Fix DirCache.isModified()

Change I61a1b45db2d60fdcc0f87373ac6fd75ac4c4a202 fixed a possible NPE
occurring for newly created repositories - but in that case a wrong
value (false = not modified) was returned.

If a current version of the index file exists (liveFile), but there is
no snapshot, this means that there have been modifications (i.e. true
has to be returned).

Change-Id: I698f78112249f9924860fc58eb7eab7afdf87eb7
Signed-off-by: Philipp Thun <philipp.thun@sap.com>

[findbugs] Use explicit initialization

Findbugs doesn't like using implicitly initialized field in
initializer.

Change-Id: Ic1ff9011813cc02950a71df587f31ed9f8415b49
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

[findbugs] Make mutable static field final

Change-Id: I310bc2093571bf22a58106f09706cc3eb43a2453
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Merge "Make DeltaBaseCache per-ObjectReader"

Merge "Fix ReceivePack connectivity validation with alternates"

Merge "Add open(File) and wrap(Repository) to Git"

Add open(File) and wrap(Repository) to Git

When a new Git instance for an exisiting git repository should be
created there are two use-cases: either the application has already a
Repository instance in hand or the application knows where the
repository resides in the filesystem. Two methods are added to
explicitly support these use-cases: wrap(Repository db) and open(File
gitDir)

Change-Id: I2970e4aa8d4602cb1298f01e5b76bf0f96c492e5
Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>

Support reading first SHA-1 from large FETCH_HEAD files

When reading refs, avoid reading huge files that were put there
accidentally, but still read the top of e.g. FETCH_HEAD, which
may be longer than our limit. We're only interested in the first line
anyway.

Bug: 340880
Change-Id: I11029b9b443f22019bf80bd3dd942b48b531bc11
Signed-off-by: Carsten Pfieffer <carsten.pfeiffer@gebit.de>
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <caniszczyk@gmail.com>

Merge "Let LockFile.unlock use FileUtils.delete()"

Make DeltaBaseCache per-ObjectReader

The 'Counting objects' phase of PackWriter requires good hit rates
from the DeltaBaseCache while walking trees, the deltas need to find
their bases in the cache in order to inflate in a reasonable time.

If JGit is running in a multi-threaded server, such as Gerrit Code
Review, each thread needs its own DeltaBaseCache to prevent one thread
from evicting the other thread's relevant bases.  Move the cache to be
per-ObjectReader, lazily allocated when required by a PackFile.

Change-Id: If9d5ed06728e813632ae96dcfb811f4860b276e8
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Fix ReceivePack connectivity validation with alternates

If a repository has an alternate object database, the alternate has
its references advertised as ".have" lines, which permits the client
to use these as delta base candidates when generating the pack.  If
setCheckReferencedObjectsAreReachable(true) is used, these additional
have lines need to be considered in addition to the advertised refs.

Change-Id: Ie39c6696f9d3ff147ef4405cd5624f6011700ce5
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Let LockFile.unlock use FileUtils.delete()

We sometimes face the problem that the file .git/index.lock
can't deleted causing JGit operations to fail. Problem is
that LockFile.unlock() simply deletes the lockfile and ignores the
return value of File.delete(). Instead use
FileUtils.delete() with retry option. This method will retry the
deletion of the file at most 10 times with sleeps inbetween.

Bug: 335959
Change-Id: I9598edea9f2304fe12e6f470301211b503434848
Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>

Enhance RefDatabase with a refresh() method

There should be a way to explictly refresh the refs cached in the
RefDirectory. Since commit c261b28 (use of FileSnapshot) this is
not needed anymore for storage in the filesystem. But for DHT based
storage an explicit refresh may be needed.

Change-Id: I7d30c3496c05e1fb6e9519f3af9f23c6adb93bf9
Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>

RefDirectory: Use FileSnapshot for packed-refs

Instead of tracking the length and modification time by hand, rely
on FileSnapshot to tell RefDirectory when the $GIT_DIR/packed-refs
file has been changed or should be re-read from disk.

Change-Id: I067d268dfdca1d39c72dfa536b34e6a239117cc3
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

smart HTTP: Return errors inside payload

When the client is clearly making a smart HTTP request to our smart
HTTP server, return any errors like RepositoryNotFoundException or
ServiceNotEnabledException inside of the payload as a Git level ERR
message, rather than an HTTP error code.

This prevents the C Git command line client from retrying a failed
"$URL/info/refs?service=git-upload-pack" request without the smart
service URL, only to fail again with "403 Forbidden" when the dumb
as-is service has been disabled by the server configuration, or is
unavailable because the repository is not on the local filesystem.

Change-Id: I57e8756d5026e885e0ca615979bfcd729703be6c
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

UploadPack: Add a PreUploadHook to monitor and control behavior

Embedding applications can use this hook to watch actions within
UploadPack and possibly reject them. This could be useful to prevent
clones of a large repository from this server, or to stop abusive
negotiation rounds that offer thousands of objects in a single batch.

Change-Id: Id96f1885ac4d61f22c80b6418fff54184b7348ba
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Allow application filters on smart HTTP operations

Permit applications embedding GitServlet to wrap the
info/refs?service=$name and /$name operations with a
servlet Filter.

To help applications inspect state of the operation,
expose the UploadPack or ReceivePack object into a
request attribute.  This can be useful for logging,
or to implement throttling of requests like Gerrit
Code Review uses to prevent server overload.

Change-Id: Ib8773c14e2b7a650769bd578aad745e6651210cb
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

PackWriter: Fix the way delta chain cycles are prevented

Take a very simple approach to avoiding delta chains during object
reuse: objects are now always selected from the oldest pack that
contains them.  This prevents cycles because a pack must not have
a cycle in the delta chain.  If both objects A and B are chosen
out of the same source pack then there cannot be an A->B->A cycle.

The oldest pack is also the most likely to have the smallest deltas.
Its the biggest pack in the system and probably came from the clone
(or last GC) of this repository, where all objects were previously
considered and packed tightly together.  If an object appears again
(for example due to a revert and a push into this repository) the
newer copy of won't be nearly as small as the older delta version
of it, even if the newer one is also itself a delta.

ObjectDirectory already enumerates objects during selection in this
newest->oldest order, so it already is supplying these assumptions
to PackWriter.  Taking advantage of this can speed up selection by
a tiny amount by avoiding some tests, but can also help to prevent
a cycle needing to be broken on the fly during writing.

The previous cycle breaking logic wasn't fully correct either.
If a different delta base was chosen, the new delta base might not
have been written into the output pack before the current object,
forcing the use of REF_DELTA when OFS_DELTA is always smaller.
This logic has now been reworked to always re-check the delta base
and ensure it gets written before the current object.

If a cycle occurs, it gets broken the same way as before, by
disabling delta reuse and finding an alternative form of the
object, which may require inflating/deflating in whole format.

Change-Id: I9953ab8be54ceb8b588e1280d6f7edd688887747
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

PackWriter: Combine small reuse batches together

If the total number of objects to look for reuse on is under 4096
this is really close to a reasonable batch size for the DHT storage
system to lookup at once.  Combine all of the objects into a single
temporary list, perform reuse, and then prune the main lists if any
duplicate objects were detected from a selected CachedPack.

The intention here is to try and avoid 4 tiny sequential lookups
on the storage system when the time to wait for each of those to
finish is higher than the CPU time required to build (and later
GC) this temporary list.

Change-Id: I528daf9d2f7744dc4a6281750c2d61d8f9da9f3a
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

PackWriter: Remove dummy list 0

Instead of looping over the objectsLists array, always set slot 0 to
null and explicitly work on the 4 indexes that matter.  This kills
some loops and increases the length of the code slightly, but I've
always really disliked that dummy 0 slot.

Change-Id: I5ad938501c1c61f637ffdaff0d0d88e3962d8942
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

PackWriter: Speed up pruning of objects from cached packs

During object enumeration for the thin pack, very few objects come
out that are duplicated with the cached pack. Typically these are
only cases where a blob or tree was cherry-picked forward, got a
copy or rename, or was reverted... all relatively infrequent events.

Speed up pruning of the thin pack object list by combining the phase
with the object representation selection. Implementers should already
be offering to reuse the object from the cached pack if it is stored
there, at which point the implementation can perform a very fast type
of containment test using the cached pack's identity rather than yet
another index lookup.  For the local disk case this is probably not a
big improvement, but it does help on the DHT implementation where the
two passes combined into one reduces latency.

Change-Id: I6a07fc75d9075bf6233e967360b6546f9e9a2b33
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Make PacketLineIn public

PacketLineOut is already public. Make PacketLineIn partially public
in case an application needs to use some of the pkt-line protocol.

Change-Id: I5b383eca980bd9e16a7dbdb5aed040c6586d4f46
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Merge changes I2c8e917a,Ica9e50c0

* changes:
  Do not normalize URIishes
  Use Ignore to bypass unused test

Merge "Fix broken git prefix detection"

Bump jsch to 0.1.44

It fixes 'Corrupted MAC on input' ssh issue.

CQ: 4728
Change-Id: I7de63cb3482488ac938566706edebee8a1cdad3a
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <caniszczyk@gmail.com>

Let CloneCommand not checkout HEAD on bare repos

If the clone command clones into a bare repository it should not try
to checkout HEAD in the end. For bare repos checkout is not possible.

Change-Id: I359719d421b93c9d2e962e3c0eccc2b59235c3d1
Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>

Added Merge command to the CLI

This merge command accepts the merge strategy as option and uses the
resolve strategy as default. It expects exactly one other
revision which is merged with current head.

Change-Id: Ia8c188b93ade4afabe6a9ccf267faf045f359a3a
Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <caniszczyk@gmail.com>

Allow InitCommand to run on existing git repos

To be more consistent with what native git does we should allow
to run the InitCommand also on existing git repos.

Change-Id: I833637842631b37dce96ed9729b3a6ed24054056
Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>

Merge "Do not categorize merge failures as 'abnormal'"

Fix possible NPE in DirCache.isModified()

The snapshot field of a DirCache object for a newly created repository
can be null. This fix prevents a NPE when isModified() is called in
such a situation.

Change-Id: I61a1b45db2d60fdcc0f87373ac6fd75ac4c4a202
Signed-off-by: Philipp Thun <philipp.thun@sap.com>

Do not categorize merge failures as 'abnormal'

This change contains a simple renaming. Instead of using the
expression 'abnormal failure', we just treat this kind of situation
as 'failure'. This is specific enough as conflicts are already handled
separately.

Change-Id: I535acdc7d022543ed0f5ac6151b09a6985f4ef38
Signed-off-by: Philipp Thun <philipp.thun@sap.com>

Do not normalize URIishes

We used to normalize URI's since it seems simple. This however causes
inconsistencies to the user and to out tests. Just pass backslashes
through and make sure our parser can handle them.

Bug: 341062
Signed-off-by: Robin Rosenberg <robin.rosenberg@dewire.com>
Change-Id: I2c8e917a086faabcd8749160c2acc9dd05a42838

Use Ignore to bypass unused test

Change-Id: Ica9e50c0d512865d217f55bf0d100f27878031b9
Signed-off-by: Robin Rosenberg <robin.rosenberg@dewire.com>

Fix broken git prefix detection

If JGit got a cygwin path it would fail to resolve directories
relative to it.

Also add system property to debug problems with the FS utilities.
Enable debug using -Djgit.fs.debug=1

Furthermore use -Djgit.gitprefix=<path> to set the git prefix
manually.

Change-Id: I5a58ee45c2d2ae5322f87fd6972526169b2918c8
Signed-off-by: Robin Rosenberg <robin.rosenberg@dewire.com>

Merge "Detaching HEAD when checking out the same commit."

Merge "Fix: possible IndexOutOfBoundsException in ReflogReader"

Merge "Registering the Checkout command and fixed a typo."

Detaching HEAD when checking out the same commit.

Detaching HEAD didn't work in some corner checkout cases.  If, for example,
HEAD is symbolic ref to refs/heads/master, refs/heads/master is ref to commit
c0ffee... then:

    checkout c0ffee...

would leave the HEAD unchanged.

The same symptom occurs when checking out a remote tracking branch or a tag
that references the same commit as refs/heads/master.

In the above case, the RefUpdate class didn't have enough information to decide
if the update needed to detach symbolic ref because it dealt only with new/old
objectIDs. Therefore, this fix introduced the RefUpdate.detachingSymbolicRef
flag.

Bug: 315166
Change-Id: I085c98b77ea8f9104a213978ea0d4ac6fd58f49b
Signed-off-by: Sasa Zivkov <sasa.zivkov@sap.com>

Prevent NPE during fetch and push via SSH

Bug: 340928
Change-Id: I870b77eeffa70a57891d7253a06ad7d44d808ee4
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Introduce FAILED result for RebaseCommand

In case an underlying cherry-pick fails due to uncommitted changes, a
RebaseCommand shall fail and roll-back changes.

Change-Id: Ic22eb047fb03ac2c8391f777036b7dbf22a1b061
Signed-off-by: Philipp Thun <philipp.thun@sap.com>

Registering the Checkout command and fixed a typo.

The Checkout command line command was added to JGit but it wasn't
registered in the list of available commands.
Additionally, the 'force' option was named '---force' (triple '-').

Change-Id: I259773932fa9aec3bb29e215740e67c834566f6f
Signed-off-by: Sasa Zivkov <sasa.zivkov@sap.com>

Merge "Introduce CherryPickResult"

Add status command to GIT api

Allow users of the GIT api to get to know the state of their
workingtree and index by adding a status command. The implementation
is mainly a wrapper around IndexDiff class. Better support for multiple
stages in the index (conflict situations) is still missing. An
appropriate change to IndexDiff and StatusCommand will come in a
subsequent commit.

Bug: 337296
Change-Id: Idb390375a68611853c1c903299ec678c89b081dc
Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <caniszczyk@gmail.com>

Create RemoteSession interface

The RemoteSession interface operates like a simplified version of
java.lang.Runtime with a single exec method (and a disconnect
method). It returns a java.lang.Process, which should begin execution
immediately. Note that this greatly simplifies the interface for
running commands. There is no longer a connect method, and most
implementations will contain the bulk of their code inside
Process.exec, or a constructor called by Process.exec. (See the
revised implementations of JschSession and ExtSession.)
Implementations can now configure their connections properly without
either ignoring the proper use of the interface or trying to adhere
to an overly strict interface with odd rules about what methods are
called first.  For example, Jsch needs to create the output stream
before executing, which it now does in the process constructor. These
changes should make it much easier to add alternate session
implementations in the future.

Also-by: John D Eblen <jdeblen@comcast.net>
Bug: 336749
CQ: 5004
Change-Id: Iece43632086afadf175af6638255041ccaf2bfbb
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <caniszczyk@gmail.com>

Introduce CherryPickResult

In order to distinguish cherry-pick failures caused by conflicts vs.
'abnormal failures' (e.g. due to unstaged changes or a dirty
worktree), a CherryPickResult class is introduced and returned by
CherryPickCommand.call() instead of a RevCommit. This new class is
similar to MergeResult and RebaseResult. The CherryPickResult contains
all necessary information, e.g. paths causing the cherry-pick (a merge
called within, respectively) to fail. This allows callers to better
react on failures.

Change-Id: I5db57b9259e82ed118e4bf4ec94463efe68b8c1f
Signed-off-by: Philipp Thun <philipp.thun@sap.com>
Signed-off-by: Mathias Kinzler <mathias.kinzler@sap.com>

PullCommand: Use short ref name in merge message

Add a test case for PullCommand for the successful merge case and test
that the short ref name is used.

Change-Id: I16cbbc88595f73e5512f984e67f93f87ee0fe242
Signed-off-by: Robin Stocker <robin@nibor.org>

Fix: possible IndexOutOfBoundsException in ReflogReader

java.lang.IndexOutOfBoundsException
at java.nio.ByteBuffer.wrap(ByteBuffer.java:352)
at org.eclipse.jgit.util.RawParseUtils.decodeNoFallback(RawParseUtils.java:913)
at org.eclipse.jgit.util.RawParseUtils.decode(RawParseUtils.java:880)
at org.eclipse.jgit.util.RawParseUtils.decode(RawParseUtils.java:839)
at org.eclipse.jgit.storage.file.ReflogReader$Entry.<init>(ReflogReader.java:102)
at org.eclipse.jgit.storage.file.ReflogReader.getReverseEntries(ReflogReader.java:183)
at org.eclipse.jgit.storage.file.ReflogReader.getReverseEntries(ReflogReader.java:162)

Change-Id: I22a18bc7193962e5018c40a75337f9976b585c40

Improve MergeResult

Add paths causing abnormal merge failures (e.g. due to unstaged
changes) to the MergeResult returned by MergeCommand. This helps
callers to better handle (e.g. present) merge results.

Change-Id: Idb8cf04c5cecfb6a12cb880e16febfc3b9358564
Signed-off-by: Philipp Thun <philipp.thun@sap.com>

Refactor test cases

This change moves commonly used methods into the RepositoryTestCase
base class.

Change-Id: I56a46c31ee1661c7ce22eb755ab23da8bc9f5da2
Signed-off-by: Philipp Thun <philipp.thun@sap.com>

Merge "PackWriter: Collect stats by object type"

Merge "BlockList: Micro-optimize appending from another BlockList"

Merge "PackFile: Cache the packName string"

PackWriter: Collect stats by object type

Frequently enough I'm wondering how much of a pack is commits vs.
trees, and the total line doesn't really tell us this because its
a gross total from the pack. Computing the counts per object type
is simple during packing, as PackWriter already has everything in
memory broken up by object type.  Its virtually free to get these
values and track them.

Change-Id: Id5e6b1902ea909c72f103a0fbca5d8bc316f9ab3
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

BlockList: Micro-optimize appending from another BlockList

Simple variant of addAll() that knows how to copy large segments
quickly using System.arraycopy() rather than looping through with
an Iterator object.

Change-Id: Icb50a8f87fe9180ea28b6920f473bb9e70c300f1
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

PackFile: Cache the packName string

Instead of computing this on every request, compute it once and
hold onto the result. This improves performance for LocalCachedPack
which does a lot of tests against the pack name string.

Change-Id: I3803745e3a5dda7b5f0faf39aae9423e2c777e7f
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Abort merge when file to be checked out is dirty

In case a file needs to be checked out (from THEIRS) during a merge
operation, it has to be checked if the worktree version of this file
is dirty. If this is true, merge shall fail.

Change-Id: I17c24845584700aad953c3d4f2bea77a0d665ec4
Signed-off-by: Philipp Thun <philipp.thun@sap.com>

Merge "Refactor ResolveMerger"

Refactor ResolveMerger

1. Perform an explicit check for untracked files.
2. Extract 'dirty checks' into separate methods
3. Clean up comments.
4. Tests: also check contents of files not affected by merge.

Change-Id: Ieb089668834d0a395c9ab192c555538917dfdc47
Signed-off-by: Philipp Thun <philipp.thun@sap.com>

Merge "Moved tests for commit -o option to own test class"

Moved tests for commit -o option to own test class

We test the -o option of the commit command very accurate by
writing tests for each line of a decision table. In order to
still be able to point new jgit users to the CommitAndLogCommandTest
to find out how to use log() and commit() I factored out these 1200
lines of very specific tests into their own class.

Change-Id: Icf7c517f790a8fa79c8afd9b7f4a2805cf79196e
Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>

Add path filtering to LogCommand

Bug: 340049
Change-Id: I825b93b3412a3041aca225962fc8463a8f180650
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <caniszczyk@gmail.com>

Assume refs of alternates are reachable during fetch

When fetching from a remote peer, consider all of the refs of any
alternate repository to be reachable locally, in addition to the refs
of the local repository.  This mirrors the push protocol and may avoid
unnecessary object transfer when the local repository is empty, but
its alternate and the remote share a lot of common history.

Junio C Hamano recently proposed a similar change to C Git's fetch
client, in order to work around a performance bug I identified when
fetching between two repositories that actually shared the same
alternate repository on the local system.

Change-Id: Iffb0b70e1223901ce2caac3b87ba7e0d6634d265
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

UploadPack: Report invalid want lines with ERR

Instead of aborting hard with a server-side exception, report an error
to the client with "ERR %s" in a context where the client is expecting
ACK/NAK.  Older clients will report this text to the user, but newer
ones know how to format this message in a more user-friendly way.

Change-Id: I1879b38988ba66f648c069c10dbfa14c3f34adb2
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Handle "ERR %s" when ACK/NAK is expected

If the remote peer replies with "ERR %s" instead of "ACK %s common" or
"NAK" during ancestor negotiation in the fetch-pack/upload-pack
protocol, treat that as an exception that aborts processing with the
error text as supplied by the remote system.

This matches behavior with "ERR %s" during the advertisements, which
is also a way for the remote to abort processing.

Change-Id: I2fe818e75c7f46156744ef4f703c40173cbc76d0
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

PacketLineIn: Reuse internal lineBuffer for small strings

Most "ACK %s continue", "ACK %s common", "NAK" strings that are read
by the readACK() method and readString() are shorter than the
lineBuffer already available.  Reuse that buffer when reading from
the network stream and converting to a string with RawParseUtils to
avoid unnecessary temporary byte array allocations.

Change-Id: Ibc778d9f7721943a065041d80fc427ea50d90fff
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Merge "Expose if name or email is based on a guess"

CommitCommand: add option to insert a change id

An option to insert a change id into the commit message was added
to CommitCommand.
This change is a prerequisite for removing GitIndex from EGit.

Change-Id: Iff9e26a8aaf21d8224bfd6ce3c98821c077bcd82
Signed-off-by: Jens Baumgart <jens.baumgart@sap.com>
Signed-off-by: Philipp Thun <philipp.thun@sap.com>
Signed-off-by: Mathias Kinzler <mathias.kinzler@sap.com>

Merge "Remove deprecated Repository.mapTree"

Expose if name or email is based on a guess

This enables applications to differentiate between explicitly set
configuration parameters and best effort attempts to guess these
parameters from the operating system.

Change-Id: I67cc4099238a40c6dca795e64f0155ced6008ef1
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Use parent directory in InitCommand if directory is "."

If no directory is set before executing an InitCommand, the current
directory (".") is used by default. By calling File.getParentFile() we
get the actual directory this points to. Using this directory makes it
easier to read paths.

Change-Id: I6245941395dae920e4f90b8985be6ef3cce570d3
Signed-off-by: Philipp Thun <philipp.thun@sap.com>

Merge "Improve native Git transport when following repository"

TransportProtocol: Allow null Repository in canHandle()

This allows callers to determine if a URI is supported, before
worrying about the local repository.

Suggested-by: Dariusz Luksza <dariusz@luksza.org>
Change-Id: Ifc76a4ba841f2e2e7354bd51306b87b3b9d7f6ab
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <caniszczyk@gmail.com>

Merge "FS: Allow cloning an FS instance"

Merge "FS: Allow userHome to be set and cached"

Merge "FS: Allow gitPrefix to be set and cached"

Merge "FS: Overload detect() with no arguments"

PushCommand: Allow adding any reference string

The simplified form of add(String) makes it easier for applications
to pass down user input and allow PushCommand to convert it to the
internal RefSpec object.

Change-Id: Ibd2e95852db0e52ea4a36032942c4c42a7fb4261
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

PushCommand: Add utilities for --all, --tags

The --all flag on the command line implies using refs/heads/* as
a push specification. Add this to the standard command object.

The --tags flag on the command line implies using refs/tags/* as
a push specification. Add this to the standard command object.

Change-Id: Iaef200b17cce77604548dbfb15cf2499b10687b5
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Merge "PushCommand: Default to pushing HEAD"

Merge "PushCommand: Set force-update in-place"

Merge "Make --git-dir optional for 'jgit init'"

Merge "CloneCommand: add a test to ensure we fetch all tags"

Make --git-dir optional for 'jgit init'

For compatibility reasons with regards to native git and also to
make the init command easier to use from the command line,
argument --git-dir should not be required.

Additionally the path created in case --git-dir is not supplied now is
canonical and thus easier to read.

Change-Id: Idb7d77e983a78c4b21fbf232fc1e75ef581e5ed1
Signed-off-by: Philipp Thun <philipp.thun@sap.com>

Replace 'occured' by 'occurred'

This change fixes a common typo.

Signed-off-by: Philipp Thun <philipp.thun@sap.com>

Improve native Git transport when following repository

If the client is only following the remote repository and has not
created any new non-common commits, the client will wind up sending
a "have %s" line for each tag in the repository.  For some projects
like git.git, this is 339 tags and growing, resulting in more than
16 KiB needing to be POSTed over 12 HTTP requests.

Teach UploadPack (server side) to always execute the okToGiveUp()
logic at least once per negotiation round to determine if the server
can compute a pack right now.  If it can, shove in an "ACK %s ready"
message to tell the client this and try to prevent receiving ancient
tags in future negotiation rounds.

Teach BasePackFetchConnection (client side) to honor a "ACK %s ready"
from the remote and break out of its SEND_HAVE loop once the remote
knows it can create a pack.  This avoids sending the remaining 307
tags of git.git.

These two changes together reduce the number of HTTP RPCs from 13
down to 3 in order to fetch from git.git over smart HTTP.  If either
side is missing the change, the older behavior (and its 13 RPCs)
is used.

Change-Id: I64736318fd0abf9ee5e56bd0b737707adb580b37
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Merge "PackWriter: Rename getObjectsNumber to getObjectCount"

CloneCommand: add a test to ensure we fetch all tags

Bug: 326611
Change-Id: Ibf9a7caa84d99f39fca88bebc10c03b01955146d
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <caniszczyk@gmail.com>

Merge "Always fetch tags during clone"

CommitCommand: set correct Reflog message when amending

Change-Id: I2322d31b09ca63bdcee50e90340e326467dc5021
Signed-off-by: Jens Baumgart <jens.baumgart@sap.com>
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <caniszczyk@gmail.com>

FS: Allow cloning an FS instance

This permits an application to create its own copy of FS.DETECTED
before manually setting the userHome or gitPrefix.

Bug: 337101
Change-Id: Ieea33c8d0ebdc801a4656b829d2a4b398559fd45
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

FS: Allow userHome to be set and cached

This permits callers to modify the meaning of userHome, which
may be useful if their application allows the user to select
different user settings locations.

Bug: 337101
Change-Id: I076815edeec1c20dea028f7840be3930337dff77
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

FS: Allow gitPrefix to be set and cached

This permits callers to modify the meaning of gitPrefix, which
may be useful if their application allows the user to select
the location where C Git is installed.

Bug: 337101
Change-Id: I07362a5772da4955e01406bdeb8eaf87416be1d6
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

FS: Overload detect() with no arguments

This allows callers to perform the logic that constructed the
current FS.DETECTED value.

Change-Id: Id8517d131dcc3f675c60b2d935730872695ed1b0
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Always fetch tags during clone

C Git always fetches tags during clone, even if the tag doesn't
point to an object that was fetched by the branch specifications.
Match that behavior, as users expect it.

Bug: 326611
Change-Id: I81a82b7359a9649f18a172219da44ed54e77ca2f
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

PushCommand: Default to pushing HEAD

If no RefSpec was specified, push the branch that is currently
checked out as HEAD.

Change-Id: I6f13ef6346188698a14e000fc590850afbc34b21
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

PushCommand: Set force-update in-place

Rather than copying the entire list, just replace each element
with the version that has setForceUpdate(true) invoked on it.

Change-Id: I2eaa4466d497cb2408ce61dc62ca26e0c32fe841
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

PackWriter: Rename getObjectsNumber to getObjectCount

This better matches with PackFile and CachedPack's methods
that return the same value.

Change-Id: Idb9b7c71d2048dd2344a62c2cde20b4e34529ab7
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Fix dumb transport push

PackWriter incorrectly returned 0 from getObjectsNumber() when the
pack has not been written yet. This caused dumb transports like
amazon-s3:// and sftp:// to abort early and never write out a pack,
under the assumption that the pack had no objects.

Until the pack header is written to the output stream, compute the
current object count each time it is requested. Once the header is
started, use the object count from the stats object.

Change-Id: I041a2368ae0cfe6f649ec28658d41a6355933900
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Avoid NullPointerException in PlotCommit

Bug: 339289
Change-Id: Idf36f080ae6638c2bdbe11d69a4ad870851622b1
Signed-off-by: Mathias Kinzler <mathias.kinzler@sap.com>

ObjectIdOwnerMap: More lightweight map for ObjectIds

OwnerMap is about 200 ms faster than SubclassMap, more friendly to the
GC, and uses less storage: testing the "Counting objects" part of
PackWriter on 1886362 objects:

  ObjectIdSubclassMap:
    load factor 50%
    table: 4194304 (wasted 2307942)
    ms spent 36998 36009 34795 34703 34941 35070 34284 34511 34638 34256
    ms avg 34800 (last 9 runs)

  ObjectIdOwnerMap:
    load factor 100%
    table: 2097152 (wasted 210790)
    directory: 1024
    ms spent 36842 35112 34922 34703 34580 34782 34165 34662 34314 34140
    ms avg 34597 (last 9 runs)

The major difference with OwnerMap is entries must extend from
ObjectIdOwnerMap.Entry, where the OwnerMap has injected its own
private "next" field into each object. This allows the OwnerMap to use
a singly linked list for chaining collisions within a bucket. By
putting collisions in a linked list, we gain the entire table back for
the SHA-1 bits to index their own "private" slot.

Unfortunately this means that each object can appear in at most ONE
OwnerMap, as there is only one "next" field within the object instance
to thread into the map. For types that are very object map heavy like
RevWalk (entity RevObject) and PackWriter (entity ObjectToPack) this
is sufficient, these entity types are only put into one map by their
container.  By introducing a new map type, we don't break existing
applications that might be trying to use ObjectIdSubclassMap to track
RevCommits they obtained from a RevWalk.

The OwnerMap uses less memory. Each object uses 1 reference more (so
we're up 1,886,362 references), but the table is 1/2 the size (2^20
rather than 2^21). The table itself wastes only 210,790 slots, rather
than 2,307,942. So OwnerMap is wasting 200k fewer references.

OwnerMap is more friendly to the GC, because it hardly ever generates
garbage. As the map reaches its 100% load factor target, it doubles in
size by allocating additional segment arrays of 2048 entries. (So the
first grow allocates 1 segment, second 2 segments, third 4 segments,
etc.)  These segments are hooked into the pre-allocated directory of
1024 spaces. This permits the map to grow to 2 million objects before
the directory itself has to grow. By using segments of 2048 entries,
we are asking the GC to acquire 8,204 bytes in a 32 bit JVM. This is
easier to satisfy then 2,307,942 bytes (for the 512k table that is
just an intermediate step in the SubclassMap). By reusing the
previously allocated segments (they are re-hashed in-place) we don't
release any memory during a table grow.

When the directory grows, it does so by discarding the old one and
using one that is 4x larger (so the directory goes to 4096 entries on
its first grow). A directory of size 4096 can handle up to 8 millon
objects. The second directory grow (16384) goes to 33 million objects.
At that point we're starting to really push the limits of the JVM
heap, but at least its many small arrays. Previously SubclassMap would
need a table of 67108864 entries to handle that object count, which
needs a single contiguous allocation of 256 MiB. That's hard to come
by in a 32 bit JVM. Instead OwnerMap uses 8192 arrays of about 8 KiB
each. This is much easier to fit into a fragmented heap.

Change-Id: Ia4acf5cfbf7e9b71bc7faa0db9060f6a969c0c50
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>