Merge branch 'stable-6.10' into stable-7.0

* stable-6.10:
  DiffDriver: fix doc for rust built-in
  DiffDriver: fix formatting of javadoc
  Add numberOfObjectsSinceBitmap to RepoStatistics
  Support built-in diff drivers for hunk header function names
  Don't fail when trying to prune pack which is already gone
  Rename numberOfPackFilesAfterBitmap to numberOfPackFilesSinceBitmap

Change-Id: I7f18e96cc98c56ee7c5e6256fe9e83957e733aa8

DiffDriver: fix doc for rust built-in

Change-Id: Ic430686dc41ecbd8d8d19068416bc18ba2d94f3f

DiffDriver: fix formatting of javadoc

Change-Id: I01da1862719b6623727deae10a706f30ee6cabbf

Merge "Add numberOfObjectsSinceBitmap to RepoStatistics" into stable-6.10

Add numberOfObjectsSinceBitmap to RepoStatistics

Introduce a numberOfObjectsSinceBitmap that contains the number of
objects stored in pack files and as loose objects created since the
latest bitmap generation.

Note that the existing
GcNumberOfPackFilesAfterBitmapStatisticsTest.java was renamed to
GcSinceBitmapStatisticsTest.java and extended to cover also this
statistic.

Change-Id: I8ae1db142ddfcd42a5a1d6da01bc67f695562e0e

Merge "Don't fail when trying to prune pack which is already gone" into stable-6.10

Merge "Support built-in diff drivers for hunk header function names" into stable-6.10

Support built-in diff drivers for hunk header function names

The regexes defined for each built-in driver will be used to determine
the function name for a hunk header. Each driver can specify a list of
regexes to negate and match. They can also define pattern compilation
flags if needed. These drivers only apply to text files with unified
patch type.

Following built-in drivers have been added:
- cpp
- dts
- java
- python
- rust

Support for more languages can be added as needed to match the cgit
implementation.

Change-Id: Ice5430bfed7e4aaf9f00e52e44402479984953c5

Don't fail when trying to prune pack which is already gone

Update the TestRepository.prunePacked so that it doesn't fail if a pack
to be pruned is already gone.
It is especially handy when the prunePacked function is called in
`TestRepository.packAndPrune` function after the repo moves on after
GC was performed.

Change-Id: I01b4ddbaddec1fdc24cfbb967e0edfe0de6c4b7c

Rename numberOfPackFilesAfterBitmap to numberOfPackFilesSinceBitmap

As sugested in I608011462f1.

Change-Id: If66226dd7b08ae768413fa614df5dcb6b44dc118

Merge branch 'stable-6.10' into stable-7.0

* stable-6.10:
  Replace custom encoder Constants#encodeASCII by JDK implementation
  Replace custom encoder `Constants#encode` by JDK implementation
  Add `numberOfPackFilesAfterBitmap` to RepoStatistics
  Enhance CommitBuilder#parent to tolerate null parent

Change-Id: If05b0d474c728b54cab9af2b7416be30b2754d1b

Replace custom encoder Constants#encodeASCII by JDK implementation

Ensure that the method still throws an IllegalArgumentException for
malformed input or if the String contains unmappable characters.

Change-Id: I6a340aa1af60c315272ff13b6bf2041ba30c94ca
(cherry picked from commit 0fd76114e3436ac635641d06371fd8833179312d)

Replace custom encoder `Constants#encode` by JDK implementation

Using the implementation provided in the JDK since Java 1.6 by
`String#getBytes(Charset)` reduces JGit maintenance effort and improves
performance.

The method Constants#encode was implemented when JGit still used Java
1.5. See [1].

Kudos to Marcin for proposing to use this improvement in RefWriter [2].
I think it should be used generally.

[1] https://repo.or.cz/jgit.git?a=commit;h=bfa3da225f198b19061158499b1135aff07d85b3
[2] https://eclipse.gerrithub.io/c/eclipse-jgit/jgit/+/1195180

Also-By: Marcin Czech <maczech@gmail.com>
Change-Id: I361ed6286b98351a315b8a8ffc3cb845831d35b2
(cherry picked from commit e5d2898997462e0f2409c09497ab62c6cda2dbaf)

Add `numberOfPackFilesAfterBitmap` to RepoStatistics

Introduce a `numberOfPackFilesAfterBitmap` that contains the number of
packfiles created since the latest bitmap generation.

Notes:
* the `repo.getObjectDatabase().getPacks()` that obtains the list of
  packs (in the existing `getStatistics` function) uses
  `PackDirectory.scanPacks` that boils down to call
  `PackDirectory.scanPacksImpl` which is sorting packs prior returning
  them therefore the `numberOfPackFilesAfterBitmap` is just all packs
  before the one that has bitmap attached
* the improved version of `packAndPrune` function (one that skips
  non-existent packfiles) was introduced for testing

Change-Id: I608011462f104fc002ac527aa405f492a8a4b0c2

Enhance CommitBuilder#parent to tolerate null parent

Change-Id: Ifdeafd040bca8331804c3e7568da0bee5cbd01df

Merge branch 'stable-6.10' into stable-7.0

* stable-6.10:
  ResolveMerger: Allow setting the TreeWalk AttributesNodeProvider
  Add Union merge strategy support

Change-Id: I0d768d793effd1deabb4807446a4f8c10a82ad74

ResolveMerger: Allow setting the TreeWalk AttributesNodeProvider

When a merger is created without a Repository, no
AttributesNodeProvider is created in the TreeWalk. Since mergers are
often created with a custom ObjectInserter and no repo, they skip any
lookups of attributes from any of the gitattributes files (within a
tree, in the repo info/ dir, or user/global). Since there are
potentially merge-affecting attributes in those files, callers might
want to use both a custom ObjectInserter and an AttributesNodeProvider.

Change-Id: I7997309003bbb598e1002261b3be7f2cc52066c8

Add Union merge strategy support

Allow users to specify the `union` strategy in their .gitattributes file
in order to keep lines from both versions of a conflict [1].

[1] https://git-scm.com/docs/gitattributes.html#Documentation/gitattributes.txt-union

Change-Id: I74cecceb2db819a8551b95fb10dfe7c2b160b709

Merge branch 'stable-6.10' into stable-7.0

* stable-6.10:
  Update Apache sshd to 2.14.0
  LfsConnectionFactoryTest: remove unnecessary cast
  JSchSshProtocol2Test: remove unnecessary cast
  ApacheSshProtocol2Test: remove unnecessary cast
  NoteMapMerger: remove unnecessary cast

Change-Id: I8fca74d88efadc827955b0a5032e6fbd72ce3e0d

Update Apache sshd to 2.14.0

This fixes an 'incorrect signature' error when trying to use the keys
generated by SSHD during server init with an OpenSSH client.

This also includes a few other changes since 2.13.2:
* GH-524 Performance improvements
* GH-533 Fix multi-step authentication
* GH-582 Fix filtering in NamedFactory
* GH-587 Prevent NullPointerExceptionon closed channel in NettyIoSession
* GH-590 Better support for FIPS
* GH-597 Pass on Charset in ClientSession.executeRemoteCommand()

https://github.com/apache/mina-sshd/releases/tag/sshd-2.14.0

Change-Id: I76909fd56e70ee4ce16a075bd40ed6b2a609cc47

LfsConnectionFactoryTest: remove unnecessary cast

Change-Id: I08ed51b13aa269a4f6b64ac723b6bd7649c6591c

JSchSshProtocol2Test: remove unnecessary cast

Change-Id: Id3767f43cbbfd0c05f9a7f0d5620943da874df92

ApacheSshProtocol2Test: remove unnecessary cast

Change-Id: Ie8e7b097e48342a9cda6873e8595146a1b3f1427

NoteMapMerger: remove unnecessary cast

Change-Id: I3be4963f506529bbadc5b6dfc0b625ee85effc1f

Merge branch 'stable-6.10' into stable-7.0

* stable-6.10:
  AdvertisedRequestValidator: fix WantNotValidException caused by race

Change-Id: I22ec79d91136f8209a3799465db5593d83f7bea9

Merge branch 'stable-6.9' into stable-6.10

* stable-6.9:
  AdvertisedRequestValidator: fix WantNotValidException caused by race

Change-Id: I662c7a76470cedf0d4c975c50c3981c1c86245f2

Merge branch 'stable-6.8' into stable-6.9

* stable-6.8:
  AdvertisedRequestValidator: fix WantNotValidException caused by race

Change-Id: Ia5a0a4f0e900d96fa638bb9f97988ac66f4b7068

Merge branch 'stable-6.7' into stable-6.8

* stable-6.7:
  AdvertisedRequestValidator: fix WantNotValidException caused by race

Change-Id: I1e485422608cf55373c1d86c4c0d50c9f9f49f20

Merge branch 'stable-6.6' into stable-6.7

* stable-6.6:
  AdvertisedRequestValidator: fix WantNotValidException caused by race

Change-Id: I5b7b097a4b57ec48a3ee20fc25cb0d080cc1af80

AdvertisedRequestValidator: fix WantNotValidException caused by race

Fetch with protocol V2 failed under the following conditions
- fetch uses bidirectional protocol (git, ssh) which uses a shortcut
  to determine invalid wants
- not all wants are advertised
- race condition: wanted ref is updated during fetch by another thread
  after the thread serving upload-pack determined wants and before it
  checks not advertised wants

Fix this by calling
`new ReachableCommitRequestValidator().checkWants(up, wants)`
instead of throwing WantNotValidException in [1]
if this race happened in the same way like it's done for unidirectional
protocols (http) [2].

[1] https://github.com/eclipse-jgit/jgit/blob/stable-6.10/org.eclipse.jgit/src/org/eclipse/jgit/transport/UploadPack.java#L2002
[2] https://github.com/eclipse-jgit/jgit/blob/stable-6.10/org.eclipse.jgit/src/org/eclipse/jgit/transport/UploadPack.java#L2000

Bug: jgit-48
Change-Id: I32f28502923815dc49781aab5d810c9afbe7e7e6

Prepare 7.0.1-SNAPSHOT builds

Change-Id: I5a6a9e398d8b81bf7bd0afbd6c82116d4472a349

JGit v7.0.0.202409031743-r

Signed-off-by: Matthias Sohn <matthias.sohn@sap.com>
Change-Id: I86507936091e6f7af7588835722672ff2668a205

Revert "Remove deprecated
LocalDiskRepositoryTestCase#create(boolean,boolean)"

This reverts commit 3682611cef41ade46cf5ac194f0674b46367a395.

Reason: removing this deprecated method caused a ton of warnings about
closing an already closed Repository when running tests.

Change-Id: I3e9f224c55c167f92dad39caabfab5e43cf54cfb

Remove deprecated JschSession#getSftpChannel method

Change-Id: I5b5d3cbc6b0e5f85df26fe6c288c973cf5609296

Remove deprecated AutoLFInputStream constructors

Change-Id: I00241e45d947582886658fa528cc20a961fed9e6

Remove deprecated RawParseUtils#UTF8_CHARSET

Change-Id: I4b3f1344f77a575b2d0e00462806eddb4e9a6b80

Remove deprecated FS#setAsyncFileStoreAttributes method

Change-Id: Iea9f61fd65772ab247b382c93035e3c9974705aa

FS, FS_Posix: remove deprecated #createNewFile(File) method

Change-Id: Id34a0be998eee360e69f74b469c4990afa153c1b

Remove deprecated lastModified methods using long

from
- FileUtils#lastModified
- FileUtils#setLastModified
- FS#getLastModifiedTime
- FS#lastModified
- FS#setLastModified
- FileTreeIterator.Entry#getEntryLastModified
- WorkingTreeIterator#getEntryLastModified
- WorkingTreeIterator.Entry#getEntryLastModified

Change-Id: I5073f05c32f8f626383a91048470c79332983121

UserAgent: remove deprecated #getAgent, #hasAgent methods

Change-Id: Ib53de6dabea7f73ecfde85cb30f49fa05ee48551

Remove deprecated Transport#getFilterBlobLimit methods

Change-Id: Ia72cc228b0acaa8df8f405bd224916cc76eadd22

Remove deprecated RefAdvertiser#send(Map<String, Ref>) method

Change-Id: Ifffcfa6bf9baf9f6879a5a7e0f05d317347983f6

Remove deprecated ReceivePack#setEchoCommandFailures method

Change-Id: Ieeeb33b8b3dc8272023af5d47b3330f4a94c5b96

Remove deprecated class ReceivePack.FirstLine

Change-Id: I1143612088dba4fdced8f14c97293d17ff9658bb

PacketLineIn: make deprecated #END and #DELIM private

Change-Id: I1b7ba9f7e3dffe54313fc5d27051ad56a02a05b9

WindowCacheStats: remove deprecated #getOpenFiles, #getOpenBytes

Change-Id: If254177fd7914cb1f909f6620032bb4016208855

Remove deprecated PatchApplier#applyPatch(InputStream)

Change-Id: I79923b95861af983b676d436938aaeebe8c5b658

Remove deprecated MergeMessageFormatter#formatWithConflicts

Change-Id: I3040f655318c47f268433294720a99325ae78863

Remove deprecated MergeFormatter#formatMerge using charset name

Change-Id: I7d0bdb61a8698e94bb40c22fe1c40c70cec65dfc

Remove deprecated MergeFormatter#formatMerge using charset name

Change-Id: Id2bdcb865203ed192fea35cfcf82c34667710726

Remove deprecated TagBuilder#toByteArray method

Change-Id: I14e78bcd4bbdb491bcc44a53ff19609b79c0831b

Remove deprecated Repository#hasObject(AnyObjectId) method

Change-Id: I473dff6bdc23cfb126d22e18c168390a0e21301d

Make deprecated Repository#peel(Ref) private

Change-Id: I1c16196bba00a5d0f54c10261cc08185305ba4a3

Remove deprecated RefDatabase#getRef(String) method

Change-Id: I89f42db2b9dabee18d4220457436b9f9b6340f50

CoreConfig: remove deprecated #isLogAllRefUpdates method

Change-Id: I4e5f96696b57512488f48e66a82760b2e8671878

Constants: remove deprecated #CHARSET and #CHARACTER_ENCODING

Change-Id: If2d3c1a96560e0bc5e352bdbcab4c191cbed1a42

Remove deprecated ConfigConstants#CONFIG_KEY_STREAM_FILE_TRESHOLD

Change-Id: I3521ba8f8456160bd18ccb22c7d4a131aaac4ff2

Remove deprecated CommitBuilder#setEncoding(String) method

Change-Id: I5bd8d0c292151bfa58325d51ef51928715871cf1

Remove deprecated static #equals(AnyObjectId, AnyObjectId) method

Change-Id: I72544d2b3c85b8f96c2b8f94b86fb9b362f09475

Remove deprecated FileSnapshot.save(long) method

Change-Id: I9b77142127cc96ee6658e85a6cf0586d941c5c0c

Remove deprecated lastModified accessors returning long

- FileSnapshot#lastModified
- LockFile#getCommmitLastModified

Change-Id: I6962166ca5decbb332dfb25851c93debfe2ca90c

Remove deprecated PackInvalidException constructors

Change-Id: I8db6b1dd8e39811ebde676389833dbc906106452

DirCacheEntry: remove deprecated methods

- boolean mightBeRacilyClean(int, int)
- long getLastModified()
- void setLastModified(long)

Change-Id: I428fbb2109e13e80b8655622531c10e55a922a6f

Remove deprecated DirCacheCheckout#checkoutEntry methods

Change-Id: I28d00d7a70af0fbb76e237dd77b929508720ecdb

Remove deprecated StashApplyCommand#setApplyUntracked method

Change-Id: I23e3ed3259edad3a22b59cca938f041b39ebf0cb

Remove deprecated StashApplyCommand#setApplyIndex method

Change-Id: I2183285f6ccba1b62a318e711f2451df5d083ca1

Remove deprecated RemoteSetUrlCommand#setUri method

Change-Id: Ib9041be0d88dd837aa68eda2b00f3aa9ebc54c27

Remove deprecated RemoteSetUrlCommand#setPush method

Change-Id: I4026531148a7560179dae89c05424f256e6600d2

Remove deprecated RemoteSetUrlCommand#setName method

Change-Id: I769e999b5990f83719e3c638da9dfd0be4c5b826

Remove deprecated RemoteRemoveCommand#setName method

Change-Id: I2bd2a213b4642283b11f787ffcbab29916e2c5e7

Merge "Remove deprecated CheckoutCommand#setForce method" into stable-7.0

Remove deprecated CheckoutCommand#setForce method

Change-Id: Ie0b59ec21fc8dbe18242bbb52cb794e5a02c1ed5

Remove deprecated CheckoutCommand#setForce method

Change-Id: I39cfbeba0171c66e0f03b7b3785313da55b1dcac

Remove deprecated static AnyLongObjectId#equals method

Change-Id: Ie67b9a4a5e1972ec3aebf50e058a9aabf5a20099

Remove deprecated LocalDiskRepositoryTestCase#create(boolean,boolean)

Change-Id: I9eff2d405b5302753ff2ec1d0eab431bdba69fe0

Merge branch 'master' into stable-7.0

* master:
  walks: Remove deprecated #createReachabilityChecker() method
  RepoCommand.RemoteReader: Remove @Deprecated method
  ReachabilityChecker: Remove @Deprecated method
  UploadPack: Remove @Deprecated classes and methods
  ObjectId: Add method to read an ObjectId from a ByteBuffer
  DfsPackFile: re-add metrics for bitmap index loads

Change-Id: I383c9784ced95dfd58f01454fd13b086b180d462

walks: Remove deprecated #createReachabilityChecker() method

Change-Id: If9375ac49fa82e988e0708d89f0f929495e6e7cc

RepoCommand.RemoteReader: Remove @Deprecated method

Cleaning up before 7.0 release.

Change-Id: I83db715a8170a54957dd5bcf38df5b0911a12107

ReachabilityChecker: Remove @Deprecated method

Cleaning up before 7.0 release.

Change-Id: I620c3a485785b3d1efc950317fe552b8465a479e

UploadPack: Remove @Deprecated classes and methods

The coming 7.0 release is a chance to clean up these deprecated
classes and methods.

Change-Id: I23d263c9244c1e0096eb7c96c290213c9e668a03

ObjectId: Add method to read an ObjectId from a ByteBuffer

Some storages return data in a convenient ByteBuffer wrapper, but
there is no straigh-forward method to read ObjectIds from it.

Add ObjectId#fromRaw(ByteBuffer) to read object ids from byte buffers.

Change-Id: Ia3b244005e4d9a613294f5ad9dab3b8e7bc3d7df

Remove unused API warning filters

Change-Id: If5cfd8963db0699669be3594e844e14d38f97943

ObjectDirectoryTest: ensure WindowCursor is closed

Change-Id: I75b7d36181a0d404d4e3dca17b9e436892d97b42

PackExtBlockCacheTableTest: fix empty block warning

Change-Id: I35e7527c6c555cd57fce14889412fa2fd6beab88

PackExtBlockCacheTableTest: suppress unchecked conversion warnings

Change-Id: I5fcad7a824c4a320683d11da52c4e2035231f85d

PackObjectSizeIndexV1: fix boxing warnings

Change-Id: I25e6194fb8bf09dcac1613cec8349c3893a4f81a

PackExtBlockCacheTableTest: suppress boxing warning on test class

Change-Id: Ie9d5da0c065ba0118927d530ed589952fb3b2c2b

DfsBlockCacheConfigTest: suppress boxing warning on test class

Change-Id: Ibe7edc5e53c3d467e0e6144a3f8a32989f1ac6af

Suppress non-externalized string warnings

for texts which don't need to be translatable.

Change-Id: Iacac5df9525ddbc9942b7c440450b6aad4864135

Update jakarta.servlet:jakarta.servlet-api to 6.1.0

Change-Id: Ie95e0247e6a23a16343e0f644d613dfe95fd2d1e

Update org.apache.commons:commons-compress to 1.27.1

Change-Id: Ibd48bfe5ec3fdd3d52d755dc4881e013aae21d5d

Update org.tukaani:xz to 1.10

Change-Id: Ibd565d4d4e5ef0dd32514fdc6d73b44c25aaa27f

Update org.assertj:assertj-core to 3.26.3

Change-Id: I37816b1700bbcd102eb5b1b2591ba493edea4b36

Update org.apache.commons:commons-lang3 to 3.16.0

Change-Id: I7ec0cf1090aab26c1b1f70f816963fba63405034

Update bytebuddy to 1.15.0

Change-Id: Idec6369bb5da997e532b912c2984b51e77a3ac0d

Update commons-logging:commons-logging to 1.3.4

Change-Id: I3dba27df9425484fdc630b067ddb19a2425aa891

Update commons-codec:commons-codec to 1.17.1

Change-Id: Ie78b1479ec95632981033342e65d546fc7bd905d

Update jetty to 12.0.12

Change-Id: I8b4381fcd067280050f31d6b8526c9f409244b55

Prepare 7.0.0-SNAPSHOT builds

Change-Id: Ifa0a549e9551a2016241169e1c1e9052174c49d1

DfsPackFile: re-add metrics for bitmap index loads

The calculations for readBitmapIdxBytes and readBitmapIdxMicros
metrics were unintentionally removed in
https://gerrithub.io/c/eclipse-jgit/jgit/+/1177262, so this change
adds those metrics back.

Change-Id: I7ac7769acd092680933a27b2b3e70dd67690cfbf