Add support for logAllRefUpdates configuration parameter

Honor the configuration parameter core.logAllRefUpdates when writing
reflogs.  Instead of writing reflog entries always only write
reflogs if this parameter is set to true or if the corresponding
file in the <git-dir>/logs directory already exists. In other words:
if you are updating a ref and this parameter is set to false and
there is no file corresponding to your ref in the <git-dir>/logs
folder then no reflog will be written.

This is a fix for the issue http://code.google.com/p/egit/issues/detail?id=4

Change-Id: I908e4c77e3630dc3223b2d2a47cb4534dbe4ed42
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>
Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Cleanup MANIFEST.MF in JGit

- We shouldn't be re-exporting bundles, JSch in this case.
  Instead used a Import-Package clause.

- Some packages weren't exported.  In Eclipse we have a policy to
  export all the packages in a bundle

- Exporting version numbers on the export packages.

Bug: 291108
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Mark our one Eclipse plugin as in incubation status

Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Utility to graft old JGit history onto repository

This script can be executed by a developer to download and graft
on the old JGit history, from before we moved the project to the
eclipse.org namespace and the Eclipse Foundation servers.

Executing this script is only necessary if you need to run log or
blame past the migration boundary, and isn't always recommended when
it comes to pushing objects to a remote server.  As mentioned in the
script, it is best to use a specialized repository with this graft,
not your main work repository.

Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Initial JGit contribution to eclipse.org

Per CQ 3448 this is the initial contribution of the JGit project
to eclipse.org.  It is derived from the historical JGit repository
at commit 3a2dd9921c8a08740a9e02c421469e5b1a9e47cb.

Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>