Revert SONAR-3036 : do not upgrade to latest version of protovis-msie.js

Remove Ruby on Rails warning

Do not embed google-collections in the plugins checkstyle and squid-java

Merge remote branch 'upstream/release-2.13' into release-2.13

Fix bug on UpdateReviewsDecorator when line number is NULL

[maven-release-plugin] prepare for next development iteration

[maven-release-plugin] prepare release 2.13-RC2

Fix bug on UpdateReviewsDecorator when a violation has no line number

[maven-release-plugin] prepare for next development iteration

[maven-release-plugin] prepare release 2.13-RC1

Fix some quality flaws

Remove ignored test

Add unit tests to ResourceIndexerDao

Fix some quality flaws

Fix some quality flaws

SONAR-983 index the project from a dedicated post-job in order to optimize SQL requests

Improve the location of the icon 'loading' when using the search engine

Indexation of resources during migration must be reentrant

Add missing index on Derby

Fix PurgeUtils

createQuery() and createNativeQuery() should be invoked as many times as
commit(), because it starts new transaction

Delete resource orphans in order to not index them

This issue will be fixed in v2.14 (see SONAR-3120)

SONAR-2662 Display error message inline when no action plan available

When planning a review, if no action exists for the project, it is
best to write the message inline rather than opening a popup.
=> this also makes the code simpler.

SONAR-2662 Minor improvements

- Show closed action plans by default on the admin page
- Sort them by descending dead-line
- Remove "Show closed action plans" from action plan widget
- Remove "More" links on the widgets
- Fix bug for review search on Derby

Do not load twice web services from plugins for a fresh installation

SONAR-3098 do not l10n dashboard descriptions to avoid conflicts between standard and user dashboards.

SONAR-2018 Change violation message

Fix configuration of dashboard when the plugin defining a widget has been uninstalled.

Fix suppression/move of widgets

SONAR-3116 throw an exception if skipping the root module

SONAR-983 add unit tests

SONAR-2660 Add comment

SONAR-3118 Remove property "sonar.useStructureDump"

SONAR-983 fix display of search results when a SmartGwt component is loaded in the page

SONAR-983 provide the component org.sonar.core.resource.ResourceIndexer that is a layer over ResourceIndexerDao

+ move derby SQL files to org.sonar.core.persistence

SONAR-2662 Show filters on the review listing page

SONAR-983 sort result sections

SONAR-3093 Java: "comments" metric should include "commented out lines of code"

SONAR-2973 do not display the previous severity

Improvements of management of dashboards

* SONAR-1929 do not create a dashboard if another one with the same name exists

* SONAR-3103 unfollow default dashboard

SONAR-2662 Fix some issues

SONAR-2662 Insert feedback from Freddy

- Smaller font-size for dates in the action plan widget
- "Back" does not work on Chrome
- A user shouldn't have to be authenticated to list reviews
- In the "Plan" form, button "Plan" replaced by "Link"
- Remove background color for the table in the action plan widget
- Do not show closed action plans by default on the admin page so
  that the greatest "due for" date is displayed first

SONAR-3063 Make consistent look when widgets are empty

SONAR-3086 improve usability of review forms

Fix compatibility of the ruby method Widget#property_value with the SQALE plugin

SONAR-2662 Add the "Planned reviews" widget

SONAR-2662 Display review detail in the context of the project

SONAR-2662 Review widgets refactoring + open list on project context

SONAR-2662 Add "Unplanned reviews" widget

Rename a unit test in ProjectFilterTest

SONAR-3096 Exclude source sub-directories starting with a dot

Refactor the packages of sonar-core

* The root package should be org.sonar.core -> org.sonar.persistence is moved to org.sonar.core.persistence
* Classes are grouped by functional domain (resource, review, rule, ...)

SONAR-983 do not index libraries

SONAR-983 Display resource viewers when selecting a file

* New javascript global variable : baseUrl. Examples : '/dev' or ''

SONAR-2980 WS API: allow to retrieve unassigned reviews

Fix some quality flaws

SONAR-983 i18n, better purge, fix NPE when deleted resource

SONAR-989 add loading image on black background

SONAR-983 Index modules during migration

SONAR-983 Replace the existing Ajax search engine

SONAR-983 Improve relevance of results and group them by qualifier

SONAR-2660 Check that temporary directory is available for creation of a new files

SONAR-3090 Fix purge for MySQL

Fix backward compatibility of the ruby method Widget#property_value

Rename log in the migration script 231

SONAR-983 resources are indexed during analysis

 * Rename the column RESOURCE_INDEX.PROJECT_ID to ROOT_PROJECT_ID
 * Increase the size of RESOURCE_INDEX.PROJECT_ID
 * Clean resource index from dbcleaner plugin
 * Experimental: indexes all the existing resources during upgrade from sonar < 2.13

SONAR-2968 Do not force to add the root project to the property sonar.includedModules

SONAR-3107 do not hide initial exception when server components fail to start

Merge remote branch 'upstream/master'

SONAR-3105 Problem with the web service /api/projects and an oracle db

SONAR-2662 Improve the action plan widget

SONAR-2662 Improve action plans

- The create/update form is now on the same page as the listing of
  the action plans (and on an orange background)
- Must be possible to create action plans with the same name in
  different projects
- Do not put links on '0' in the progress bar
- Improve rendering of progress bar on Chrome
- Display an alert message if one wants to plan a review whereas no
  action plan has been defined on the project
- If only one action is available, select it automatically when
  planning a review
- Add a "Unlink" button and remove the "none" entry in the select box
- Add "Back" button on the review listing page
- Fix bug on Derby with dead_line date

SONAR-2662 Add action plan widget

SONAR-3054 Change some Findbugs rule titles

SONAR-2662 Adapt validation of dead_line

It should not be done at every save, but only when creating/editing
the action plan (=> it must be possible to close an action plan when
its dead-line is reached).

SONAR-2662 Various improvements on action plans

- Should not be possible to link a review to a closed action plan
- Display a message when about to close an action plan that has open
  reviews
- Display the date in red if the dead-line is in the past

SONAR-983 index existing projects during upgrade

+ remove unused SELECT operations from MyBatis dao

SONAR-3090 Remove DUPLICATIONS_INDEX.ID

In order to do this - remove entity DuplicationBlock and use native
query in PurgeUtils.

SONAR-2662 Make it possible to assign a review to an action plan

- From the resource viewer
- From the review detail/permalink page

SONAR-983 first implementation of the search engine of projects, directories and files

* The POST request to the URL /search/reset starts the indexation of resources

* The search engine is available at /search

SONAR-2662 Add missing files linked to new table "action_plans"

SONAR-2662 Make it possible to assign a review to an action plan

SONAR-2662 Allow to close & reopen an action plan

SONAR-3095 Update to JaCoCo 0.5.5

Fix violations

SONAR-2662 Create a pagination helper

It is currently used for the review listing page, but it can
normally be used elsewhere.

SONAR-2662 Create action plans which are a set of manual reviews

- Improve progress bar
- Display the list of reviews in a separate page which is still in
  the context of the project

SONAR-2662 Create action plans which are a set of manual reviews

- Create the service to manage action plans

SONAR-3101 fix the Collapse link

Refactoring: define the constant ResourceHelper::DUPLICATION_SNIPPET_DEFAULT_NB_OF_LINES=6

Move org.sonar.jpa.dialect to org.sonar.persistence.dialect and refactor DialectRepository

SONAR-983 create table RESOURCE_INDEX

The related myBatis classes are in the package org.sonar.persistence.resource

Minor refactoring on ruby variable names

Fix the URL /widget

SONAR-1929 add ability for administrators to delete dashboards registered programmatically by plugins

+ SONAR-3103 Do not allow to unshare dashboard when it's used as a default dashboard

SONAR-3101 "Duplications" tab shows incorrect lines

SONAR-3099 Search of reviews by id must ignore other criteria

SONAR-1929 do not register dashboards which name already exits

+ remove the useless column DASHBOARDS.KEE

SONAR-1929 move the package org.sonar.api.web.dashboard to org.sonar.api.web

No need anymore of a dedicated package

SONAR-1929 minor refactoring + add some tests

Fix typo in conf/sonar.properties

Fix violation, add test