Add Javadoc description for packages

These appear as descriptions in the index, see here (currently empty):

http://download.eclipse.org/jgit/docs/latest/apidocs/

Change-Id: If7996deef30ae688bade8b3ad6b19547ca3d8b50
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <zx@twitter.com>

Merge "Refactor ResolveMergerTest to allow testing multiple strategies"

Pull up method for creating DirCacheEntry into RepositoryTestCase

Change-Id: I6e6522289553137df1a46ceeb52f461e9d25a290

Suppress resource warnings with Java 7

For streams that should not be closed, i.e. don't own an underlying
stream, and in-memory streams that do not need to be closed we just
suppress the warning. This mostly apply to test cases. GC is enough.

For streams with external resources (i.e. files) we add the necessary
call to close().

Change-Id: I4d883ba2e7d07f199fe57ccb3459ece00441a570

Merge "Extend Javadoc of CheckoutCommand and add examples"

Merge "Add a check in fstick that the reference file exists"

Merge "Fix for Iff768422c, use offset 0 when going back to work tree iterator"

Add a check in fstick that the reference file exists

This helps avoiding some stupid thinkos.

Change-Id: I5b386cd9c6bf0e11f270bb2b8cfaac66ce9b341b

Merge "Don't allow null name or e-mail in PersonIdent"

Merge "Fix Javadoc formatting of org.eclipse.jgit.diff package"

Merge "Simplify push error message when ref already exists"

Refactor ResolveMergerTest to allow testing multiple strategies

By making use of JUnit Theories and Datapoints ResolveMergerTests is now
capable to run the tests against multiple Merge strategies.

Change-Id: Ifa0075e0a2aca7576ef268291b73fa2f4d79b591

Merge "AbstractTreeIterator: Add toString with entry path"

StashCreateCommand: Abort in case of unmerged paths

Bug: 391861
Change-Id: I5f8ffe072c08c8ca2ca6be6b6afa67c8e16a63b6

AbstractTreeIterator: Add toString with entry path

Helps when debugging tree walking code.

Change-Id: I7ba3846a028a1538787a7d4fbf50f7c487cae6c7

Update packaging build to use Tycho 0.16

Change-Id: Ie5c2f9d4a3b64fc43d310bec45685970cb227237
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Extend Javadoc of CheckoutCommand and add examples

Otherwise one has to look at the source to find out how to use the
command.

Change-Id: I074325bf2147aeb6f738a9346a9bb8fc49968929

Simplify push error message when ref already exists

If a client attempts to create a branch that already exists on the
remote side, tell them "already exists" rather than repeat lots of
information about the reference. Previously the error looked like:

  ! [remote rejected] tags/1.3.1 -> 1.3.1 (Ref Ref[refs/tags/1.3.1=e3857ee05...] already exists)

Now it will simply say:

  ! [remote rejected] tags/1.3.1 -> 1.3.1 (already exists)

Change-Id: I96fc67ca8b650052de6e662449a3c5bc8bbc010b

Fix Javadoc formatting of org.eclipse.jgit.diff package

Without explicit <p> elements, Javadoc joins all paragraph, resulting in
unreadable Javadoc output, e.g. see here:

http://download.eclipse.org/jgit/docs/jgit-2.1.0.201209190230-r/apidocs/org/eclipse/jgit/diff/MyersDiff.html

Also, <pre> is needed to preserve pre-formatted content.

The reflowing of text was automatically done on save.

Change-Id: Ia02dd6d759ae066700098e22669ef925e3c813b5

Update jgit's last release version for API change reports

Change-Id: I04b1e8a2d3aa49c45bd7846fa87b9acfa57f8fda
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Merge "Add a hint on the purpose of JGitInternalException to the constructor"

Add a hint on the purpose of JGitInternalException to the constructor

In code review we often see uses of JGitInternalException where a high
level GitAPIException would be more appropriate. Hopefully the word
low-level in the constructor comment will lead to fewer such cases.

Change-Id: Id5ec7897535f6c5c5f0bd153fe0ff15c65083474

RevWalk: Add link to parseHeaders/parseBody in Javadoc of lookupCommit

Change-Id: I7765d1a69d19968ebad603025a9c686f17633ebd

Don't allow null name or e-mail in PersonIdent

toExternalString, equals and hashCode don't expect them to be null, so
explicitly disallow it in the constructor.

Also fix the documentation of setAuthor and setCommitter in
CommitCommand when specifying name and email as separate arguments.

Bug: 352984
Change-Id: I0ac994ae8e47789d38f7c6e6db55d482f0f1bac3

Merge "Make BlameGenerator comments more clear"

CommitCommand: Use original author on amend if author is not set

This way, callers don't have to parse author ident of HEAD themselves.

Bug: 362391
Change-Id: I383a817e6ed4707d637c52c007bc7b57728e6c85

CommitCommand: Don't allow amending on initial commit

Change-Id: I27b13510eb6756da21d0d359d76031da4a875e28

Merge "Add --squash option to org.eclipse.jgit.pgm.Merge"

Add --squash option to org.eclipse.jgit.pgm.Merge

Change-Id: Ifd20b6f4731cfa71319145cac7b464aa53db18b8

Fix for Iff768422c, use offset 0 when going back to work tree iterator

In Iff768422c the offset used for the content id was fixed to use  the
offset that applied to the dircache iterator. Unfortunately the index
for the dircache content id offset stuck for entries that were not in
the index. Few caller probably cared about that, unless it actually
caused an ArrayIndexOutOfBoundsException.

Change-Id: Ic9f0e77c8ea3a0770d88565e94392e76853e3006

Fix unstable test

Add more time to a timestamp to safely go beyond the granularity of
the timestamp resolution of the file system. The lowest resolution we
know of is FAT with two second resolution. Then add some to make sure we
are above the limit.

Change-Id: I85c5b07dcdf2d80de41fe9b2354ccc888bad7f1e

Update README

Extend introduction, update links and remove outdated information.

Change-Id: I29f4d72c980008b6bebe3b009d58c915cd091b9d
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Fix compile error (method not available in 1.5)

Change-Id: I07aca821010daca75a66506b9ca738bc8c262abb
Signed-off-by: Markus Keller <markus_keller@ch.ibm.com>
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Merge "Remove unused import introduced with 8f706db5"

Revert "The constructor CmdLineException(String) is deprecated"

This reverts commit 07f99362575f324e466d7f5ae49d5f8f69cf7a8a.

07f9 seems to require a more recent args4j, but I cannot locate a CQ
that verifies we can use a version more recent then 2.0.12. 2.0.16
has been released, but the Hudson CI instance at Eclipse won't
build it.

Since the commit fixes an issue identified in March but wasn't
actually submitted to the tree until September, we can continue to
ignore whatever the problem is/was until someone can attempt a more
correctly working solution.

Change-Id: I94fa432c219bda21c1126976bb60e5292760092e

Remove unused import introduced with 8f706db5

Also cleanup wildcards in import statements.

Change-Id: I28c1435ae7482de1209aeefc755a230ef5b8c15d
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Merge "Provide a convenient read() in RepositoryTestCase"

Merge "Add the intended file to avoid breakage"

Provide a convenient read() in RepositoryTestCase

For reading a file by its repository-relative path, analogous to
writeTrashFile.

Change-Id: I112de0d57c2ee1bd425de6cbf561a57fea7147f0

Add the intended file to avoid breakage

This case breaks when the default is to disallow empty commits.

Change-Id: Ibc223092eefe9f4b21374717dee5a9399bf890f9

Merge "Allow @ in branch names and tighten syntax checking"

Merge "FileBasedConfig supports UTF-8 byte order marker"

Merge "Fix typo in AnyObjectId#abbreviate"

Merge "Add toString for TrackingRefUpdate"

FileBasedConfig supports UTF-8 byte order marker

Change-Id: I1f5dc07182dbf6bba2a9f4807fdd25b475da4ead

Merge "Refuse to checkout unmerged paths from index"

Fix typo in AnyObjectId#abbreviate

Change-Id: I5796dc81727a8e1923189e9490a55c4af6ad053e

Add toString for TrackingRefUpdate

Makes it much easier to debug the results of
OperationResult#getTrackingRefUpdates (which otherwise requires digging
into a TreeMap structure).

Change-Id: I90da5385ee47c441404728f252eb3a100c48ee1c

Comment an empty block which is ok

Change-Id: I552d4481e17a12b0bd707d5386f29026ae0856fb

Remove unnecessary @SuppressWarnings

Change-Id: Ic7b8494713d59574ee8f064a5c1042b48aedf012

Remove uses of TextBuiltin.out in favor of outw

These came from patches in review in parallel with the introduction
of the exception throwing print writer.

Change-Id: I1c27fa276eb1fcf12ad19792049c35cb52518c16

Allow @ in branch names and tighten syntax checking

Valid refs are defined by git-check-ref-format(1). In addition
we will not try to perform a lookup of an invalid ref name in
Repository.resolve().

Reported by R Shapiro in the Eclipse JGit Forum.

Change-Id: I0b098eec9ecb98a9ce16b1cfb476729aaf2fb190

Merge "The constructor CmdLineException(String) is deprecated"

The constructor CmdLineException(String) is deprecated

Use CmdLineException(CmdLineParser, String) instead. The new constructor
has been added in args4j 2.0.12, so in pom.xml that would be the minimum
version. Set the upper boundary in pom.xml to 2.1.0 (exclusive), just
like in the MANIFEST.MF.

Change-Id: If45d809e4ffa11a3572d958ce121422fb03cf8f3
Signed-off-by: Robin Rosenberg <robin.rosenberg@dewire.com>

Refuse to checkout unmerged paths from index

Without this check, the checkout was done but the result was a "both
deleted" status when inspecting it with C Git.

Found this while working on bug 390147.

Change-Id: Ic3693f2c651827239e838bf7f37da842a7ae9707

Merge changes Ic2b78ba9,Ia13e63ed

* changes:
  Use '406 Not Acceptable' when info/refs is disabled
  Compress large /info/refs responses on HTTP

Suppress boxing warnings where we know they are ok

Invoke the wrapper types' valueOf via static imports.
For booleans used in asserts, add a new assert in
the JUnit utility package since out current version of JUnit
does not have the assert(boolean, boolean) method.

Change-Id: I9099bd8efbc8c133479344d51ce7dabed8958a2b

Merge "Fixed instability in some GC tests."

Fixed instability in some GC tests.

Some GC tests were sporadically failing. The reason was that they used
the setExpireAgeMillis method to define object expiration before
invoking the prune method. Depending on the CPU load during the test
run, the prune method may reach an object (which is considered
non-expired by the test) too late and actually prune it.

To make the test stable we now use the setExpire(Date expire) method and
define a time instant before which objects are considered to be expired.
This way the outcome of the prune method doesn't depend on the CPU load.

Change-Id: Ifc3323ca55ae56dbccdbc90a282ec3cf18ad7297
Signed-off-by: Sasa Zivkov <sasa.zivkov@sap.com>

Fix the javadoc for GC.setExpire

Clarify expiration of objects with the modification time exactly at the
given time instant.

Change-Id: I2000aec89c8d6a95700380b0a32275d2d658f67e
Signed-off-by: Sasa Zivkov <sasa.zivkov@sap.com>

Use '406 Not Acceptable' when info/refs is disabled

Instead of a confusing 403 Forbidden error indicating the dumb file
service is disabled on this server, use 406 Not Acceptable to mean
the client sent a request for content (the plain info/refs file)
that this server does not want to provide.

The stock C Git client will report HTTP 406 error if it predates
1.6.6 or something goes wrong with the smart request and it tried
falling back to the dumb request. This may help to debug cases where
a broken proxy server exists between the client and the server and
has mangled a prior smart info/refs response.

Change-Id: Ic2b78ba9502e4bbdff7cc3ba1fd284cf7616412b

Compress large /info/refs responses on HTTP

Enable streaming compression for any response that is bigger than
the 32 KiB buffer used by SmartOutputStream. This is useful on the
info/refs file which can have many branches and tags listed, and
is often bigger than 32 KiB, but also compresses by at least 50%.

Disable streaming compression on large git-upload-pack responses,
as these are usually highly compressed Git pack data. Trying to
compress these with gzip will only waste CPU time and additional
transfer space with the gzip wrapper. Small git-upload-pack data
is usually text based negotiation responses and can be squeezed
smaller with a little bit of CPU usage.

Change-Id: Ia13e63ed334f594d5e1ab53a97240eb2e8f550e2

Use x-friends instead of x-internal to expose jgit for internal use

This prevents a lot of unnecessary warnings about disouraged usage of
the org.eclipse.jgit.internal package within JGit itself.

Change-Id: Ia6683902809425fd7245e7d5d344c2ff8f317ebb

Prepare 2.2.0 builds

Change-Id: I386ba70541d644e58661d26713b309371e0f9257
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Merge branch 'stable-2.1'

* stable-2.1:
  Prepare for 2.1 maintenance changes
  JGit v2.1.0.201209190230-r
  Introduce "never" as parseable date
  Introduce ParseExceptions for GitDateParser
  Support config param "gc.pruneexpire"

Change-Id: If149d7f968a3425d9425f6ba9ce135a8341776a7
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Prepare for 2.1 maintenance changes

Change-Id: I436f36a7c6dc86916eb4cde038b27f9fb183465a
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

JGit v2.1.0.201209190230-r

Change-Id: I9f94bce9a25644575a068c8fa459f74e06b02030
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Merge "Fix resolving expression with ~ and ^ than extends beyond history"

Fix resolving expression with ~ and ^ than extends beyond history

resolve("foo~X") where X is greater than the distance from foo to the
root should return null, but 2a2362fb introduced a bug causing it to
either return resolve("foo") or NPE. Add a test for the correct
behavior.

Also add an analogous test for foo^X where X is greater than the
number of parents (which was not broken by that commit).

Change-Id: Ic580081ece57c8c2df29b652897b425ecb34e11f

Introduce "never" as parseable date

For configuration parameter like "gc.pruneexpire" we need to understand
the value "never". Never is handled as a date so far into the future
that it will never happen. The actual value currently used is the
constant GitDateParser.NEVER.

Change-Id: I7744eaee9bf5026da517151c212c88325c348d6c
Signed-off-by: Robin Rosenberg <robin.rosenberg@dewire.com>

Introduce ParseExceptions for GitDateParser

Instead of just returning null when something was not parseable we
should throw a real ParseException. This allows us to distinguish
between specifications which are unparseable and those which represent
no date (e.g. "never")

Change-Id: Ib3c1aa64b65ed0e0270791a365f2fa72ab78a3f4

Support config param "gc.pruneexpire"

Make GC honor the config parameter gc.pruneexpire. If the parameter is
not set then the default is "2.weeks.ago"

Change-Id: I0ae0ca85993cafb4bc75ba80504da18544894ec3

Add tests for output result of merging -- org.eclipse.jgit.pgm.Merge

Change-Id: I888c7e80503b869d65a9617e6a07e01d1ff5f197

Merge "Suppress two resource warnings"

Additional unit tests for the GC

Change-Id: Id5b578f7040c6c896ab9386a6b5ed62b0f495ed5
Signed-off-by: Sasa Zivkov <sasa.zivkov@sap.com>
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Check for write errors in standard out and exit with error

The underlying problem is that System.out is a PrintWriter and
as such it does not throw exceptions on error, but rather just
sets a flag and continues.

This changes replaces the use of System.out with a PrintWriter-like
writer that does not catch error, but instead throw them to the
caller.

Bug: 366243
Change-Id: I44405edc4416e943b87f09a0f6ed041c6c51b046

Merge changes I8449695e,Idecd8018

* changes:
  Use assertEquals instead of == for literal primitives
  Use assertTrue/False instead of equals with boolean literals

Use assertEquals instead of == for literal primitives

Change-Id: I8449695ecc94a423369a7644a6ec93cf0cacef5d

Use assertTrue/False instead of equals with boolean literals

This include replacing assertTrue(!..) with assertFalse()

Change-Id: Idecd8018641454e10127d82ea3ddda3f671489ef

Merge "Ignore non-commit refs when in RevWalkUtils.findBranchesReachableFrom"

[findBugs] Silence warning about Transport initialization

Change-Id: I98fc9720106bcd873b330090bafde276508f8a40
Signed-off-by: Robin Stocker <robin@nibor.org>
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Fix ResolveMerger issue with submodule conflict

ResolveMerger throws a MissingObjectException when it encounters
a submodule conflict while merging. The reason is that it treats
the submodule link as a blob and tries to read its contents.

We solve the issue by detecting before content merge whether the
path to be merged is a submodule link, and skip the content
merge if it is.

Bug: 389238
Change-Id: I9a58dfc7716b28a21f5c04cf3a865091ae8dfe7e
Signed-off-by: Tommi Siivola <tommi.siivola@eficode.com>

Merge "Added new Status CLI command 'jgit status'"

Remove protobuf from top-level pom.xml

This dependency is unused, and does not need to be
version-managed in the top-level pom.xml anymore.

Change-Id: I240d21b6478e15b05e679b8d976af171d81a524e

Merge "README: Convert to Markdown and rename to README.md"

Ignore attempts to set the timeout to -1

The value of -1 is the default value used by the underlying http
transports provided by the jre. On some versions an attempt to
set the timeout explicitly to -1 triggers a check condition,
disallowing negative numbers.

Bug: 389003
Change-Id: I74a22f8edc6c8e15843ad07c96a137739d9dcad1
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Added new Status CLI command 'jgit status'

This is a first basic implementation that displays current branch and
list of files of various status, but isn't as refined as its native
counterpart (e.g. does not say if we're ahead or behind the remote).
It's been helpful in the diagnostic of bug #347885.

Bug: 348318
CQ: 6769
Change-Id: Ifc35da608fbba652524c1b5b522e3c0d5369ad5e
Signed-off-by: François Rey <eclipse.org@francois.rey.name>
Signed-off-by: Robin Rosenberg <robin.rosenberg@dewire.com>

README: Convert to Markdown and rename to README.md

This makes it display nicely on the GitHub mirror repository. And it is
still very pleasant to read in plain text.

Change-Id: I0c5e1caa58a22684cdbd9a02e9ec38e97d5adb1a
Signed-off-by: Robin Stocker <robin@nibor.org>

Ignore non-commit refs when in RevWalkUtils.findBranchesReachableFrom

This methods is for finding branches only.

Change-Id: Ic68b5295ff814401890f0592ae95851554706ca6

Mark fields of BaseReceivePack private

None of these should have been exposed to base classes. The majority
of them are private implementation details that are not required by a
subclass in order to interact with the base protocol definition. The
few that are needed should be visible as accessor methods, so the
internals can be modified without breaking the public JGit API.

Change-Id: I874179105c9c37703307facbbf99387c52bf772c
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Delete checkObjectCollisions from PackParser

This flag was added to provide an unsafe operation on the local
repository because the storage.dht code was too damn slow to provide
proper safe Git behavior all of the time. Now that stoarge.dht has
been removed from the repository, also delete this unsafe flag to
prevent applications from misusing the JGit library and permitting
users to potentially damage their local repository with bad data
received from an untrusted peer.

Change-Id: Ib1861c48bb74836731e7b7d57b635dd654b0dc66
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Delete storage.dht package

This experiment proved to be not very useful. I had originally
planned to use this on top of Google Bigtable, Apache HBase or
Apache Cassandra. Unfortunately the schema is very complex and
does not perform well. The storage.dfs package has much better
performance and has been in production at Google for many months
now, proving it is a viable storage backend for Git.

As there are no users of the storage.dht schema, either at Google or
any other company, nor any valid open source implementations of the
storage system, drop the entire package and API from the JGit project.
There is no point in trying to maintain code that is simply not used.

Change-Id: Ia8d32f27426d2bcc12e7dc9cc4524c59f4fe4df9
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Output result of switching branch -- o.e.jgit.pgm.Checkout

Change-Id: I9829950b686ce3b8c70b8f7a1774d5e2b55cd00a
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Fix NPE when notes are present

Change-Id: If9200ae4a7f582a5562aecf323ff0430ba154583
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

cleanup: use assertArrayEquals for assertion on arrays

Change-Id: I1df945011f8e5f03959b693d3564fe357e707f91

cleanup: Prefer assertEquals over assertTrue(....equals(...))

That is the common style and yields better diagnostics on failure.

Change-Id: I831a55615a812734af0912a5d6bbfd1edc75308e

Merge "Support branches with name 'config'"

Merge "Add tests for more coverage of CheckoutCommand"

Add tests for more coverage of CheckoutCommand

Change-Id: Id3ab5f56f88d7e9636c71b30258c268a75fc422e
Signed-off-by: Robin Stocker <robin@nibor.org>
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

DirCacheCheckout: Fix handling of files not in index

When a file is not in the index and neither contents nor mode differ
between "head" and "merge", the index state should be kept. If they
differ, a checkout conflict should occur. This is described in Git's
git-read-tree.txt.

JGit used to replace the index state with "merge" in both of the above
cases.

A confusing effect of this was that when one removed a file and then did
a rebase, the file silently reappeared again.

The changes to dir/file conflict handling are a consequence of this
change, as the index handling change made tests in DirCacheCheckoutTest
break. I compared these cases to C Git and the new behavior there also
matches what C Git does.

Bug: 387390
Change-Id: I5beb781f12172a68f98c67d4c8029eb51ceae62d
Signed-off-by: Robin Stocker <robin@nibor.org>