovered via
the ServiceLoader. External code can install its own signers, overriding
the default factories.

For signature verification, exactly the same mechanism is used.

This simplifies the setup of signers and signature verifiers, and makes
it all more regular. Signer instances just get a byte[] to sign and
don't have to worry about ObjectBuilders at all. SignatureVerifier
instances also just get the data and signature as byte[] and don't have
to worry about extracting the signature from a commit or tag, or about
what kind of signature it is.

Both Signers and SignatureVerifiers always get passed the Repository
and the GpgConfig. The repository will be needed in an implementation
for SSH signatures because gpg.ssh.* configs may need to be loaded
explicitly, and some of those values need the current workspace
location.

For signature verification, there is exactly one place in core JGit in
SignatureVerifiers that extracts signatures, determines the signature
type, and then calls the right signature verifier.

Change RevTag to recognize all signature types known in git (GPG, X509,
and SSH).

Change-Id: I26d2731e7baebb38976c87b7f328b63a239760d5
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

Add a missing license header

Change-Id: Iccb922ea73b0bfd6360ea2182b88c520a951a0a2
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

LockFile: Retry lock creation if parent dirs were removed

In the small window between creation of the lock file's parent dirs and
the lock file itself, the parent dirs may be cleaned by an external
process packing refs in the repository. When this scenario occurs, retry
creating the lock file (along with its parent dirs).

Change-Id: Id7ec60c3f7f373b59f1dc8de6b8fa6df6bdf2570
Signed-off-by: Kaushik Lingarkar <quic_kaushikl@quicinc.com>

GpgConfig: Add missing @since

Change-Id: Ie56e7d8f2defe10a87565056a1763288d5b1e1a6
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

Prepare 7.0.0-SNAPSHOT builds

Change-Id: I07b258a9f94823c9c390daf6e1d3034ca5ace81f

JGit v7.0.0.202408202050-m3

Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>
Change-Id: I44280658582c23ca0d9b85c4c24a1c2e7b82c6d8

DfsReaderIoStats: Order fields and methods consistently

As fields and getters were added, we didn't respect the (hard to see)
existing order.

Reorder with the following criteria:

Methods:
 xCacheHits() (for all indexes in index order),
 xCount()     (same),
 xBytes()     (same),
 xMicros()    (same).

Index order: primary, reverse, bitmap, commit-graph, object-size

Change-Id: I28f1d8121070d4357d566e3683947a26ceb3ba04

JGit v7.0.0.202408201547-m3

Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>
Change-Id: Ic04bf96a04e38da82a7ff41334db44891f02419b

JGit v7.0.0.202409201410-m3

Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>
Change-Id: If35e97f9fb415669bac6dfa10ac35b509b3ee921

Merge branch 'master' into stable-7.0

* master:
  Update tycho to 4.0.8
  Update org.eclipse.dash:license-tool-plugin to 1.1.0
  [ssh] Bump Apache MINA sshd 2.13.1 -> 2.13.2
  ConfigConstants: Add missing @since 7.0
  Fix "Comparison of narrow type with wide type in loop condition"
  ObjectWalk: Remove duplicated word "the" in class documentation
  RepoProject: read the 'dest-branch' attribute of a project
  Make RepoProject#setUpstream public
  RepoCommand: Add error to ManifestErrorException
  RepoCommand: Copy manifest upstream into .gitmodules ref field
  RepoProject: read the "upstream" attribute of a project
  JGit v5.13.3.202401111512-r

Change-Id: Ic40667e3a79b1f2a91a6a7278f2ac8bc1bdb2334

Merge branch 'stable-6.10'

* stable-6.10:
  Update tycho to 4.0.8
  Update org.eclipse.dash:license-tool-plugin to 1.1.0
  Fix "Comparison of narrow type with wide type in loop condition"
  RepoProject: read the 'dest-branch' attribute of a project
  Make RepoProject#setUpstream public
  RepoCommand: Add error to ManifestErrorException
  RepoCommand: Copy manifest upstream into .gitmodules ref field
  RepoProject: read the "upstream" attribute of a project
  JGit v5.13.3.202401111512-r

Change-Id: If67534f8954703e107e8477456325af3d868612c

Merge branch 'stable-6.9' into stable-6.10

* stable-6.9:
  Update tycho to 4.0.8
  Update org.eclipse.dash:license-tool-plugin to 1.1.0
  Fix "Comparison of narrow type with wide type in loop condition"
  JGit v5.13.3.202401111512-r

Change-Id: I68e73b6e0c6cda003bc18b3e82266c1d8a1f183e