Bump jetty version to 12.0.9 and servlet-api to 6.0

Bug: jgit-41
Change-Id: Ib3e42581db2dd88043a1a67d606795501b8019f4

Bump jetty version to 11.0.20

and switch servlet-api to use jakarta.servlet 5.0.

Change-Id: Ia0ae6efc11806389b7303bc985a08f7822c366f6

Update minimum Java version to 17

Bug: jgit-52
Change-Id: I27e85b3ab4c2e21c86d69d8707eeb9547d788287

Merge branch 'master' into next

* master:
  Bazel: Add support for JDK 21
  Bazel: Replace deprecated --experimental_strict_action_env option
  Fix warning about using raw type
  [errorprone] Fix pattern ModifiedButNotUsed
  [errorprone] Fix pattern CatchAndPrintStackTrace
  [errorprone] Fix pattern FutureReturnValueIgnored
  [errorprone] Fix pattern BadImport
  [errorprone] Fix pattern UseCorrectAssertInTests
  [errorprone] Fix pattern ProtectedMembersInFinalClass
  [errorprone] Fix pattern CatchFail
  [errorprone] Fix pattern see UnusedVariable
  [errorprone] Fix pattern LongLiteralLowerCaseSuffix
  [errorprone] Fix error pattern JdkObsolete
  [errorprone] Fix UnnecessaryParentheses errors
  Bazel: Update RBE docker image to Ubuntu 22.04 and JDK 17
  Bump Bazel version to 7.1.1
  PackIndex: Make #getOffset protected to allow out-of-package subclasses

Change-Id: I4ecde5e6a3cb9f122990893fa97f6d2a9978bcc4

Bazel: Add support for JDK 21

There are two failing tests when switching to JDK 21.

One failure is related to the changed behaviour related to the locale
providers. Adapt `GitDateFormatterTest` to changes in unicode [1].

Second failure related to changed behaviour in URL.openConnection(),
see: [2] for more details.

Before JDK 20, some of the parsing/validation performed by the JDK
built-in URLStreamHander implementations were delayed until
URL::openConnection or URLConnection::connect was called. Starting
JDK 20, some of these parsing/validations are now performed early,
i.e. within URL constructors.

IOW, the assumption made in HttpSupport.TesttestMalformedUri() isn't
met any more: providing mailformed URI to the URL ctor now throws an
exception starting with JDK 20. To rectify the problem, remove the
offending test.

Test plan:

To build with JDK 21 and run the tests locally:

  $> bazel test --config=java21 //...

To build with JDK 21 and run the tests on RBE:

  $> bazel test --config=remote21 --remote_instance_name=$PROJECT //...

[1] https://bugs.openjdk.org/browse/JDK-8304925
[2] https://bugs.openjdk.org/browse/JDK-8293590

Change-Id: I796de67f7945d5f1fa5e8146f4ec8cbe9ac7bd3e

Merge "Bazel: Replace deprecated --experimental_strict_action_env option"

Merge "PackIndex: Make #getOffset protected to allow out-of-package subclasses"

Bazel: Replace deprecated --experimental_strict_action_env option

In recent Bazel release the option was deprecated and replaced with:
--incompatible_strict_action_env option.

Hence this change is fixing this warning:

  WARNING: Option 'experimental_strict_action_env' is deprecated:
  Use --incompatible_strict_action_env instead

Change-Id: I49645b084c338d9c2bfff8ad20831bcf18de6b53

Fix warning about using raw type

This fixes the warning in UploadPackHandleDeletedPackFileTest. line 116:

"Type safety: The method register(Object, Repository) belongs to the raw
type TestProtocol. References to generic type TestProtocol<C> should be
parameterized."

Change-Id: I5a74269f1af7369dd397dd0f1c3cd807c0351367

[errorprone] Fix pattern ModifiedButNotUsed

See https://errorprone.info/bugpattern/ModifiedButNotUsed

Change-Id: I3bd3f865d50a26af6c594391de5adf35230c984f

[errorprone] Fix pattern CatchAndPrintStackTrace

See https://errorprone.info/bugpattern/CatchAndPrintStackTrace

Change-Id: I7a6698293d1485f384c275bf7e4dcddc529af4a1

[errorprone] Fix pattern FutureReturnValueIgnored

See https://errorprone.info/bugpattern/FutureReturnValueIgnored

Change-Id: I7225fd6388ce70ed5eea9e61b29bd10e1a927acb

[errorprone] Fix pattern BadImport

See https://errorprone.info/bugpattern/BadImport

Change-Id: I24e5a7a4a64d8b3cf2cc3d394090ce90e849f9f9

[errorprone] Fix pattern UseCorrectAssertInTests

See https://errorprone.info/bugpattern/UseCorrectAssertInTests

Change-Id: Iffde63ac795ad30c3e7774764cb8189cb089ed86

[errorprone] Fix pattern ProtectedMembersInFinalClass

See https://errorprone.info/bugpattern/ProtectedMembersInFinalClass

Change-Id: I5993093ca012f091dfe8ee1f2099b9596c2ee697

[errorprone] Fix pattern CatchFail

See https://errorprone.info/bugpattern/CatchFail

Change-Id: If1c637a420c4e669a5bdbe4abcefc5c3a2b3a43b

[errorprone] Fix pattern see UnusedVariable

See https://errorprone.info/bugpattern/UnusedVariable

Change-Id: I75d7602af31ed7d3264d2beab2d159cfbf29e7cb

[errorprone] Fix pattern LongLiteralLowerCaseSuffix

See https://errorprone.info/bugpattern/LongLiteralLowerCaseSuffix

Change-Id: I139eadef5d66dfed2952ba9e1c91b3fe83259e97

[errorprone] Fix error pattern JdkObsolete

See https://errorprone.info/bugpattern/JdkObsolete

Change-Id: Id105e2695eb64523bd217f507bf95f909bc6b348

[errorprone] Fix UnnecessaryParentheses errors

See https://errorprone.info/bugpattern/UnnecessaryParentheses

Change-Id: I783fd24286ec1bd55efbf21d05758465f4af87ee

Bazel: Update RBE docker image to Ubuntu 22.04 and JDK 17

In this change we update the JDK used in RBE to JDK 17.

Use Ubuntu 22.04 docker image with JDK 17 from Bazel project as the new
base image. So that we don't need to maintain our own docker image any
more.

Also align the naming convention for the docker images with the Bazel
project: <OS version>-<JDK version>, and remove "rbe"-prefix from the
docker image name, because the image doesn't have any RBE specifics and
could be used for Gerrit build and tests outside of the RBE pipeline.

Change-Id: I617354c79301ec6dd52161dd3727f646c2a8ac56

Bump Bazel version to 7.1.1

In Bazel 7.x release line, the bzlmod feature is activated per default,
so that we need to disable it. See this issue for more details: [1].

Test plan:

  $> bazel test //...

[1] https://github.com/bazelbuild/bazel/issues/18958

Change-Id: I2526d93020c5d82314a09206907ebeed6f1a1700

Merge branch 'master' into next

* master:
  ResolveMerger: Fix the issue with binary modify-modify conflicts
  Explain why RacyGitTests may be flaky in some environments
  PackBitmapIndexBuilder.StoredEntry: add getter for objectId
  PackBitmapIndex: clarify naming of getObject inputs
  Revert "[releng] Bump Bouncy Castle to 1.78"
  [releng] Bump Bouncy Castle to 1.78
  MergeAlgorithm: Fix diff3 conflict hunk computation
  [gpg] Remove obsolete import-package
  [gpg] Correct finding public keys from pubring.gpg
  [gpg] Fix reading ed25519 GPG keys
  PackBitmapIndexBuilder: make StoredEntry constructor public
  PackBitmapIndexBuilder: allow repeated call of getCompressedBitmaps()
  DfsPackFile: Make the loader classes used to construct bitmaps public.
  DfsPackFile: make public the constructor with bitmap loader
  PackWriter: writeBitmapIndex takes bitmap index writer
  Add more tests on rewriting parents in a RevWalk
  PackBitmapIndex: convert from class to interface
  Cache refreshed loose ref dirs in SnapshottingRefDirectory
  DfsGarbageCollectorTest: add test for bitmap index creation
  PackBitmapIndex: hide packChecksum behind getter
  TreeRevFilter: correct changedPathFilter usage for multi-paths inclusion
  PathFilterGroup: implement getPathsBestEffort()
  CleanupService: preload JgitText if not running in OSGi
  DfsPackFile: get commitGraph.readChangePaths from repo config
  CommitGraphLoader: receive readChangedPaths as parameter
  Add pull request template discouraging usage of pull requests
  Update CONTRIBUTING.md to point to GitHub issues
  FS_POSIX.runInShell(): on MacOS use a login shell
  [ssh] Implement the "Ciphers" SSH config
  ShutdownHook: run on bundle deactivation if in OSGi
  [diffmergetool] Fix running command on Cygwin
  [releng] Bump japicmp base version to 6.9.0.202403050737-r
  DfsBlockCache: move cache table specific implementations to a new class
  Prepare 6.10.0-SNAPSHOT builds
  Prepare 6.9.1-SNAPSHOT builds
  JGit v6.9.0.202403050737-r
  JGit v6.9.0.202403050045-r
  Prepare 6.9.0-SNAPSHOT builds
  Introduce core.trustLooseRefStat config
  JGit v6.9.0.202402281855-rc1
  Update SECURITY.md
  DfsObjDatabase: Let object database instantiate DfsPackFiles
  DfsPackFile: Abstract the bitmap loading to support other backends
  Remove unused API problem filters
  Support public key in IdentityFile
  Revert "StartGenerator: Fix parent rewrite with non-default RevFilter"
  Prepare 6.9.0-SNAPSHOT builds
  JGit v6.9.0.202402211805-m3
  DfsReader#getObjectSize: use size index if possible

Change-Id: Ibdde5be8c5c2b3938aeaa4f278020cadcaad36a3

PackIndex: Make #getOffset protected to allow out-of-package subclasses

PackIndex#getOffset is abstract and package-private, limiting
subclasses to the same package. Given than the class and all other
relevant methods are public, this looks like an oversight and it
should be ok to write subclasses in other packages.

Make the method protected, allowing to write PackIndex subclasses in
other packages.

Change-Id: I7d3762b0a6c0681c29bd827bbaf094f1ee4583d2

ResolveMerger: Fix the issue with binary modify-modify conflicts

1) If the file was marked as binary by git attributes, we should add the
path to conflicts if content differs in OURS and THEIRS
2) If the path is a file in OURS, THEIRS and BASE and if it is a binary
in any one of them, no content merge should be attempted and the file
content is kept as is in the work tree

Bug: jgit-14
Change-Id: I9201bdc53a55f8f40adade4b6a36ee8ae25f4db8

Explain why RacyGitTests may be flaky in some environments

Change-Id: I5bbd04754f5f29299a7b9a58a3717e3f615199d0

Merge "PackBitmapIndexBuilder.StoredEntry: add getter for objectId"

Merge "PackBitmapIndex: clarify naming of getObject inputs"

PackBitmapIndexBuilder.StoredEntry: add getter for objectId

If you only have access to the PackBitmapIndexBuilder there is no way to
get the ObjectId from a StoredEntry instance without also having access
to a reverse pack index. The StoredEntry can provide the idxPosition,
but the PackBitmapIndexBuilder's getObject method requires a
ridxPosition in order to find an ObjectId.

Providing an ObjectId from the StoredEntry gives this information
directly and also allows a caller to get the ridxPosition if desired by
calling PackBitmapIndexBuilder.findPosition(objectId) without needing
an index object.

This closes the operations of the PackBitmapIndexBuilder such that any
method can be called by using information provided by the other methods.

Change-Id: I5a11479b9635cd6b5e7aaff2f862cd41069ac469

PackBitmapIndex: clarify naming of getObject inputs

The documentation for the getObject function seems to be a little
outdated. This commit clarifies that this function accepts an offset
based on the ordering of objects in the pack.

Change-Id: Icffaf4fb72155c415f5fd248e721cab87a1a083e

Merge "Add more tests on rewriting parents in a RevWalk"

Revert "[releng] Bump Bouncy Castle to 1.78"

This reverts commit 718d121bb38860e66f6e34a4045aa6d5d9490e8a.

Bouncy Castle 1.78 has broken OSGi metadata: the package imports in
MANIFEST.MF are missing. See also [1] and [2].

[1] https://github.com/bcgit/bc-java/issues/1621
[2] https://github.com/eclipse-platform/eclipse.platform.releng.aggregator/pull/1968#issuecomment-2048151288

Change-Id: Iedec921215dabe0b63fb0dd7f6a4b28c18f854a0
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

[releng] Bump Bouncy Castle to 1.78

Update version in pom.xml; update target platforms; update bazel
workspace.

Also update the p2 repository; the Bouncy Castle bundle symbolic names
have changed from plain "bc*" to "bc*-jdk18on".

Change-Id: I07a5709c791f644d2247c76404a36ba7d0625a1c
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

Merge changes Ib7e3e562,I9d1f641c,Ia50445b8

* changes:
  [gpg] Remove obsolete import-package
  [gpg] Correct finding public keys from pubring.gpg
  [gpg] Fix reading ed25519 GPG keys

Merge "MergeAlgorithm: Fix diff3 conflict hunk computation"

MergeAlgorithm: Fix diff3 conflict hunk computation

Closes https://github.com/eclipse-jgit/jgit/issues/38.

The previous code computed the boundaries of the base part of
conflict hunks using line numbers computed for the 'ours' and
'theirs' revisions, leading to incorrect boundaries.

This only affects the presentation of merge conflicts in diff3
mode (which is probably not used a lot yet on Gerrit).
Successful merges are unaffected.

Change-Id: I173c79bf5797896dc854791d6d05cb3f035726f4
Signed-off-by: Antonin Delpeuch <antonin@delpeuch.eu>

[gpg] Remove obsolete import-package

Bug: jgit-46
Change-Id: Ib7e3e562ca7ef9a30dfb7a1198f729bb389a5208
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

[gpg] Correct finding public keys from pubring.gpg

With a master key not enabled for signing, and a signing sub-key, key
lookup went wrong in several ways and might not find a suitable key for
signing or for signature verification. Fix the code so that it finds
the sub-key, even if user.signingKey is specified not with a key ID but
with an with an e-mail. (Sub-keys don't have user ids, those are
attached only on the master key.)

Change-Id: I9d1f641c49b173d4daffb3fd2e74f5aabd856e39
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

[gpg] Fix reading ed25519 GPG keys

The S-expression parser from Bouncy Castle parsed such keys wrongly;
there is a "flags" sub-list before the "q" value. Additionally, the
parser validates the key read against the given public key, this failed
because Bouncy Castle does not know the OID of curve name "Ed25519".

Fix this and add a test for reading an ed25519 GPG key.

Bug: jgit-27
Change-Id: Ia50445b88759927d2e80b9871d498fbe5ad201bc
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

PackBitmapIndexBuilder: make StoredEntry constructor public

This POD data structure can be used externally

Change-Id: I464c45b93d0a56deaadbfe31df57a87e1054741c

Merge "PackBitmapIndexBuilder: allow repeated call of getCompressedBitmaps()"

PackBitmapIndexBuilder: allow repeated call of getCompressedBitmaps()

Each call of the current implementation of
PackBitmapIndexBuilder.getCompressedBitmaps reverses the class member that is returned. So two subsequent calls of this function will
receive reversed structures.

Instead we should just reverse a copy of the structure. This way the
PackBitmapIndexBuilder can continue to efficiently accept new bitmaps
via processBitmapForWrite (because we can continue to add to the back of
the bitmapsToWrite ArrayList) while ensuring that the bitmaps are
returned in the correct ordering from getCompressedBitmaps.

Change-Id: If7364222b9e62920c0c2c06894716fe85dd13315

DfsPackFile: Make the loader classes used to construct bitmaps public.

This is necessary to swap out implementations of the PackBitmapIndex
with custom implementations.

Change-Id: Ia6f951bbc901446c255fa2902fab05d7ed974111

DfsPackFile: make public the constructor with bitmap loader

The constructor with the bitmap loader as a parameter is supposed to
be used from subclasses in the ObjectDatabase, but those subclasses
cannot see it with its current package-private visibility.

Make it public, so it can be used as intended.

Change-Id: I4afca3d2a13c4a41a766d08c5aa54bde352915a6

PackWriter: writeBitmapIndex takes bitmap index writer

PackWriter.writeBitmapIndex now takes an interface which will perform
the writing of the bitmap index to an arbitrary backing storage.

Change-Id: Icba89321d56f7b652bbcbfcd5ed3ec74999cb8c4

Add more tests on rewriting parents in a RevWalk

Change I4e4ff67fb279edbcc3461496b132cea774fb742f introduced new
behaviour that also rewrote parents in a RevWalk if no TreeFilter was
set. This led to unexpected behaviour when users were fetching from
chromium.googlesource.com. I added a few more tests to better describe
the behaviour of RevWalk in regards to rewriting parents.

Change-Id: I1a5e5f8a1de9d8dd0e3664918ac010644b3ef87b
Signed-off-by: Max Haslbeck <haslbeck@google.com>

PackBitmapIndex: convert from class to interface

This abstract class can be an interface after
https://review.gerrithub.io/c/eclipse-jgit/jgit/+/1184614 moved the
packChecksum data behind a getter interface. This also allows easier
overriding of this interface with custom types.

Change-Id: I89851de678e7ff896cc086455907e2898d2eecf6

Merge "DfsGarbageCollectorTest: add test for bitmap index creation"

Merge "PackBitmapIndex: hide packChecksum behind getter"

Merge "Cache refreshed loose ref dirs in SnapshottingRefDirectory"

Merge "TreeRevFilter: correct changedPathFilter usage for multi-paths inclusion"

Cache refreshed loose ref dirs in SnapshottingRefDirectory

Update SnapshottingRefDirectory to have a cache of dirs refreshed for
loose refs. This should help improve performance when 'after_open'
setting is used for 'trustLooseRefStat' as duplicate refreshes are
avoided when a snapshot of the ref database is used in a request scope.

Change-Id: I8f66e7cee572e477d29abe2d9db69e97bca3ee4c
Signed-off-by: Nasser Grainawi <quic_nasserg@quicinc.com>
Co-authored-by: Martin Fick <quic_mfick@quicinc.com>
Co-authored-by: Kaushik Lingarkar <quic_kaushikl@quicinc.com>

DfsGarbageCollectorTest: add test for bitmap index creation

Change-Id: Ibb9b2f8fc0f5180728904f243bf372f8a233383d

PackBitmapIndex: hide packChecksum behind getter

This allows more flexibility in overriding the PackBitmapIndex and also
allows us to turn PackBitmapIndex into an interface in
https://review.gerrithub.io/c/eclipse-jgit/jgit/+/1178201.

Change-Id: I3be611fad67ff38b308c0052a04149f1497858ae

Merge "CleanupService: preload JgitText if not running in OSGi"

TreeRevFilter: correct changedPathFilter usage for multi-paths inclusion

The expected behavior of TreeRevFilter when filtering multiple file
paths is to include commits that changed at least one of the given
paths; only skipping them if they did not change any of the given
paths. The current changedPathFilter utilization logic is skipping a
commit if there exists at least one given path that the commit did not
change, disregarding the rest of the given paths.

Enforcing all given paths to be checked by the changedPathFilter, only
skipping a commit if changedPathFilter return negative on all given
paths.

Signed-off-by: Xing Huang <xingkhuang@google.com>
Change-Id: Ib7a9e496b37ec737722fbf33c5d0f05d5d910a8d

PathFilterGroup: implement getPathsBestEffort()

getPathsBestEffort() is a method in the TreeFilter class
to retrieve file paths specified by the caller. PathFilterGroup do not
propagate the paths of their subfilters as it does not implement the
getPathsBestEffort() method, resulting in the caller only getting an
empty list of paths.

Override getPathsBestEffort() in PathFilterGroup to propagate subfilter
values.

Signed-off-by: Xing Huang <xingkhuang@google.com>
Change-Id: I76bf08795360abc0874a7c258636d4f37da35060

CleanupService: preload JgitText if not running in OSGi

Load class JGitText eagerly when ShutdownHook is used. If not running
in an OSGi framework, the hook executes as a JVM shutdown hook. Normally
classloading in a shutdown hook should not be a problem, but there are
some other frameworks besides OSGi that may close classloaders before
such a JVM shutdown hook runs, for instance Plexus classworlds used in
maven.

This is not a full fix for classloading problems in JGit shutdown hooks.
If a listener causes additional classes to be loaded, there may still
be problems. But the current listeners registered with ShutdownHook all
appear to use only classes that should already be loaded; except
JGitText.

Bug: jgit-36
Change-Id: Iab00134b4720adb19e1394c38ad79f1c43c3466b
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

DfsPackFile: get commitGraph.readChangePaths from repo config

By default, CommitGraphLoader reads the readChangedPaths flag from
SystemReader ignoring the values set at repo-level.

Read the value of the property from the repo configuration and pass it
to CommitGraphLoader.

Signed-off-by: Xing Huang <xingkhuang@google.com>
Change-Id: I34c807714c5a7573769ba9d611457aa107006244

Merge "CommitGraphLoader: receive readChangedPaths as parameter"

CommitGraphLoader: receive readChangedPaths as parameter

commitGraph.readChangedPaths controls the read of bloom filter
chunks from commit graph. CommitGraphLoader uses SystemReader
to read this conf, so it only sees its value when it is set in
$XDG_CONFIG_HOME/jgit/config (and not, for example, in the repo
config).

Pass the readChangedPaths value to the method that reads the commit
graph. Callers should read the value from the right configuration.

This change is a noop, but allows to move callers to the new method
progressively. Follow up changes will remove the previous method and
its usages.

Signed-off-by: Xing Huang <xingkhuang@google.com>
Change-Id: If10c9b758fbe0498c7bd1e6ac1cda8869682f16d

Merge "Add pull request template discouraging usage of pull requests"

Add pull request template discouraging usage of pull requests

since we use Gerrit for code review.

Change-Id: I2eeea82452d678564e17e3db9bd6ca7ef4ae4cc2

Update CONTRIBUTING.md to point to GitHub issues

With a link to older bugs in Bugzilla.
I have no idea if this is an accurate description of the situation,
it's all guesswork on my part.

Signed-off-by: Antonin Delpeuch <antonin@delpeuch.eu>
Change-Id: I019689115a744daf588a86b44e998d2dfe03d4b5

Merge "ShutdownHook: run on bundle deactivation if in OSGi"

FS_POSIX.runInShell(): on MacOS use a login shell

On Mac, $PATH for UI programs is not the same as in a shell (terminal).
It is typically much shorter. This may lead to surprises when hooks that
work fine via the command-line git do not work when run via JGit in a UI
application, such as EGit in Eclipse.

Therefore use a login shell to run hooks and other commands spawned by
git if we're on MacOS. This will give the hooks the same environment as
in a terminal.

Bug: egit-16
Change-Id: Id2e5485c6d3080d3ef8baa61ad7f6f198f77c590
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

[ssh] Implement the "Ciphers" SSH config

Upstream will remove the CBC algorithms aes128-cbc, aes192-cbc, and
aes256-cbc from the server's KEX proposal in the next release. Removal
of these algorithms by default in the client is planned for the release
after that. These CBC algorithms were found vulnerable back in 2008,[1]
and OpenSSH does not propose them: server-side since 2014, client-side
since 2017.

It is _highly_ unlikely that the removal of these algorithms by default
would affect any JGit user. Nevertheless, let's give users a way to
explicitly specify ciphers (including enabling deprecated algorithms)
via their ~/.ssh/config file.

[1] https://www.kb.cert.org/vuls/id/958563

Change-Id: I7444861df3a7f526277fef2485773a20ac74ae8a
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

ShutdownHook: run on bundle deactivation if in OSGi

Running as a JVM shutdown hook is far too late in an OSGi framework; by
the time the JVM shuts down, the OSGi framework will normally already
have deactivated and unloaded bundles, and thus the JGit cleanup code
may try to work with unloaded classes for which there will be no
classloader anymore.

When JGit is used in an OSGi framework, the cleanups must run on bundle
deactivation, not on JVM shut down.

Add a declarative OSGi service CleanupService. This is a normal Java
class that has no dependencies on any OSGi bundle or interface, but
that is declared in the MANIFEST.MF and in an OSGi Service XML as an
OSGi immediate component. Set the bundle activation policy to "lazy".
(A declarative service is used instead of a bundle activator because the
latter would need to implement the OSGi interface BundleActivator, but
JGit should not have dependencies on OSGi.)

When JGit runs in an OSGi framework, the framework will create an
instance of CleanupService through the no-args constructor when (and
before) the first class from this bundle is loaded. This instance thus
knows that it is operating in OSGi, and will run the ShutdownHook when
the bundle is deactivated: bundle deactivation will deactivate the
CleanupService instance.

When JGit does not run in an OSGi framework, the OSGi service
declaration will be ignored, and there will be no already existing
CleanupService instance. We create one lazily, which thus knows that
it is not operating in OSGi, and which will use a JVM shutdown hook to
run the ShutdownHook.

This also reverts commit e6d83d61eade6dee223757d149a4df9650752a55.

Bug: jgit-36
Change-Id: I9c621b0707453c087f638974312ea1bf8ec30c31
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

[diffmergetool] Fix running command on Cygwin

Because FS_Win32_Cygwin is a subclass of FS_Win32 the "instanceof" test
for Cygwin must come first.

Bug: jgit-34
Change-Id: If0cc0fa77e7aa0ce680289cecf808bc8859911a1
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

[releng] Bump japicmp base version to 6.9.0.202403050737-r

Change-Id: I6008ef632e6cd88d337ac5b888b52a4b1d3ca85f
Signed-off-by: Thomas Wolf <twolf@apache.org>

DfsBlockCache: move cache table specific implementations to a new class

This move of the cache table specific implementation to its own class
and extracting the method definition to an interface will allow for
additional reworking of the dfs block cache with the goal of letting
users implement their own context specific cache tables.

This work does not intend to change how the dfs block cache is accessed,
limiting the change to DfsBlockCache internal changes only.

Change-Id: Ief6755d1dcf54b4f73f9fe8d22ccb9e2952cb0c4
Signed-off-by: Laura Hamelin <haowl@google.com>

Prepare 6.10.0-SNAPSHOT builds

Change-Id: Ie728ef9a7d3c6430a5da30f6a61afd2176015748

Merge branch 'stable-6.9'

* stable-6.9:
  Prepare 6.9.1-SNAPSHOT builds
  JGit v6.9.0.202403050737-r
  JGit v6.9.0.202403050045-r
  Prepare 6.9.0-SNAPSHOT builds
  JGit v6.9.0.202402281855-rc1
  Prepare 6.9.0-SNAPSHOT builds
  JGit v6.9.0.202402211805-m3

Change-Id: I08175c3bced7f94507a4def8fbf58c7d570e353c

Prepare 6.9.1-SNAPSHOT builds

Change-Id: I10f901209be2faa34ebb9355c86c2106bac38ba5

JGit v6.9.0.202403050737-r

Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>
Change-Id: I70494c0c69ac549dea9b4cf7c5b25e94c1b4b250

JGit v6.9.0.202403050045-r

Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>
Change-Id: I4c7a6542ad4252c5a9499e69f68650d2026bde40

Merge branch 'master' into stable-6.9

* master:
  Introduce core.trustLooseRefStat config

Change-Id: I373138c4334d94b3e1e4335ee555b68f907d4c89

Prepare 6.9.0-SNAPSHOT builds

Change-Id: Ifadeead735c8772e58dd4e5c7381b44c5221a295

Introduce core.trustLooseRefStat config

With repositories on NFS, JGit can read an old value of a loose ref
or miss the existence of a loose ref if file attributes of the loose
ref or its parent directories are cached by NFS. Introduce a new config
'core.trustLooseRefStat' that will optionally refresh file attributes of
the loose ref (at least on some NFS clients).

Possible values for this new config are:

* always: Trust loose ref file attributes (default)
* after_open: Similar to 'always', but refresh the file attributes of
              the loose ref and its parent directories before trusting
              it

The default is set to always trust the file attributes as after_open is
known to degrade performance.

In a subsequent change, SnapshottingRefDirectory will be updated to
cache the directories that were refreshed to avoid duplicate work and
thereby improve performance to some extent for the after_open setting.

Change-Id: I9dfaeaf5307b2b51ce6ee4bfd9e0678786685fcf
Signed-off-by: Kaushik Lingarkar <quic_kaushikl@quicinc.com>

JGit v6.9.0.202402281855-rc1

Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>
Change-Id: I23d489ccdc257a8c25da4b90dc51d4a8951d320c

Merge branch 'master' into stable-6.9

* master:
  Update SECURITY.md
  DfsObjDatabase: Let object database instantiate DfsPackFiles
  DfsPackFile: Abstract the bitmap loading to support other backends
  Remove unused API problem filters
  Support public key in IdentityFile
  Revert "StartGenerator: Fix parent rewrite with non-default RevFilter"
  DfsReader#getObjectSize: use size index if possible

Change-Id: I60244aec1e44fe5b757a9b7ccb320697e0dc9b29

Merge "Update SECURITY.md"

Update SECURITY.md

Use the text of the general Eclipse Vulnerability Reporting page at
https://www.eclipse.org/security.

Bug: jgit-31
Change-Id: I07dcf83199956e0173f958356661ade33252dab4

DfsObjDatabase: Let object database instantiate DfsPackFiles

DfsPackfile used to have only one constructor and it is invoked from 3
locations. Now we can construct DfsPackFiles with different bitmap
loaders, so it is helpful to concentrate the instantiation in one location.

Create DfsPackFile instances in the object database. This let
subclasses choose how to initialize those instances.

Change-Id: Ibb2ad86865154b6e7f0d5d26e8f533e0b5586246

DfsPackFile: Abstract the bitmap loading to support other backends

Current code reads the bitmap index from the pack extension and loads
all bitmaps into memory, with its IO and memory cost. We could
consider to store the bitmaps on e.g. a database and load them on
demand.

Abstract the loading of the PackBitmapIndex in an interface that can
be implemented with other backends.

Change-Id: Ib5f64d05954708ea5325feea7088a8df229b36a5

Remove unused API problem filters

Change-Id: I0d81fda5edde5348e765eebc39bd9293fba51e91

Merge "Support public key in IdentityFile"

Merge "DfsReader#getObjectSize: use size index if possible"

Support public key in IdentityFile

Public keys in the SSH configuration's "IdentityFile" are used for
example by Password Managers like KeePassXC
(https://keepassxc.org/docs/#faq-ssh-agent-auth-errors) or 1Password
(https://developer.1password.com/docs/ssh/agent/advanced/#match-key-with-host)
to match keys in the SSH agent with specific hosts.

Bug: jgit-25
Change-Id: I33d47057d9dd54d3d08ba5bb17f730435ac93dac

Merge "Revert "StartGenerator: Fix parent rewrite with non-default RevFilter""

Revert "StartGenerator: Fix parent rewrite with non-default RevFilter"

This reverts commit db5ce6b5c24408ae27eb6fa0b6289d51b129baeb.

Reason to revert: This change utilizes the RewriteGenerator even in
absence of a path, making the walk lengthy.

Change-Id: I5ffa6e8fead328191348c1e46828bf8c75ae1e42

Prepare 6.9.0-SNAPSHOT builds

Change-Id: I11f4871bfdf6c6c0de5d5ed577edf16bac8cf681

JGit v6.9.0.202402211805-m3

Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>
Change-Id: Id2f3934947d6d1e94feeb9e73ad7282ae089b682

Merge branch 'master' into next

* master:
  Delete org.eclipse.jgit.ssh.apache.agent/bin/.project
  Allow to discover bitmap on disk created after the packfile
  Update jetty to 10.0.20
  Update maven plugins
  Update org.assertj:assertj-core to 3.25.3
  Update org.mockito:mockito-core to 5.10.0
  Update org.apache.commons:commons-compress to 1.26.0
  Update byte-buddy to 1.14.12
  Add SystemReader.Delegate to reduce boiler-plate code needed to subclass
  storage.file: Do not throw NSFE when deleting tmp files
  FS.detectSymlinkSupport: fix a race
  RefDirectory: Do not unlock until after deleting loose ref
  Add missing javadoc description for declared exception
  SnapshottingRefDirectory: Invalidate snapshot after locking ref for update
  SnapshottingRefDir: Replace lambas with method refs
  SnapshottingRefDir: Reduce casts with overrides
  [errorprone] Fix wrong comparison which always evaluated to false
  [errorprone] Remove unnecessary comparison
  Errorprone EscapedEntity: Do not use HTML entities inside @code javadoc
  ChangedPathFilter: Suppress warning about backing array (errorprone)
  PackWriterBitmapPreparer: Do not generate bitmaps for excessive branch tips.
  Don't use localized String during JVM shutdown
  RawParseUtils.nextLfSkippingSplitLines: fulfil contract as stated
  [gpg] Refactor the GpgSignatureVerifier
  RawParseUtils: utility method to get a header value
  Improve handling of NFS stale handle errors
  Fix handling of missing pack index file
  Add tests for handling pack files removal during fetch
  RebaseCommand: fix stopping on root commit conflicts
  Improve handling of NFS stale handle errors
  Fix handling of missing pack index file
  CherryPick: add ability to customise cherry-picked commit message
  RawParseUtils: Add missing @since tag for new API method
  Silence API warning for new constant
  [ssh] Bump Apache MINA sshd 2.11.0 -> 2.12.0
  Introduce a PriorityQueue sorting RevCommits by commit timestamp
  Remove org.eclipse.jgit.benchmark/.factorypath
  Update jmh to 1.37 for org.eclipse.jgit.benchmark
  Add tests for handling pack files removal during fetch
  PackWriterBitmapPreparer: Set limit on excessive branch count
  Update jna to 5.14.0
  DfsInserter/PackParser: keep min size for index in the inserter
  FooterLines: handle extraction from messages without headers
  Silence API warnings
  Remove invalid/unnecessary Maven settings
  Update maven plugins
  Update org.eclipse.dash:license-tool-plugin to 1.1.0
  Enable using slf4j 2.x
  Update Tycho to 4.0.4
  Update mockito to 5.8.0
  Add 4.31 target platform and update orbit to 4.31
  Update ecj to 3.36.0
  Renormalize line endings based on .gitattributes
  Configure .gitattributes to manage line endings
  Normalize line endings to LF for all text files
  BasePackFetchConnection: Skip object/ref lookups if local repo is empty
  LooseObjects: Use File#exists when possible
  Remove invalid spotbugs configuration
  Fix PMD plugin configuration
  DfsReader: give subclasses visiblity over the pack bitmap index
  PackBitmapIndex/StoredBitmap: Expose size and counts
  PackWriter/Statistics: Remove the bitmapt hit stats
  Configure Github issue reporting
  Make sure ref to prune is in packed refs
  FooterLine: Protect from ill-formed message
  API filter for PackStatistics.objectsWithBitmapsFound
  StartGenerator: Fix parent rewrite with non-default RevFilter
  Update MANIFEST.MF
  Document option gc.writeCommitGraph
  Bump last release version to 6.8.0.202311291450-r
  Prepare 6.9.0-SNAPSHOT builds
  BitmapWalkerTest: New test for the walker
  PackWriter: store the objects with bitmaps in the statistics
  FooterLine: First line cannot be a footer
  Reapply "Improve footer parsing to allow multiline footers."
  Revert "Improve footer parsing to allow multiline footers."
  Prepare 6.8.1-SNAPSHOT builds
  JGit v6.8.0.202311291450-r
  Rename method parameter to fix warning about hidden field
  Fix warnings about empty control flow statements
  BitmapIndexImpl: externalize error message
  Suppress not-externalized string warnings
  Silence API error for new method BitmapIndex#addBitmapLookupListener
  Update Orbit to orbit-aggregation/2023-12
  Adapt to type parameter added in commons-compress 1.25.0
  Improve footer parsing to allow multiline footers.
  Make the tests buildable by bazel test
  Prepare 6.8.0-SNAPSHOT builds
  JGit v6.8.0.202311212206-rc1
  BitmapIndex: Add interface to track bitmaps found (or not)
  BitmapWalker: Remove BitmapWalkListener
  Update repository URLs in CONTRIBUTING.md
  Fix typo in FileUtils.isStaleFileHandle() javadoc
  Fix branch ref exist check
  gpg.bc: Supress errorprone InsecureCryptoUsage
  Adjust javadoc to pass errorprone checks
  Update org.apache.commons:commons-compress to 1.25.0
  Fix annotation of deprecated constant CONFIG_KEY_STREAM_FILE_TRESHOLD
  BitmapWalkListener: Use plain interface with noop instance
  BitmapWalkListener: Add method and rename for commits
  Update bouncycastle to 1.77
  PatchApplier: wrap output's TemporaryBuffer with a CountingOutputStream
  BitmapWalker: announce walked objects via listener interface
  Prepare 6.8.0-SNAPSHOT builds
  Update jetty to 10.0.18
  SSH: bump org.apache.sshd to 2.11.0
  JGit v6.8.0.202311151710-m2
  Fix typo in constant name CONFIG_KEY_STREAM_FILE_TRESHOLD
  Simplify StringUtils#commonPrefix
  Optimize RefDirectory.getRefsByPrefix(String...)
  CommitGraphWriter: Remove unnecesary progress update call
  Use try-with-resource to ensure UploadPack is closed
  Fix hiding field warning
  Fix warning for empty code blocks
  Fix boxing warnings
  errorprone: remove unnecessary parentheses
  Update mockito to 5.7.0 and bytebuddy to 1.14.9
  Enable Maven reproducible builds
  Upgrade bazlets to the latest revision
  Revert "Optimise Git protocol v2 `ref-prefix` scanning"
  Document GIT_TRACE_PERFORMANCE to show timings
  config-options.md: fix sort order
  ComboBitset: Add Javadoc
  CommitGraphWriter: Add progress monitor to bloom filter computation
  CommitGraphWriter: Use ProgressMonitor from the OutputStream
  CommitGraphWriter: Unnest generation-number progress
  Optimise Git protocol v2 `ref-prefix` scanning
  UploadPackTest: Cover using wanted-refs as advertised set
  UploadPack: use want-refs as advertised set in fetch v2
  BasePackFetchConnection: Avoid full clone with useNegotiationTip
  Checkout: better directory handling
  .gitignore: ignore all Maven output directories `target/`
  benchmarks: use org.eclipse.jgit-parent as parent pom
  Generate SBOMs using cyclonedx maven plugin
  DfsPackFile: Do not attempt to read stream if pack doesn't have it
  PackObjectSizeIndexLoader: Log wrong bytes on exception
  Silence API warnings for API added in 5.13.3
  FileBasedConfig: in-process synchronization for load() and save()
  FileUtils.rename(): better retry handling
  FileBasedConfig: ensure correct snapshot if no file
  DeleteBranchCommand: update config only at the end
  Config.removeSection() telling whether it changed the config
  RebaseCommand: return correct status on stash apply conflicts
  Use net.i2p.crypto.eddsa 0.3.0 from new Orbit build
  PackConfig: fix @since tags
  Remove unused API problem filters
  Add support for git config repack.packKeptObjects
  Do not exclude objects in locked packs from bitmap processing
  [errorprone] Fix InconsistentCapitalization
  TestRepository: Add getInstant method
  Update orbit to orbit-aggregation/2023-12
  Prepare 6.8.0-SNAPSHOT builds
  JGit v6.8.0.202310031045-m1
  UploadPack: Delay freeing refs in sendPack()
  ByteBufferInputStream: add missing @since 6.8
  Fix log level for successful execution of ShutdownHook#notify to debug
  Eclipse features: update copyright year
  SSH agent: correct plug-in title
  Fix DefaultCharset bug pattern flagged by error prone
  Activate additional error prone checks
  WorkingTreeIterator: directly filter input stream
  [errorprone] Add missing javadoc summary
  [errorprone] Fix BadImport
  [errorprone] Prevent int expression may overflow
  [errorprone] Suppress ByteBufferBackingArray
  [errorprone] Suppress JavaLangClash to avoid breaking change
  [errorprone] Fix EqualsGetClass
  [errorprone] MockSystemReader: fix CatchAndPrintStackTrace
  [errorprone] MetaFilter: fix IdentityHashMapUsage
  [errorprone] InternalFetchConnection: Suppress CatchAndPrintStackTrace
  [errorprone] Don't swallow exception
  [errorprone] Fix inconsistent capitalization
  [errorprone] PageRef#isStringRef: suppress UnusedMethod
  [errorprone] FileReftableStack: fix EqualsUnsafeCast
  [errorprone] Suppress MissingSummary for translation bundles
  [errorprone] CommandLineMergeTool: Remove unused constuctor
  [errorprone] SimilarityRenameDetector: suppress IntLongMath
  Add comment why protocol list uses WeakReference
  [errorprone] Transport: Suppress ModifyCollectionInEnhancedForLoop
  [errorprone] Rename method parameter to silence InvalidParam
  [errorprone] MyersDiff#main: fix CatchAndPrintStackTrace
  [errorprone] TagCommand: Remove unused parameter of private method
  [errorprone] PathFilter#getPathsBestEffort: fix ArrayAsKeyOfSetOrMap
  [errorprone] DirCacheEntry: suppress JavaInstantGetSecondsGetNano
  [errorprone] Directly implement functional interface
  [errorprone] InterruptTimer#terminate: ensure Thread#join succeeds
  [errorprone] RawParseUtils@parseHexInt64: suppress IntLongMath
  [errorprone] Exceptions should not override #toString
  [errorprone] Fix invalid param in javadoc
  [errorprone] FS#searchPath: handle surprising behavior of String#split
  [errorprone] FileStoreAttributes#FUTURE_RUNNER: Fix corePoolSize
  [errorprone] Express duration using seconds which is clearer
  [errorprone] Use ArrayList instead of LinkedList
  [errorprone] AddCommand#filepattern: use a more specific type
  [errorprone] Suppress UnnecessaryParentheses
  [errorprone] Remove unnecessary parentheses
  tools/BUILD: Sort errorprone rules alphabetically
  Update jetty to 10.0.16
  Update bazel to 6.3.2
  DfsPackFile: remove unnecessary @SuppressWarnings("boxing")
  CommitGraphWriter: Remove unnecessary semicolon
  CommitGraphWriter: fix boxing warnings
  CommitGraphWriter#createCoreChunks: Remove not-thrown exceptions
  CommitGraphWriter: Decouple Stats from computing bloom filters
  CommitGraphWriter: Move bloom filter calculation out of createChunks
  Documentation: Move writeChangedPaths flag from commitGraph to gc section.
  [errorprone] Fix wrong comparison which always evaluated to false
  [errorprone] Remove unnecessary comparison
  Update org.eclipse.jdt:ecj to 3.35.0
  Update org.apache.commons:commons-compress to 1.24.0
  [errorprone] Suppress ImmutableEnumChecker for ShutdownHook
  Update bytebuddy to 1.14.8
  Use ShutdownHook to gracefully handle JVM shutdown
  Add ShutdownHook to cleanup FileLocks on graceful JVM shutdown
  Unregister ShutdownHook when GC#PidLock is closed
  OSGi: move plugin localization to subdirectory
  ssh: Remove redundant null check for home.getAbsoluteFile()
  RevertCommand: support for inserting a Gerrit change ID
  [releng] Bump japicmp base version to 6.7.0.202309050840-r
  DfsPackFile: Record index loads only in one place
  DfsPackfile: Emit the index load with the index object
  Prepare 6.8.0-SNAPSHOT builds
  Prepare 6.7.1-SNAPSHOT builds
  Switch back to wagon-ssh-external
  Fix generation of maven site
  Ensure home directory not null before using in Sshdsessionfactory
  CommitGraphWriter: Make the list of chunks immutable
  CommitGraphWriter: Assert written bytes
  JGit v6.7.0.202309050840-r
  Remove unused API problem filters
  [releng] Bump japicmp base version to 6.6.0.202305301015-r
  Fix list of 3rd party bundles in p2 repo
  Add missing source bundle org.osgi.service.cm.source to target platform
  Prepare 6.6.2-SNAPSHOT builds
  JGit v6.6.1.202309021850-r
  Checkout: better directory handling
  CommitGraphWriter: throw exception on unknown chunk
  Document commit-graph options supported by JGit
  Fix warning raised for local variable hiding DfsPackFile#index
  Suppress boxing warnings in DfsPackFile
  Remove unused API problem filters
  Suppress boxing warnings in tests
  Fix warning about empty block
  Update mockito to 5.5.0
  Update byte-buddy to 1.14.7
  Prepare 6.7.0-SNAPSHOT builds
  JGit v6.7.0.202308301100-rc1
  Remove the cbi-snapshots Maven repository
  Update Orbit to orbit-aggregation/release/4.29.0
  Add target platform for Eclipse 2023-09 (4.29)
  Use release p2 repo for Eclipse 2023-06 (4.28)
  Update tycho to 4.0.2
  Update jmh to 1.37
  Update bouncycastle to 1.76
  Fix some tests in ConfigTest
  Handle global git config $XDG_CONFIG_HOME/git/config
  IO: use JDK convenience methods
  org.eclipse.jgit.junit.ssh/.settings/.api_filters: fix unclosed tags
  ReadChangedPathFilter: fix Non-externalized string literal warning
  Introduce core.packedIndexGitUseStrongRefs config key
  DfsReader: Make PackLoadListener interface visible to subclasses
  DfsGarbageCollector: provide commit graph stats
  DfsGarbageCollector: put only GC commits into the commit graph
  DfsReader: Expose when indices are loaded
  Update to Tycho 4.0.1
  Prepare 6.7.0-SNAPSHOT builds
  JGit v6.7.0.202308011830-m2
  Add missing @since tags
  Fix errorprone warning about precedence
  Move footer-line parsing methods from RevCommit to FooterLine
  Merge: Add diff3 style merge conflict formatter.
  RevCommitCG: Read changed-path-filters directly from commit graph
  Update commons-codec to 1.16.0
  Add missing @since tags for new API methods
  Add missing package import needed to use MurmurHash3
  Identify a commit that generates a diffEntry on a rename Event.
  Pack: open reverse index from file if present
  PackReverseIndexV1: reverse index parsed from version 1 file
  PackReverseIndex: open file if present otherwise compute
  PackReverseIndex: verify checksums
  ComputedPackReverseIndex: Clarify custom bucket sort algorithm
  CommitGraphWriter: add option for writing/using bloom filters
  CommitGraphWriter: reuse changed path filters
  RevWalk: use changed path filters
  CommitGraphLoader: read changed-path filters
  CommitGraphWriter: write changed-path filters
  ssh: PKCS#11 support
  GC: Remove handling of extra pack for RefTree
  Remove unnecessary @SuppressWarnings("serial")
  Remove unused API problem filters
  Remove redundant specification of type arguments
  DfsPackParser: Create object indices if config says so
  PackParserTest: Extract pack-writing helper code to its own class
  DfsInserter: generate object size index if config says so
  DfsInserter: populate full size on object insertion
  DFSGarbargeCollector: Write object size indices
  DfsReader/PackFile: Implement isNotLargerThan using the obj size idx
  [releng] Use tycho 4.0.0 instead of 4.0.0-SNAPSHOT
  Add verification in GcKeepFilesTest that bitmaps are generated
  Express the explicit intention of creating bitmaps in GC
  GC: prune all packfiles after the loosen phase
  Update mockito to 5.4.0 and bytebuddy to 1.14.5
  Fix S3Repository getSize to handle larger object sizes
  DfsPackFile: make #getReverseIdx public
  Add missing bazel dependency to benchmarks
  Update JMH to 1.36
  Update bouncycastle to 1.75
  Update org.eclipse.jdt:ecj to 3.34.0
  Update eclipse-jarsigner-plugin to 1.4.2
  Update maven-surefire-report-plugin to 3.0.0
  Update maven-project-info-reports-plugin to 3.4.3
  Update maven-compiler-plugin to 3.11.0
  Update maven-enforcer-plugin to 3.3.0
  Update build-helper-maven-plugin to 3.4.0
  Update spring-boot-maven-plugin to 2.7.13
  Update maven-source-plugin to 3.3.0
  Prepare 5.13.3-SNAPSHOT builds
  JGit v5.13.2.202306221912-r
  PackReverseIndex: separate out the computed implementation
  Default for global (user) git ignore file
  Fix all Javadoc warnings and fail on them
  Mark COMMIT_GENERATION_* constants final
  Update Orbit to R20230531010532 for 2023-06
  Revert "RefDirectory: Throw exception if CAS of packed ref list fails"
  PackReverseIndex: use static builder instead of constructor
  Gc#writePack: write the reverse index file to disk
  Bazel: Fix remote build execution for Java 17
  Bump bazel vesion to 6.2.0
  Prepare 6.6.1-SNAPSHOT builds
  JGit v6.6.0.202305301015-r
  Bump bazel vesion to 6.2.0
  Update to Orbit S20230516204213
  Prepare 6.6.0-SNAPSHOT builds
  Prepare 6.7.0-SNAPSHOT builds
  JGit v6.6.0.202305241045-m3
  GraphObjectIndex: fix search in findGraphPosition
  Update to Tycho 4.0.0-SNAPSHOT
  PGP sign p2 artefacts
  Revert 'Use net.i2p.crypto:eddsa directly from Maven Central'
  Update dash license-tool-plugin to 1.0.2
  Also add suppressed exception if unchecked exception occurs in finally
  Candidate: use "Objects.equals" instead of "=="
  Use hamcrest 2.2 directly from Maven Central
  Use commons-logging directly from Maven Central
  Update jna to 5.13.0
  Use bytebuddy directly from Maven Central
  Use jna directly from Maven Central
  Use net.i2p.crypto:eddsa directly from Maven Central
  Use org.tukaani:xz directly from Maven Central
  Use args4j directly from Maven Central
  Use gson directly from Maven Central
  Remove unused $NON-NLS-1$
  Remove unused API filters
  Switch to Apache MINA sshd 2.10.0
  [releng] API filter for PackIndex.DEFAULT_WRITE_REVERSE_INDEX
  PackExt: add a #getTmpExtension method
  UploadPack: Record negotiation stats on fetchV2 call
  RewriteGeneratorTest: Introduce test cases for the RewriteGenerator
  PackWriter: write the PackReverseIndex file
  Prepare 6.6.0-SNAPSHOT builds
  JGit v6.6.0.202305031100-m2
  Update Maven plugins
  Add TransportHttp#getAdditionalHeaders
  Add 4.27 (2023-03) and 4.28 (2023-06) target platforms
  Fix inProcessPackedRefsLock not shared with copies of the instance
  Update slf4j to 1.7.36 and consume it directly from Maven Central
  Update assertj-core to 3.24.2
  Update plexus-compiler to 2.13.0
  Update Apache commons-codec to 1.15
  Update org.apache.commons:commons-compress to 1.23.0
  Update javaEWAH to 1.2.3 and use it directly from Maven central
  Update org.eclipse.jdt:ecj to 3.33.0
  Add missing @since tag to IntComparator
  Update to jakarta.servlet:jakarta.servlet-api:4.0.4
  Support rebasing independent branches
  Support cherry-picking a root commit
  AddCommand: ability to switch off renormalization
  Update jetty to 10.0.15 and use it from Maven central directly
  Update bouncycastle to 1.73
  [errorprone] Fix MissingOverride error
  PackReverseIndexWriter: write out version 1 reverse index file
  IntList: add #sort using quick sort for O(n log n) runtime.
  [bazel] Move ToolTestCase to src folder (6.2)
  GcConcurrentTest: @Ignore flaky testInterruptGc
  Fix CommitTemplateConfigTest
  Fix after_open config and Snapshotting RefDir tests to work with bazel
  [bazel] Skip ConfigTest#testCommitTemplatePathInHomeDirecory
  Demote severity of some error prone bug patterns to warnings
  [bazel] Fix version number of bcpg-jdk18on
  Parse pull.rebase=preserve as alias for pull.rebase=merges
  Use bouncycastle libraries directly from Maven Central
  UploadPack: Fix NPE when traversing a tag chain
  Add missing @since tag for BatchRefUpdate#getRefDatabase
  Add missing since tag for SshBasicTestBase
  Add missing since tag for SshTestHarness#publicKey2
  Silence API errors
  Prevent infinite loop rescanning the pack list on PackMismatchException
  Remove blank in maven.config
  PackedBatchRefUpdate#execute: reduce nesting of try-catch blocks
  PackedBatchRefUpdate: Handle the case where loose refs fail to pack
  Remove blank in maven.config
  Add protocol configuration to Amazon S3 transport
  [pgm] Implement git tag --contains option
  ListTagCommand: implement git tag --contains
  RevWalk: use generation number to optimize getMergedInto()
  DfsPackFile: Extract block aligment code
  Ensure parsed RevCommitCG has derived data from commit-graph
  PatchApplierTest: specify charset to avoid warning
  GcConcurrentTest: @Ignore flaky testInterruptGc
  PatchApplier: Check for existence of src/dest files before any operation
  Revert "RefDirectory: Throw exception if CAS of packed ref list fails"
  RefDirectory.delete: Prevent failures when packed-refs is outdated
  RefDirectory.pack: Only rely on packed refs from disk
  RefDirectory: Make pack() and commitPackRefs() void
  Implement a snapshotting RefDirectory for use in request scope
  Fix RefDirectoryTest.testGetRefs_LooseSorting_Bug_348834
  PackedBatchRefUpdate: Ensure updates are applied on latest packed refs
  Downgrade maven-site-plugin to 3.12.1
  Use wagon-ssh-external to deploy Maven site
  Record my e-mail change in .mailmap
  [releng] Bump japicmp base version
  PatchApplier: missing @since, and minor formatting
  BasePackFetchConnection: support negotiationTip feature
  DirCache: support option index.skipHash
  PatchApplierTest: Remove test data with Apache license
  Fix PatchApplier error handling.
  Ensure FileCommitGraph scans commit-graph file if it already exists
  GC: Close File.lines stream
  GC: Close File.lines stream
  Rerun flaky tests 3 times
  Prepare 6.5.1-SNAPSHOT builds
  JGit v6.5.0.202303070854-r
  Ignore generated org.eclipse.jgit.benchmarks/dependency-reduced-pom.xml
  [sshd] Fix calculation of timeout in AbstractClientProxyConnector
  Silence API error raised for removed BranchRebaseMode#PRESERVE
  [errorprone] Suppress [Finally] warnings
  Update Orbit to R20230302014618 for 2023-03
  Improve test coverage when core.trustPackedRefsStat set to after_open
  Prepare 6.6.0-SNAPSHOT builds
  Prepare 6.5.0-SNAPSHOT builds
  JGit v6.5.0.202302281825-rc1
  Prepare 6.5.0-SNAPSHOT builds
  Change config pull.rebase=preserve to pull.rebase=merges
  BatchingProgressMonitor: expose time spent per task
  PackWriter: offer to write an object-size index for the pack
  Fix formatting in GC#doGc
  PackExt: Define new extension for the object size index
  JGit v6.5.0.202302221508-m3
  If tryLock fails to get the lock another gc has it
  Fix GcConcurrentTest#testInterruptGc
  Don't swallow IOException in GC.PidLock#lock
  Check if FileLock is valid before using or releasing it
  Use Java 11 ProcessHandle to get pid of the current process
  UploadPack: use allow-any-sha1-in-want configuration
  Acquire file lock "gc.pid" before running gc
  Silence API errors introduced by 9424052f
  Externalize strings introduced in c9552aba
  Silence API error introduced by 596c445a
  PackConfig: add entry for minimum size to index
  Fix getPackedRefs to not throw NoSuchFileException
  PackObjectSizeIndex: interface and impl for the object-size index
  UInt24Array: Array of unsigned ints encoded in 3 bytes.
  PackIndex: expose the position of an object-id in the index
  Add pack options to preserve and prune old pack files
  DfsPackFile/DfsGC: Write commit graphs and expose in pack
  ObjectReader: Allow getCommitGraph to throw IOException
  Allow to perform PackedBatchRefUpdate without locking loose refs
  Document option "core.sha1Implementation" introduced in 59029aec
  UploadPack: consume delimiter in object-info command
  PatchApplier fix - init cache with provided tree
  Prepare 6.5.0-SNAPSHOT builds
  JGit v6.5.0.202302011120-m2
  Avoid error-prone warning
  Fix unused exception error-prone warning
  UploadPack: advertise object-info command if enabled
  Shortcut during git fetch for avoiding looping through all local refs
  FetchCommand: fix fetchSubmodules to work on a Ref to a blob
  Silence API warnings introduced by I466dcde6
  Allow the exclusions of refs prefixes from bitmap
  Move MemRefDatabase creation in a separate method.
  PackWriterBitmapPreparer: do not include annotated tags in bitmap
  BatchingProgressMonitor: avoid int overflow when computing percentage
  DfsReaderIoStats: Add Commit Graph fields into DfsReaderIoStats
  [pgm] Fetch-CLI: add support for shallow
  Speedup GC listing objects referenced from reflogs
  Re-add servlet-api 4.0 to the target platform
  Upgrade maven plugins
  Cache trustFolderStat/trustPackedRefsStat value per-instance
  Refresh 'objects' dir and retry if a loose object is not found
  Prepare 6.5.0-SNAPSHOT builds
  JGit v6.5.0.202301111425-m1
  Update Orbit to S20230101190934
  Update to releases p2 repo for 4.26 simultaneous release
  RevWalk: integrate commit-graph with commit parsing
  FileSnapshotTest: Add more MISSING_FILE coverage
  GC: disable writing commit-graph for shallow repos
  Introduce core.trustPackedRefsStat config
  RefDatabase: fix javadoc formatting
  Pull up additionalRefsNames from RefDirectory to RefDatabase
  Add TernarySearchTree
  CommitGraph: teach ObjectReader to get commit-graph
  PatchApplier: fix handling of last newline in text patch
  CommitGraph: add commit-graph for FileObjectDatabase
  Reformat PatchApplier and PatchApplierTest
  PackWriter#prepareBitmapIndex: add clarifying comments
  IO#readFully: provide overload that fills the full array
  Fix API warnings for the new CommitGraph
  PackReverseIndex#findPosition: fix typo in method name
  GC: Write commit-graph files when gc
  CommitGraph: add core.commitGraph config
  CommitGraph: implement commit-graph read
  Gc#deleteOrphans: avoid dependence on PackExt alphabetical ordering
  WalkPushConnection: Sanitize paths given to transports
  Fix documentation for core.trustFolderStat
  GraphCommits: Remove unused getter by position
  CommitGraphWriter: fix UnusedException errorprone error
  Update jetty to 10.0.13
  PackExt: Add a commit graph extension.
  BatchRefUpdate: Consistent switch branches in ref update
  RefWriter#writePackedRefs: Remove a redundant "if" check
  commitgraph package: fix exports/imports, add @since tag for new API
  CommitGraph: implement commit-graph writer
  [releng] bump japicmp base version
  Prepare 6.4.1-SNAPSHOT builds
  JGit v6.4.0.202211300538-r
  Fix crashes on rare combination of file names
  Prepare 6.5.0-SNAPSHOT builds
  Prepare 6.4.0-SNAPSHOT build
  JGit v6.4.0.202211231055-rc1
  [pgm] Add options --name-only, --name-status to diff, log, show
  Update Orbit to R20221123021534 for 2022-12
  RBE: Update toolchain with bazel-toolchains 5.1.2 release
  SshTestGitServer: : ensure UploadPack is closed to fix resource leak
  UploadPackTest: ensure UploadPack is closed to fix resource leak
  [pgm] Ensure UploadPack is closed to fix resource leak
  UploadPackServlet#doPost use try-with-resource to ensure up is closed
  Fix warnings in PatchApplierTest
  Fix boxing warnings in TransportTest
  Silence warnings about unclosed BasePackPushConnection
  Fix warning about non-externalized String
  Remove unused imports
  Suppress non-externalized String warnings
  Remove unused API problem filters
  Silence API errors
  Silence API errors
  Silence API warnings
  Add 4.26 target platform
  Use "releases" repository for 4.25 target platform
  Update Apache Mina SSHD to 2.9.2
  Update Orbit to S20221118032057
  DfsBlockCache: Report IndexEventConsumer metrics for reverse indexes.
  DfsStreamKey: Replace ForReverseIndex to separate metrics.
  Prepare 6.4.0-SNAPSHOT builds
  RawText.isBinary(): handle complete buffer correctly
  JGit v6.4.0.202211160543-m3
  PackExt: Add a reverse index extension.
  [benchmarks] Remove profiler configuration
  Add SHA1 benchmark
  [benchmarks] Set version of maven-compiler-plugin to 3.8.1
  Fix running JMH benchmarks
  Add option to allow using JDK's SHA1 implementation
  Fix API breakage caused by extracting WorkTreeUpdater
  Update Orbit to S20221109014815
  Use replace instead of replaceAll in toCleanString
  Extract Exception -> HTTP status code mapping for reuse
  Don't handle internal git errors as an HTTP error
  Fix the path for JSchText.properties
  Fix crashes on rare combination of file names
  Fix Maven SHA1 for Bazel build
  UploadPack: Receive and parse client session-id
  TransferConfig: Move reading advertisesid setting into TransferConfig
  FirstWant: Parse client session-id if received.
  ReceivePack: Receive and parse client session-id.
  Ignore IllegalStateException if JVM is already shutting down
  Prepare 6.4.0-SNAPSHOT builds
  Allow to perform PackedBatchRefUpdate without locking loose refs
  JGit v6.4.0.202210260700-m2
  PushCommand: allow users to disable use of bitmaps for push
  I/O redirection for the pre-push hook
  PackParser: populate full size of the PackedObjectInfos
  PackedObjectInfo: add the full size to the description
  ObjectReader: New #isNotLargerThan method
  Fail build if there are license issues with dependencies
  Update org.apache.httpcomponents:httpcore to 4.4.15
  Update Orbit to S20220927175816
  Update JMH to 1.35
  Update org.eclipse.jdt:ecj to 3.31.0
  Update plexus compiler to 2.12.1
  Update org.apache.maven.wagon:wagon-ssh to 3.5.2
  pgm/BUILD: Add dependencty to java EWAH
  [sshd] Guard against numerical overflow
  Remove unused imports
  Remove unused API filters
  ObjectDirectory: avoid using File.getCanonicalPath()
  AutoCRLFOutputStream: use BufferedOutputStream
  CloneCommand: set HEAD also when not checking out
  Pass on shallowSince only if not null
  Fix wrong @since tag
  Split out ApplyCommand logic to PatchApplier class
  Prepare 6.4.0-SNAPSHOT builds
  Fix typo in FetchV2Request javadoc
  Prepare 6.3.1-SNAPSHOT builds
  DfsBundleWriter: Add test case about GC_REST pack.
  JGit v6.3.0.202209071007-r
  JGit v6.3.0.2022009070944-r
  [merge] Fix merge conflicts with symlinks
  Update DEPENDENCIES for 6.3.0
  Update tycho to 2.7.5
  Move WorkTreeUpdater to merge package
  WorkTreeUpdater: use DirCacheCheckout#StreamSupplier
  DirCacheCheckout#getContent: also take InputStream supplier
  Revert "Adds FilteredRevCommit that can overwrites its parents in the DAG."
  Revert "Option to pass start RevCommit to be blamed on to the BlameGenerator."
  WorkTreeUpdater: remove safeWrite option
  Update Orbit to R20220830213456 for 2022-09
  BaseSuperprojectWriter: report invalid paths as manifest errors
  ApplyCommand: fix ApplyResult#updatedFiles
  WorkTreeUpdater: rename metadata maps
  WorkTreeUpdater#Result: hide data members
  Add javadoc on RevCommit
  Option to pass start RevCommit to be blamed on to the BlameGenerator.
  WorkTreeUpdater: re-format and clean-up
  Prepare 6.3.0-SNAPSHOT builds
  Adds FilteredRevCommit that can overwrites its parents in the DAG.
  JGit v6.3.0.202208161710-m3
  DirCacheCheckout: load WorkingTreeOptions only once
  WorkTreeUpdater: Fix unclosed streams
  Fix adding symlinks to the index when core.symlinks=false
  Remove unused API problem filters
  Add missing @since tag for RevCommit#parents introduced in 61b4d105e4
  Fix API errors caused by 23a71696cd
  Provide default shallowCommits getter and setter in ObjectDatabase
  Reapply "Create util class for work tree updating in both filesystem and index."
  ResolveMerger: add coverage for inCore file => directory transition
  Provide encoding to String#getBytes()
  Revert "Create util class for work tree updating in both filesystem and index."
  Provide a default implementation for set/get shallowCommits on DfsObjDatabase
  Revert "Adds FilteredRevCommit that can overwrites its parents in the DAG."
  Revert "Option to pass start RevCommit to be blamed on to the BlameGenerator."
  CleanCommand: fix prefix matching
  Option to pass start RevCommit to be blamed on to the BlameGenerator.
  Adds FilteredRevCommit that can overwrites its parents in the DAG.
  Add the ability to override parents on RevCommit.
  Refactor NameConflictTreeWalk.fastMin method
  Fix BUILD rules for FilteredRenameDetectorTest
  Rename fastMinHasMatch to allTreesNamesMatchFastMinRef
  Document TreeWalk#min()
  Squash error-prone messages
  Use constants for git packet protocol line identifiers
  ObjectDirectory: improve reading of shallow file
  Fetch: add support for shallow
  [tests] Stabilize the HTTP server's request log
  NameConflictTreeWalk: respect git order on multi-tree iteration
  Update Orbit to S20220726152247 and bouncycastle to 1.71
  Create util class for work tree updating in both filesystem and index.
  Fix the handling of .git/info/exclude and core.excludesFile
  Remove version constraints from org.tukaani.xz package

Change-Id: I31997b67bf432ae3bf6b1cde076fa9307b1e00f4

Merge branch 'stable-6.8'

* stable-6.8:
  Delete org.eclipse.jgit.ssh.apache.agent/bin/.project
  Allow to discover bitmap on disk created after the packfile

Change-Id: I08095dfaefb963876d993383cb35acc6b75d7691

Merge branch 'stable-6.7' into stable-6.8

* stable-6.7:
  Delete org.eclipse.jgit.ssh.apache.agent/bin/.project
  Allow to discover bitmap on disk created after the packfile

Change-Id: I01749bae6f46d1a8ebd25b890e667cc092f3a659

Merge branch 'stable-6.6' into stable-6.7

* stable-6.6:
  Delete org.eclipse.jgit.ssh.apache.agent/bin/.project
  Allow to discover bitmap on disk created after the packfile

Change-Id: I2bbc8c9a4ed45d37fa7ba63b2afd5511b6cf47a2

Delete org.eclipse.jgit.ssh.apache.agent/bin/.project

Change-Id: If2f50f81ffb8b5a1929b0ce403bff017ece29e2f

Allow to discover bitmap on disk created after the packfile

When the bitmap file was created *after* a packfile had been
loaded into the memory, JGit was unable to discover them.

That happed because of two problems:

1. The PackDirectory.getPacks() does not implement the usual
   while loop that is scanning through the packs directory
   as in the other parts of JGit.

2. The scan packs does not look for newly created bitmap files
   if the packfile is already loaded in memory.

Implement the normal packfiles scanning whenever the PackDirectory
needs to return a list of packs, and make sure that any reused
Pack object would have its associated bitmap properly refreshed
from disk.

Adapt the assertions in GcConcurrentTest with the rescanned list
of Pack from the objects/packs directory.

Bug: jgit-15
Change-Id: I2ed576cefd78a0e128b175228a59c9af51523d7b

DfsReader#getObjectSize: use size index if possible

getObjectSize reads the size from the first bytes of the object in the
pack, using IO. For blobs and depending on the configuration, the size
could be available in the object size index.

Try to get the size from the object size index if available. Read from
the pack otherwise.

Note that GC uses #getObjectSize from the existing pack to write the
next object size index.

Change-Id: Ia999290c06d061cb53aa8c0a2b28b1a9761567ef