Merge branch 'stable-0.7'

* stable-0.7:
  Fix NLS to build under Java 5

Fix NLS to build under Java 5

The tests were using a Locale.ROOT constant which was introduced
in Java 6.  However, we need to retain Java 5 support.

Change-Id: I75c5648fcfc728a9aea2e839d2ad0320f5cf742f
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>
CC: Sasa Zivkov <sasa.zivkov@sap.com>

s/StringBuffer/StringBuilder as appropriate where no concurrency is needed

IP Log: Update initial contribution CQ 3448

This has been approved for use under the EDL.

Change-Id: I9142d8e7d53533f97f85c21b90ff93ee566564b5
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

eclipse-iplog: Skip the initial contribution

The initial contribution was handled through a CQ, and does not need
to be reported as an individual bug record in the project's IP log.
Its an odd corner case that the EMO IP team doesn't want to see,
even though its technically a contribution written by at least
some non-committers.

The project.skipCommit variable can now be used to mask out any
particular change from the IP log.  Currently within JGit we want
to mask only the initial commit, but others could be masked if the
need arises.

Change-Id: I598e08137ddc5913284471ee2aa545f4df685023
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

eclipse-iplog: Require at least one project section

We need at least one project definition to dump out a reasonably
sane IP log file in XML format.

Change-Id: I5cfcd70cd98e29159014cf3dbf0433dd9c49d49c
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

eclipse-iplog: Correct line counts in initial commit

The initial commit line counts where wrong in the IP log, as we
were incrementing the file pointer by not the number of bytes in
the line, but the offset of the start of the next line.

Change-Id: Ia220ba235e9fa522f3f5591b76652c174bcb094d
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

eclipse-ipzilla: Make sure login was successful

If the login fails due to an invalid username or password, the only
way we can tell this is by looking at the page title and seeing if
the error message "Invalid Username or Password" is present.

If the user made a typo on their password, we shouldn't plow through
and try to run a query.  Doing so returns an HTML login page that
can't be parsed as a CSV file.

Change-Id: Ia6d7f862435a52ae09ebe29c3835bcee3cf73b93
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

pgm: Report not in git repository rather than NPE

If we can't find a Git repository after searching all the way up
to the filesystem root, JGit threw an NPE because we tried to get
the path of null.

Change-Id: I4e42364aeba53993c0ea528a9aeba3f08c7b3321
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>
Reviewed-by: Robin Rosenberg <robin.rosenberg@dewire.com>

Provide NLS support in JGit.

The support for NLS relies on java.util API to load a standard
ResourceBundle and then uses java reflection API to inject localized
strings into public String fields of the corresponding instance
of TranslationBundle.

Locale setting is supported per thread to enable concurrent threads
to use different locales. This is useful when JGit runs in a server
context where (error) messages might need to differ per-request to
suit the user's preference.

Change-Id: Ie0e63a0d7bb74eaad495dbe8248595d8a3a76883
Signed-off-by: Sasa Zivkov <sasa.zivkov@sap.com>

Merge "Script to fix license headers and copyrights in Java sources"

Script to fix license headers and copyrights in Java sources

The script merges explicit copyright statements in all Java
sources with author information from git history, updates the
copyright headers accordingly, and updates the license headers
to EDL.  For recognized copyright formats see the test data in
tools/fix-headers.tst.

To fix headers only in the current working directory:

  ./tools/fix-headers.pl

To fix the headers for all revisions (don't do this if you don't
understand the implications of rewriting history) run:

  ./tools/rewrite-history.sh

Authors are mapped to employer copyright statements through a
hardcoded table in the top of the script.  This is a crude but
simple way to list date ranges under which certain changes need
to be attributed to copyright holders other than the author.

Change-Id: I654d758658cded02d91324c385f336bcc57fd85f
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Merge "Fix TimeoutInputStreamTest, TimeoutOutputStreamTest assertions"

Merge "Don't doubly wrap TransportException in smart HTTP client"

Allow users of ReceivePack access to the objects being sent

When implementing branch read access, we need to prove that the
newly created reference(s) point to objects that the user can see.

There are two ways that an object is reachable:
1)  It's reachable from a branch or change the user can see
2)  It was uploaded as part of the pack file the user sent us

This change adds additional methods in ReceivePack that will allow a
server to check the above conditions, in order to ensure that a user
is not trying to create a reference that they cannot see, or that a
malicious user isn't attempting to forge the SHA-1 of an object that
they cannot see in order to base a change off of it.

Change-Id: Ieba75b4f0331e06a03417c37f4ae1ebca4fbee5a

Don't doubly wrap TransportException in smart HTTP client

If the readAdvertisedRefs() method throws an exception, its already
closed the connection and wrapped the underlying cause inside of a
suitable TransportException object that it is throwing.  We shouldn't
catch IOException and rethrow a wrapped copy here, because we'll double
wrap the exception thrown by readAdvertisedRefs.  This may obsecure the
root cause of the connection failure from the end-user.

Change-Id: I0ca61560f9888c666323dac8a5582aab25e897ff
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Fix TimeoutInputStreamTest, TimeoutOutputStreamTest assertions

If the build server is really busy, we might wait longer than 250 ms
before being interrupted, simply because one of our threads couldn't
be scheduled onto a CPU.  Don't make that cause a test failure.
Instead tolerate longer than expected waits, but not shorter waits.

Change-Id: I64511eec24b49e33928451e4c8b8c124eddaf0c2
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Add a RefFilter interface to ReceivePack and UploadPack

When a user of ReceivePack or UploadPack wants to control what refs
are sent to the client, for instance when some refs should be hidden
from some clients, this interface can be extended to provide a fine
grained control over what refs are sent to the client.

Change-Id: Ie6320b0f8922e1a5e1bad91c016bd476ea094366

Remove pointless boolean during native push

The boolean field sentCommand is always true at this point, as it
was assigned just 5 lines above.  So we always set the status of
the update command object to AWAITING_REPORT.

Simplify the logic by dropping the ?: operator.  I assume this is
older code from an attempt to manage dry-run push support within
the native connection, but in fact dry-run support is done higher
up inside of PushProcess.

Change-Id: I450d491bbbb5afecdbf5444ab7169222e856a3bb
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

http.test: Use JUnit 3 test runner

JGit relies on JUnit 3, not JUnit 4.

Change-Id: Ic5a0ae1564d7744c203321857fc603e7008dbf13
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

http.test: Add missing plugin.properties to build

Change-Id: I17e2c22498092d25dace88319698626ce55df822

http.test: Use JGit Format and compiler settings

Somehow we missed setting this up for the project.

Change-Id: Id55a6415f5fd03a7cd9d4d4ecbdd726cef79430d
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Update build to use Tycho 0.7.0

Change-Id: Ie4133083a1cb1730f3dba52c0b8d359c7ed845e6
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Intermediate workaround for JGit's lack of core.autocrlf support

Windows users by default have core.autocrlf set to true. JGit
does not recognize the flags and thus works as if it is set. In order
to make JGit more compatible with msysgit we set the flag to false
in repositories that JGit creates.

Bug: 301775
Change-Id: I7ea462fe3516e5060b87aa1f7ed63689936830c2
Signed-off-by: Robin Rosenberg <robin.rosenberg@dewire.com>

Use keep(1) instead of add() when skipping an entry

Doing a keep call with a length of 1 will copy the current entry just
like the previous add was doing, but it avoids doing any validation
on the entry.  This is sane because the entry can be assumed to be
already valid, since its originating from the destination index.

Change-Id: I250d902fc98580444af1ba4b8fedceb654541451
Originally: http://thread.gmane.org/gmane.comp.version-control.git/128214/focus=128213
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Don't allow DirCacheEntry with mode of 0

A 0 file mode in a DirCacheEntry is not a valid mode.  To C git
such a value indicates the record should not be present.  We already
were catching this bad state and exceptioning out when writing tree
objects to disk, but we did not fail when writing the dircache back
to disk.  This allowed JGit applications to create a dircache file
which C git would not like to read.

Instead of checking the mode during writes, we now check during
mutation.  This allows application bugs to be detected sooner and
closer to the cause site.  It also allows us to avoid checking most
of the records which we read in from disk, as we can assume these
are formatted correctly.

Some of our unit tests were not setting the FileMode on their test
entry, so they had to be updated to use REGULAR_FILE.

Change-Id: Ie412053c390b737c0ece57b8e063e4355ee32437
Originally: http://thread.gmane.org/gmane.comp.version-control.git/128214/focus=128213
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>
CC: Adam W. Hawks <awhawks@writeme.com>

Disallow creating invalid DirCacheEntry records

A dircache record must not use a path string like "/a" or "a//b"
as this results in a tree entry being written with a zero length
name component in the record.  C git does not support an empty name,
and neither does any modern filesystem.

A record also must not have a stage outside of the standard 0-3
value range, as there are only 2 bits of space available in the
on-disk format of the record to store the stage information.
Any other values would be truncated into this space, storing a
different value than the caller expected.

If an application tries to create a DirCache record with either of
these wrong values, we abort with an IllegalArgumentException.

Change-Id: I699de149efdfccd85d8adde07d3efd080e3b49c2
Originally: http://thread.gmane.org/gmane.comp.version-control.git/128214
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>
CC: Adam W. Hawks <awhawks@writeme.com>

Merge "Ensure RawText closes the FileInputStream when read is complete"

Adding some Eclipse-related legal files to JGit

Ensure RawText closes the FileInputStream when read is complete

Rather than implementing the file reading logic ourselves, and
wind up leaking the FileInputStream's file descriptor until the
next GC, use IO.readFully(File) which wraps the read loop inside
of a try/finally to ensure the stream is closed before it exits.

Change-Id: I85a3fe87d5eff88fa788962004aebe19d2e91bb4
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>
Reviewed-by: Roland Grunberg <rgrunber@redhat.com>

Cleanup OSGi Import-Package specifications to use versions

Actually set the range of versions we are willing to accept for
each package we import, lest we import something in the future
that isn't compatible with our needs.

Change-Id: I25dbbb9eaabe852631b677e0c608792b3ed97532
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Micro-optimize CanonicalTreeParser next() for ObjectWalk

ObjectWalk is invoking next() for each record we consider in a tree.
Rather than doing several method calls against the current parser,
and testing if we are at eof() at least twice per next() invocation,
do it only once and inline the logic to move the parser forward.

Change-Id: If5938f5d7b3ca24f500a184c9bd2ef193015414e
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Fix ObjectWalk corruption when skipping over empty trees

The supplied test case comes out of the example tree identified by
Robert de Wilde and Ilari on #git:

  $ git ls-tree -rt a54f1a85ebf6a7f53aa60a45a1be33f8b078fb7e
  040000 tree bfe058ad536cdb12e127cde63b01472c960ea105    A
  040000 tree 4b825dc642cb6eb9a060e54bf8d69288fbee4904    A/A
  040000 tree 4b825dc642cb6eb9a060e54bf8d69288fbee4904    A/B
  100644 blob abbbfafe3129f85747aba7bfac992af77134c607    B

In this tree, "B" was being skipped because "A/A" as an empty tree
was immediately followed by "A/B", also an empty tree, but the
ObjectWalk broke out too early and never visited "B".

Bug: 286653
Change-Id: I25bcb0bc99d0cbbbdd9c2bd625ad6a691a6d0335
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Ensure the tree parser resets in ObjectWalk

During dispose() or reset() we are suppose to be restoring the
ObjectWalk instance back to the original pre-walk state, but we
failed to reset the tree parser.  This can lead to confusing state
if the ObjectWalk was reused by the caller, as entries from the
old walk might be reported as part of the new walk.

Change-Id: I6237bae7bfd3794e8b9a92b4dd475559cc72e634
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Correct ObjectWalk error message when bad object is found

Instead of including "ObjectId[SHA-1]" in the message, just
us the formatted SHA-1 name of the object by calling name().

Change-Id: I0d1d0e8207f8a3f02188e60242e4e9bf7420e88f
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Correctly skip over unrecognized optional dircache extensions

We didn't skip the correct number of bytes when we skipped over an
unrecognized but optional dircache extension.  We missed skipping
the 8 byte header that makes up the extension's name and length.

We also didn't include the skipped extension's payload as part of
our index checksum, resuting in a checksum failure when the index
was done reading.  So ensure we always scan through a skipped
section and include it in the checksum computation.

Add a test case for a currently unsupported index extension, 'ZZZZ',
to verify we can still read the DirCache object even though we
don't know what 'ZZZZ' is supposed to mean.

Bug: 301287
Change-Id: I4bdde94576fffe826d0782483fd98cab1ea628fa
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Remove RepositoryTestCase from DirCacheCGitCompatabilityTest

This test doesn't actually depend upon the large data set we have
in the RepositoryTestCase, so drop that from the dependency and
use the more simple LocalDiskRepositoryTestCase instead.

Change-Id: I0fd4affe1dd5ec86e8c3253db42df11d3b612e36
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Fix .classpath to make jgit easily runnable from inside eclipse

When running jgit from inside Eclipse (e.g. rightclick on project
org.eclipse.jgit.pgm and select Run as->Java application) no commands
are found. This is because the commands are loaded from a resource file
/META-INF/services/org.eclipse.jgit.pgm.TextBuiltin and this file is
not anymore on the classpath.
I fixed this by modifying .classpath to contain the META-INF directory.

Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>

Fix server side NPE during push to empty repository

If the repository is empty, we have no HEAD branch, which means we
can't test to see if the HEAD is detached and should be advertised
as a .have line.

Change-Id: I6e85f836e7db057cede812d0d6c1aecbd6cbe6c5
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Merge "Generate an Eclipse IP log with jgit eclipse-iplog"

Merge "Check for remote server exec failures and report"

Generate an Eclipse IP log with jgit eclipse-iplog

The new plugin contains the bulk of the logic to scan a Git repository,
and query IPZilla, in order to produce an XML formatted IP log for the
requested revision of any Git based project.  This plugin is suitable
for embedding into a servlet container, or into the Eclipse workbench.

The command line pgm package knows how to invoke this plugin through
the eclipse-iplog subcommand, permitting storage of the resulting
log as a local XML file.

Change-Id: If01d9d98d07096db6980292bd5f91618c55d00be
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Merge "Add unsetSection to Config to remove an entire block"

Add unsetSection to Config to remove an entire block

The unsetSection method can be used to delete an entire configuration
block, such as a [branch ""] or [remote ""] section in a file.

Change-Id: I93390c9b2187eb1b0d51353518feaed83bed2aad
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>
Signed-off-by: Robin Rosenberg <robin.rosenberg@dewire.com>

Merge "Relax ObjectChecker to permit missing tagger lines"

Merge "Update the update site URL and corresponding feature.properties."

Merge "Added caching for loose object lookup during pack indexing"

Update the update site URL and corresponding feature.properties.

Change-Id: I55b42bca435c538a8c5534c68813568a2188b55b
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Fix racy HTTP tests by waiting for requests to finish

Ensure the background Jetty threads have been able to write the
request log record before the JUnit thread tries to read the set
of requests back.  This wait is necessary because the JUnit thread
may be able to continue as soon as Jetty has finished writing
the response onto the socket, and hasn't necessarily finished the
post-response logging activity.

By using a semaphore with a fixed number of resources, and using
one resource per request, but all of them when we want to read the
log, we implement a simple lock that requires there be no active
requests when we want to get the log from the JUnit thread.

Change-Id: I499e1c96418557185d0e19ba8befe892f26ce7e4
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Merge "Don't confuse empty configuration variables with booleans"

Don't confuse empty configuration variables with booleans

Config was confusing the following two variables when writing the
file back to text format:

  [my]
    empty =
    enabled

When parsed, we say that my.empty has 1 value, null, and my.enabled
is an empty string value that in boolean context should be evaluated
as true.

Saving this configuration file back to text format was ignoring the
null value for my.empty, producing a completely different file than
what Config read:

  [my]
    empty
    enabled

Instead handle the writing differently to ensure the original format
is output.  New tests cases cover the expected behavior and return
values from accessor methods.

Change-Id: Id37379ce20cb27e3330923cf989444dd9f2bdd96
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Disable the JRE HTTP cache, if any

We don't want to use the JRE cache when fetching content.

Change-Id: Id76f3e618967c98ed4fbc47a1a2a9e77acbe41ab
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Check for remote server exec failures and report

If remote.name.uploadpack or .receivepack is misconfigured and points
to a non-existent command on the remote system, we should receive back
exit status 127.  Report this case specially with the command we used
so the user knows what is going.

Bug: 293703
Change-Id: I7504e7b6238d5d8e698d37db7411c4817a039d08
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Relax ObjectChecker to permit missing tagger lines

Annotated tags created with C Git versions before the introduction
of c818566 ([PATCH] Update tags to record who made them, 2005-07-14),
do not have a "tagger" line present in the object header.  This line
did not appear in C Git until v0.99.1~9.

Ancient projects such as the Linux kernel contain such tags, for
example Linux 2.6.12 is older than when this feature first appeared
in C Git.  Linux v2.6.13-rc4 in late July 2005 is the first kernel
version tag to actually contain a tagger line.

It is therefore acceptable for the header to be missing, and for
the RevTag.getTaggerIdent() method to return null.

Since the Javadoc for getTaggerIdent() already explained that the
identity may be null, we just need to test that this is true when
the header is missing, and allow the ObjectChecker to pass anyway.

Change-Id: I34ba82e0624a0d1a7edcf62ffba72260af6f7e5d
See: http://code.google.com/p/gerrit/issues/detail?id=399
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Correct bundle, provider names to be consistent

Technically our project name is "JGit", not "Java Git".  In fact
there is already another project called "JavaGit" (no space) that we
don't want to become confused with.  Ensure we always call ourselves
"JGit" in user visible assets, like the bundle name.

Other Eclipse products list their provider as "Eclipse.org",
not "eclipse.org".  So list ourselves that way in all of our
plugin.properties files.

Change-Id: Ibcea1cd6dda2af757a8584099619fc23b7779a84
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Correct indentation in org.eclipse.jgit.packaging/pom.xml

Change-Id: I45caafbad4daac827f661d38c7f719e9b5511dd4
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Merge "Make HTTP test project work in Eclipse"

Make HTTP test project work in Eclipse

The Jetty components are not available as part of Eclipse, but a
P2 packaged version can be found via [1] for Eclipse 3.5 and newer.

[1] http://wiki.eclipse.org/Jetty-OSGi_SDK

Change-Id: Ibd5930bb9fc9589125876ca50c52e58bd31b051c
Signed-off-by: Robin Rosenberg <robin.rosenberg@dewire.com>
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Merge branch 'ref-abstract'

* ref-abstract:
  Optimize RefAdvertiser performance by avoiding sorting
  branch: Add -m option to rename a branch
  Replace writeSymref with RefUpdate.link
  Rewrite reference handling to be abstract and accurate
  Create new RefList and RefMap utility types

Change-Id: If43aacf5aa4013edbd0a6e84d84c4f9e94de5be0

Optimize RefAdvertiser performance by avoiding sorting

Don't copy and sort the set of references if they are passed through
in a RefMap or a SortedMap using the key's natural sort ordering.
Either map is already in the order we want to present the items
to the client in, so copying and sorting is a waste of local CPU
and memory.

Change-Id: I49ada7c1220e0fc2a163b9752c2b77525d9c82c1
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

branch: Add -m option to rename a branch

Change-Id: I7cf8e43344eaf301592fba0c178e04daad930f9a
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Replace writeSymref with RefUpdate.link

By using RefUpdate for symbolic reference creation we can reuse
the logic related to updating the reflog with the event, without
needing to expose something such as the legacy ReflogWriter class
(which we no longer have).

Applications using writeSymref must update their code to use the
new pattern of changing the reference through the updateRef method:

    String refName = "refs/heads/master";
    RefUpdate u = repository.updateRef(Constants.HEAD);
    u.setRefLogMessage("checkout: moving to " + refName, false);
    switch (u.link(refName)) {
    case NEW:
    case FORCED:
    case NO_CHANGE:
        // A successful update of the reference
        break;
    default:
        // Handle the failure, e.g. for older behavior
        throw new IOException(u.getResult());
    }

Change-Id: I1093e1ec2970147978a786cfdd0a75d0aebf8010
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Rewrite reference handling to be abstract and accurate

This commit actually does three major changes to the way references
are handled within JGit.  Unfortunately they were easier to do as
a single massive commit than to break them up into smaller units.

Disambiguate symbolic references:
---------------------------------

  Reporting a symbolic reference such as HEAD as though it were
  any other normal reference like refs/heads/master causes subtle
  programming errors.  We have been bitten by this error on several
  occasions, as have some downstream applications written by myself.

  Instead of reporting HEAD as a reference whose name differs from
  its "original name", report it as an actual SymbolicRef object
  that the application can test the type and examine the target of.

  With this change, Ref is now an abstract type with different
  subclasses for the different types.

  In the classical example of "HEAD" being a symbolic reference to
  branch "refs/heads/master", the Repository.getAllRefs() method
  will now return:

      Map<String, Ref> all = repository.getAllRefs();
      SymbolicRef HEAD = (SymbolicRef) all.get("HEAD");
      ObjectIdRef master = (ObjectIdRef) all.get("refs/heads/master");

      assertSame(master,               HEAD.getTarget());
      assertSame(master.getObjectId(), HEAD.getObjectId());

      assertEquals("HEAD",              HEAD.getName());
      assertEquals("refs/heads/master", master.getName());

  A nice side-effect of this change is the storage type of the
  symbolic reference is no longer ambiguous with the storge type
  of the underlying reference it targets.  In the above example,
  if master was only available in the packed-refs file, then the
  following is also true:

      assertSame(Ref.Storage.LOOSE,  HEAD.getStorage());
      assertSame(Ref.Storage.PACKED, master.getStorage());

  (Prior to this change we returned the ambiguous storage of
   LOOSE_PACKED for HEAD, which was confusing since it wasn't
   actually true on disk).

  Another nice side-effect of this change is all intermediate
  symbolic references are preserved, and are therefore visible
  to the application when they walk the target chain.  We can
  now correctly inspect chains of symbolic references.

  As a result of this change the Ref.getOrigName() method has been
  removed from the API.  Applications should identify a symbolic
  reference by testing for isSymbolic() and not by using an arcane
  string comparsion between properties.

Abstract the RefDatabase storage:
---------------------------------

  RefDatabase is now abstract, similar to ObjectDatabase, and a
  new concrete implementation called RefDirectory is used for the
  traditional on-disk storage layout.  In the future we plan to
  support additional implementations, such as a pure in-memory
  RefDatabase for unit testing purposes.

Optimize RefDirectory:
----------------------

  The implementation of the in-memory reference cache, reading, and
  update routines has been completely rewritten.  Much of the code
  was heavily borrowed or cribbed from the prior implementation,
  so copyright notices have been left intact as much as possible.

  The RefDirectory cache no longer confuses symbolic references
  with normal references.  This permits the cache to resolve the
  value of a symbolic reference as late as possible, ensuring it
  is always current, without needing to maintain reverse pointers.

  The cache is now 2 sorted RefLists, rather than 3 HashMaps.
  Using sorted lists allows the implementation to reduce the
  in-memory footprint when storing many refs.  Using specialized
  types for the elements allows the code to avoid additional map
  lookups for auxiliary stat information.

  To improve scan time during getRefs(), the lists are returned via
  a copy-on-write contract.  Most callers of getRefs() do not modify
  the returned collections, so the copy-on-write semantics improves
  access on repositories with a large number of packed references.

  Iterator traversals of the returned Map<String,Ref> are performed
  using a simple merge-join of the two cache lists, ensuring we can
  perform the entire traversal in linear time as a function of the
  number of references: O(PackedRefs + LooseRefs).

  Scans of the loose reference space to update the cache run in
  O(LooseRefs log LooseRefs) time, as the directory contents
  are sorted before being merged against the in-memory cache.
  Since the majority of stable references are kept packed, there
  typically are only a handful of reference names to be sorted,
  so the sorting cost should not be very high.

  Locking is reduced during getRefs() by taking advantage of the
  copy-on-write semantics of the improved cache data structure.
  This permits concurrent readers to pull back references without
  blocking each other.  If there is contention updating the cache
  during a scan, one or more updates are simply skipped and will
  get picked up again in a future scan.

  Writing to the $GIT_DIR/packed-refs during reference delete is
  now fully atomic.  The file is locked, reparsed fresh, and written
  back out if a change is necessary.  This avoids all race conditions
  with concurrent external updates of the packed-refs file.

  The RefLogWriter class has been fully folded into RefDirectory
  and is therefore deleted.  Maintaining the reference's log is
  the responsiblity of the database implementation, and not all
  implementations will use java.io for access.

  Future work still remains to be done to abstract the ReflogReader
  class away from local disk IO.

Change-Id: I26b9287c45a4b2d2be35ba2849daa316f5eec85d
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Use build timestamp as OSGi version qualifier

Translate the version qualifier using maven-antrun-plugin since we want
manifest-first and currently cannot rely on Tycho for the JGit build.

Introduce property for Eclipse p2 repository to enable builds against
other Eclipse versions.

Change-Id: I62c4e77ae91fe17f56c5a5338d53828d4e225395
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Create new RefList and RefMap utility types

These types can be used by RefDatabase implementations to manage
the collection.

A RefList stores items sorted by their name, and is an immutable
type using copy-on-write semantics to perform modifications to
the collection.  Binary search is used to locate an existing item
by name, or to locate the proper insertion position if an item does
not exist.

A RefMap can merge up to 3 RefList collections at once during its
entry iteration, allowing items in the resolved or loose RefList
to override items by the same name in the packed RefList.

The RefMap's goal is O(log N) lookup time, and O(N) iteration time,
which is suitable for returning from a RefDatabase.  By relying on
the immutable RefList we might be able to make map construction
nearly constant, making Repository.getAllRefs() an inexpensive
operation if the caches are current.  Since modification is not
common, changes require up to O(N + log N) time to copy the internal
list and collapse or expand the list's array.  As most changes
are made to the loose collection and not the packed collection,
in practice most changes would require less than the full O(N)
time, due to a significantly smaller N in the loose list.

Almost complete test coverage is included in the corresponding
unit tests.  A handful of methods on RefMap are not tested in this
change, as writing the proper test depends on a future refactoring
of how the Ref class represents symbolic reference names.

Change-Id: Ic2095274000336556f719edd75a5c5dd6dd1d857
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Added caching for loose object lookup during pack indexing

On Windows systems, file system lookup is a slow operation, so
checking each object if it exists during indexing (after receiving
the pack) could take a siginificant time. This patch introduces
CachedObjectDirectory that pre-caches lookup results.

Bug: 300397
Change-Id: I471b93f9bb3ee173eb37cae1d75e9e4eb49985e7
Signed-off-by: Constantine Plotnikov <constantine.plotnikov@gmail.com>
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Merge "Adding PDE API Tools nature to JGit"

Adding PDE API Tools nature to JGit

Remove redundant Maven plugin declarations from sub-modules

Change-Id: I2aa1b2e2e08108deec051594ca8ac3992e271f0f
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Merge changes Icfe92059,I65a9da89

* changes:
  Introduce a named constant for the ".git" directory extension
  Introduce a named constant for the .git directory.

Introduce a named constant for the ".git" directory extension

Change-Id: Icfe9205994c6810fcd880054a586e9eef29df9a1
Signed-off-by: Robin Rosenberg <robin.rosenberg@dewire.com>

Introduce a named constant for the .git directory.

Not all occurrences of ".git" are replaced by this constant, only
those where it actually refers to the directory with that name, i.e
not the ".git" directory suffix.

Asserts and comment are also excluded from replacement.

Change-Id: I65a9da89aedd53817f2ea3eaab4f9c2bed35d7ee
Signed-off-by: Robin Rosenberg <robin.rosenberg@dewire.com>

Maven 3/Tycho build for JGit feature

As discussed on the jgit-dev list here:
http://dev.eclipse.org/mhonarc/lists/egit-dev/msg00654.html

- Define a separate JGit feature.
- As of now create a separate JGit update site and zip it.

Change-Id: Ie4026f15f6250c4933dccf6f31b5009b90c036bc
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Add JUnit tests for HTTP transport

No Eclipse support for this project is provided, because the
Jetty project does not publish a complete P2 repository.

Change-Id: Ic5fe2e79bb216e36920fd4a70ec15dd6ccfd1468
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Download HEAD by itself if not in info/refs

The dumb HTTP transport needs to download the HEAD ref and
resolve it manually if HEAD does not appear in info/refs.

Its typically for it to not be in the info/refs file.

Change-Id: Ie2a58fdfacfeee530b10edb433b8f98c85568585
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

client side smart HTTP

During fetch over http:// clients now try to take advantage of
the info/refs?service=git-upload-pack URL to determine if the
remote side will support a standard upload-pack command stream.
If so each block of 32 have lines is sent in one POST request,
prefixed by all of the 'want' lines and any previously discovered
common bases as 'have' lines.

During push over http:// clients now try to take advantage of
the info/refs?service=git-receive-pack URL to determine if the
remote side will support a standard receive-pack command stream.
If so, commands are sent along with their pack in a single HTTP
POST request.

Bug: 291002
Change-Id: I8c69b16ac15c442e1a4c3bd60b4ea1a47882b851
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

server side: smart fetch over HTTP

Clients can request smart fetch support by examining the info/refs URL
with the service parameter set to the magic git-upload-pack string:

  GET /$GIT_DIR/info/refs?service=git-upload-pack HTTP/1.1

The response is formatted with the upload pack capabilities, using
the standard packet line formatter.  A special header line is put
in front of the standard upload-pack advertisement to let clients
know the service was recognized and is supported.

If the requested service is disabled an authorization status code is
returned, allowing the user agent to retry once they have obtained
credentials from a human, in case authentication is required by
the configured UploadPackFactory implementation.

Change-Id: Ib0f1a458c88b4b5509b0f882f55f83f5752bc57a
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

server side: smart push over HTTP

Clients can request smart push support by examining the info/refs URL
with the service parameter set to the magic git-receive-pack string:

  GET /$GIT_DIR/info/refs?service=git-receive-pack HTTP/1.1

The response is formatted with the receive pack capabilities, using
the standard packet line formatter.  A special header block is put
in front of the standard receive-pack advertisement to let clients
know the service was recognized and is supported.

If the requested service is disabled an authorization status code is
returned, allowing the user agent to retry once they have obtained
credentials from a human, in case authentication is required by
the configured ReceivePackFactory implementation.

Change-Id: Ie4f6e0c7b68a68ec4b7cdd5072f91dd406210d4f
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Simple dumb HTTP server for Git

This is a simple HTTP server that provides the minimum server side
support required for dumb (non-git aware) transport clients.

We produce the info/refs and objects/info/packs file on the fly
from the local repository state, but otherwise serve data as raw
files from the on-disk structure.

In the future we could better optimize the FileSender class and the
servlets that use it to take advantage of direct file to network
APIs in more advanced servlet containers like Jetty.

Our glue package borrows the idea of a micro embedded DSL from
Google Guice and uses it to configure a collection of Filters
and HttpServlets, all of which are matched against requests using
regular expressions.  If a subgroup exists in the pattern, it is
extracted and used for the path info component of the request.

Change-Id: Ia0f1a425d07d035e344ae54faf8aeb04763e7487
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Expose PacketLineOut for reuse outside of the transport package

Change-Id: Iaa331a476e28cf2880df5607de36bc9f67d041df
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Expose RefAdvertiser for reuse outside of the transport package

By making this class and its methods public, and the actual writing
abstract, we can reuse this code for other formats like writing an
info/refs file for HTTP transports.

Change-Id: Id0e349c30a0f5a8c1527e0e7383b80243819d9c5
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Teach UploadPack how to use an RPC style interface

If biDirectionalPipe is false UploadPack does not start out with
the advertisement but instead assumes it should read one block of
want/have lines, process that, and write the ACK/NAKs out.

This means it only is doing one read through the input followed by
one write to the output, which fits with the HTTP request processing
model, and any other type of RPC system.

Change-Id: Ia9f7c46ee556f996367180f15d2caa8572cdd59f
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Teach ReceivePack how to use an RPC style interface

If biDirectionalPipe is false ReceivePack does not start out with the
advertisement but instead assumes it should read the command set once,
process that, and write the status report out.  This means it only is
doing one read through the input followed by one write to the output,
which fits with the HTTP request processing model, and any other type
of RPC system... assuming that the payload for input can be a very big
entity like the command stream followed by the pack file.

Change-Id: I6f31f6537a3b7498803a8a54e10b0622105718c1
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Refactor TemporaryBuffer to support reuse in other contexts

Later we are going to add support for smart HTTP, which requires us to
buffer at least some of the request created by a client before we ship
it to the server.  For many requests, we can fit it completely into a
1 MiB buffer, but if it doesn't we can drop back to using the chunked
transfer encoding to send an unknown stream length.

Rather than recoding the block based memory buffer, we refactor the
local file overflow strategy into a subclass, allowing the HTTP client
code to replace this portion of the logic with its own approach to
start the chunked encoding request.

Change-Id: Iac61ea1017b14e0ad3c4425efc3d75718b71bb8e
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <sop@google.com>

Implement multi_ack_detailed protocol extension

The multi_ack_detailed extension breaks out the "ACK %s continue" status
code into "ACK %s common" and "ACK %s ready" states, making it easier to
discover which objects are truely common, and which objects are simply
on a chain the server doesn't care learning about.

Change-Id: Ie8e907424cfbbba84996ca205d49eacf339f9d04
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Abstract out utility functions for creating test commits

These routines create a fairly clean DSL for writing out the
structure of a repository in a test case.  Abstract them into
a helper class that we can reuse in other test environments.

Change-Id: I55cce3d557e1a28afe2fdf37b3a5b67e2651c9f1
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Fix PersonIdent to always use SystemReader

Under unit tests we want the when and timezone to come from the
MockSystemReader and be stable.  We did this for the default
constructor based on the Repository, but failed to do it for the
name,emailAddress variant of the constructor.

Change-Id: I608ac7cf01673729303395e19b379b38fef136b3
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Fix RefWriter creation of info/refs to omit HEAD

We really mean to omit HEAD here, but botched the difference between
getOrigName and getName on the Ref object.  We tested on the wrong
value, picking up the target of the symbolic ref and therefore
included it twice.

Change-Id: If780c65166ccada2e63a4f42bbab752a56b16564
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Move TestRng to our JUnit helper package

Other test suites may find this useful, especially when trying
to defeat the pack file compression with random data files.

Change-Id: Ic00a4ac626af7a1c94d18ee99305e295b267b1a3
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Correct spelling error in StringUtils javadoc

Change-Id: Idd98530d5f6fca4de8631aa865e4bcd6e6cf9306
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Finish removing Apache Felix maven-bundle-plugin

Since Robin reverted using the maven-bundle-plugin to produce the
OSGi manifest, there is no reason for us to reference it from our
build process anymore.

Also, when Robin reverted the to the Eclipse way of doing things,
we failed to update the ignore files to ignore our generated files
but not ignore our tracked .classpath.

Finally, we cannot delete the MANIFEST.MF file during a Maven build,
as this is once again a source file.

Change-Id: I53f77f2002cb4285f728968829560e835651e188
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Fix merge for "Partial revert "Switch build to Apache Felix maven-bundle-plugin""

There was a missing dependency.

Change-Id: Ib7b9f05ee4c7c2bd7760ce44a7c2cd72759d514d
Signed-off-by: Robin Rosenberg <robin.rosenberg@dewire.com>

Merge "Partial revert "Switch build to Apache Felix maven-bundle-plugin""

Partial revert "Switch build to Apache Felix maven-bundle-plugin"

This restores the ability to build using just Eclipse without
strange procedures, extra plugins and it is again possible to
work on both JGit and EGit in the same Eclipse workspace with
ease.

Change-Id: I0af08127d507fbce186f428f1cdeff280f0ddcda
Signed-off-by: Robin Rosenberg <robin.rosenberg@dewire.com>

Read core.worktree regardless of whether .git was discovered or not

The C Git documentation stated that the core.worktree config was
not read when the .git directory was found implicitly (from the
working directory).

This was not true, and had not been so for a long time. The
documentation has been updated to document the existing behaviour.

Change-Id: If1e81b6a981b9d70e849f24872f01c110e9bc950
Signed-off-by: Robin Rosenberg <robin.rosenberg@dewire.com>
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Explicitly release resources used by java.util.zip.Deflater

Deflater can use significant amount of native (i.e. C) heap
space. Failure to promptly release this memory results
in native memory leak in some cases, particularly severe for
VMs with large java max heap size. For example, running
Team->Commit in one of my EGit workspaces results in ~500M
java process size increase without any significant change
to amount of used java heap when JVM is started with -Xmx1024m.

Change-Id: I649679a8df5683ebedd9380d703513d31c625932
Signed-off-by: Igor Fedorenko <igor@ifedorenko.com>
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Use build timestamp as OSGi version qualifier for SNAPSHOT builds

Default maven-bundle-plugin behaviour results in use of the same
.SNAPSHOT OSGi bundle version qualifier for all snapshot builds.
This causes problems for eclipse update manager and other consumers
that rely on OSGi bundle metadata to select "newer" or "best
matching" version of jgit bundle.

To solve the problem, maven-bundle-plugin is configured to replace
.SNAPSHOT with build timestamp in format like 20100106-1234.

Change-Id: I0999c7bd68aa2ee74dffaed54a8dc4e1b67cf80d
Signed-off-by: Igor Fedorenko <igor@ifedorenko.com>
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Remove unnecessary semicolon in MergeChunk

Change-Id: I5526edca9816b90f5df2d7f14f24f11d3f5d2ead
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Merge branch 'cq-diff'

Per CQ 3559 "JGit - Eugene Myers O(ND) difference algorithm" we
have approval to check this into our master branch.

* cq-diff:
  Add file content merge algorithm
  Add performance tests for MyersDiff
  Add javadoc comments, remove unused code, shift comments to correct place
  Fixed MyersDiff to be able to handle more than 100k
  Fix some warnings regarding unnecessary imports and accessing static methods
  Add the "jgit diff" command
  Prepare RawText for diff-index and diff-files
  Add a test class for Myers' diff algorithm
  Add Myers' algorithm to generate diff scripts
  Add set to IntList

Conflicts:
org.eclipse.jgit/src/org/eclipse/jgit/diff/RawText.java

Change-Id: Ia8e98d81ba1ab52f84d0258a40e6ef5eece9a5b1
CC: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>

Add file content merge algorithm

Adds the file content merge alorithm and tests for merge to jgit.
The merge algorithm:

- Gets as input parameters the common base, the two new contents
  called "ours" and "theirs".

- Computes the Edits from base to ours and from base to theirs with
  the help of MyersDiff.

- Iterates over the edits.

- Independent edits from ours or from theirs will just be applied
  to the result.

- For conflicting edits we first harmonize the ranges of the edits
  so that in the end we have exactly two edits starting and ending
  at the same points in the common base. Then we write the two
  conclicting contents into the result stream.

Change-Id: I411862393e7bf416b6f33ca55ec5af608ff4663
Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>
[sp: Fixed up two awkard comments in documentation.]
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>