LocalDiskRepositoryTestCase: Add clarifying comment in call to createRepository

Clarify that 'true' means 'auto close'. This makes it consistent with
other calls that have a boolean argument for 'bare'. It also makes it a
bit easier to see what's going on while stepping in the debugger, because
it's not necessary to scroll around to find the method declaration.

Change-Id: Idacd749407dcfd258af3efaaf44d129069925dd3
Signed-off-by: David Pursehouse <david.pursehouse@gmail.com>

IndexDiffSubmoduleTest: Fix negative use count

submoduleStandalone is created by createWorkRepository() which adds
the created repository to the set of repositories to be closed in
the test teardown. It is therefore not necessary to explicitly close
it.

Change-Id: Ib6f525b644fdeaaf1934df39cc2d3583a0d883dc
Signed-off-by: David Pursehouse <david.pursehouse@gmail.com>

BlameGenerator: Annotate #getRenameDetector as Nullable

The renameDetector member returned by this method will be null when
following file renames has been disabled by previously calling:

  setFollowFileRenames(false).

Annotate it as @Nullable and update the Javadoc to explicitly
document the null return.

Change-Id: I9bdf443a64cf3c45352d3ab023051a2e11f7426d
Signed-off-by: David Pursehouse <david.pursehouse@gmail.com>

FetchCommandTest: Don't declare specific exceptions in test methods

Change-Id: Ie0f8a0f7a9c2c383be6ae8265353daac7f5a89fa
Signed-off-by: David Pursehouse <david.pursehouse@gmail.com>

PushCommandTest: Remove unused variables to prevent errors in Eclipse

Change-Id: Ie656b18fb151bf1e3c2dcc0438a77e32102991c2
Signed-off-by: David Pursehouse <david.pursehouse@gmail.com>

RefLeaseSpec: Fix Eclipse errors

- Remove unused import

- Remove unused private constructor

- Add Javadoc for public constructor

Change-Id: I1253e9fe863ca0f63182461ee87357fbf726ea2e
Signed-off-by: David Pursehouse <david.pursehouse@gmail.com>

Merge "push: support per-ref force-with-lease"

push: support per-ref force-with-lease

When rebasing, force-pushing has a race condition: someone else might
have pushed a commit since the one you just rewrote. The force-with-lease
option prevents this by ensuring that the ref's old value is the one
that you expected.

Change-Id: I97ca9f8395396c76332bdd07c486e60549ca4401
Signed-off-by: David Turner <dturner@twosigma.com>

Assume GC_REST and GC_TXN also attempted deltas during packing

In a DFS repository the DfsGarbageCollector will typically attempt
delta compression while creating the three main pack files: GC,
GC_REST and GC_TXN. Include all of these in the wasDeltaAttempted()
decision so that future packers can bypass delta compression of
non-delta objects.

Change-Id: Ic2330c69fab0c494b920b4df0a290f3c2e1a03d7

Prefer smaller GC files during DFS garbage collection

In 8ac65d33ed7a94f77cb066271669feebf9b882fc PackWriter changed its
behavior to always prefer the last object representation presented
to it by the ObjectReuseAsIs implementation. This was a fix to avoid
delta chain cycles.

Unfortunately it can lead to suboptimal compression when concurrent
GCs are run on the same repository. One case is automatic GC running
(with default settings) in parallel to a manual GC that has disabled
delta reuse in order to generate new smaller deltas for the entire
history of the repository.

Running GC with no-reuse generally requires more CPU time, which
also translates to a longer running time.  This can lead to a race
where the automatic GC completes before the no-reuse GC, leaving
the repository in a state such as:

  no-reuse GC:   size 1 GiB, mtime = 18:45
  auto GC:       size 8 GiB, mtime = 17:30

With the default sort ordering, the smaller no-reuse GC pack is
sorted earlier in the pack list, due to its more recent mtime.

During object reuse in a future GC, these smaller representations
are considered first by PackWriter, but are all discarded when the
auto GC file from 17:30 is examined second (due to its older mtime).

Work around this in two ways.

Well formed DFS repositories should have at most 1 GC pack. If
2 or more GC packs exist, break the sorting tie by selecting the
smaller file earlier in the pack list. This allows all normal read
code paths to favor the smaller file, which places less pressure
on the DfsBlockCache. If any GC race happens, readers serving clone
requests will prefer the file that is smaller.

During object reuse, flip this ordering so that the smaller file is
last. This allows PackWriter to see smaller deltas last, replacing
larger representations that were previously considered from other
pack files.

Change-Id: I0b7dc8bb9711c82abd6bd16643f518cfccc6d31a

Fix missing deltas near type boundaries

Delta search was discarding discovered deltas if an object appeared
near a type boundary in the delta search window. This has caused JGit
to produce larger pack files than other implementations of the packing
algorithm.

Delta search works by pushing prior objects into a search window, an
ordered list of objects to attempt to delta compress the next object
against. (The window size is bounded, avoiding O(N^2) behavior.)

For implementation reasons multiple object types can appear in the
input list, and the window. PackWriter commonly passes both trees and
blobs in the input list handed to the DeltaWindow algorithm. The pack
file format requires an object to only delta compress against the same
type, so the DeltaWindow algorithm must stop doing comparisions if a
blob would be compared to a tree.

Because the input list is sorted by object type and the window is
recently considered prior objects, once a wrong type is discovered in
the window the search algorithm stops and uses the current result.

Unfortunately the termination condition was discarding any found
delta by setting deltaBase and deltaBuf to null when it was trying
to break the window search.

When this bug occurs, the state of the DeltaWindow looks like this:

                                 current
                                  |
                                 \ /
  input list:  tree0 tree1 blob1 blob2

  window:      blob1 tree1 tree0
                / \
                 |
              res.prev

As the loop iterates to the right across the window, it first finds
that blob1 is a suitable delta base for blob2, and temporarily holds
this in the bestDelta/deltaBuf fields. It then considers tree1, but
tree1 has the wrong type (blob != tree), so the window loop must give
up and fall through the remaining code.

Moving the condition up and discarding the window contents allows
the bestDelta/deltaBuf to be kept, letting the final file delta
compress blob1 against blob0.

The impact of this bug (and its fix) on real world repositories is
likely minimal. The boundary from blob to tree happens approximately
once in the search, as the input list is sorted by type. Only the
first window size worth of blobs (e.g. 10 or 250) were failing to
produce a delta in the final file.

This bug fix does produce significantly different results for small
test repositories created in the unit test suite, such as when a pack
may contains 6 objects (2 commits, 2 trees, 2 blobs).  Packing test
cases can now better sample different output pack file sizes depending
on delta compression and object reuse flags in PackConfig.

Change-Id: Ibec09398d0305d4dbc0c66fce1daaf38eb71148f

Merge "Reintroduce garbage pack coalescing when ttl > 0."

Reintroduce garbage pack coalescing when ttl > 0.

Disabling the garbage pack coalescing when garbageTtl > 0 can result in
lot of garbage packs if they are created within the garbageTtl time.

To avoid a large number of garbage packs, re-introducing garbage pack
coalescing for the packs that are created within a single calendar day
when the garbageTtl is more than one day or one third of the garbageTtl.

Change-Id: If969716aeb55fb4fd0ff71d75f41a07638cd5a69
Signed-off-by: Thirumala Reddy Mutchukota <thirumala@google.com>

Merge "Branch normalizer should not normalize already valid branch names"

[infer] Fix ObjectWalk leak in PackWriter.preparePack()

Change-Id: I5d2455404e507faa717e9d916e9b6cd80aa91473
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Branch normalizer should not normalize already valid branch names

Change-Id: Ib746655e32a37c4ad323f1d12ac0817de8fa56cf
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Follow redirects in transport

Bug: 465167
Change-Id: I6da19c8106201c2a1ac69002bd633b7387f25d96
Signed-off-by: Bo Zhang <zhangbodut@gmail.com>
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Merge branch 'stable-4.6'

* stable-4.6:
  GC: delete empty directories after purging loose objects
  GC.prune(Set<ObjectId>): return early if objects directory is empty

Change-Id: I3d6cacf80d3b4c69ba108e970855963bd9f6ee78
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

GC: delete empty directories after purging loose objects

In order to limit the number of directories we check for emptiness only
consider fanout directories which contained unreferenced loose objects
we deleted in the same gc run.

Change-Id: Idf8d512867ee1c8ed40bd55752122ce83a98ffa2
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Organize imports

Change-Id: I97044f69d220fc2d3f9fe890fdfec542454f02d2
Signed-off-by: David Pursehouse <david.pursehouse@gmail.com>

Detect stale-file-handle error in causal chain

Cover the case where the exception is wrapped up as a
cause, e.g., PackIndex#open(File).

Change-Id: I0df5b1e9c2ff886bdd84dee3658b6a50866699d1
Signed-off-by: Hongkai Liu <hongkai.liu@ericsson.com>

Merge branch 'stable-4.6'

* stable-4.6:
  Clean up orphan files in GC

Change-Id: I4fb6b4cd03d032535a9c04ede784bea880b4536b
Signed-off-by: David Pursehouse <david.pursehouse@gmail.com>

Merge "Don't rely on default locale when using toUpperCase() and toLowerCase()"

Merge FileTreeIteratorJava7Test into FileTreeIteratorTest

JGit now requires Java 8, so it is no longer necessary to have a
separate class for Java 7 specific tests. Remove it and merge its
tests into the existing FileTreeIteratorTest.

FileTreeIteratorTest has an @Before annotated method that sets up
some files in the git, which breaks the tests which have assumptions
on the file names. Add adjustments.

Change-Id: I14f88d8e079e1677c8dfbc1fcbf4444ea8265365
Signed-off-by: David Pursehouse <david.pursehouse@gmail.com>
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Rename FileUtilTest to FileUtilsTest and merge in FileUtils7Test

Rename the test class to match the name of the class under test.

JGit now requires Java 8 so it is no longer necessary to have a
separate class (FileUtils7Test) for Java 7 tests. Merge those into
FileUtilsTest.

Change-Id: I39dd7e76a2e4ce97319c7d52261b0a1546879788
Signed-off-by: Hongkai Liu <hongkai.liu@ericsson.com>
Signed-off-by: David Pursehouse <david.pursehouse@gmail.com>

Make GC cancellable when called programmatically

Sometimes, it is necessary to cancel a garbage collection operation.
When GC is called using the standalone executable, i.e., from a command
line, Control-Cing the process does the trick. When calling GC
programmatically, though, there is no mechanism to do it.

Add checks in the GC process so that a custom cancellable progress
monitor could be passed in order to cancel the operation at specific
points. In this case, the calling process set the cancel flag in the
progress monitor and the GC process will throw an exception that can
be caught and handled by the caller accordingly.

Change-Id: Ieaecf3dbdf244539ec734939c065735f6785aacf
Signed-off-by: Hector Caballero <hector.caballero@ericsson.com>

GC.prune(Set<ObjectId>): return early if objects directory is empty

Change-Id: Id56b102604c4e0437230e3e7c59c0a3a1b676256
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Clean up orphan files in GC

An orphan file is either a bitmap or an idx file in pack folder,
and its corresponding pack file is missing.

Change-Id: I3c4cb1f7aa99dd7b398bdb8d513f528d7761edff
Signed-off-by: Hongkai Liu <hongkai.liu@ericsson.com>
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

RepositoryCacheTest: avoid to close already closed repository

The tearDown() of the superclass closed the repository once more which
led to a negative use count warning logged by Repository.close().

Change-Id: I331f85a540c68264a53456276c32f72b79113d61
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

RefUpdateTest: Don't call createBareRepository in try-with-resource

createBareRepository adds the created repo to the list of repos to be
closed in the superclass's teardown. Wrapping it in try-with-resource
causes it to be closed too many times, resulting in a corrupt use
count.

Change-Id: I4c70630bf6008544324dda453deb141f4f89472c
Signed-off-by: David Pursehouse <david.pursehouse@gmail.com>

ReceivePackAdvertiseRefsHookTest: Don't close repositories in teardown

The repositories get added to the "toClose" set by createBareRepository,
and are then closed in the superclass's tearDown method.

Explicitly closing them in this test class's teardown causes the use
count to go negative when subsequently closed again by the superclass.

Change-Id: Idcbb16b4cf4bf0640d7e4ac15d1926d8a27c1251
Signed-off-by: David Pursehouse <david.pursehouse@gmail.com>

RepoCommand#readFile: Don't call Git#getRepository() in try-with-resource

Using try-with-resource means that close() will automatically be
called on the Repository object. However, according to the javadoc
of Git#close():

  If the repository was opened by a static factory method in this class,
  then this method calls Repository#close() on the underlying repository
  instance.

This means that Repository#close() is called twice, by Git.close()
and in the outer try-with-resource, leading to a corrupt use count.

Change-Id: I37ba517eb2cc67d1cd36813598772c70208d0bc9
Signed-off-by: David Pursehouse <david.pursehouse@gmail.com>

RepoCommandTest: Don't wrap create{Bare,Work}Directory in t-w-r

These methods add the created Repository into "toClose", and they are
then closed by LocalDiskRepositoryTestCase's tearDown method.

Calling them in try-with-resource causes them to first be closed in
the test method, and then again in tearDown, which results in the use
count going negative and a log message on the console.

While this is not a serious problem, having so many false positives
in the logs will potentially drown out real cases of Repository being
closed too many times.

Change-Id: Ib374445e101dc11cb840957b8b19ee1caf777392
Signed-off-by: David Pursehouse <david.pursehouse@gmail.com>

LocalDiskRepositoryTestCase: Only add to toClose through access method

Only using the access method means we only have one place where the
toClose set is modified, making it easier to debug either by adding
log statements or by setting a breakpoint.

Change-Id: I4f9f1774d5f2e10bcab381edfd84bb6ee0499a11
Signed-off-by: David Pursehouse <david.pursehouse@gmail.com>

GitConstructionTest: Remove unnecessary calls to Repository.close()

The repositories are already closed in the superclass teardown due
to being added to the "toClose" set.

Change-Id: I768ba8a02fc585907687caf37e2e283434016c04
Signed-off-by: David Pursehouse <david.pursehouse@gmail.com>

Merge "LocalDiskRepositoryTestCase: Prevent duplicates in list of repos to close"

Merge "Remove unused org.apache.http.impl.client.cache requirement"

Don't rely on default locale when using toUpperCase() and toLowerCase()

Otherwise these methods may produce unexpected results if used for
strings that are intended to be interpreted locale independently.
Examples are programming language identifiers, protocol keys, and HTML
tags. For instance, "TITLE".toLowerCase() in a Turkish locale returns
"t\u0131tle", where '\u0131' is the LATIN SMALL LETTER DOTLESS I
character.

See
https://docs.oracle.com/javase/8/docs/api/java/lang/String.html#toLowerCase--
http://blog.thetaphi.de/2012/07/default-locales-default-charsets-and.html

Bug: 511238
Change-Id: Id8d8f37d84d62239c918b81f8d883ed798d87656
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

LocalDiskRepositoryTestCase: Prevent duplicates in list of repos to close

Change the "toClose" list to a set, which will not allow duplicate
entries. This reduces the number of false positive logs about corrupt
use count due to the same repository being closed more than once during
teardown.

Change-Id: I5ab0ff8b56e7f2b2c7aab5274d957708d26f42c5
Signed-off-by: David Pursehouse <david.pursehouse@gmail.com>

Repository: Include repository name when logging corrupt use count

Logging the repository name makes it easier to track down what is
incorrectly closing a repository.

Change-Id: I42a8bdf766c0e67f100adbf76d9616584e367ac2
Signed-off-by: David Pursehouse <david.pursehouse@gmail.com>

Record the estimated size of the pack files.

The Compacter and Garbage Collector will record the estimated size of
the newly going to be created compact, gc or garbage packs. This
information can be used by the clients to better make a call on how to
actually store the pack based on the approximated expected size.

Added a new protected method DfsObjDatabase.newPack(PackSource
packSource, long estimatedPackSize), so that the clients can override
this method to make use of the estimatedPackSize while creating a new
PackDescription object. The default implementation of this method is
equivalent to
newPack(packSource).setEstimatedPackSize(estimatedPackSize). I didn't
make it abstract because that would force all the existing sub classes
of DfsObjDatabase to implement this method. Due to this default
implementation, the estimatedPackSize is added to DfsPackDescription
using a setter instead of a constructor parameter (even though
constructor parameter would be a better choice as this value is set only
during the object creation).

Change-Id: Iade1122633ea774c2e842178a6a6cbb4a57b598b
Signed-off-by: Thirumala Reddy Mutchukota <thirumala@google.com>

Remove unused org.apache.http.impl.client.cache requirement

The package is not used by the plugin and seems to be missing in the
platform anyway under some conditions, see bug 508321 (newer
org.apache.httpcomponents.httpclient_4.5.2 does NOT include the package,
org.apache.httpcomponents.httpclient_4.3.6 does).

Change-Id: Ida5d926a611812b5177af651b3cf22f1b2519e02
Signed-off-by: Andrey Loskutov <loskutov@gmx.de>

Merge branch 'stable-4.6'

* stable-4.6:
  Update Orbit to S20170120205402 and com.jcraft.jsch to 0.1.54
  Fix preparation of 4.6.1-SNAPSHOT builds

Change-Id: Ifd1f81cb199a0b5bd35e8652cac116e377136b2d
Signed-off-by: David Pursehouse <david.pursehouse@gmail.com>

Fixes Javadoc error in org.eclipse.jgit created with I59539ac

Adds the param information to the private method. These are generated
via tooltip to resolve the compile errors.

Bug: 511043
Change-Id: I9ba551978eab750326d1a067b296e3ae93925871
Signed-off-by: Lars Vogel <Lars.Vogel@vogella.com>

Remove @since tags from internal packages

These packages don't use @since tags because they are not part of the
stable public API.  Some @since tags snuck in, though.  Remove them to
make the convention easier to find for new contributors and the
expectations clearer for users.

Change-Id: I6c17d3cfc93657f1b33cf5c5708f2b1c712b0d31

gc: loosen unreferenced objects

An unreferenced object might appear in a pack.  This could only happen
because it was previously referenced, and then later that reference
was removed.  When we gc, we copy the referenced objects into a new
pack, and delete the old pack.  This would remove the unreferenced
object.  Now we first create a loose object from any unreferenced
object in the doomed pack.  This kicks off the two-week grace period
for that object, after which it will be collected if it's not
referenced.

This matches the behavior of regular git.

Change-Id: I59539aca1d0d83622c41aa9bfbdd72fa868ee9fb
Signed-off-by: David Turner <dturner@twosigma.com>
Signed-off-by: Jonathan Nieder <jrn@google.com>

Update Orbit to S20170120205402 and com.jcraft.jsch to 0.1.54

CQ: 12553
Change-Id: Ie72b48d00f363e3dc05b9733018a6ddca32c3e6e
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Fix preparation of 4.6.1-SNAPSHOT builds

Change-Id: Ib241c4f45192672712526599898c0bd0bd356436
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

[infer] Mark ManifestParse.getFilteredProjects non-null

Change-Id: I05653df7a0337443d2c8e53f47f4e95ec9ca1a9c
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

[infer] Fix potential NPE in DiffFormatter

Change-Id: Ia33e2af9ce3393d9173ca0dc7efefd86c965d8c8
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

[infer] Fix potential NPE in CloneCommand

Change-Id: Ie7eeba3ae719ff207c7535d535a9e0bd6c9e99e6
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Implement Bazel build for http-apache, lfs, lfs-server

Test plan:

  $ bazel build all

  $ unzip -t bazel-genfiles/all.zip
    Archive:  bazel-genfiles/all.zip
      testing: libhttp-apache.jar       OK
      testing: libjgit-archive.jar      OK
      testing: libjgit-lfs-server.jar   OK
      testing: libjgit-lfs.jar          OK
      testing: libjgit-servlet.jar      OK
      testing: libjgit.jar              OK
      testing: libjunit.jar             OK
    No errors detected in compressed data of bazel-genfiles/all.zip.

Change-Id: I9e6c60898ccc6d2a4557ec7544c297442a9702b4
Signed-off-by: David Pursehouse <david.pursehouse@gmail.com>

Format Bazel files with buildifier

Change-Id: I934114315d2c7cab917f1011b8e55c52367d429f
Signed-off-by: David Pursehouse <david.pursehouse@gmail.com>

Change StreamGobbler to Runnable to avoid unused Future

It can be considered a programming error to create a Future<T>
but do nothing with that object. There is an async computation
happening and without holding and checking the Future for done
or exception the caller has no idea if it has completed.

FS doesn't really care about these StreamGobblers finishing.
Instead use Runnable with execute(Runnable), which doesn't
return a Future.

Change-Id: I93b66d1f6c869e66be5c1169d8edafe781e601f6

Add missing @since tags on new API constants

Change-Id: Ia8b861da07fba99644ccc9eb5578a46cc39600a1
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

gc: Add options to preserve and prune old pack files

The new --preserve-oldpacks option moves old pack files into the
preserved subdirectory instead of deleting them after repacking.

The new --prune-preserved option prunes old pack files from the
preserved subdirectory after repacking, but before potentially
moving the latest old packfiles to this subdirectory.

These options are designed to prevent stale file handle exceptions
during git operations which can happen on users of NFS repos when
repacking is done on them. The strategy is to preserve old pack files
around until the next repack with the hopes that they will become
unreferenced by then and not cause any exceptions to running processes
when they are finally deleted (pruned).

Change-Id: If3f729f0d9ce920ee2c3e6acdde46f2068be61d2
Signed-off-by: James Melvin <jmelvin@codeaurora.org>

Make ObjectDownloadListener public

The same was already done for ObjectUploadListener in I5b0fb1220.

Change-Id: Ie8a79f715fe69bed9331962fb478f7e35acf8680
Signed-off-by: David Pursehouse <david.pursehouse@gmail.com>

Implement initial framework of Bazel build

The initial implementation only builds the packages consumed by
Gerrit Code Review.

Test build and execution is not implemented.

We prefer to consume maven_jar custom rule from bazlets repository,
for the same reasons as in the Gerrit project:

* Caching artifacts across different clones and projects
* Exposing source classifiers and neverlink artifact

TEST PLAN:

  $ bazel build :all
  $ unzip -t bazel-genfiles/all.zip
  Archive: bazel-genfiles/all.zip
    testing: libjgit-archive.jar      OK
    testing: libjgit-servlet.jar      OK
    testing: libjgit.jar              OK
    testing: libjunit.jar             OK
  No errors detected in compressed data of bazel-genfiles/all.zip.

Change-Id: Ia837ce95d9829fe2515f37b7a04a71a4598672a0
Signed-off-by: David Ostrovsky <david@ostrovsky.org>
Signed-off-by: David Pursehouse <david.pursehouse@gmail.com>

Normalizer creating a valid branch name from a string

Generic normalization method for a possible invalid branch name.
The method compresses dividers between spaces, then replaces spaces
and non word characters with underscores.

This method is needed in preparation for subsequent EGit changes.

Bug: 509878
Change-Id: Ic0d12f098f90f912a45bcc5693d6accf751d4e58
Signed-off-by: Wim Jongman <wim.jongman@remainsoftware.com>

Merge "Fix StashApplyCommand for stashes containing untracked changes."

Fix StashApplyCommand for stashes containing untracked changes.

If there are untracked changes, apply only the untracked tree
after a successful merge. The merge tree from merging untracked
with HEAD would also contain files already reset before (changes
in tracked files) and try to reset those again,leading to false
checkout conflicts.

Bug: 505804
Change-Id: Iaced4d277623334d11e3d1cca5969590d7c5093e
Signed-off-by: Thomas Wolf <thomas.wolf@paranor.ch>

Fix possible InvalidObjectIdException in ObjectDirectory

ObjectDirectory.getShallowCommits should throw an IOException
instead of an InvalidArgumentException if invalid SHAs are present
in .git/shallow (as this file is usually edited by a human).

Change-Id: Ia3a39d38f7aec4282109c7698438f0795fbec905
Signed-off-by: Marc Strapetz <marc.strapetz@syntevo.com>
Signed-off-by: David Pursehouse <david.pursehouse@gmail.com>

Add missing slf4j dependency in BUCK file for jgit-lfs-server

Change-Id: I0c7fcae123f94ebd8e5eb2700e3d601a1b199be9
Signed-off-by: Zhen Chen <czhen@google.com>
Signed-off-by: David Pursehouse <david.pursehouse@gmail.com>

Skip pack header bytes in DfsPackFile

The 12 bytes `PACK...` header is written in PackWriter before reading
CachedPack files. In DfsPackFile#copyPackBypassCache, the header was not
skipped when the first block is not in cache.

Change-Id: Ibbe2e564d36b79922a936657f286addb1044d237
Signed-off-by: Zhen Chen <czhen@google.com>

LfsProtocolServlet#LfsRequest: Add operation type helper methods

Server implementations may need to check what type of operation is
being performed. Add helper methods to make it a bit simpler.

Change-Id: Ia33ed6699ebcb9000ef514ce79bcddbebf94e1c5
Signed-off-by: David Pursehouse <david.pursehouse@gmail.com>

Expose LFS operation strings as public constants

So that they can be used either by third party LFS server implementations
or from within other parts of JGit's internal LFS implementation.

Change-Id: I58da6230247204588e017c010ce5b14e4615448d
Signed-off-by: David Pursehouse <david.pursehouse@gmail.com>

LfsProtocolServlet: Improve error on getLargeFileRepository failure

Externalize the error message and make it more specific. Also emit
an error log.

Change-Id: Ie7b1c90c54673bfb8e133fb0aa19a117d4ca6587
Signed-off-by: David Pursehouse <david.pursehouse@gmail.com>
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Add support for refusing LFS request due to invalid authorization

Add a new exception type that server implementations can throw when a
client attempts to make an unauthorized LFS operation, which will result
in HTTP 401 Unauthorized being returned to the client.

An example of this is a Gerrit server that rejects a request to perform
an LFS operation on a ref that is not visible to the caller.

As defined in the LFS spec [1] the request may include authentication,
and per RFC 2616 [2], "401 response indicates that authorization has been
refused for those credentials".

[1] https://github.com/git-lfs/git-lfs/blob/master/docs/api/batch.md
[2] https://www.w3.org/Protocols/rfc2616/rfc2616-sec10.html

Change-Id: I2aa22e2144df5fb7972df0e3285b77b08ecc63f2
Signed-off-by: David Pursehouse <david.pursehouse@gmail.com>

Add LfsPointerFilter TreeFilter

Add new variation of TreeFilter in order to detect LFS pointer files in
the repository.

Additionally, update LfsPointer to support the legacy version URL [1] as
described in [2], and to allow arbitrary fields in the pointer file.

[1] https://hawser.github.com/spec/v1
[2] https://github.com/git-lfs/git-lfs/blob/master/docs/spec.md

Change-Id: I621eb058619fb1b78888a54c4b60bb110a722fc3
Signed-off-by: Dariusz Luksza <dariusz@luksza.org>
Signed-off-by: David Pursehouse <david.pursehouse@gmail.com>
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Pack refs/tags/ with refs/heads/

This fixes a nasty performance issue for repositories that have many
objects referenced through refs/tags/, but not in refs/heads/.
Situations like this can arise when a project has made releases like
refs/tags/v1.0, and then decides to orphan history and start over for
version 2. The v1.0 objects are not reachable from master anymore,
but are still live due to the v1.0 tag.

When tags are packed in the GC_OTHER pack, bitmaps are not able to
cover the repository's contents. This may cause very slow counting
times during git clone, as the server must enumerate the ancient
history under refs/tags/ to respond to the client.

Clients by default always ask for all tags when asking for all heads
during clone. This has been true since git-core commit 8434c2f1afedb
(Apr 27 2008), when clone was converted to a builtin. Including tags
in the main GC pack should still allow servers to benefit from the
fast full pack reuse path when serving a clone to a client.

Change-Id: I22e29517b5bc6fa3d6b19a19f13bef0c68afdca3

Get rid of javax.servlet API dependency for core org.eclipse.jgit

Change-Id: I57d5d4fab7e0b1bd4cf5f1850e8569c8ac5def88
Signed-off-by: Marc Strapetz <marc.strapetz@syntevo.com>
Signed-off-by: Andrey Loskutov <loskutov@gmx.de>

[findBugs] PackWriter.NONE should be final

Change-Id: I4b5621bcb4db82e0560408b3cde6f18b0cc55b29
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

[findBugs] Remove reliance on default encoding in Base64

Change-Id: I6901da975a86c460ce7c783a519669d8be8e23bb
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

[findBugs] Fix potential NPE in CleanFilter

Change-Id: Ibc20e9fc16be62f61748b3f59f6d70c1ebf63671
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

[findBugs] Fix potential NPE in ObjectDirectoryTest

Change-Id: I0307d1e9bbc0bfc8172eed10f8e93788d6e2c8b4
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

[findBugs] Fix potential NPE in GcPackRefsTest

Change-Id: I273c06b9b2ce36c8232803cb7f02d7f846ed49e5
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

[findBugs] Fix potential NPE in GC

Change-Id: I59cda76b2c5039e08612f394ee4f7f1788578c49
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

[findBugs] Fix potential NPE in DirCacheCheckoutTest

Change-Id: I842cbdd14bf56cb2bd599255fe90a5a3aea0d304
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Remove unused API warning filters

Change-Id: If6d343a55245219a652e35c9cfde69349dc09889
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Fix keep pack filename

Previously it was looking for a keep file with the name of a pack file
(extenstion included) appended with a '.keep'. However, the keep file
name should be the pack file name  with a '.keep' extension

Change-Id: I9dc4c7c393ae20aefa0b9507df8df83610ce4d42
Signed-off-by: James Melvin <jmelvin@codeaurora.org>

Prepare 4.7.0-SNAPSHOT builds

Change-Id: I20754d13007e6591d36aae5766f3a9a82b24e120
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Merge branch 'stable-4.6'

* stable-4.6:
  Update tycho version to 0.26
  Update maven plugins
  Skip javadoc generation for org.eclipse.jgit.http.test
  Prepare 4.6.1-SNAPSHOT builds
  JGit v4.6.0.201612231935-r

Change-Id: Ia70329af7ec8bdb6d8bd6f917e00024a3ea4ac1f
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Update tycho version to 0.26

Change-Id: I1cf3402c057de89d1afe161d2d4106896fa8753f
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Update maven plugins

Change-Id: I2d18f69d25362f565df071c320970cbc973199cd
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Skip javadoc generation for org.eclipse.jgit.http.test

This fixes the error the javadoc plugin raises when generating the maven
site for this bundle.

Change-Id: I72026aa33be86960747a246af4a70f6a91b40102
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Prepare 4.6.1-SNAPSHOT builds

Change-Id: I6b05a6f6c3f92365c272e1bdaf76093ca01f2d58
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

JGit v4.6.0.201612231935-r

Change-Id: Iaa88fe1b195dfe6be99a7b4cb064684e75563715
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Merge branch 'stable-4.5'

* origin/stable-4.5:
  Fix one case of missing object

Change-Id: Ia6384f4be71086d5a0a8c42c7521220f57dfd086
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

[infer] Fix resource leak in IndexDiff

We only need the tree id to add it to a TreeWalk so change tree's type
to AnyObjectId.

Bug: 509385
Change-Id: I98dd5fef15cd173fe1fd84273f0f48e64e12e608
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

[infer] Fix resource leak in ObjectChecker

Bug: 509385
Change-Id: I6b6ff5b721d959eb0708003a40c8f97d6826ac46
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

[infer] Fix a resource leak in PackWriter

Bug: 509385
Change-Id: Ic8a82895fa39be73f1bd8427cfe9437be6fc4e3e
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

[infer] Fix resource leaks in DfsInserter

Bug: 509385
Change-Id: Id5dc40bb3fb9da97ea0795cca1f2bcdcde347767
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

[infer] Fix resource leak in ManifestParser

Bug: 509385
Change-Id: Icfe58ac2e5344546448a55ad14ec082356be968c
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

[infer] Fix resource leak in RepoCommand

Bug: 509385
Change-Id: I30c427f0dd2fc1fceb6b003dfdee0a05efaefca9
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

[infer] Fix resource leak in DirCache

Bug: 509385
Change-Id: I5f914c910ef3a7583594fb31c7757d3dddf6a05e
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

[infer] Fix SubmoduleWalk leaks in submodule commands

Bug: 509385
Change-Id: I4cba81d8ea596800a40799dc9cb763fae01fe508
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

[infer] Fix resource leaks in SubmoduleAddCommand

Bug: 509385
Change-Id: I9d25cf117cfb19df108f5fe281232193fd898474
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

[infer] Fix resource leaks in RebaseCommand

Bug: 509385
Change-Id: I9fbdfda59f7bc577aab55dc92ff897b00b5cb050
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

[infer] Fix resource leak in BlameCommand

Bug: 509385
Change-Id: Ic57fd3bf940752229e35102e7761823f7d3d8732
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Ignore infer output folder

Infer [1] is a static code checker.

[1] http://fbinfer.com/

Change-Id: I880cefe0a20f6af88ab10f6e862fda44fbe0883d
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>