]> source.dussan.org Git - jgit.git/log
jgit.git
9 months agoMerge branch 'master' into next 95/1177195/1
Matthias Sohn [Wed, 21 Feb 2024 17:22:04 +0000 (18:22 +0100)]
Merge branch 'master' into next

* master:
  Delete org.eclipse.jgit.ssh.apache.agent/bin/.project
  Allow to discover bitmap on disk created after the packfile
  Update jetty to 10.0.20
  Update maven plugins
  Update org.assertj:assertj-core to 3.25.3
  Update org.mockito:mockito-core to 5.10.0
  Update org.apache.commons:commons-compress to 1.26.0
  Update byte-buddy to 1.14.12
  Add SystemReader.Delegate to reduce boiler-plate code needed to subclass
  storage.file: Do not throw NSFE when deleting tmp files
  FS.detectSymlinkSupport: fix a race
  RefDirectory: Do not unlock until after deleting loose ref
  Add missing javadoc description for declared exception
  SnapshottingRefDirectory: Invalidate snapshot after locking ref for update
  SnapshottingRefDir: Replace lambas with method refs
  SnapshottingRefDir: Reduce casts with overrides
  [errorprone] Fix wrong comparison which always evaluated to false
  [errorprone] Remove unnecessary comparison
  Errorprone EscapedEntity: Do not use HTML entities inside @code javadoc
  ChangedPathFilter: Suppress warning about backing array (errorprone)
  PackWriterBitmapPreparer: Do not generate bitmaps for excessive branch tips.
  Don't use localized String during JVM shutdown
  RawParseUtils.nextLfSkippingSplitLines: fulfil contract as stated
  [gpg] Refactor the GpgSignatureVerifier
  RawParseUtils: utility method to get a header value
  Improve handling of NFS stale handle errors
  Fix handling of missing pack index file
  Add tests for handling pack files removal during fetch
  RebaseCommand: fix stopping on root commit conflicts
  Improve handling of NFS stale handle errors
  Fix handling of missing pack index file
  CherryPick: add ability to customise cherry-picked commit message
  RawParseUtils: Add missing @since tag for new API method
  Silence API warning for new constant
  [ssh] Bump Apache MINA sshd 2.11.0 -> 2.12.0
  Introduce a PriorityQueue sorting RevCommits by commit timestamp
  Remove org.eclipse.jgit.benchmark/.factorypath
  Update jmh to 1.37 for org.eclipse.jgit.benchmark
  Add tests for handling pack files removal during fetch
  PackWriterBitmapPreparer: Set limit on excessive branch count
  Update jna to 5.14.0
  DfsInserter/PackParser: keep min size for index in the inserter
  FooterLines: handle extraction from messages without headers
  Silence API warnings
  Remove invalid/unnecessary Maven settings
  Update maven plugins
  Update org.eclipse.dash:license-tool-plugin to 1.1.0
  Enable using slf4j 2.x
  Update Tycho to 4.0.4
  Update mockito to 5.8.0
  Add 4.31 target platform and update orbit to 4.31
  Update ecj to 3.36.0
  Renormalize line endings based on .gitattributes
  Configure .gitattributes to manage line endings
  Normalize line endings to LF for all text files
  BasePackFetchConnection: Skip object/ref lookups if local repo is empty
  LooseObjects: Use File#exists when possible
  Remove invalid spotbugs configuration
  Fix PMD plugin configuration
  DfsReader: give subclasses visiblity over the pack bitmap index
  PackBitmapIndex/StoredBitmap: Expose size and counts
  PackWriter/Statistics: Remove the bitmapt hit stats
  Configure Github issue reporting
  Make sure ref to prune is in packed refs
  FooterLine: Protect from ill-formed message
  API filter for PackStatistics.objectsWithBitmapsFound
  StartGenerator: Fix parent rewrite with non-default RevFilter
  Update MANIFEST.MF
  Document option gc.writeCommitGraph
  Bump last release version to 6.8.0.202311291450-r
  Prepare 6.9.0-SNAPSHOT builds
  BitmapWalkerTest: New test for the walker
  PackWriter: store the objects with bitmaps in the statistics
  FooterLine: First line cannot be a footer
  Reapply "Improve footer parsing to allow multiline footers."
  Revert "Improve footer parsing to allow multiline footers."
  Prepare 6.8.1-SNAPSHOT builds
  JGit v6.8.0.202311291450-r
  Rename method parameter to fix warning about hidden field
  Fix warnings about empty control flow statements
  BitmapIndexImpl: externalize error message
  Suppress not-externalized string warnings
  Silence API error for new method BitmapIndex#addBitmapLookupListener
  Update Orbit to orbit-aggregation/2023-12
  Adapt to type parameter added in commons-compress 1.25.0
  Improve footer parsing to allow multiline footers.
  Make the tests buildable by bazel test
  Prepare 6.8.0-SNAPSHOT builds
  JGit v6.8.0.202311212206-rc1
  BitmapIndex: Add interface to track bitmaps found (or not)
  BitmapWalker: Remove BitmapWalkListener
  Update repository URLs in CONTRIBUTING.md
  Fix typo in FileUtils.isStaleFileHandle() javadoc
  Fix branch ref exist check
  gpg.bc: Supress errorprone InsecureCryptoUsage
  Adjust javadoc to pass errorprone checks
  Update org.apache.commons:commons-compress to 1.25.0
  Fix annotation of deprecated constant CONFIG_KEY_STREAM_FILE_TRESHOLD
  BitmapWalkListener: Use plain interface with noop instance
  BitmapWalkListener: Add method and rename for commits
  Update bouncycastle to 1.77
  PatchApplier: wrap output's TemporaryBuffer with a CountingOutputStream
  BitmapWalker: announce walked objects via listener interface
  Prepare 6.8.0-SNAPSHOT builds
  Update jetty to 10.0.18
  SSH: bump org.apache.sshd to 2.11.0
  JGit v6.8.0.202311151710-m2
  Fix typo in constant name CONFIG_KEY_STREAM_FILE_TRESHOLD
  Simplify StringUtils#commonPrefix
  Optimize RefDirectory.getRefsByPrefix(String...)
  CommitGraphWriter: Remove unnecesary progress update call
  Use try-with-resource to ensure UploadPack is closed
  Fix hiding field warning
  Fix warning for empty code blocks
  Fix boxing warnings
  errorprone: remove unnecessary parentheses
  Update mockito to 5.7.0 and bytebuddy to 1.14.9
  Enable Maven reproducible builds
  Upgrade bazlets to the latest revision
  Revert "Optimise Git protocol v2 `ref-prefix` scanning"
  Document GIT_TRACE_PERFORMANCE to show timings
  config-options.md: fix sort order
  ComboBitset: Add Javadoc
  CommitGraphWriter: Add progress monitor to bloom filter computation
  CommitGraphWriter: Use ProgressMonitor from the OutputStream
  CommitGraphWriter: Unnest generation-number progress
  Optimise Git protocol v2 `ref-prefix` scanning
  UploadPackTest: Cover using wanted-refs as advertised set
  UploadPack: use want-refs as advertised set in fetch v2
  BasePackFetchConnection: Avoid full clone with useNegotiationTip
  Checkout: better directory handling
  .gitignore: ignore all Maven output directories `target/`
  benchmarks: use org.eclipse.jgit-parent as parent pom
  Generate SBOMs using cyclonedx maven plugin
  DfsPackFile: Do not attempt to read stream if pack doesn't have it
  PackObjectSizeIndexLoader: Log wrong bytes on exception
  Silence API warnings for API added in 5.13.3
  FileBasedConfig: in-process synchronization for load() and save()
  FileUtils.rename(): better retry handling
  FileBasedConfig: ensure correct snapshot if no file
  DeleteBranchCommand: update config only at the end
  Config.removeSection() telling whether it changed the config
  RebaseCommand: return correct status on stash apply conflicts
  Use net.i2p.crypto.eddsa 0.3.0 from new Orbit build
  PackConfig: fix @since tags
  Remove unused API problem filters
  Add support for git config repack.packKeptObjects
  Do not exclude objects in locked packs from bitmap processing
  [errorprone] Fix InconsistentCapitalization
  TestRepository: Add getInstant method
  Update orbit to orbit-aggregation/2023-12
  Prepare 6.8.0-SNAPSHOT builds
  JGit v6.8.0.202310031045-m1
  UploadPack: Delay freeing refs in sendPack()
  ByteBufferInputStream: add missing @since 6.8
  Fix log level for successful execution of ShutdownHook#notify to debug
  Eclipse features: update copyright year
  SSH agent: correct plug-in title
  Fix DefaultCharset bug pattern flagged by error prone
  Activate additional error prone checks
  WorkingTreeIterator: directly filter input stream
  [errorprone] Add missing javadoc summary
  [errorprone] Fix BadImport
  [errorprone] Prevent int expression may overflow
  [errorprone] Suppress ByteBufferBackingArray
  [errorprone] Suppress JavaLangClash to avoid breaking change
  [errorprone] Fix EqualsGetClass
  [errorprone] MockSystemReader: fix CatchAndPrintStackTrace
  [errorprone] MetaFilter: fix IdentityHashMapUsage
  [errorprone] InternalFetchConnection: Suppress CatchAndPrintStackTrace
  [errorprone] Don't swallow exception
  [errorprone] Fix inconsistent capitalization
  [errorprone] PageRef#isStringRef: suppress UnusedMethod
  [errorprone] FileReftableStack: fix EqualsUnsafeCast
  [errorprone] Suppress MissingSummary for translation bundles
  [errorprone] CommandLineMergeTool: Remove unused constuctor
  [errorprone] SimilarityRenameDetector: suppress IntLongMath
  Add comment why protocol list uses WeakReference
  [errorprone] Transport: Suppress ModifyCollectionInEnhancedForLoop
  [errorprone] Rename method parameter to silence InvalidParam
  [errorprone] MyersDiff#main: fix CatchAndPrintStackTrace
  [errorprone] TagCommand: Remove unused parameter of private method
  [errorprone] PathFilter#getPathsBestEffort: fix ArrayAsKeyOfSetOrMap
  [errorprone] DirCacheEntry: suppress JavaInstantGetSecondsGetNano
  [errorprone] Directly implement functional interface
  [errorprone] InterruptTimer#terminate: ensure Thread#join succeeds
  [errorprone] RawParseUtils@parseHexInt64: suppress IntLongMath
  [errorprone] Exceptions should not override #toString
  [errorprone] Fix invalid param in javadoc
  [errorprone] FS#searchPath: handle surprising behavior of String#split
  [errorprone] FileStoreAttributes#FUTURE_RUNNER: Fix corePoolSize
  [errorprone] Express duration using seconds which is clearer
  [errorprone] Use ArrayList instead of LinkedList
  [errorprone] AddCommand#filepattern: use a more specific type
  [errorprone] Suppress UnnecessaryParentheses
  [errorprone] Remove unnecessary parentheses
  tools/BUILD: Sort errorprone rules alphabetically
  Update jetty to 10.0.16
  Update bazel to 6.3.2
  DfsPackFile: remove unnecessary @SuppressWarnings("boxing")
  CommitGraphWriter: Remove unnecessary semicolon
  CommitGraphWriter: fix boxing warnings
  CommitGraphWriter#createCoreChunks: Remove not-thrown exceptions
  CommitGraphWriter: Decouple Stats from computing bloom filters
  CommitGraphWriter: Move bloom filter calculation out of createChunks
  Documentation: Move writeChangedPaths flag from commitGraph to gc section.
  [errorprone] Fix wrong comparison which always evaluated to false
  [errorprone] Remove unnecessary comparison
  Update org.eclipse.jdt:ecj to 3.35.0
  Update org.apache.commons:commons-compress to 1.24.0
  [errorprone] Suppress ImmutableEnumChecker for ShutdownHook
  Update bytebuddy to 1.14.8
  Use ShutdownHook to gracefully handle JVM shutdown
  Add ShutdownHook to cleanup FileLocks on graceful JVM shutdown
  Unregister ShutdownHook when GC#PidLock is closed
  OSGi: move plugin localization to subdirectory
  ssh: Remove redundant null check for home.getAbsoluteFile()
  RevertCommand: support for inserting a Gerrit change ID
  [releng] Bump japicmp base version to 6.7.0.202309050840-r
  DfsPackFile: Record index loads only in one place
  DfsPackfile: Emit the index load with the index object
  Prepare 6.8.0-SNAPSHOT builds
  Prepare 6.7.1-SNAPSHOT builds
  Switch back to wagon-ssh-external
  Fix generation of maven site
  Ensure home directory not null before using in Sshdsessionfactory
  CommitGraphWriter: Make the list of chunks immutable
  CommitGraphWriter: Assert written bytes
  JGit v6.7.0.202309050840-r
  Remove unused API problem filters
  [releng] Bump japicmp base version to 6.6.0.202305301015-r
  Fix list of 3rd party bundles in p2 repo
  Add missing source bundle org.osgi.service.cm.source to target platform
  Prepare 6.6.2-SNAPSHOT builds
  JGit v6.6.1.202309021850-r
  Checkout: better directory handling
  CommitGraphWriter: throw exception on unknown chunk
  Document commit-graph options supported by JGit
  Fix warning raised for local variable hiding DfsPackFile#index
  Suppress boxing warnings in DfsPackFile
  Remove unused API problem filters
  Suppress boxing warnings in tests
  Fix warning about empty block
  Update mockito to 5.5.0
  Update byte-buddy to 1.14.7
  Prepare 6.7.0-SNAPSHOT builds
  JGit v6.7.0.202308301100-rc1
  Remove the cbi-snapshots Maven repository
  Update Orbit to orbit-aggregation/release/4.29.0
  Add target platform for Eclipse 2023-09 (4.29)
  Use release p2 repo for Eclipse 2023-06 (4.28)
  Update tycho to 4.0.2
  Update jmh to 1.37
  Update bouncycastle to 1.76
  Fix some tests in ConfigTest
  Handle global git config $XDG_CONFIG_HOME/git/config
  IO: use JDK convenience methods
  org.eclipse.jgit.junit.ssh/.settings/.api_filters: fix unclosed tags
  ReadChangedPathFilter: fix Non-externalized string literal warning
  Introduce core.packedIndexGitUseStrongRefs config key
  DfsReader: Make PackLoadListener interface visible to subclasses
  DfsGarbageCollector: provide commit graph stats
  DfsGarbageCollector: put only GC commits into the commit graph
  DfsReader: Expose when indices are loaded
  Update to Tycho 4.0.1
  Prepare 6.7.0-SNAPSHOT builds
  JGit v6.7.0.202308011830-m2
  Add missing @since tags
  Fix errorprone warning about precedence
  Move footer-line parsing methods from RevCommit to FooterLine
  Merge: Add diff3 style merge conflict formatter.
  RevCommitCG: Read changed-path-filters directly from commit graph
  Update commons-codec to 1.16.0
  Add missing @since tags for new API methods
  Add missing package import needed to use MurmurHash3
  Identify a commit that generates a diffEntry on a rename Event.
  Pack: open reverse index from file if present
  PackReverseIndexV1: reverse index parsed from version 1 file
  PackReverseIndex: open file if present otherwise compute
  PackReverseIndex: verify checksums
  ComputedPackReverseIndex: Clarify custom bucket sort algorithm
  CommitGraphWriter: add option for writing/using bloom filters
  CommitGraphWriter: reuse changed path filters
  RevWalk: use changed path filters
  CommitGraphLoader: read changed-path filters
  CommitGraphWriter: write changed-path filters
  ssh: PKCS#11 support
  GC: Remove handling of extra pack for RefTree
  Remove unnecessary @SuppressWarnings("serial")
  Remove unused API problem filters
  Remove redundant specification of type arguments
  DfsPackParser: Create object indices if config says so
  PackParserTest: Extract pack-writing helper code to its own class
  DfsInserter: generate object size index if config says so
  DfsInserter: populate full size on object insertion
  DFSGarbargeCollector: Write object size indices
  DfsReader/PackFile: Implement isNotLargerThan using the obj size idx
  [releng] Use tycho 4.0.0 instead of 4.0.0-SNAPSHOT
  Add verification in GcKeepFilesTest that bitmaps are generated
  Express the explicit intention of creating bitmaps in GC
  GC: prune all packfiles after the loosen phase
  Update mockito to 5.4.0 and bytebuddy to 1.14.5
  Fix S3Repository getSize to handle larger object sizes
  DfsPackFile: make #getReverseIdx public
  Add missing bazel dependency to benchmarks
  Update JMH to 1.36
  Update bouncycastle to 1.75
  Update org.eclipse.jdt:ecj to 3.34.0
  Update eclipse-jarsigner-plugin to 1.4.2
  Update maven-surefire-report-plugin to 3.0.0
  Update maven-project-info-reports-plugin to 3.4.3
  Update maven-compiler-plugin to 3.11.0
  Update maven-enforcer-plugin to 3.3.0
  Update build-helper-maven-plugin to 3.4.0
  Update spring-boot-maven-plugin to 2.7.13
  Update maven-source-plugin to 3.3.0
  Prepare 5.13.3-SNAPSHOT builds
  JGit v5.13.2.202306221912-r
  PackReverseIndex: separate out the computed implementation
  Default for global (user) git ignore file
  Fix all Javadoc warnings and fail on them
  Mark COMMIT_GENERATION_* constants final
  Update Orbit to R20230531010532 for 2023-06
  Revert "RefDirectory: Throw exception if CAS of packed ref list fails"
  PackReverseIndex: use static builder instead of constructor
  Gc#writePack: write the reverse index file to disk
  Bazel: Fix remote build execution for Java 17
  Bump bazel vesion to 6.2.0
  Prepare 6.6.1-SNAPSHOT builds
  JGit v6.6.0.202305301015-r
  Bump bazel vesion to 6.2.0
  Update to Orbit S20230516204213
  Prepare 6.6.0-SNAPSHOT builds
  Prepare 6.7.0-SNAPSHOT builds
  JGit v6.6.0.202305241045-m3
  GraphObjectIndex: fix search in findGraphPosition
  Update to Tycho 4.0.0-SNAPSHOT
  PGP sign p2 artefacts
  Revert 'Use net.i2p.crypto:eddsa directly from Maven Central'
  Update dash license-tool-plugin to 1.0.2
  Also add suppressed exception if unchecked exception occurs in finally
  Candidate: use "Objects.equals" instead of "=="
  Use hamcrest 2.2 directly from Maven Central
  Use commons-logging directly from Maven Central
  Update jna to 5.13.0
  Use bytebuddy directly from Maven Central
  Use jna directly from Maven Central
  Use net.i2p.crypto:eddsa directly from Maven Central
  Use org.tukaani:xz directly from Maven Central
  Use args4j directly from Maven Central
  Use gson directly from Maven Central
  Remove unused $NON-NLS-1$
  Remove unused API filters
  Switch to Apache MINA sshd 2.10.0
  [releng] API filter for PackIndex.DEFAULT_WRITE_REVERSE_INDEX
  PackExt: add a #getTmpExtension method
  UploadPack: Record negotiation stats on fetchV2 call
  RewriteGeneratorTest: Introduce test cases for the RewriteGenerator
  PackWriter: write the PackReverseIndex file
  Prepare 6.6.0-SNAPSHOT builds
  JGit v6.6.0.202305031100-m2
  Update Maven plugins
  Add TransportHttp#getAdditionalHeaders
  Add 4.27 (2023-03) and 4.28 (2023-06) target platforms
  Fix inProcessPackedRefsLock not shared with copies of the instance
  Update slf4j to 1.7.36 and consume it directly from Maven Central
  Update assertj-core to 3.24.2
  Update plexus-compiler to 2.13.0
  Update Apache commons-codec to 1.15
  Update org.apache.commons:commons-compress to 1.23.0
  Update javaEWAH to 1.2.3 and use it directly from Maven central
  Update org.eclipse.jdt:ecj to 3.33.0
  Add missing @since tag to IntComparator
  Update to jakarta.servlet:jakarta.servlet-api:4.0.4
  Support rebasing independent branches
  Support cherry-picking a root commit
  AddCommand: ability to switch off renormalization
  Update jetty to 10.0.15 and use it from Maven central directly
  Update bouncycastle to 1.73
  [errorprone] Fix MissingOverride error
  PackReverseIndexWriter: write out version 1 reverse index file
  IntList: add #sort using quick sort for O(n log n) runtime.
  [bazel] Move ToolTestCase to src folder (6.2)
  GcConcurrentTest: @Ignore flaky testInterruptGc
  Fix CommitTemplateConfigTest
  Fix after_open config and Snapshotting RefDir tests to work with bazel
  [bazel] Skip ConfigTest#testCommitTemplatePathInHomeDirecory
  Demote severity of some error prone bug patterns to warnings
  [bazel] Fix version number of bcpg-jdk18on
  Parse pull.rebase=preserve as alias for pull.rebase=merges
  Use bouncycastle libraries directly from Maven Central
  UploadPack: Fix NPE when traversing a tag chain
  Add missing @since tag for BatchRefUpdate#getRefDatabase
  Add missing since tag for SshBasicTestBase
  Add missing since tag for SshTestHarness#publicKey2
  Silence API errors
  Prevent infinite loop rescanning the pack list on PackMismatchException
  Remove blank in maven.config
  PackedBatchRefUpdate#execute: reduce nesting of try-catch blocks
  PackedBatchRefUpdate: Handle the case where loose refs fail to pack
  Remove blank in maven.config
  Add protocol configuration to Amazon S3 transport
  [pgm] Implement git tag --contains option
  ListTagCommand: implement git tag --contains
  RevWalk: use generation number to optimize getMergedInto()
  DfsPackFile: Extract block aligment code
  Ensure parsed RevCommitCG has derived data from commit-graph
  PatchApplierTest: specify charset to avoid warning
  GcConcurrentTest: @Ignore flaky testInterruptGc
  PatchApplier: Check for existence of src/dest files before any operation
  Revert "RefDirectory: Throw exception if CAS of packed ref list fails"
  RefDirectory.delete: Prevent failures when packed-refs is outdated
  RefDirectory.pack: Only rely on packed refs from disk
  RefDirectory: Make pack() and commitPackRefs() void
  Implement a snapshotting RefDirectory for use in request scope
  Fix RefDirectoryTest.testGetRefs_LooseSorting_Bug_348834
  PackedBatchRefUpdate: Ensure updates are applied on latest packed refs
  Downgrade maven-site-plugin to 3.12.1
  Use wagon-ssh-external to deploy Maven site
  Record my e-mail change in .mailmap
  [releng] Bump japicmp base version
  PatchApplier: missing @since, and minor formatting
  BasePackFetchConnection: support negotiationTip feature
  DirCache: support option index.skipHash
  PatchApplierTest: Remove test data with Apache license
  Fix PatchApplier error handling.
  Ensure FileCommitGraph scans commit-graph file if it already exists
  GC: Close File.lines stream
  GC: Close File.lines stream
  Rerun flaky tests 3 times
  Prepare 6.5.1-SNAPSHOT builds
  JGit v6.5.0.202303070854-r
  Ignore generated org.eclipse.jgit.benchmarks/dependency-reduced-pom.xml
  [sshd] Fix calculation of timeout in AbstractClientProxyConnector
  Silence API error raised for removed BranchRebaseMode#PRESERVE
  [errorprone] Suppress [Finally] warnings
  Update Orbit to R20230302014618 for 2023-03
  Improve test coverage when core.trustPackedRefsStat set to after_open
  Prepare 6.6.0-SNAPSHOT builds
  Prepare 6.5.0-SNAPSHOT builds
  JGit v6.5.0.202302281825-rc1
  Prepare 6.5.0-SNAPSHOT builds
  Change config pull.rebase=preserve to pull.rebase=merges
  BatchingProgressMonitor: expose time spent per task
  PackWriter: offer to write an object-size index for the pack
  Fix formatting in GC#doGc
  PackExt: Define new extension for the object size index
  JGit v6.5.0.202302221508-m3
  If tryLock fails to get the lock another gc has it
  Fix GcConcurrentTest#testInterruptGc
  Don't swallow IOException in GC.PidLock#lock
  Check if FileLock is valid before using or releasing it
  Use Java 11 ProcessHandle to get pid of the current process
  UploadPack: use allow-any-sha1-in-want configuration
  Acquire file lock "gc.pid" before running gc
  Silence API errors introduced by 9424052f
  Externalize strings introduced in c9552aba
  Silence API error introduced by 596c445a
  PackConfig: add entry for minimum size to index
  Fix getPackedRefs to not throw NoSuchFileException
  PackObjectSizeIndex: interface and impl for the object-size index
  UInt24Array: Array of unsigned ints encoded in 3 bytes.
  PackIndex: expose the position of an object-id in the index
  Add pack options to preserve and prune old pack files
  DfsPackFile/DfsGC: Write commit graphs and expose in pack
  ObjectReader: Allow getCommitGraph to throw IOException
  Allow to perform PackedBatchRefUpdate without locking loose refs
  Document option "core.sha1Implementation" introduced in 59029aec
  UploadPack: consume delimiter in object-info command
  PatchApplier fix - init cache with provided tree
  Prepare 6.5.0-SNAPSHOT builds
  JGit v6.5.0.202302011120-m2
  Avoid error-prone warning
  Fix unused exception error-prone warning
  UploadPack: advertise object-info command if enabled
  Shortcut during git fetch for avoiding looping through all local refs
  FetchCommand: fix fetchSubmodules to work on a Ref to a blob
  Silence API warnings introduced by I466dcde6
  Allow the exclusions of refs prefixes from bitmap
  Move MemRefDatabase creation in a separate method.
  PackWriterBitmapPreparer: do not include annotated tags in bitmap
  BatchingProgressMonitor: avoid int overflow when computing percentage
  DfsReaderIoStats: Add Commit Graph fields into DfsReaderIoStats
  [pgm] Fetch-CLI: add support for shallow
  Speedup GC listing objects referenced from reflogs
  Re-add servlet-api 4.0 to the target platform
  Upgrade maven plugins
  Cache trustFolderStat/trustPackedRefsStat value per-instance
  Refresh 'objects' dir and retry if a loose object is not found
  Prepare 6.5.0-SNAPSHOT builds
  JGit v6.5.0.202301111425-m1
  Update Orbit to S20230101190934
  Update to releases p2 repo for 4.26 simultaneous release
  RevWalk: integrate commit-graph with commit parsing
  FileSnapshotTest: Add more MISSING_FILE coverage
  GC: disable writing commit-graph for shallow repos
  Introduce core.trustPackedRefsStat config
  RefDatabase: fix javadoc formatting
  Pull up additionalRefsNames from RefDirectory to RefDatabase
  Add TernarySearchTree
  CommitGraph: teach ObjectReader to get commit-graph
  PatchApplier: fix handling of last newline in text patch
  CommitGraph: add commit-graph for FileObjectDatabase
  Reformat PatchApplier and PatchApplierTest
  PackWriter#prepareBitmapIndex: add clarifying comments
  IO#readFully: provide overload that fills the full array
  Fix API warnings for the new CommitGraph
  PackReverseIndex#findPosition: fix typo in method name
  GC: Write commit-graph files when gc
  CommitGraph: add core.commitGraph config
  CommitGraph: implement commit-graph read
  Gc#deleteOrphans: avoid dependence on PackExt alphabetical ordering
  WalkPushConnection: Sanitize paths given to transports
  Fix documentation for core.trustFolderStat
  GraphCommits: Remove unused getter by position
  CommitGraphWriter: fix UnusedException errorprone error
  Update jetty to 10.0.13
  PackExt: Add a commit graph extension.
  BatchRefUpdate: Consistent switch branches in ref update
  RefWriter#writePackedRefs: Remove a redundant "if" check
  commitgraph package: fix exports/imports, add @since tag for new API
  CommitGraph: implement commit-graph writer
  [releng] bump japicmp base version
  Prepare 6.4.1-SNAPSHOT builds
  JGit v6.4.0.202211300538-r
  Fix crashes on rare combination of file names
  Prepare 6.5.0-SNAPSHOT builds
  Prepare 6.4.0-SNAPSHOT build
  JGit v6.4.0.202211231055-rc1
  [pgm] Add options --name-only, --name-status to diff, log, show
  Update Orbit to R20221123021534 for 2022-12
  RBE: Update toolchain with bazel-toolchains 5.1.2 release
  SshTestGitServer: : ensure UploadPack is closed to fix resource leak
  UploadPackTest: ensure UploadPack is closed to fix resource leak
  [pgm] Ensure UploadPack is closed to fix resource leak
  UploadPackServlet#doPost use try-with-resource to ensure up is closed
  Fix warnings in PatchApplierTest
  Fix boxing warnings in TransportTest
  Silence warnings about unclosed BasePackPushConnection
  Fix warning about non-externalized String
  Remove unused imports
  Suppress non-externalized String warnings
  Remove unused API problem filters
  Silence API errors
  Silence API errors
  Silence API warnings
  Add 4.26 target platform
  Use "releases" repository for 4.25 target platform
  Update Apache Mina SSHD to 2.9.2
  Update Orbit to S20221118032057
  DfsBlockCache: Report IndexEventConsumer metrics for reverse indexes.
  DfsStreamKey: Replace ForReverseIndex to separate metrics.
  Prepare 6.4.0-SNAPSHOT builds
  RawText.isBinary(): handle complete buffer correctly
  JGit v6.4.0.202211160543-m3
  PackExt: Add a reverse index extension.
  [benchmarks] Remove profiler configuration
  Add SHA1 benchmark
  [benchmarks] Set version of maven-compiler-plugin to 3.8.1
  Fix running JMH benchmarks
  Add option to allow using JDK's SHA1 implementation
  Fix API breakage caused by extracting WorkTreeUpdater
  Update Orbit to S20221109014815
  Use replace instead of replaceAll in toCleanString
  Extract Exception -> HTTP status code mapping for reuse
  Don't handle internal git errors as an HTTP error
  Fix the path for JSchText.properties
  Fix crashes on rare combination of file names
  Fix Maven SHA1 for Bazel build
  UploadPack: Receive and parse client session-id
  TransferConfig: Move reading advertisesid setting into TransferConfig
  FirstWant: Parse client session-id if received.
  ReceivePack: Receive and parse client session-id.
  Ignore IllegalStateException if JVM is already shutting down
  Prepare 6.4.0-SNAPSHOT builds
  Allow to perform PackedBatchRefUpdate without locking loose refs
  JGit v6.4.0.202210260700-m2
  PushCommand: allow users to disable use of bitmaps for push
  I/O redirection for the pre-push hook
  PackParser: populate full size of the PackedObjectInfos
  PackedObjectInfo: add the full size to the description
  ObjectReader: New #isNotLargerThan method
  Fail build if there are license issues with dependencies
  Update org.apache.httpcomponents:httpcore to 4.4.15
  Update Orbit to S20220927175816
  Update JMH to 1.35
  Update org.eclipse.jdt:ecj to 3.31.0
  Update plexus compiler to 2.12.1
  Update org.apache.maven.wagon:wagon-ssh to 3.5.2
  pgm/BUILD: Add dependencty to java EWAH
  [sshd] Guard against numerical overflow
  Remove unused imports
  Remove unused API filters
  ObjectDirectory: avoid using File.getCanonicalPath()
  AutoCRLFOutputStream: use BufferedOutputStream
  CloneCommand: set HEAD also when not checking out
  Pass on shallowSince only if not null
  Fix wrong @since tag
  Split out ApplyCommand logic to PatchApplier class
  Prepare 6.4.0-SNAPSHOT builds
  Fix typo in FetchV2Request javadoc
  Prepare 6.3.1-SNAPSHOT builds
  DfsBundleWriter: Add test case about GC_REST pack.
  JGit v6.3.0.202209071007-r
  JGit v6.3.0.2022009070944-r
  [merge] Fix merge conflicts with symlinks
  Update DEPENDENCIES for 6.3.0
  Update tycho to 2.7.5
  Move WorkTreeUpdater to merge package
  WorkTreeUpdater: use DirCacheCheckout#StreamSupplier
  DirCacheCheckout#getContent: also take InputStream supplier
  Revert "Adds FilteredRevCommit that can overwrites its parents in the DAG."
  Revert "Option to pass start RevCommit to be blamed on to the BlameGenerator."
  WorkTreeUpdater: remove safeWrite option
  Update Orbit to R20220830213456 for 2022-09
  BaseSuperprojectWriter: report invalid paths as manifest errors
  ApplyCommand: fix ApplyResult#updatedFiles
  WorkTreeUpdater: rename metadata maps
  WorkTreeUpdater#Result: hide data members
  Add javadoc on RevCommit
  Option to pass start RevCommit to be blamed on to the BlameGenerator.
  WorkTreeUpdater: re-format and clean-up
  Prepare 6.3.0-SNAPSHOT builds
  Adds FilteredRevCommit that can overwrites its parents in the DAG.
  JGit v6.3.0.202208161710-m3
  DirCacheCheckout: load WorkingTreeOptions only once
  WorkTreeUpdater: Fix unclosed streams
  Fix adding symlinks to the index when core.symlinks=false
  Remove unused API problem filters
  Add missing @since tag for RevCommit#parents introduced in 61b4d105e4
  Fix API errors caused by 23a71696cd
  Provide default shallowCommits getter and setter in ObjectDatabase
  Reapply "Create util class for work tree updating in both filesystem and index."
  ResolveMerger: add coverage for inCore file => directory transition
  Provide encoding to String#getBytes()
  Revert "Create util class for work tree updating in both filesystem and index."
  Provide a default implementation for set/get shallowCommits on DfsObjDatabase
  Revert "Adds FilteredRevCommit that can overwrites its parents in the DAG."
  Revert "Option to pass start RevCommit to be blamed on to the BlameGenerator."
  CleanCommand: fix prefix matching
  Option to pass start RevCommit to be blamed on to the BlameGenerator.
  Adds FilteredRevCommit that can overwrites its parents in the DAG.
  Add the ability to override parents on RevCommit.
  Refactor NameConflictTreeWalk.fastMin method
  Fix BUILD rules for FilteredRenameDetectorTest
  Rename fastMinHasMatch to allTreesNamesMatchFastMinRef
  Document TreeWalk#min()
  Squash error-prone messages
  Use constants for git packet protocol line identifiers
  ObjectDirectory: improve reading of shallow file
  Fetch: add support for shallow
  [tests] Stabilize the HTTP server's request log
  NameConflictTreeWalk: respect git order on multi-tree iteration
  Update Orbit to S20220726152247 and bouncycastle to 1.71
  Create util class for work tree updating in both filesystem and index.
  Fix the handling of .git/info/exclude and core.excludesFile
  Remove version constraints from org.tukaani.xz package

Change-Id: I31997b67bf432ae3bf6b1cde076fa9307b1e00f4

9 months agoMerge branch 'stable-6.8' 94/1177194/1
Matthias Sohn [Wed, 21 Feb 2024 17:18:31 +0000 (18:18 +0100)]
Merge branch 'stable-6.8'

* stable-6.8:
  Delete org.eclipse.jgit.ssh.apache.agent/bin/.project
  Allow to discover bitmap on disk created after the packfile

Change-Id: I08095dfaefb963876d993383cb35acc6b75d7691

9 months agoMerge branch 'stable-6.7' into stable-6.8 93/1177193/1
Matthias Sohn [Wed, 21 Feb 2024 16:55:22 +0000 (17:55 +0100)]
Merge branch 'stable-6.7' into stable-6.8

* stable-6.7:
  Delete org.eclipse.jgit.ssh.apache.agent/bin/.project
  Allow to discover bitmap on disk created after the packfile

Change-Id: I01749bae6f46d1a8ebd25b890e667cc092f3a659

9 months agoMerge branch 'stable-6.6' into stable-6.7
Matthias Sohn [Wed, 21 Feb 2024 16:41:44 +0000 (17:41 +0100)]
Merge branch 'stable-6.6' into stable-6.7

* stable-6.6:
  Delete org.eclipse.jgit.ssh.apache.agent/bin/.project
  Allow to discover bitmap on disk created after the packfile

Change-Id: I2bbc8c9a4ed45d37fa7ba63b2afd5511b6cf47a2

9 months agoDelete org.eclipse.jgit.ssh.apache.agent/bin/.project 91/1177191/1
Matthias Sohn [Wed, 21 Feb 2024 15:43:43 +0000 (16:43 +0100)]
Delete org.eclipse.jgit.ssh.apache.agent/bin/.project

Change-Id: If2f50f81ffb8b5a1929b0ce403bff017ece29e2f

9 months agoAllow to discover bitmap on disk created after the packfile 96/1174396/15
Luca Milanesio [Wed, 10 Jan 2024 19:38:46 +0000 (19:38 +0000)]
Allow to discover bitmap on disk created after the packfile

When the bitmap file was created *after* a packfile had been
loaded into the memory, JGit was unable to discover them.

That happed because of two problems:

1. The PackDirectory.getPacks() does not implement the usual
   while loop that is scanning through the packs directory
   as in the other parts of JGit.

2. The scan packs does not look for newly created bitmap files
   if the packfile is already loaded in memory.

Implement the normal packfiles scanning whenever the PackDirectory
needs to return a list of packs, and make sure that any reused
Pack object would have its associated bitmap properly refreshed
from disk.

Adapt the assertions in GcConcurrentTest with the rescanned list
of Pack from the objects/packs directory.

Bug: jgit-15
Change-Id: I2ed576cefd78a0e128b175228a59c9af51523d7b

9 months agoUpdate jetty to 10.0.20 79/1177079/1
Matthias Sohn [Tue, 20 Feb 2024 19:39:54 +0000 (20:39 +0100)]
Update jetty to 10.0.20

Change-Id: Ic79c5ce718fe1345f75c4254a9ee2aa7d91af359

9 months agoUpdate maven plugins 78/1177078/1
Matthias Sohn [Tue, 20 Feb 2024 17:47:48 +0000 (18:47 +0100)]
Update maven plugins

- build-helper-maven-plugin to 3.5.0
- cyclonedx-maven-plugin to 2.7.11
- eclipse-jarsigner-plugin to 1.4.3
- git-commit-id-maven-plugin to 7.0.0
- japicmp-maven-plugin to 0.18.5
- maven-clean-plugin to 3.3.2
- maven-compiler-plugin to 3.12.1
- maven-enforcer-plugin to 3.4.1
- maven-jxr-plugin to 3.3.2<
- maven-site-plugin to 4.0.0-M13
- spotbugs-maven-plugin to 4.8.3.1
- tycho plugins to 4.0.6

Change-Id: Ie792f783b8b8453a37743f10f8c4162932e5ff85

9 months agoUpdate org.assertj:assertj-core to 3.25.3 77/1177077/1
Matthias Sohn [Tue, 20 Feb 2024 16:46:35 +0000 (17:46 +0100)]
Update org.assertj:assertj-core to 3.25.3

Change-Id: I3fd8adf3c1cc3f2c8826602b11d1d11fdfe29bfb

9 months agoUpdate org.mockito:mockito-core to 5.10.0 76/1177076/1
Matthias Sohn [Tue, 20 Feb 2024 16:26:04 +0000 (17:26 +0100)]
Update org.mockito:mockito-core to 5.10.0

Change-Id: I35dbb2402e65753e10bef4617b7e1683f9900406

9 months agoUpdate org.apache.commons:commons-compress to 1.26.0 75/1177075/1
Matthias Sohn [Tue, 20 Feb 2024 16:00:22 +0000 (17:00 +0100)]
Update org.apache.commons:commons-compress to 1.26.0

The new version now requires commons-io for the tests.
Hence adding dependency to commons-io:commons-io:2.15.1.

Change-Id: Ieb50ef559a119c89f90d700ab95a73c0fcae85a8

9 months agoUpdate byte-buddy to 1.14.12 74/1177074/1
Matthias Sohn [Tue, 20 Feb 2024 14:06:33 +0000 (15:06 +0100)]
Update byte-buddy to 1.14.12

Change-Id: Idc56efd1ee6d9d1e039ccfffd5e16803b727f6dc

9 months agoAdd SystemReader.Delegate to reduce boiler-plate code needed to subclass 71/1177071/2
Matthias Sohn [Tue, 20 Feb 2024 00:12:55 +0000 (01:12 +0100)]
Add SystemReader.Delegate to reduce boiler-plate code needed to subclass

Original implementation by Han-Wen Nienhuys in Gerrit [1].

[1] https://gerrit-review.googlesource.com/c/gerrit/+/235169

Bug: jgit-24
Change-Id: I745f8c1c07de013a68168b91c2d9962d530d07bf

9 months agostorage.file: Do not throw NSFE when deleting tmp files 70/205470/2
Nasser Grainawi [Tue, 14 Nov 2023 20:55:48 +0000 (13:55 -0700)]
storage.file: Do not throw NSFE when deleting tmp files

If we try to delete a tmp file and it already doesn't exist, then
there's no problem and we don't need to throw an exception. This is
especially true for these existing cases using FileUtils.RETRY because
any missing files on retries are already considered successes. Not
throwing the exception quiets some logs and improves overall exception
handling.

Change-Id: Ia6e06ba042c5920d5cd9f8db2e1d829affa3d796
Signed-off-by: Nasser Grainawi <quic_nasserg@quicinc.com>
9 months agoFS.detectSymlinkSupport: fix a race 54/1174154/4
Motiejus Jakštys [Thu, 28 Dec 2023 14:33:28 +0000 (16:33 +0200)]
FS.detectSymlinkSupport: fix a race

When multiple JGit clients are instantiated concurrently, they may try
to create the same symlink at the same time. When that happens, the
second thread will return an error (because the symlink already exists)
and that `FS` instance will think that symlinks are not supported,
causing havoc.

Change-Id: I362b933ff63a1471e3a5d70cc8c35eb2f25cc0dd
Signed-off-by: Motiejus Jakštys <motiejus@jakstys.lt>
9 months agoMerge changes I8e577a23,Ic8e8b288
Matthias Sohn [Mon, 19 Feb 2024 23:13:18 +0000 (23:13 +0000)]
Merge changes I8e577a23,Ic8e8b288

* changes:
  Errorprone EscapedEntity: Do not use HTML entities inside @code javadoc
  ChangedPathFilter: Suppress warning about backing array (errorprone)

9 months agoMerge changes I9225d6a3,I9cf093ca,Id5a80635
Matthias Sohn [Mon, 19 Feb 2024 23:02:20 +0000 (23:02 +0000)]
Merge changes I9225d6a3,I9cf093ca,Id5a80635

* changes:
  RawParseUtils.nextLfSkippingSplitLines: fulfil contract as stated
  [gpg] Refactor the GpgSignatureVerifier
  RawParseUtils: utility method to get a header value

9 months agoMerge branch 'stable-6.8' into master 29/1176929/1
Dariusz Luksza [Thu, 15 Feb 2024 10:48:55 +0000 (10:48 +0000)]
Merge branch 'stable-6.8' into master

* stable-6.8:
  RefDirectory: Do not unlock until after deleting loose ref
  Add missing javadoc description for declared exception
  SnapshottingRefDirectory: Invalidate snapshot after locking ref for update
  SnapshottingRefDir: Replace lambas with method refs
  SnapshottingRefDir: Reduce casts with overrides
  [errorprone] Fix wrong comparison which always evaluated to false
  [errorprone] Remove unnecessary comparison

Change-Id: I1d65c41292779dd5f8f46bc0adefbfc9a62ba2ce

9 months agoMerge branch 'stable-6.7' into stable-6.8 28/1176928/1
Dariusz Luksza [Thu, 15 Feb 2024 10:43:11 +0000 (10:43 +0000)]
Merge branch 'stable-6.7' into stable-6.8

* stable-6.7:
  RefDirectory: Do not unlock until after deleting loose ref
  Add missing javadoc description for declared exception
  SnapshottingRefDirectory: Invalidate snapshot after locking ref for update
  SnapshottingRefDir: Replace lambas with method refs
  SnapshottingRefDir: Reduce casts with overrides
  [errorprone] Fix wrong comparison which always evaluated to false
  [errorprone] Remove unnecessary comparison

Change-Id: Ic6312bd3b2b1db38a287ebc7f31062251341438a

9 months agoMerge branch 'stable-6.6' into stable-6.7 27/1176927/1
Dariusz Luksza [Thu, 15 Feb 2024 10:36:41 +0000 (10:36 +0000)]
Merge branch 'stable-6.6' into stable-6.7

* stable-6.6:
  RefDirectory: Do not unlock until after deleting loose ref
  Add missing javadoc description for declared exception
  SnapshottingRefDirectory: Invalidate snapshot after locking ref for update
  SnapshottingRefDir: Replace lambas with method refs
  SnapshottingRefDir: Reduce casts with overrides

Change-Id: Ic5f3c46e5557d0bd143694bd6020b67b6ec8f22e

9 months agoRefDirectory: Do not unlock until after deleting loose ref 74/1176274/3
Nasser Grainawi [Fri, 26 Jan 2024 01:59:15 +0000 (18:59 -0700)]
RefDirectory: Do not unlock until after deleting loose ref

Fix a potential race condition where we would remove our loose ref lock
file before deleting the loose ref itself. This race could result in the
current thread deleting a loose ref newly written by another thread.

Other callers seem to be following the correct pattern, but improve the
method naming to try to help future callers.

Change-Id: I80cebe4788edd855e15381336d980c41498fca80
Signed-off-by: Nasser Grainawi <quic_nasserg@quicinc.com>
9 months agoAdd missing javadoc description for declared exception 31/1176831/1
Matthias Sohn [Tue, 13 Feb 2024 14:49:54 +0000 (15:49 +0100)]
Add missing javadoc description for declared exception

Change-Id: I16305bc15d2ddff1ce055772a711658ef81858e2

9 months agoSnapshottingRefDirectory: Invalidate snapshot after locking ref for 75/1176275/4
Nasser Grainawi [Thu, 25 Jan 2024 23:29:05 +0000 (16:29 -0700)]
SnapshottingRefDirectory: Invalidate snapshot after locking ref for
update

When using the SnapshottingRefDirectory, if a thread has already read
packed-refs, then another actor updates packed-refs, the original
thread may create an update that is based on the old cached/snapshotted
packed-refs content. That update could effectively perform a forced
update unintentionally because it is unaware of the new content.

This seems particularly likely to happen in a scenario where a loose
ref was just packed. If the ref was loose, our thread would see the
current ref value (because we don't snapshot loose refs and always read
them from disk), but since there is no loose ref, we expect to find the
current value in packed-refs. However, (before this change) we rely
on our snapshot of packed-refs which does not contain the updated ref
value.

Invalidating the cache after the loose ref is locked ensures that the
ref value does not change again before we read it to perform the update.

Bug: jgit-21
Change-Id: Id10900a99bfd0401a1b9c39d997093af0289649e
Signed-off-by: Nasser Grainawi <quic_nasserg@quicinc.com>
9 months agoSnapshottingRefDir: Replace lambas with method refs 89/1176789/2
Nasser Grainawi [Mon, 12 Feb 2024 23:32:30 +0000 (16:32 -0700)]
SnapshottingRefDir: Replace lambas with method refs

Method references are shorter and easier to read in this case.

Change-Id: Ia6809fa0e3f282acbe7b7f7e3813a34f3cf40c43
Signed-off-by: Nasser Grainawi <quic_nasserg@quicinc.com>
9 months agoSnapshottingRefDir: Reduce casts with overrides 88/1176788/2
Nasser Grainawi [Mon, 12 Feb 2024 23:29:47 +0000 (16:29 -0700)]
SnapshottingRefDir: Reduce casts with overrides

Overriding getRefDirectory() and getRefDatabase() lets us skip casting
to SnapshottingRefDirectory in several places.

Change-Id: I61ba12fb6f066b1a9c4ea5ec9538978cbf040acd
Signed-off-by: Nasser Grainawi <quic_nasserg@quicinc.com>
9 months ago[errorprone] Fix wrong comparison which always evaluated to false 58/1176058/1
Matthias Sohn [Fri, 15 Sep 2023 09:48:05 +0000 (11:48 +0200)]
[errorprone] Fix wrong comparison which always evaluated to false

org.eclipse.jgit/src/org/eclipse/jgit/internal/storage/commitgraph/GraphObjectIndex.java:59:
error: [ComparisonOutOfRange] ints may have a value in the range
-2147483648 to 2147483647; therefore, this comparison to
Integer.MAX_VALUE will always evaluate to false
if (table[k] > Integer.MAX_VALUE) {
             ^

See https://errorprone.info/bugpattern/ComparisonOutOfRange

We need to check if variable `uint` of type `long` exceeds the maximum
possible int value before casting it to `int` below.

This was introduced in Ib5c0d6678cb242870a0f5841bd413ad3885e95f6

Change-Id: I675d594f523084be4c1678328cc343065e32d998
(cherry picked from commit 916200e278ebeaa2602b5dc23143c8eedf11858b)

9 months ago[errorprone] Remove unnecessary comparison 57/1176057/1
Matthias Sohn [Fri, 15 Sep 2023 09:44:09 +0000 (11:44 +0200)]
[errorprone] Remove unnecessary comparison

Raised by errorprone:

org.eclipse.jgit/src/org/eclipse/jgit/lib/CommitConfig.java:406: error:
[ComparisonOutOfRange] chars may have a value in the range 0 to 65535;
therefore, this comparison to 0 will always evaluate to true
if (ch >= 0 && ch < inUse.length) {
       ^
see https://errorprone.info/bugpattern/ComparisonOutOfRange

Change-Id: I9625aa7894a34dbffd77d39a40c6e285c86b56d5
(cherry picked from commit cf5ec856bda907c0537ce5a80246b9ab18195c8b)

9 months agoMerge branch 'stable-6.8' into master 48/1176748/1
Dariusz Luksza [Mon, 12 Feb 2024 10:14:29 +0000 (10:14 +0000)]
Merge branch 'stable-6.8' into master

* stable-6.8:
  Improve handling of NFS stale handle errors
  Fix handling of missing pack index file
  Add tests for handling pack files removal during fetch

Change-Id: Icae170f85d71e65c308078648ae85dfc8308176d

9 months agoMerge branch 'stable-6.7' into stable-6.8 47/1176747/1
Dariusz Luksza [Mon, 12 Feb 2024 09:58:41 +0000 (09:58 +0000)]
Merge branch 'stable-6.7' into stable-6.8

* stable-6.7:
  Improve handling of NFS stale handle errors
  Fix handling of missing pack index file
  Add tests for handling pack files removal during fetch

Change-Id: I409d1dc3354ad65c048d2c40f39071a1207246c6

9 months agoMerge branch 'stable-6.6' into stable-6.7 46/1176746/1
Dariusz Luksza [Mon, 12 Feb 2024 09:56:36 +0000 (09:56 +0000)]
Merge branch 'stable-6.6' into stable-6.7

* stable-6.6:
  Improve handling of NFS stale handle errors
  Fix handling of missing pack index file
  Add tests for handling pack files removal during fetch

Change-Id: Ie00984319d68beeffcbdb6bb323fbeb94a118e5c

9 months agoErrorprone EscapedEntity: Do not use HTML entities inside @code javadoc 53/1176853/1
Ivan Frade [Fri, 9 Feb 2024 17:31:57 +0000 (09:31 -0800)]
Errorprone EscapedEntity: Do not use HTML entities inside @code javadoc

Change-Id: I8e577a23e7fbe22a3024ad62144e7f19eec465c3

9 months agoChangedPathFilter: Suppress warning about backing array (errorprone) 52/1176852/1
Ivan Frade [Fri, 9 Feb 2024 17:18:37 +0000 (09:18 -0800)]
ChangedPathFilter: Suppress warning about backing array (errorprone)

Errorprone warns about direct access to the underlying array.

That is the intention of this code, and those ByteBuffers are created
with ByteBuffer#wrap() so it should be safe.

Change-Id: Ic8e8b288f08ac794cf7f09dfccfefcba0a4685bf

9 months agoPackWriterBitmapPreparer: Do not generate bitmaps for excessive branch tips. 70/1176570/8
jackdt@google.com [Wed, 7 Feb 2024 19:12:46 +0000 (19:12 +0000)]
PackWriterBitmapPreparer: Do not generate bitmaps for excessive branch tips.

In https://review.gerrithub.io/c/eclipse-jgit/jgit/+/1174407, I changed the bitmap selection algorithm to cap the number of branches included in the bitmap.

There was a bug in that change. When the selection algorithm iterates
over the commits in a branch B, it automatically includes a bitmap for
the tip of any other branch C that happens to be on B. So even though we never iterated over C, we would still index the tip commit of C.

Keep a list of the "excessive" branch tips and check that the commit is not in there before generating a bitmap. We only skip tips that would be selected as a result of being a tip.  If it would be selected for some other reason (e.g. it is one of the first 100 commits in master) then it is not skipped.

Change-Id: Ic8b4f82e816eac649a47c8918a41ed4ff0d877cd

9 months agoDon't use localized String during JVM shutdown 56/1176056/1
Matthias Sohn [Tue, 6 Feb 2024 09:23:37 +0000 (10:23 +0100)]
Don't use localized String during JVM shutdown

During shutdown the JGitText class may already be unloaded causing
NoClassDefFoundError.

Bug: jgit-17
Change-Id: I657b5a508efc8b3778be346d640f4e4d69abd5c5

9 months agoRawParseUtils.nextLfSkippingSplitLines: fulfil contract as stated 28/1176328/1
Thomas Wolf [Thu, 1 Feb 2024 18:24:15 +0000 (19:24 +0100)]
RawParseUtils.nextLfSkippingSplitLines: fulfil contract as stated

If there is no newline after the last header, the method is supposed to
return the buffer length, but it returned buffer.length - 1.

Change-Id: I9225d6a35a002244c246bc8781ceaf4369fb9a60

9 months ago[gpg] Refactor the GpgSignatureVerifier 27/1176327/1
Thomas Wolf [Thu, 1 Feb 2024 18:09:50 +0000 (19:09 +0100)]
[gpg] Refactor the GpgSignatureVerifier

Add a new method verify(GpgConfig, byte[], byte[]) and deprecate the
existing verify(byte[], byte[]). Some implementations of the interface
may need the GpgConfig.

Factor out extracting the raw armored signature from commits or tags
into an abstract AbstractGpgSignatureVerifier class so that different
implementations don't have to re-implement that bit. Call the new verify
method, passing along the GpgConfig.

This makes the GPG interfaces more versatile and facilitates
implementing an alternate GpgSignatureVerifier.

Change-Id: I9cf093caa9fdebede801d665f2591cd9b275e1fd

9 months agoRawParseUtils: utility method to get a header value 26/1176326/1
Thomas Wolf [Fri, 19 Jan 2024 16:37:43 +0000 (17:37 +0100)]
RawParseUtils: utility method to get a header value

The new method takes care of removing the leading blanks on continuation
lines in multi-line headers.

Change-Id: Id5a8063512a2abc3177c104d6ba8fa50d0dc6352

9 months agoImprove handling of NFS stale handle errors 25/1176125/1
Dariusz Luksza [Mon, 20 Nov 2023 11:53:19 +0000 (11:53 +0000)]
Improve handling of NFS stale handle errors

Mark packfile as invalid when NFS stale handle error occurs.

This should fix broken fetch operations when the repo is located on the
NFS system and is GC'ed on a separate system (or process). Which may
result in the index, pack or bitmap file being removed when they are
accessed from the fetch operation.

Bug: 573770
Signed-off-by: Dariusz Luksza <dariusz.luksza@gmail.com>
Change-Id: I70217bfb93bf7421ea2c1d74cbe4f15c76d9c098
(cherry picked from commit c701c01b49d92993f1c3df0a0e26a2dd68b8cec1)

9 months agoFix handling of missing pack index file 24/1176124/1
Dariusz Luksza [Mon, 20 Nov 2023 11:00:51 +0000 (11:00 +0000)]
Fix handling of missing pack index file

As demonstrated in
`UploadPackHandleDeletedPackFile.testV2IdxFileRemovedDuringUploadPack`
the fetch operation will fail when the pack index file is removed.

This is due to a wrapping of `FileNotFoundException` (which is a
subclass of `IOExeption`) in an `IOException` at PackIndex L#68. This
is then changing the behaviour of error handling in
`Pack.file.getBitmapIndex()` where the `FileNotFoundException` is
swallowed and allows the fetch process to continue. With FNFE being
wrapped in IOE, this blows up and breaks the fetch operation.

Simply rethrowing `FileNotFoundException` from `PackFile.open()` fixes
the broken fetch operation. This will also mark the whole pack as
invalid in the `IOException` handler in `Pack.idx()` method.

Change-Id: Ibe321aa1af21d26500e1cb2eb3464cc99a6dbc62
Signed-off-by: Dariusz Luksza <dariusz.luksza@gmail.com>
(cherry picked from commit e0910eda3ea1c474b4cf9b00ac698f739a982f8c)

9 months agoAdd tests for handling pack files removal during fetch 23/1176123/1
Dariusz Luksza [Fri, 17 Nov 2023 19:28:53 +0000 (19:28 +0000)]
Add tests for handling pack files removal during fetch

Although this could sound like a corner case, it really can occur out
there in the real world. Especially in the Gerrit world where the
repositories could be GC'ed on a separate process or system.

The `FileNotFoundException` seems to be handled correctly in
`PackFile#doOpen` (line 671) and it will mark the pack as invalid. But
triggering that code path was not an easy task.

First of all, we need to add a new commit to the `master` branch of the
test repository after `UploadPack` object is created.

Secondly, in the refspec for fetch, commit id instead of "regular"
refspec must be used.

With both in place, we can see a warning log statement about deleted
pack file. And the fetch succeeds!

Also, tests for the removal of *.idx and *.bitmap files were added.

This unveiled a corner for the *.idx file deletion while fetching, as
the test will fail with "Unreachable pack index" IOException only
when the HEAD commit is empty.

Change-Id: If26c83f9b12993d1ab7d6bad6bd863c29520b062
Signed-off-by: Dariusz Luksza <dariusz.luksza@gmail.com>
(cherry picked from commit ba5adc4ce6f234cb300b0f73a1efdba9bba1b5d8)

9 months agoRebaseCommand: fix stopping on root commit conflicts 94/1174394/2
Thomas Wolf [Wed, 10 Jan 2024 17:36:50 +0000 (18:36 +0100)]
RebaseCommand: fix stopping on root commit conflicts

If rebasing runs into a conflict when applying a root commit from an
independent branch, there is no parent commit. Write an empty patch
file in that case like C git does.

Bug: jgit-6
Change-Id: I315313673d2abf29639d7d96c958d599961ba276
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>
9 months agoImprove handling of NFS stale handle errors 53/205553/5
Dariusz Luksza [Mon, 20 Nov 2023 11:53:19 +0000 (11:53 +0000)]
Improve handling of NFS stale handle errors

Mark packfile as invalid when NFS stale handle error occurs.

This should fix broken fetch operations when the repo is located on the
NFS system and is GC'ed on a separate system (or process). Which may
result in the index, pack or bitmap file being removed when they are
accessed from the fetch operation.

Bug: 573770
Signed-off-by: Dariusz Luksza <dariusz.luksza@gmail.com>
Change-Id: I70217bfb93bf7421ea2c1d74cbe4f15c76d9c098

9 months agoFix handling of missing pack index file 52/205552/4
Dariusz Luksza [Mon, 20 Nov 2023 11:00:51 +0000 (11:00 +0000)]
Fix handling of missing pack index file

As demonstrated in
`UploadPackHandleDeletedPackFile.testV2IdxFileRemovedDuringUploadPack`
the fetch operation will fail when the pack index file is removed.

This is due to a wrapping of `FileNotFoundException` (which is a
subclass of `IOExeption`) in an `IOException` at PackIndex L#68. This
is then changing the behaviour of error handling in
`Pack.file.getBitmapIndex()` where the `FileNotFoundException` is
swallowed and allows the fetch process to continue. With FNFE being
wrapped in IOE, this blows up and breaks the fetch operation.

Simply rethrowing `FileNotFoundException` from `PackFile.open()` fixes
the broken fetch operation. This will also mark the whole pack as
invalid in the `IOException` handler in `Pack.idx()` method.

Change-Id: Ibe321aa1af21d26500e1cb2eb3464cc99a6dbc62
Signed-off-by: Dariusz Luksza <dariusz.luksza@gmail.com>
9 months agoCherryPick: add ability to customise cherry-picked commit message 14/1172614/7
Dmitrii Naumenko [Wed, 22 Nov 2023 18:11:17 +0000 (19:11 +0100)]
CherryPick: add ability to customise cherry-picked commit message

Originally I wanted to support a feature similar to `-x` options from
https://git-scm.com/docs/git-cherry-pick#_options.
The idea was to append original commit hash in this format:
```
my original commit message

(cherry picked from commit 75355897dc28e9975afed028c1a6d8c6b97b2a3c)
```
This can be useful information in some integrations.
I decided to make it in a more generic way
and pass custom `CherryPickCommitMessageProvider` implementation.
One of the two default implementations can append original commit hash

Change-Id: Id664e8438b0b76c5cb9b58113887eec04aa6f611

10 months agoRawParseUtils: Add missing @since tag for new API method 54/1176054/1
Matthias Sohn [Mon, 22 Jan 2024 21:43:31 +0000 (22:43 +0100)]
RawParseUtils: Add missing @since tag for new API method

This method was introduced in 8116f66b9c.

Change-Id: Ifd3341a03464a1d7164c176cf3a6cf83f45a2747

10 months agoSilence API warning for new constant 53/1176053/1
Matthias Sohn [Mon, 22 Jan 2024 21:40:52 +0000 (22:40 +0100)]
Silence API warning for new constant

and remove unused API problem filters.

Change-Id: Ia6f4fcc98b786e3e4b65f9e42cc60bbf6ca7c289

10 months ago[ssh] Bump Apache MINA sshd 2.11.0 -> 2.12.0 76/1174776/2
Thomas Wolf [Fri, 12 Jan 2024 20:23:47 +0000 (21:23 +0100)]
[ssh] Bump Apache MINA sshd 2.11.0 -> 2.12.0

This includes the upstream fix for CVE-2023-48795[1] ("strict KEX"
protocol extension mitigating the "Terrapin attack"[2]) in JGit.

[1] https://nvd.nist.gov/vuln/detail/CVE-2023-48795
[2] https://www.terrapin-attack.com/

Bug: jgit-16
Change-Id: Ie9aa5b903ea6795bd1511afea0bebdb537b56148
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>
10 months agoMerge branch 'stable-6.8' 07/1174607/1
Matthias Sohn [Sat, 20 Jan 2024 00:03:52 +0000 (01:03 +0100)]
Merge branch 'stable-6.8'

* stable-6.8:
  Introduce a PriorityQueue sorting RevCommits by commit timestamp
  Remove org.eclipse.jgit.benchmark/.factorypath
  Update jmh to 1.37 for org.eclipse.jgit.benchmark

Change-Id: Ifdd88eed34be3a1f4897b468392fd86bbc3f3a64

10 months agoMerge branch 'stable-6.7' into stable-6.8 06/1174606/1
Matthias Sohn [Fri, 19 Jan 2024 23:40:42 +0000 (00:40 +0100)]
Merge branch 'stable-6.7' into stable-6.8

* stable-6.7:
  Introduce a PriorityQueue sorting RevCommits by commit timestamp
  Remove org.eclipse.jgit.benchmark/.factorypath
  Update jmh to 1.37 for org.eclipse.jgit.benchmark

Change-Id: I5d49a9dc7da17b83243229d4d8d3b9ee0a063e65

10 months agoMerge branch 'stable-6.6' into stable-6.7 05/1174605/1
Matthias Sohn [Fri, 19 Jan 2024 23:18:25 +0000 (00:18 +0100)]
Merge branch 'stable-6.6' into stable-6.7

* stable-6.6:
  Introduce a PriorityQueue sorting RevCommits by commit timestamp
  Remove org.eclipse.jgit.benchmark/.factorypath
  Update jmh to 1.37 for org.eclipse.jgit.benchmark

Change-Id: I76ebca527e523f124bfe81c821169c790eddccb6

10 months agoIntroduce a PriorityQueue sorting RevCommits by commit timestamp 40/194140/36
Luca Milanesio [Mon, 13 Jun 2022 22:09:55 +0000 (23:09 +0100)]
Introduce a PriorityQueue sorting RevCommits by commit timestamp

The DateRevQueue uses a tailor-made algorithm to keep
RevCommits sorted by reversed commit timestamp, which has a O(n*n/2)
complexity and caused the explosion of the Git fetch times to
tens of seconds.

The standard Java PriorityQueue provides a O(n*log(n)) complexity
and scales much better with the increase of the number of
RevCommits.

Introduce a new implementation DateRevPriorityQueue of the DateRevQueue
based on PriorityQueue.

Enable usage of the new DateRevPriorityQueue implementation by setting
the system property REVWALK_USE_PRIORITY_QUEUE=true. By default the old
implementation DateRevQueue is used.

Benchmark results:
```
(numCommits)  (usePriorityQueue)  Mode  Cnt     Score Error  Units
           5                true  avgt   10    39,4 Â±   6,1  ns/op
           5               false  avgt   10    14,1 Â±   2,2  ns/op
          10                true  avgt   10    29,7 Â±   3,5  ns/op
          10               false  avgt   10    13,2 Â±   2,0  ns/op
          50                true  avgt   10    50,4 Â±   5,3  ns/op
          50               false  avgt   10    18,6 Â±   0,2  ns/op
         100                true  avgt   10    58,3 Â±   5,0  ns/op
         100               false  avgt   10    20,5 Â±   0,8  ns/op
         500                true  avgt   10    51,7 Â±   2,6  ns/op
         500               false  avgt   10    43,3 Â±   0,5  ns/op
        1000                true  avgt   10    49,2 Â±   2,4  ns/op
        1000               false  avgt   10    62,7 Â±   0,2  ns/op
        5000                true  avgt   10    48,8 Â±   1,5  ns/op
        5000               false  avgt   10   228,3 Â±   0,5  ns/op
       10000                true  avgt   10    44,2 Â±   0,9  ns/op
       10000               false  avgt   10   377,6 Â±   2,7  ns/op
       50000                true  avgt   10    50,3 Â±   1,6  ns/op
       50000               false  avgt   10   637,0 Â± 111,8  ns/op
      100000                true  avgt   10    61,8 Â±   4,4  ns/op
      100000               false  avgt   10   965,1 Â± 268,0  ns/op
      500000                true  avgt   10   127,2 Â±   7,9  ns/op
      500000               false  avgt   10  9610,2 Â± 184,8  ns/op
```

Memory allocation results:
```
Number of commits loaded: 850 000
Custom implementation: 378 245 120 Bytes
Priority queue implementation: 340 495 616 Bytes
```

Bug: 580137
Change-Id: I8b33df6e9ee88933098ecc81ce32bdb189715041
Signed-off-by: Luca Milanesio <luca.milanesio@gmail.com>
10 months agoRemove org.eclipse.jgit.benchmark/.factorypath 04/1174604/1
Matthias Sohn [Fri, 19 Jan 2024 00:27:07 +0000 (01:27 +0100)]
Remove org.eclipse.jgit.benchmark/.factorypath

it's outdated and seems to be unused.

Change-Id: I4ac0f6d6427ee9f76a59296e991e4e03b25bcf05

10 months agoUpdate jmh to 1.37 for org.eclipse.jgit.benchmark 03/1174603/2
Matthias Sohn [Thu, 18 Jan 2024 12:35:01 +0000 (13:35 +0100)]
Update jmh to 1.37 for org.eclipse.jgit.benchmark

and
- fix org.eclipse.jgit.benchmark/.classpath

Change-Id: I66f81228f17ede5732fa43aa693b4cfddb5a71f6

10 months agoAdd tests for handling pack files removal during fetch 46/205546/6
Dariusz Luksza [Fri, 17 Nov 2023 19:28:53 +0000 (19:28 +0000)]
Add tests for handling pack files removal during fetch

Although this could sound like a corner case, it really can occur out
there in the real world. Especially in the Gerrit world where the
repositories could be GC'ed on a separate process or system.

The `FileNotFoundException` seems to be handled correctly in
`PackFile#doOpen` (line 671) and it will mark the pack as invalid. But
triggering that code path was not an easy task.

First of all, we need to add a new commit to the `master` branch of the
test repository after `UploadPack` object is created.

Secondly, in the refspec for fetch, commit id instead of "regular"
refspec must be used.

With both in place, we can see a warning log statement about deleted
pack file. And the fetch succeeds!

Also, tests for the removal of *.idx and *.bitmap files were added.

This unveiled a corner for the *.idx file deletion while fetching, as
the test will fail with "Unreachable pack index" IOException only
when the HEAD commit is empty.

Change-Id: If26c83f9b12993d1ab7d6bad6bd863c29520b062
Signed-off-by: Dariusz Luksza <dariusz.luksza@gmail.com>
10 months agoMerge "Remove invalid/unnecessary Maven settings"
Matthias Sohn [Tue, 16 Jan 2024 22:14:04 +0000 (22:14 +0000)]
Merge "Remove invalid/unnecessary Maven settings"

10 months agoMerge "PackWriterBitmapPreparer: Set limit on excessive branch count"
Ivan Frade [Fri, 12 Jan 2024 23:40:21 +0000 (23:40 +0000)]
Merge "PackWriterBitmapPreparer: Set limit on excessive branch count"

10 months agoPackWriterBitmapPreparer: Set limit on excessive branch count 07/1174407/21
Jackson Toeniskoetter [Wed, 10 Jan 2024 21:34:48 +0000 (21:34 +0000)]
PackWriterBitmapPreparer: Set limit on excessive branch count

If there are too many branches then the bitmap
indexing selects only the tip commits of the least active
branches to reduce the amount of bitmaps to load on request.
This can still be a problem if the number of inactive branches
rival or exceed the total number of commits selected
for the active branches.

Limit the number of branches that receive only-tip bitmaps.
This reduces the memory pressure of loading all the bitmaps,
and allows us to model the size of the bitmap index without
considering the number of branches.

Bitmaps are generated for branches in order of most recent commit,
and follow these rules:

* The first {@code DEFAULT_BITMAP_EXCESSIVE_BRANCH_COUNT} most active
  branches have full bitmap coverage.
* The {@code DEFAULT_BITMAP_EXCESSIVE_BRANCH_COUNT} to {@code
  DEFAULT_BITMAP_EXCESSIVE_BRANCH_TIP_COUNT} most active branches have
  only the tip commit covered.
* The remaining branches have no bitmap coverage.

To prevent effecting existing repositories, the default value is set
at Integer.MAX_VALUE.

Change-Id: I7cc53c898cdc04953b95669be0b069543e10c6f8

10 months agoUpdate jna to 5.14.0 90/1173390/5
Matthias Sohn [Fri, 15 Dec 2023 23:23:47 +0000 (00:23 +0100)]
Update jna to 5.14.0

Change-Id: Ie60f618fabd1c35815a7fe2775b7fe059baba8b4

10 months agoMerge "DfsInserter/PackParser: keep min size for index in the inserter"
Ivan Frade [Thu, 11 Jan 2024 21:29:58 +0000 (21:29 +0000)]
Merge "DfsInserter/PackParser: keep min size for index in the inserter"

10 months agoDfsInserter/PackParser: keep min size for index in the inserter 19/1174419/3
Ivan Frade [Wed, 10 Jan 2024 23:36:24 +0000 (15:36 -0800)]
DfsInserter/PackParser: keep min size for index in the inserter

Both, inserter and packparser read the minimum size for the object
size index. The writing is invoked from both classes but done only by
the inserter.

Let the inserter read and handle the conf. Do this in the constructor
and allow override so some paths can hardcode a value.

Change-Id: I890cadd29678a53738761f4b0ab13020d6353f3e

10 months agoMerge branch 'stable-6.8' 12/1174312/1
Matthias Sohn [Wed, 10 Jan 2024 22:58:02 +0000 (23:58 +0100)]
Merge branch 'stable-6.8'

* stable-6.8:
  Silence API warnings
  Make sure ref to prune is in packed refs
  Checkout: better directory handling

Change-Id: Ief6e4d6cd3fcea327f28c32643b8323f5d0c6936

10 months agoMerge branch 'stable-6.7' into stable-6.8
Matthias Sohn [Wed, 10 Jan 2024 22:47:13 +0000 (23:47 +0100)]
Merge branch 'stable-6.7' into stable-6.8

* stable-6.7:
  Silence API warnings
  Make sure ref to prune is in packed refs
  Checkout: better directory handling

Change-Id: Ie8c433e14d025055aa6ce674d6d1220fe1354785

10 months agoMerge branch 'stable-6.6' into stable-6.7 10/1174310/1
Matthias Sohn [Wed, 10 Jan 2024 22:45:20 +0000 (23:45 +0100)]
Merge branch 'stable-6.6' into stable-6.7

* stable-6.6:
  Silence API warnings
  Make sure ref to prune is in packed refs
  Checkout: better directory handling

Change-Id: Id3b01c7a583d45b4e67e3f993006a5646f77a41d

10 months agoMerge branch 'stable-6.5' into stable-6.6 09/1174309/1
Matthias Sohn [Wed, 10 Jan 2024 22:44:46 +0000 (23:44 +0100)]
Merge branch 'stable-6.5' into stable-6.6

* stable-6.5:
  Checkout: better directory handling

Change-Id: I1712191514b8c1b9ea048974376a6765ff7970c7

10 months agoMerge branch 'stable-6.4' into stable-6.5 08/1174308/1
Matthias Sohn [Wed, 10 Jan 2024 22:44:17 +0000 (23:44 +0100)]
Merge branch 'stable-6.4' into stable-6.5

* stable-6.4:
  Checkout: better directory handling

Change-Id: I68e11fb06a354961f4146de51d326b69be5b69d3

10 months agoMerge branch 'stable-6.3' into stable-6.4 07/1174307/1
Matthias Sohn [Wed, 10 Jan 2024 22:43:50 +0000 (23:43 +0100)]
Merge branch 'stable-6.3' into stable-6.4

* stable-6.3:
  Checkout: better directory handling

Change-Id: Ie0fefa8afc07f638ee05a46d272db7b7b0f8d464

10 months agoMerge branch 'stable-6.2' into stable-6.3 06/1174306/1
Matthias Sohn [Wed, 10 Jan 2024 22:43:17 +0000 (23:43 +0100)]
Merge branch 'stable-6.2' into stable-6.3

* stable-6.2:
  Checkout: better directory handling

Change-Id: Id27612578f822cabc1a38ad1f8e859ae354045a9

10 months agoMerge branch 'stable-6.1' into stable-6.2 05/1174305/1
Matthias Sohn [Wed, 10 Jan 2024 22:42:47 +0000 (23:42 +0100)]
Merge branch 'stable-6.1' into stable-6.2

* stable-6.1:
  Checkout: better directory handling

Change-Id: I2f8e5410f4962d38bc6e822b5cda42df68aef32b

10 months agoMerge branch 'stable-6.0' into stable-6.1
Matthias Sohn [Wed, 10 Jan 2024 22:42:07 +0000 (23:42 +0100)]
Merge branch 'stable-6.0' into stable-6.1

* stable-6.0:
  Checkout: better directory handling

Change-Id: Ide9fb318b5fe413d73d73a19943c6dacdcf07f3d

10 months agoMerge branch 'stable-5.13' into stable-6.0 03/1174303/1
Matthias Sohn [Wed, 10 Jan 2024 19:56:19 +0000 (20:56 +0100)]
Merge branch 'stable-5.13' into stable-6.0

* stable-5.13:
  Checkout: better directory handling

Revert commit 170244d05977491271a1cc234583d2e5ba75145d
"Checkout: better directory handling" which is the downport of the
original fix Ie12864c54c9f901a2ccee7caddec73027f353111 which was done
on stable-6.6. Merging this up to stable-6.6 would be a lot of work and
these branches aren't maintained anymore hence revert this change here.
This way the fix is available on stable-5.13 for those who still need
Java 8 and everybody else should upgrade to 6.6.1 or higher.

Change-Id: Iffe50a5e62c6655814265d9cc6c5c2996baa1a31

10 months agoMerge "FooterLines: handle extraction from messages without headers"
Ivan Frade [Tue, 9 Jan 2024 17:41:58 +0000 (17:41 +0000)]
Merge "FooterLines: handle extraction from messages without headers"

10 months agoFooterLines: handle extraction from messages without headers 44/1173244/8
Nitzan Gur-Furman [Wed, 6 Dec 2023 13:47:27 +0000 (14:47 +0100)]
FooterLines: handle extraction from messages without headers

Prior to this change, long subjects of messages with no headers were
treated as headers, and therefore were skipped. In a message of the
form `<long subject>\n\n<footers>`, the footers would then get parsed
as a message, meaning no footers were returned.

After this change, the first lines are skipped only if they match any
of the known headers. The first line ofter the optional headers is then
assumed to be the subject line.

`FooterLineTest` had a few test cases for extracting footers from
messages with no headers. However, there were all with short messages,
so the "skip this line" logic in `RawParseUtils` was never triggered.
Added test case to catch this issue.

Change-Id: I971a1dddf1a9aea094360c3c8fc3b9a8b011bbf9
Issue: Google b/287891316

10 months agoSilence API warnings 02/1174302/1
Matthias Sohn [Mon, 8 Jan 2024 08:33:59 +0000 (09:33 +0100)]
Silence API warnings

Change-Id: I44084c45ed2c5e642021d1de4f37af769e4b317f

11 months agoRemove invalid/unnecessary Maven settings 31/1174031/1
Michael Keppler [Sat, 23 Dec 2023 19:31:11 +0000 (20:31 +0100)]
Remove invalid/unnecessary Maven settings

* Remove jgit.target POM and remove it from the module list. This was
only necessary when the target file had to be referenced as an artifact.
Meanwhile we reference it directly by its path, and can remove the Maven
build around it.

* Remove tycho configuration options that are no longer valid (resolved
was removed very early, probably before 1.0; includePackedArtifacts was
removed in 3.0). Also remove duplicate version specification.

Change-Id: Ifa69065dd73bf586b8359541375e065f5f60aa03

11 months agoUpdate maven plugins 46/1174046/1
Matthias Sohn [Fri, 22 Dec 2023 23:39:07 +0000 (00:39 +0100)]
Update maven plugins

- com.github.siom79.japicmp:japicmp-maven-plugin to 0.18.3
- com.github.spotbugs:spotbugs-maven-plugin to 4.8.2.0
- io.github.git-commit-id:git-commit-id-maven-plugin to 7.0.0
- org.apache.maven.plugins:maven-clean-plugin to 3.3.2
- org.apache.maven.plugins:maven-compiler-plugin to 3.12.0
- org.apache.maven.plugins:maven-dependency-plugin to 3.6.1
- org.apache.maven.plugins:maven-enforcer-plugin to 3.4.1
- org.apache.maven.plugins:maven-javadoc-plugin to 3.6.3
- org.apache.maven.plugins:maven-jxr-plugin to 3.3.1
- org.apache.maven.plugins:maven-pmd-plugin to 3.21.2
- org.apache.maven.plugins:maven-project-info-reports-plugin to 3.5.1
- org.apache.maven.plugins:maven-shade-plugin to 3.5.1
- org.apache.maven.plugins:maven-site-plugin to 4.0.0-M13
- org.apache.maven.plugins:maven-surefire-plugin to 3.2.3
- org.codehaus.mojo:build-helper-maven-plugin to 3.5.0
- org.cyclonedx:cyclonedx-maven-plugin to 2.7.10
- org.eclipse.cbi.maven.plugins:eclipse-jarsigner-plugin to 1.4.3
- org.jacoco:jacoco-maven-plugin to 0.8.11

Change-Id: Ie146085f567f0bcfe0124627939382fe5a764e6c

11 months agoUpdate org.eclipse.dash:license-tool-plugin to 1.1.0 45/1174045/1
Matthias Sohn [Fri, 22 Dec 2023 23:15:00 +0000 (00:15 +0100)]
Update org.eclipse.dash:license-tool-plugin to 1.1.0

Change-Id: I039e10fc6790d54c30cfd85a53c05604351996e0

11 months agoEnable using slf4j 2.x 85/1173385/7
Matthias Sohn [Sun, 10 Dec 2023 22:55:40 +0000 (23:55 +0100)]
Enable using slf4j 2.x

Eclipse platform moved to sfl4j 2.x. Hence relax version constraint so
that both 1.7 and 2.x are allowed.

Bug: egit-5
Change-Id: Ie0b00310d8f3f2553457c8668a38978a67b8febe

11 months agoUpdate Tycho to 4.0.4 86/1173386/4
Matthias Sohn [Sun, 10 Dec 2023 21:23:31 +0000 (22:23 +0100)]
Update Tycho to 4.0.4

Change-Id: I9d087b5a62ab3d474d894a2276572156c14dad4e

11 months agoUpdate mockito to 5.8.0 84/1173384/3
Matthias Sohn [Sat, 9 Dec 2023 23:08:09 +0000 (00:08 +0100)]
Update mockito to 5.8.0

Change-Id: I70d33b7af25fcb4754fb048dd9054eef7356f00c

11 months agoAdd 4.31 target platform and update orbit to 4.31 83/1173383/3
Matthias Sohn [Sat, 9 Dec 2023 22:58:25 +0000 (23:58 +0100)]
Add 4.31 target platform and update orbit to 4.31

and update bytebuddy to 1.14.10.

Change-Id: I145776a31d806f7e6dcc90263650109b3eb19067

11 months agoUpdate ecj to 3.36.0 82/1173382/3
Matthias Sohn [Sat, 9 Dec 2023 22:49:56 +0000 (23:49 +0100)]
Update ecj to 3.36.0

Change-Id: I803de19e8086239ebbae9877121946fdddfbaa89

11 months agoRenormalize line endings based on .gitattributes 51/1173051/3
Matthias Sohn [Fri, 24 Nov 2023 16:03:09 +0000 (17:03 +0100)]
Renormalize line endings based on .gitattributes

This fixes line endings of all text files to use LF in the repository.

Change-Id: I4df6fd7aaf9db9cdaa953a0d1062981b4612056c

11 months agoConfigure .gitattributes to manage line endings 50/1173050/3
Matthias Sohn [Fri, 24 Nov 2023 14:14:58 +0000 (15:14 +0100)]
Configure .gitattributes to manage line endings

Mark test resources as binary to prevent line ending normalization
Some of the test resources are used to test handling of line endings
in JGit.

Change-Id: Idd9ba604945797d1cd1f3af1a1987aee3188e1d6

11 months agoNormalize line endings to LF for all text files 49/1173049/3
Matthias Sohn [Fri, 24 Nov 2023 14:11:11 +0000 (15:11 +0100)]
Normalize line endings to LF for all text files

Change-Id: I69753494e4c7db4c0a8e6eca3b3e63d3ff561117

11 months agoMerge "Remove invalid spotbugs configuration"
Matthias Sohn [Fri, 22 Dec 2023 19:23:44 +0000 (19:23 +0000)]
Merge "Remove invalid spotbugs configuration"

11 months agoMerge "Fix PMD plugin configuration"
Matthias Sohn [Fri, 22 Dec 2023 19:21:33 +0000 (19:21 +0000)]
Merge "Fix PMD plugin configuration"

11 months agoBasePackFetchConnection: Skip object/ref lookups if local repo is empty 02/1173802/3
Dariusz Luksza [Mon, 18 Dec 2023 18:24:49 +0000 (18:24 +0000)]
BasePackFetchConnection: Skip object/ref lookups if local repo is empty

When cloning repository some of the operations in
`BasePackFetchConnection` can be skipped. We don't need to advertise
packs, compute "wanted time" or wanted refs to send. All of those
operations will try to read objects from an empty repository which
always results in a missing object.

This saves 99.9% of `LooseObjects.open()` calls which dramatically
speeds up object negotiation in V2 protocol.

In testing on JGit (v6.8.0.202311291450-r) repository, which contains
564 refs, the number of calls to `LooseObjects.open()` was reduced from
1187 to 1.

Skipping a call to `markRefsAdvertised()` initially reduced be above
number to 623. Then assuming "0" "want time" an on empty repository
pushed the calls down to 312. Finally, skipping objects reachability on
empty repository set calls down to 1.

The last call is performed from `FetchProcess.asForIsComplete()` which
probably needs to stay in place.

Bug: jgit-5
Change-Id: I2480690726ea54d3b1593380bc8f8d15b4d6afc6

11 months agoLooseObjects: Use File#exists when possible 37/1173737/2
Dariusz Luksza [Sun, 17 Dec 2023 16:43:56 +0000 (16:43 +0000)]
LooseObjects: Use File#exists when possible

When `trustFolderStat` flag is enabled we can use `File.exist()`
instead of rethrowing `FileNotFoundException`. This improves performance
of cloning and fetching.

A simple benchmark that generates a random `ObjectId` instance and then
tries to parse that object id, shows about 30% improvement with this
change.

The benchmark scenario was based on the stacktrace reported in jgit-5.
Where `RevWalk.parse()` call will eventually call `LooseObjects.open()`
and finally `LoseObjects.getOpenLoader()`.

Results on `master`:
  (packFiles)  Mode  Cnt        Score   Error  Units
           10  avgt    2      137.400          us/op
          100  avgt    2     1369.063          us/op
         1000  avgt    2    13730.759          us/op
        10000  avgt    2   137359.539          us/op
       100000  avgt    2  1382627.641          us/op

With this change:
  (packFiles)  Mode  Cnt        Score   Error  Units
           10  avgt    2       85.019          us/op
          100  avgt    2      868.748          us/op
         1000  avgt    2     8628.768          us/op
        10000  avgt    2    86877.505          us/op
       100000  avgt    2   863123.868          us/op

Issue: jgit-5
Change-Id: I366acf629873a5c7577a1032490faf57685f98dd

11 months agoRemove invalid spotbugs configuration 92/1173392/1
Michael Keppler [Sun, 17 Dec 2023 14:45:18 +0000 (15:45 +0100)]
Remove invalid spotbugs configuration

* findbugsXmlOutput was renamed to spotbugsXmlOutput long ago
* spotbugsXmlOutput has a default value of true and is deprecated,
therefore removing the entire line seems most reasonable

See https://spotbugs.github.io/spotbugs-maven-plugin/check-mojo.html#spotbugsXmlOutput

Change-Id: I83c0bbce1fb3622accb13978319b4313b0121655

11 months agoFix PMD plugin configuration 91/1173391/1
Michael Keppler [Sun, 17 Dec 2023 14:30:35 +0000 (15:30 +0100)]
Fix PMD plugin configuration

The configuration element has been renamed in release 3.18, see
https://github.com/apache/maven-pmd-plugin/releases/tag/maven-pmd-plugin-3.18.0

Change-Id: Ia6ec6992c4348d77d4b61f34190a57775cc30cec

11 months agoDfsReader: give subclasses visiblity over the pack bitmap index 78/1173678/5
Ivan Frade [Thu, 14 Dec 2023 17:25:06 +0000 (09:25 -0800)]
DfsReader: give subclasses visiblity over the pack bitmap index

Subclasses intercept many methods in DfsReader to capture metrics, but
they cannot record stats from PackBitmapIndex, as it is wrapped inside
a BitmapIndex.

Move the creation of the BitmapIndex to a protected method. Subclasses
can override it to e.g. read metrics from the index or set listeners to
the BitmapIndex.

Change-Id: I86c13b3ef88663d7faf59f2ec77df0a36b1627ed

11 months agoPackBitmapIndex/StoredBitmap: Expose size and counts 48/205448/6
Ivan Frade [Fri, 10 Nov 2023 20:05:51 +0000 (12:05 -0800)]
PackBitmapIndex/StoredBitmap: Expose size and counts

PackBitmapIndex holds a collection of StoredBitmaps. StoredBitmaps can
be either base bitmaps (ready) or an XOR over another bitmap. XOR
bitmaps are replaced with a resolved version on demand. Bitmaps
can use a significant amount of memory but we don't have detailed
visibility about it.

Add methods to PackBitmapIndex to know how many xor/bases we have and
their sizes.

Change-Id: I57aa80a1f07ddf9223eb34cfda85aab85529ea9c

11 months agoPackWriter/Statistics: Remove the bitmapt hit stats 03/1173603/1
Ivan Frade [Tue, 12 Dec 2023 21:31:03 +0000 (13:31 -0800)]
PackWriter/Statistics: Remove the bitmapt hit stats

The request uses bitmaps for reachability and to decide what to
pack. Setting the listener in the PackWriter only covers the second
case.

Remove the listener from the PackWriter. It makes more sense to set it
in the reader and at the moment the BitmapIndex only supports a single
listener.

This was introduced after the 6.8 tag, so it should be safe to remove.

Change-Id: Ib4c0a805c70e54b6a9e7f78ccdb8e0a465d238f1

11 months agoConfigure Github issue reporting 68/1173368/1
Thomas Wolf [Sun, 10 Dec 2023 16:02:10 +0000 (17:02 +0100)]
Configure Github issue reporting

Add two forms for bug reports and feature requests.

Change-Id: I8d80f2498741ba5bb88655d1e22798f99826fb7f

11 months agoMake sure ref to prune is in packed refs 31/1173231/9
Fabio Ponciroli [Wed, 6 Dec 2023 13:38:21 +0000 (14:38 +0100)]
Make sure ref to prune is in packed refs

RefDirectory:pack might raise an NPE when deleting loose
refs as final part of the RefDirectory.pack().

This is what the code does:
1) packed ref update: update the list of refs which will be
persisted in packed-refs
2) persit packed-refs: flush on file the refs computed in #1
3) prune loose refs: prune loose refs that have been packed in #2

The code correctly locks the packed-refs file during phases 1 to 3.
However, it makes the wrong assumption of considering
the loose refs set as immutable between phases 1 and 3.

The number and values of loose refs on the filesystem can mutate
at any time whilst the RefDirectory.pack() is in progress.
Assuming the contrary can lead to an NPE when retrieving refs
from the mutable loose refs list during phase #3.

Make sure that the ref is not null before dereferencing its
object-id value.

Bug: jgit-4
Change-Id: I2cd01f8a880f3c6561ad978a389ec2db45b6018b

11 months agoMerge "API filter for PackStatistics.objectsWithBitmapsFound"
Thomas Wolf [Wed, 6 Dec 2023 08:24:45 +0000 (08:24 +0000)]
Merge "API filter for PackStatistics.objectsWithBitmapsFound"

11 months agoFooterLine: Protect from ill-formed message 47/1173047/5
Kamil Musin [Tue, 5 Dec 2023 15:22:08 +0000 (16:22 +0100)]
FooterLine: Protect from ill-formed message

A raw commit message has some headers and then the actual
message. RawParseUtils.commitMessage returns the start position of the
actual message, or -1 when the message is not raw. FooterLine is not
handling this -1 and throws an IndexOutOfBounds exception.

Consider than msgB can be -1 when looking for the beginning of the
last paragraph.

FooterLine javadoc and parameter talk only about "raw" but previous
code accepted non-raw messages (used mostly in unit tests) so we need
to keep this behavior.

Change-Id: I4b88c507e210fdd200a85b01665c8524ab393b00

11 months agoMerge "Document option gc.writeCommitGraph"
Ivan Frade [Tue, 5 Dec 2023 18:39:19 +0000 (18:39 +0000)]
Merge "Document option gc.writeCommitGraph"

11 months agoAPI filter for PackStatistics.objectsWithBitmapsFound 76/1173176/1
Thomas Wolf [Tue, 5 Dec 2023 14:33:36 +0000 (15:33 +0100)]
API filter for PackStatistics.objectsWithBitmapsFound

The field was introduced in commit 5e563e1b.

Change-Id: Ic2f495e79319ac6044bcabf253b63b8b631eec84

11 months agoMerge "StartGenerator: Fix parent rewrite with non-default RevFilter"
Ivan Frade [Mon, 4 Dec 2023 23:38:57 +0000 (23:38 +0000)]
Merge "StartGenerator: Fix parent rewrite with non-default RevFilter"