fixing quality flaws (mostly Java NIO slow methods usage)

SONAR-8183 fix medium test DB cleaning too violent

medium test DB cleaning was deleting data inserted by default in DB: schema_migrations, user admin, default organization

SONAR-8183 fail at startup of default organization is missing

or if it's not configured at all

SONAR-8100 /api/organizations/delete prevents default orga deletion

SONAR-8098 fix OrganizationIt

SONAR-8100 add DefaultOrganization to Pico container in CE and Web

includes a ThreadLocal cache to avoid multiple calls to DB for same information

SONAR-8098 create organization in H2 schema

SONAR-8099 create default organization when migrating to SQ 6.2

Fix instability of LogbackHelper

Fix Quality flaw in MonitorTest

Upgrade Elasticsearch from 2.3.3 to 2.3.5

Upgrade Logback from 1.1.3 to 1.1.7

Automatic merge from branch-6.1

* origin/branch-6.1:
  SONAR-8056 fix loading of issues

SONAR-8100 add IT for organizations Web Services

SONAR-8056 fix loading of issues

SONAR-8100 add OrganizationService to access WS organizations

SONAR-8120 createdAt and updateAt handled in OrganizationDao

SONAR-8100 add WS /api/organizations/delete

SONAR-8100 add OrganizationDao.deleteByUuid and deleteByKey

SONAR-8172 add WS /api/organizations/update

SONAR-8172 add OrganizationDao.update

SONAR-7187 fix pagination on Oracle and MsSQL

SONAR-8096 add WS /api/organizations/search

SONAR-8096 add selectByQuery to OrganizationDao

does not yet implement any actual filtering, only paging

SONAR-8097 add WS /api/organizations/create

SONAR-8095 add OrganizationDao

SONAR-8095 add table ORGANIZATIONS

SONAR-8095 sort DTO aliases and Mapper declaration in alphabetic order

Automatic merge from branch-6.1

* origin/branch-6.1:
  Fix Javadoc of org.sonar.api.batch.sensor.highlighting.TypeOfText
  SONAR-5856 add wildcards help
  fix image paths
  update wording on quality profiles page
  SONAR-8021 fix "null" error
  SONAR-5856 fix default value for boolean fields

Fix Javadoc of org.sonar.api.batch.sensor.highlighting.TypeOfText

SONAR-5856 add wildcards help

fix image paths

SONAR-8136 Provide a special input to configure conditions based on ratings

SONAR-8119 Correctly display rating conditions in quality gates and in project dashboard

remove usages of periods

SONAR-8118 Add IT on quality gate on rating measures

SONAR-8117 Validate rating conditions

Check that warning and error value is a valid rating
Check that conditions "< A" and "> E" are not used

SONAR-8118 Allow rating measures when computing quality gate in CE

SONAR-8117 Allow rating measures when updating quality gates with WS

SONAR-8117 Extract update of quality gate condition into QualityGateConditionsUpdater

SONAR-8117 Extract creation of quality gate condition into QualityGateConditionsUpdater

SONAR-8117 Extract creation of quality gate into QualityGateUpdater

SONAR-8116 Return rating metrics in api/qualitygates/app

update wording on quality profiles page

SONAR-8021 fix "null" error

SONAR-5856 fix default value for boolean fields

Automatic merge from branch-6.1

* origin/branch-6.1:
  SONAR-7950 WS ce/component fix typo in description

SONAR-8021 fix "null" error

SONAR-7950 WS ce/component fix typo in description

Improve handling of some thread interruptions

Improve thread-safe initialization of SLF4J

http://jira.qos.ch/browse/SLF4J-167 has been fixed in SLF4J 1.7.14
so that the initialization trick can be removed from SonarQube.

Automatic merge from branch-6.1

* origin/branch-6.1:
  [maven-release-plugin] prepare for next development iteration
  [maven-release-plugin] prepare release 6.1-RC1

Prepare for next development iteration

[maven-release-plugin] prepare for next development iteration

[maven-release-plugin] prepare release 6.1-RC1

SONAR-8094 remove create table on Oracle with SECUREFILE clause

SONAR-8093 PostProjectAnalysisTasksExecutor do not stop if task fails

SONAR-8093 Listener execution must not fail step execution

SONAR-8094 add PostProjectAnalysisTask.ProjectAnalysis#getAnalysisDate

SONAR-8093 set analysis date as early as possible

SONAR-8093 PostTask API: don't fail when analysis date is not set

Fix quality flaws

SONAR-8031 Allow user login with 2 characters in Realm and IdentityProvider API

Deprecate newReference() method accepting global offsets as parameter.

Automatic merge from branch-5.6

* origin/branch-5.6:
  SONAR-8091 "All" option of "New Issues" facet works wrong

SONAR-8091 "All" option of "New Issues" facet works wrong

Automatic merge from branch-5.6

* origin/branch-5.6:
  SONAR-8075 support more than 12 CPU cores

SONAR-8069 replace organisation by organization

SONAR-7744 Permission information in WS use Locale.ENGLISH

SONAR-7950 WS ce/component supports componentKey

SONAR-8075 support more than 12 CPU cores

SONAR-8076 Improve message on leak period on coverage and duplications when no new data

SONAR-7816 Measures on new lines should always be computed but only when SCM is available

Fix Quality flaw

SONAR-7988 support migrations on old table activities

Remove unused BulkIndexer#setDisableRefresh()

SONAR-8088 Reduce number of shards for users and rules indices

Fix Quality flaw

SONAR-7907 update ui

SONAR-7907 It should be possible to add SCM account that contains comma

SONAR-8035 Do not display error in logs when web request is aborted

SONAR-8080 Fix error 500 when format parameter is used in web_api

Remove duplicated package-info.java in org.sonar.ce

This package is defined in both sonar-server and sonar-ce modules.
As a consequence Javadoc can not be generated when releasing
SonarQube

Re-enable upgrade tests

SONAR-7988 fix mssql collation which was badly defined in 5.x

sort components by qualifier on code page

"Error Stacktrace" -> "Error Details"

SONAR-7932 Useless WS call on the Code page (#1248)

SONAR-8025 rewrite create table RULE_REPOSITORIES in java

SONAR-8025 rewrite create table QPROFILE_CHANGES in java

SONAR-8025 rename columns DATA as they are reserved words

SONAR-8025 minor internal refacto of CreateTableBuilder

SONAR-8025 create MySQL table with hardcoded Engine,Charset&Collation

SONAR-8025 improve column name checks + factor with table name check

SONAR-8025 strengthen name checks in CreateTableBuilder

SONAR-8025 ddl changes must not be executed with a PreparedStatement

SONAR-8025 rewrite create table PROPERTIES2 in java

SONAR-8025 add support for autoincrement column to CreateTableBuilder

SONAR-8025 add IntegerColumnDef

SONAR-8025 rewrite create table INTERNAL_PROPERTIES in java