Fix null ref exception in DirCacheCheckout

Added missing null check for getDirCacheEntry(). This method may
return null for example if the curernt entry is a subtree.

Merge "Fix broken MergeCommandTest"

Merge "Revert "[findBugs] Silence DM_STRING_CTOR on PacketLineIn""

Fix broken MergeCommandTest

Test was broken by commit b087bba3 changing formatting of merge
commit messages.

Change-Id: I98b1b936b9b6cbaa50fbc59d243a43e66a6ee9f9
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Fix URIish parsing of absolute scp-style URIs

We stopped handling URIs such as "example.com:/some/p ath", because
this was confused with the Windows absolute path syntax of "c:/path".
Support absolute style scp URIs again, but only when the host name
is more than 2 characters long.

Change-Id: I9ab049bc9aad2d8d42a78c7ab34fa317a28efc1a
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Merge "Format merge commit messages like C Git"

Revert "[findBugs] Silence DM_STRING_CTOR on PacketLineIn"

This reverts commit 1e510ec20e0391010419b17e9a9095ad54941d3c.

Instead work around the warning by defining our constant by
constructing it through a StringBuilder.

Change-Id: If139509e769d649609c62eff359ebaea5dd286b2
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>
CC: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>
CC: Chris Aniszczyk <caniszczyk@gmail.com>

Merge "IndexDiff: support state [removed, untracked]"

IndexDiff: support state [removed, untracked]

IndexDiff was extended to detect files which are both removed from the
index and untracked.  Before this change these files were only added
to the removed collection.

Change-Id: I971d8261d2e8932039fce462b59c12e143f79f90
Signed-off-by: Jens Baumgart <jens.baumgart@sap.com>
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Merge "Make Repository.shortenRefName static"

Fixed help of Diff and ShowCommands commands

jgit.sh <command> --help was not working for the commands Diff
and ShowCommands because of missing metaVar information. Missing
information is added here.

Change-Id: I0ab7e35006b6aa7d4326a634309dddfcdb78f2a6
Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>

Merge "CommitAndLogCommandTests: add a test for LogCommand.addRange()"

Merge "[findBugs] Fix NP_LOAD_OF_KNOWN_NULL_VALUE"

Merge "[findBugs] Silence DM_STRING_CTOR on PacketLineIn"

Merge "Implemented the git add commandline command."

Implemented the git add commandline command.

Implementation delegates all work to the AddCommand class and,
therefore, supports only those options currently supported by the
AddCommand which means: --update and the filepattern... arguments.

Change-Id: I4827d37e08b4c988c2458d9ba60a61b6ad414d10
Signed-off-by: Sasa Zivkov <sasa.zivkov@sap.com>

[findBugs] Silence DM_STRING_CTOR on PacketLineIn

We don't want to pool this String.

Change-Id: I68bb1c57fac2e138eece4503ca5bda8f69261083
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

[findBugs] Fix NP_LOAD_OF_KNOWN_NULL_VALUE

The code analyzer can't know that passing a value known to be null is
not a problem. Hence better pass null explicitly instead of the
parameters being null.

Change-Id: I8db6f8014de6c00dd95974d60f61ecc66191e6d4
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Fixed ResolveMerger regarding handling of deletions

There was a bug in ResolveMerger which is one reason for
bug 328841. If a merge was failing because of conflicts
deletions where not handled correctly. Files which have
to be deleted (because there was a non-conflicting deletion
coming in from THEIRS) are not deleted. In the
non-conflicting case we also forgot to delete the file but
in this case we explicitly checkout in the end these files
get deleted during that checkout.

This is fixed by handling incoming deletions explicitly.

Bug: 328841
Change-Id: I7f4c94ab54138e1b2f3fcdf34fb803d68e209ad0
Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>

Format merge commit messages like C Git

The automatically generated commit message of a merge should have the
same structure as in C Git for consistency (as per git fmt-merge-msg).

Before this change:

  merging refs/heads/a into refs/heads/master

After:

  Merge branch 'a'

Plurals, "into" and joining by "," and "and" also work.

Change-Id: I9658ce2817adc90d2df1060e8ac508d7bd0571cb

Make Repository.shortenRefName static

The method has no reason to be non-static.

Change-Id: I1c09e074395d49cee0e6e53679b499d1f0c351ea

Merge "Add a test for merging deleted files"

Merge changes I8d77cb59,I2beb4db5

* changes:
  Fixed merge algorithm regarding adjacent modifications
  Cleaned up MergeAlgorithmTest

Fixed the git init to properly set bare=true

When --git-dir=X is given JGit creates a bare repository in the
directory X. However, when the --bare option is not explicitly
given, this is not properly reflected in the X/config file i.e.
the bare=true is missing.  This change fixes this minor issue.

Signed-off-by: Sasa Zivkov <sasa.zivkov@sap.com>

CommitAndLogCommandTests: add a test for LogCommand.addRange()

There were also some compiler warning due to empty catch blocks that
were fixed.

Change-Id: I165bcddcdfacd34f020d1b938a41954916eb106e
Signed-off-by: Mathias Kinzler <mathias.kinzler@sap.com>

Add a test for merging deleted files

The JGit merge algorithm or the Merge Command may have problems with handling
deletions always correctly. Therefore one additional test is added to check
this.

Change-Id: Id6aa49136996b29047c340994fe7faba68858e8c
Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>

Fixed merge algorithm regarding adjacent modifications

JGit merge algorithm behaved differently from C Git when
we had adjacent modifications. If line 9 was modified by
OURS and line 10 by theirs then C Git will return a
conflict while JGit was seeing this as independent
modifications. This change is not only there to achieve
compatibility, but there where also some really wrong
merge results produced by JGit in the area of adjacent
modifications.

Change-Id: I8d77cb59e82638214e45b3cf9ce3a1f1e9b35c70
Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>

Cleaned up MergeAlgorithmTest

Introduced similar helper methods than in AbstractDiffTestCase.
Then the test cases are much smaller and better understandable.

Change-Id: I2beb4db5a93bd8c0c1238d5d3039cbd6719eee90
Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>

Merge "Exclude FindBugs warning about uninitialized read"

Fix ugly diff showing insertion of new method

When adding a new method near the end of the sequence we want to
show the full method inserted, and not tear the prior method due
to the common trailing curly brace being consumed as part of the
common end region of the sequences.

Bug: 328895
Change-Id: I233bc40445fb5452863f5fb082bc3097433a8da6
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Delete DiffPerformanceTest

This test isn't that useful.  The better way to evaluate diff
algorithm performance is to run `jgit debug-diff-algorithms` over
real-world repositories, such as linux-2.6.git.  Whenever we modify
an algorithm we should manually verify that its runtime performance
doesn't get any worse than it already is.

Change-Id: I0beed3a5a8a537c958a5a6438a1283f97fa2097a
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Fix broken HistogramDiff

HistogramDiff failed on cases where the initial element for the LCS
was actually very common (e.g. has 20 occurrences), and the first
element of the inserted region after the LCS was also common but
had fewer occurrences (e.g. 10), while the LCS also contained a
unique element (1 occurrence).

This happens often in Java source code.  The initial element for
the LCS might be the empty line ("\n"), and the inserted but common
element might be "\t/**\n", with the LCS being a large span of
lines that contains unique method declarations.  Even though "/**"
occurs less often than the empty line its not a better LCS if the
LCS we already have contains a unique element.

The logic in HistogramDiff would normally have worked fine, except I
tried to optimize scanning of B by making tryLongestCommonSequence
return the end of the region when there are matching elements
found in A.  This allows us to skip over the current LCS region,
as it has already been examined, but caused us to fail to identify
an element that had a lower occurrence count within the region.

The solution used here is to trade space-for-time by keeping a
table of A positions to their occurrence counts.  This allows the
matching logic to always use the smallest count for this region,
even if the smallest count doesn't appear on the initial element.

The new unit test testEdit_LcsContainsUnique() verifies this new
behavior works as expected.

Bug: 328895
Change-Id: Id170783b891f645b6a8cf6f133c6682b8de40aaf
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Exclude FindBugs warning about uninitialized read

This gets rid of the "Uninitialized read of blockIndex" warning.

Change-Id: Ieb31b5059d7b9a6adff2251baf179bda5f82e7a5

Correct typo in HistogramDiffIndex Javadoc

Change-Id: I8bd2e81fcc14aa86919c504f1d0001944dea50b2
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Merge "Exclude FindBugs warnings about Cloneable"

Merge "Remove two "Dead store to local variable" warnings"

Merge "Use entrySet() instead of keySet()"

Merge "Use readFully() instead of read()"

Merge "Use Character.valueOf instead of new Character"

Merge "Remove unnecessary null check"

Make private final field static

It's used as a constant.

Change-Id: Ic267e8cb5b62228de15e134cd80725df592a0171

Remove unnecessary null check

The field monitor is never null, it's a NullProgressMonitor when not
explicitly set.

Change-Id: I8ce703a32c28ce5c3455efeb7ed5f5c9a443cbef

Use Character.valueOf instead of new Character

Otherwise a new Character is allocated each time instead of
using the cache.

Change-Id: I648d0b012f66ba9dc46a37a390986f9c61e5a19c

Use readFully() instead of read()

Fixes the "Method ignores results of InputStream.read()" warning.

This is the only place where read() was used instead of readFully()
and the return value was not checked. So it was either an oversight
or should be documented. This change assumes it was an oversight.

Change-Id: I859404a7d80449c538a552427787f3e57d7c92b4

Use entrySet() instead of keySet()

The value was accessed every time in the loop body with get(),
so use the more efficient entrySet().

Change-Id: I91d90cbd0b0d03ca4a3db986c58b8d80d80f40a4

Remove two "Dead store to local variable" warnings

Change-Id: I950de82db15c4610dc5a94f304279971daef971e

Exclude FindBugs warnings about Cloneable

This was already disabled in the Eclipse preferences for the project.
With this, Hudson should also ignore it.

Change-Id: I7a6b9a20451dc5ba9a61553248b5f4b6c6c7a78b

Merge "Fix Severe Bug in Merge Algorithm"

Fix Severe Bug in Merge Algorithm

As described in Bug 328551 there was a bug that the merge algorithm
was not always reporting conflicts when the same line was deleted
and modified. This problem was introduced during commit
0c017188b4d41cc80c297e35097095026734b3d4 when reported conflicts have
been checked for common pre- and suffixes.

This was fixed here by better determining whether after stripping
off common prefixes and suffixes from a conflicting region there
is still some conflicting part left.
I also added a unit test to test this situation.

Bug: 328551
Change-Id: Iec6c9055d00e5049938484a27ab98dda2577afc4
Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>

PullCommand: support upstream configuration for local branches

When creating a local branch based on another local branch, the
upstream configuration contains "." as origin and the source branch
as "merge". The PullCommand should support this by skipping the
fetch step altogether and use the base branch to merge with.

Change-Id: I260a1771aeeffca5b0161d1494fd63c672ecc2a6
Signed-off-by: Mathias Kinzler <mathias.kinzler@sap.com>

Merge "Fix FQCN of moved classes in FindBugsExcludeFilter.xml"

Merge "Make AbbreviatedObjectId serializable"

Merge "Fix oddness check in MyersDiff for negative numbers"

Make AbbreviatedObjectId serializable

AmbiguousObjectException contains an AbbreviatedObjectId and is
supposed to be serializable, so it should be serializable as well.

Change-Id: I8056e78aee20fdd3cb9600b52cd8ed988544293d

Fix FQCN of moved classes in FindBugsExcludeFilter.xml

FindBugs would generate warnings for these even though they should
be ignored.

Change-Id: Ieccadbf11fd55853541c04857d8e79a4db014cb4

Fix oddness check in MyersDiff for negative numbers

It's probably not possible that these numbers are negative in the
algorithm, but it's cleaner this way and gets rid of three more
FindBugs warnings.

Change-Id: Ifbce4e2c787fb9a7cd309c605e8d86211ef8a352

Fix FindBugs and Eclipse warnings in org.eclipse.jgit.ui

Change-Id: Ie6b3ff7d470cc9b7044fd6288cbf86dcc58220eb

Merge "Call ProgressMonitor.update() from main thread"

Call ProgressMonitor.update() from main thread

Don't permit transient worker threads to access the underlying output
stream of a ProgressMonitor, as they might get marked as the stream's
writer thread.  Instead proxy update events from the workers back onto
the application's real work thread.  This ensures that the stream only
sees a single thread, and its the thread that will remain alive for
the entire life cycle of the operation.

This fixes IOException("Write end dead") during local repository fetch
when threaded delta search is enabled.  One of the transient delta
search threads became the designated writer for the pipe, and when it
terminated the reader end thought the writer was dead, even though the
main writer thread was still executing in PackWriter.

Bug: 326557
Change-Id: I01d1b20a3d7be1c0b480c7fb5c9773c161fe5c15
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Prevent endless loop of events fired by RefsDirectory

RefsDirectory fires a RefsChangedEvent when it detect that one
ref changed (new, modified, deleted). But there was a potential
of wrong events beeing fired leading to a endless loop in EGit.
Problem is that when calling getRefs(ALL) we don't want to report
additional refs and by that we remove the additional refs from
the list of "refs reported upwards last time". We fire an
RefsChangedEvent because we think that the special refs are not
there anymore.
I fixed this by removing eventing for the additional refs. Another
alternative would be to always scan also for additional refs and
put them in the list of refs. But getRefs(ALL) would then remove
the additional refs again. I didn't do that for performance reasons
and also because I am not sure whether we want evnting for
additional refs.

Change-Id: Icb9398b55a8c6bbf03e38f6670feb67754ce91e0
Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>

Optimize DirCacheCheckout

When checking out a tree, files that are identical to the file in
the current index and working directory don't need to be updated.

Change-Id: I9e025a53facd42410796eae821baaeff684a25c5
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <caniszczyk@gmail.com>

Add option to select diff algorithm for diff command

The diff command in the pgm package was enhanced to allow
choosing the diff algorithm (currently myers or histogram)

Change-Id: I72083e78fb5c92868eb5d8ec512277d212a39349
Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>

Merge "[findbugs] Respect exclude filter in maven build"

Merge "Allow setting a filter in IndexDiff"

Allow setting a filter in IndexDiff

IndexDiff now allows to set an additional filter. This can be used
e.g. for restricting the tree walk to a given set of files.

Change-Id: I642de17e74b997fa0c5878c90631f6640ed70bdd
Signed-off-by: Jens Baumgart <jens.baumgart@sap.com>

Add support for special symref FETCH_HEAD and MERGE_HEAD

The RefDirectory class was not returning FETCH_HEAD and
MERGE_HEAD when trying to get all refs via getRefs(RefDatabase.ALL).
This fix adds constants for FETCH_HEAD and ORIG_HEAD and adds a
new getter getAdditionalRefs() to get these additional refs.
To be compatible with c git the getRefs(ALL) method will not return
FETCH_HEAD, MERGE_HEAD and ORIG_HEAD.

Change-Id: Ie114ca92e9d5e7d61d892f4413ade65acdc08c32
Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>

[findbugs] Fix illegal format specifier

For integral arguments the precision is not applicable, would cause a
runtime exception when executed, see
http://download.oracle.com/javase/1.5.0/docs/api/java/util/Formatter.html#syntax

Change-Id: I4738c64c1153a8d4ef5430e15d0fe54f0a37949f
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

[findbugs] Respect exclude filter in maven build

Change-Id: Ic29310dc14f120ebdb49d33cbf4bd6d380ae1393
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

[findbugs] Static comparator made final

Fixing FindBugs warning MS_SHOULD_BE_FINAL.

Change-Id: Ic69e6f6425e0a8950ce809eb3894f48a33e860aa
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Add FindBugs and CPD to the build.

We need to use findbugs-maven-plugin:2.3.2-SNAPSHOT
since otherwise build fails with maven-3.0 [1], [2].
We should switch to the release version as soon
as this becomes available.

[1] http://www.sonatype.com/people/2010/10/maven-3-0-has-landed/
[2] http://jira.codehaus.org/browse/MFINDBUGS-122

Bug: 327799
Change-Id: I1c57f81cf6f0450e56411881488c4ee754e458e3
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <caniszczyk@gmail.com>
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Make ObjectDirectory getPacks() work the first time

If an object hasn't been accessed yet the pack list for a repository
may not have been scanned from disk.  If an application (e.g. the dumb
transport servlet support code) asks for the pack list for an
ObjectDirectory, we should load it immediately.

Change-Id: I93d7b1bca422d905948e8e83b2afa83c8894a68b
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Update CachedObjectDirectory when inserting objects

If an ObjectInserter is created from a CachedObjectDirectory, we need
to ensure the cache is updated whenever a new loose object is actually
added to the loose objects directory, otherwise a future read from an
ObjectReader on the CachedObjectDirectory might not be able to open
the newly created object.

We mostly had the infrastructure in place to implement this due to the
injection of unpacked large deltas, but we didn't have a way to pass
the ObjectId from ObjectDirectoryInserter to CachedObjectDirectory,
because the inserter was using the underlying ObjectDirectory and not
the CachedObjectDirectory.  Redirecting to CachedObjectDirectory
ensures the cache is updated.

Change-Id: I1f7bdfacc7ad77ebdb885f655e549cc570652225
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

IndexPack: Make translated progress messages non-static

These messages may need to change depending on the current
thread's configured locale, and thus cannot be static.

Change-Id: I96751a63852ec9c4bf6c47edadcf8752700543df
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Merge "Allow pgm Main to be extended"

Fix possible NPE in DirCacheCheckout

There was a chance that we hit a NPE which doing a checkout
with DirCacheCheckout when there is no HEAD (e.g. initial
checkout). This is fixed here.

Change-Id: Ie3b8cae21dcd90ba8352823ea94a700f8ee9221a
Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>

Allow pgm Main to be extended

3rd party packages that use repository types other than FileRepository
may wish to extend our pgm package and implement their own resolution
scheme for repository "names" that are passed in by the --git-dir
command line option.  Make that possible by allowing the package to
extend the Main class and override the lookup.

This is primarily useful when developing new storage implementations
and trying to experiment with the results, without linking all of it
into the core JGit package.

Change-Id: Id30e168da16341e5da43365688a63aa30c7b7e2c
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Add Cherry-Pick command

Implemented the initial version of a cherry-pick command.
A correct error handling is missing (what happens if the
checkout fails, the cherry-pick leads to conflicts etc).
But straightforward cherry-picks works.

Change-Id: I235c0eb3a7a2d5bdfe40400f1deed06f29d746e1
Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Add getString utility functions to RawText

These routines can be useful when debugging, because we can add an
expression to the Eclipse "Expressions" panel to show the text that
appears on a line.  Gerrit Code Review also uses these in its own
subclass of RawText in order to format patch files, so pulling it up
to be part of core JGit may help other applications too.

Change-Id: I20a6b112e3403ecfc1c2715ae75dcecc1a85b167
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Remove dead RawText(RawTextComparator) constructor

Since the introduction of HashedSequence we no longer need to supply
the RawTextComparator at the time of constructing a RawText.  Drop the
definition from the constructor, because it doesn't make sense as part
of our public API.

Change-Id: Iaab34611d60eee4a2036830142b089b2dae81842
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Fix RawTextComparator reduceCommonStartEnd at empty lines

When an empty line was inserted at the beginning of the common end
part of a RawText the comparator incorrectly considered it to be
common, which meant the DiffAlgorithm would later not even have it be
part of the region it examines.  This would cause JGit to skip a line
of insertion, which later confused Gerrit Code Review when it tried to
match up the pre and post RawText files for a difference that had this
type of insertion.

Define two new unit tests to check for this insertion of a blank line
condition and correct for it by removing the LF from the common region
when the condition is detected.

Change-Id: I2108570eb2929803b9a56f9fb9c400c758e7156b
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Correct spelling of tests in HistogramDiffTest

Change-Id: I003b601f384ff1213da6750dd13846367a511d0b
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Fix three-word command names

Command names like MakeCacheTree weren't coming up with hyphens between
every word, so they read "debug-make-cachetree" rather than the
expected "debug-make-cache-tree".  On each lowercase character reset
the lastWasDash flag so the next uppercase will insert a hyphen before
the next word.

Change-Id: I539fabb339e60896165619c307dec71e3317b0d8
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Generate correct version for jgit source bundle

The maven 2 build for jgit source bundle didn't create a correct
OSGi version string, instead of
    org.eclipse.jgit.source_0.10.0.<timestamp>
the generated OSGi version was
    org.eclipse.jgit.source_0.10.0.SNAPSHOT
This caused trouble when trying to install it from p2 repository.

Bug: 327616
Change-Id: Ic27c763ae9a4bcbb5bd6ed9562cd98bb4da3386b
Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>

Rename method to ResolveMerger.setWorkingTreeIterator()

renamed an ugly methodname

Change-Id: I26bda06ef64b8644fd3a555dc55dff43cdb56a71
Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>

DeleteBranchCommand does not clean up upstream configuration

It wrongly uses the full name of the branch to remove the
configuration entries but must use the shortened one.

Change-Id: Ie386a128a6c6beccc20bafd15c2e36254c5f560d
Signed-off-by: Mathias Kinzler <mathias.kinzler@sap.com>

Merge "Update Tag to use TagCommand API"

Fix NPE when calling CreateBranch without explict startpoint

When creating a branch with CreateBranchCommand.call() without
specifying an explicit startPoint HEAD should be used as startPoint.
There was a bug leading to an NPE in such a case.

Change-Id: Ic0a5dc1f33a0987d66c09996c8012c45785500ff
Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>

Remove wrong comment in MergeCommand

There was a wrong javadoc comment telling that MergeCommand
only supports fast-forward merges. This has been fixed.

Change-Id: I7edea779a83528beee34a1753026288c384881ce
Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>

Remove AmbiguousObjectException from BranchCreateCommand.call()

We wanted to wrap all LowLevel JGit excpetions into a
JGitInternalException so that users of this high-level interface
don't have to explicitly catch all of them. This
was forgotten on BranchCreateCommand.call() and I added
it.

Change-Id: Ie140e99574fb004137c66e80fb92eb6c6d0fa5e1
Signed-off-by: Christian Halstrick <christian.halstrick@sap.com>

Delete PatienceDiff

HistogramDiff outperforms it for any case where PatienceDiff needs to
fallback to another algorithm.  Consequently it's not worth keeping
around, because we would always want a fallback enabled.

Change-Id: I39b99cb1db4b3be74a764dd3d68cd4c9ecd91481
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Use HistogramDiff by default in DiffFormatter

Its behavior is similar to PatienceDiff, and runs nearly as fast,
often beating the performance of MyersDiff.

Change-Id: I43c3faefa8109f1a68ef57522bec9cf27b5df252
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

debug-diff-algorithms: Real world performance test implementations

When working on a difference algorithm's implementation, its generally
more important to care about how it behaves on real-world inputs than
it does on fake inputs created for unit test cases.  Run each
implementation against a number of real-world repositories, looking at
changes between files in each commit.  This gives a better picture of
how a particular algorithm performs.

This test suite run against JGit and linux-2.6 with the current
available algorithms shows HistogramDiff always out-performs
MyersDiff, and by a wide margin on the linux-2.6 sources.  As
HistogramDiff has similar output properties as PatienceDiff, the
resulting edits are probably also more human-readable.  These test
results show that HistogramDiff is a good choice for the default
implementation, and also show that PatienceDiff isn't worth keeping.

  jgit: start at baa83ae
            2686 files,          760 commits
    N=         3 min lines,     3016 max lines
  Algorithm                     Time(ns) (  Time(ns) on   Time(ns) on )
                                         (          N=3        N=3016 )
  ---------------------------------------------------------------------
  histogram_myers              314652100 (         3900        298100 )
  histogram                    315973000 (         3800        302100 )
  patience                     774724900 (         4500        347900 )
  patience_histogram_myers     786332800 (         3700        351200 )
  myers                        819359300 (         4100        379100 )
  patience_myers               843416700 (         3800        348000 )

  linux-2.6.git: start at 85a3318
            4001 files,         2680 commits
    N=         2 min lines,    39098 max lines
  Algorithm                     Time(ns) (  Time(ns) on   Time(ns) on )
                                         (          N=2       N=39098 )
  ---------------------------------------------------------------------
  histogram_myers             1229870000 (         5900       2642700 )
  histogram                   1235654100 (         6000       2695400 )
  patience                    3856546000 (         5900       2627700 )
  patience_histogram_myers    3866728100 (         7000       2624000 )
  patience_myers              4004875300 (         8000       2651700 )
  myers                       9794679000 (         7200       2716200 )

Change-Id: I2502684d31f7851e720356820d04d8cf767f7229
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Merge "Define LowLevelDiffAlgorithm to bypass re-hashing"

Merge changes I50dcec81,Ieab28bb3

* changes:
  Fix empty block corner case in PatienceDiff
  Fix infinite loop in PatienceDiff

Fix corrupted large deltas

Large objects stored as deltas get unpacked by JGit into a loose
object, so they are cheaper to access later on.  This unpacking was
broken because TeeInputStream copied the wrong length into the loose
object, sometimes copying too many bytes into the result.  This
created a loose object that did not have the correct content, and
whose length did not match the length denoted in the object header.

Change-Id: I3ce1fd9f3dc5bd195249c7872b3bec49570424a2
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Define LowLevelDiffAlgorithm to bypass re-hashing

When passing to a fallback algorithm, we can avoid creating a new copy
of the hash codes for each sequence by passing in the hashed sequences
directly.  This makes it cheaper to switch from HistogramDiff down to
MyersDiff in a single pass.

Change-Id: Ibf2e81be57c083862eeb134279aed676653bf9b5
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Fix empty block corner case in PatienceDiff

There is a corner case where we get an EMPTY region during recursion,
but we didn't expect to receive that.  Its harmless to ignore the
region since the region is empty and has no content, so do so rather
than throwing an exception

Change-Id: I50dcec81ecba763072bb739adfab5879fb48b23a
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Fix infinite loop in PatienceDiff

Certain inputs caused an infinite loop because the prior match data
couldn't be used as expected.  Rather than incrementing the match
pointer before looking at an element, do it after, so the loop breaks
when we wrap around to the starting point.

Change-Id: Ieab28bb3485a914eeddc68aa38c256f255dd778c
Signed-off-by: Shawn O. Pearce <spearce@spearce.org>

Update Push to use latest API

Change-Id: I57ea8634a46472f40046f4ec69de505abbf5f6cf
Signed-off-by: Chris Aniszczyk <caniszczyk@gmail.com>

Merge "Cleanup RefUpdateTest"